identification and evaluation of the scientific and technological connection between specialists in injectable oncology on the lattes platform

Claudia Marcia Aparecida Carareto

Possui graduação em História Natural pela Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de São José do Rio Preto/SP (1974), mestrado (1987) e doutorado (1989) em Genética pela Universidade Estadual Paulista - UNESP. Realizou pós-doutoramento na Universidade do Arizona (Tucson, AZ, USA), no período de 1993-1995, na área de Genética e Evolução de Elementos Transponíveis e na Universidade de Lyon (Lyon, França), em 2006, com o tema Efeitos dos Elementos de Transposição na Evolução da Resistência a Inseticidas. Atualmente é Professora Titular em Evolução da UNESP e pesquisadora 1C do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coordena projetos de cooperação internacional formalizados com Universidades e Institutos de Pesquisa no exterior (CAPES/COFECUB: CNRS/Gif-sur-Ivete; FAPESP/CNRS: Universidade de Lyion 1; CAPES/Fundação Agrópolis: IRD e Universidade de Montpellier 2; UNESP/Universidade de Leuven, Belgica) e participa de comitês de órgãos superiores da UNESP (Comitê Institucional do PIBIC/PIBIT; Conselho de Relações Internacionais da UNESP, como representante da àrea de Ciências Biológicas). Atua em pesquisa nas áreas de Genética e Evolução e Bioinformática, principalmente no estudo da Evolução Molecular. Nesta área, investiga em vários organismos, as relações filogenéticas de elementos genéticos móveis, os elementos de transposição, a transferência genética horizontal dessas sequência e seus efeitos na estrutura e funcionamento dos genomas, como também o impacto da hibridização interespecífica na dinâmica genômica desses elementos e deles na especiação. (Texto informado pelo autor)

  • https://lattes.cnpq.br/3425772998319216 (23/04/2022)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq: Nível 1D
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Biologia. Rua Cristóvão Colombo, 2265 Jardim Nazaré 15054000 - São José do Rio Preto, SP - Brasil Telefone: (17) 32212382 Fax: (17) 32212390
  • Grande área: Ciências Biológicas
  • Área: Genética
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações


Produção bibliográfica

Produção técnica

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Supervisões e orientações concluídas

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  • Total de projetos de pesquisa (34)
    1. 2018-Atual. Ocupacao diferencial nichos poderia explicar o sucesso adaptativo Zaprionus indianus Gupta 1970 (Diptera: Drosophilidae) apos 20 anos da bioinvasao nas Americas?
      Descrição: A espécie de Drosophilidae Zaprionus indianus se originou na África e colonizou o Brasil no final dos anos 90 do século XX. Em pouco mais de seis anos, foi registrada em todas as regiões do país, e sua distribuição atual vai do Canadá (registros pontuais) ao Uruguai, ocupando diferentes biomas ao longo dessas regiões. A ocupação generalista de nichos inferida pela larga distribuição geográfica da espécie pode ser o aspecto biológico que propiciou as condições de se estabelecer em diferentes ecossistemas brasileiros, apresentando um excelente modelo para os estudos de invasões biológicas e seus resultados ecológicos e evolutivos. Nesse sentido, o objetivo desse trabalho é investigar a hipótese de ocupação diferencial de nichos, bem como o grau de estruturação genética e isolamento de populações de Z. indianus oriundas de áreas medianamente e não urbanizadas localizadas em diferentes biomas brasileiros (Pantanal, Cerrado, Caatinga, Mata Atlântica, Restinga, Mata de Araucárias e Ecótonos) após 20 anos de ocupação dessa espécie nas Américas. Para isto, serão analisados polimorfismos em um gene nuclear (?-Esterase 6) e um mitocondrial (CO-I) em populações geográficas brasileiras de Z. indianus considerando sua distribuição geográfica e ocorrência em relação a variáveis geoclimáticas. Para tanto, serão realizadas análises multivariadas correlacionando as variáveis genéticas com as geoclimáticas por meio das técnicas de Análise de Network, Landscape Genetic Interpolation (LGI) e Análise de Correspondência Canônica (CCA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Luis Gustavo da Conceição Galego - Integrante / Guilherme Matheus Amaro - Integrante. Número de produções C, T & A: 1
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    2. 2018-Atual. Analise da duplicacao do gene unc-4 em Drosophila e relacao da duplicata Odysseus (OdsH) com o isolamento pos-zigotico entre Drosophila arizonae e D. mojavensis
      Descrição: O gene OdsH foi o primeiro gene de especiação descrito em Drosophila, conhecido por seu papel no isolamento reprodutivo entre as espécies Drosophila simulans e D. mauritiana, por estar relacionado à esterilidade dos machos híbridos. Propõe-se que esse gene tenha se originado a partir de uma duplicação do gene unc-4, no subgênero Sophophora, após sua divergência do subgênero Drosophila. Entretanto, buscas realizadas na plataforma Gene do NCBI indicaram a existência de uma duplicata do unc-4, in tandem, tal como o OdsH, também em algumas espécies do subgênero Drosophila. Frente a essa observação, o presente trabalho tem como objetivo demonstrar que a duplicação citada teria ocorrido anteriormente à divergência Sophophora/Drosophila, datar a ocorrência da duplicação, bem como identificar se a duplicata presente no subgênero Drosophila também desempenha função relacionada ao isolamento reprodutivo, tendo como modelo as espécies D. arizonae e D. mojavensis. Para tanto, serão buscadas sequências homólogas às dos genes unc-4 e OdsH obtidas no banco Gene em genomas disponíveis no banco Genomes do NCBI (subgêneros Drosophila, Sophophora e Dorsilopha, do gênero Drosophila), e em genomas sequenciados pelo nosso grupo de pesquisa (espécies do gênero Zaprionus). Com tais sequências, serão realizadas análises filogenéticas e a datação da duplicação. Para a análise funcional do gene, serão realizados cruzamentos entre D. arizonae e duas linhagens de D. mojavensis, a fim de se obter híbridos, que terão seu fenótipos investigados quanto à motilidade espermática e disgenesia gonadal e fertilidade do macho híbrido, bem como será realizada a quantificação da expressão da duplicata homóloga ao OdsH em testículos das espécies parentais e híbridos, de forma a identificar se a super ou subexpressão do gene está relacionada ao fenótipo de esterilidade dos machos híbridos entre as duas espécies.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Maryanna Cristiano Simão - Integrante / William Vilas Boas - Integrante. Número de produções C, T & A: 1
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    3. 2017-2019. Dinamica evolutiva de elementos de transposicao em Rhodnius robustus
      Descrição: Os elementos de transposição (TEs) representam importantes fontes geradoras de variabilidade genética no genoma, e ondas de expansão neste produzem profundas mudanças no genoma do organismo que as contém. A anotação dos TEs realizado no genoma sequenciado de Rhodnius prolixus mostrou claramente que a superfamília Tc1-mariner sofreu nessa espécie um burst de transposição (FERNANDEZ-MEDINA et al., 2016; MESQUITA et al., 2005) o que poderia estar associada à especialização dessa espécie para o hábitat doméstico. A peculiaridade desse grupo de espécies junto com a peculiaridade dessas sequências no genoma de R. prolixus é uma oportunidade ímpar de estudar a relação dos TEs com o processo de especiação nesse grupo. Algumas questões precisam agora ser respondidas: o burst de transposição dessas sequências nesse genoma ocorreu devido ao estresse genômico enfrentado por essa espécie, durante a especiação? Ou esse burst de transposição ocorreu antes da divergência (nesse caso estarão presentes também em R. robustus) e, sendo essas sequências propulsoras de variabilidade, conferiu alguma vantagem na radiação do táxon e na adoção de novos hábitats em R. prolixus? Essas perguntas poderão ser respondidas com o sequenciamento do genoma de representantes de dois clusters genéticos do complexo R. robustus e anotação de todos seus elementos de transposição, e dentre eles a superfamília Tc1-mariner, que é a proposta deste projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Cristina Vieira - Integrante / MARCELO ROMAN JURADO CASTRO - Integrante / FERNANDO ARAUJO MONTEIRO - Integrante / Clément Goubert - Integrante.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    4. 2017-Atual. A expressao diferencial de genes e elementos de transposicao entre testiculos e ovarios de hibridos de Drosophila mojavensis e D. arizonae esta associada ao isolamento reprodutivo pos-zigotico?
      Descrição: A hibridização é um processo biológico comum em todos organismos. Tal processo, pode resultar estresse genômico, e pode causar diversas modificações genômicas em nível estrutural e funcional, podendo resultar na produção de prole infértil ou inviável. Uma ferramenta interessante para o estudo do estresse genômico decorrente de hibridização interespecífica é a análise de expressão diferencial genes, uma vez que esses podem se apresentar subexpressos ou superexpressos em híbridos devido a mecanismos de incompatibilidade alélica, que podem influenciar os processos de regulação gênica. Diversos estudos analisam e comparam a expressão diferencial entre espécies parentais e seus respectivos híbridos, todavia, aqueles que buscam entender diferenças de expressão entre tecidos específicos, e particularmente em tecidos reprodutivos são escassos. Tecidos reprodutivos podem ser afetados em maior escala pelo estresse genômico da hibridização de modo a exibirem genes diferencialmente expressos, os quais podem ser importantes marcadores de isolamento reprodutivo. Além dos genes, outras sequências genômicas podem apresentar alterações nos níveis de expressão, como os elementos de transposição (TEs), o quais podem influenciar diretamente a expressão gênica, afetando a variabilidade do repertório transcricional e proteico. Assim, genes e TEs que se mostram diferencialmente expressos em gônadas das espécies parentais, bem como em seus híbridos, podem potencialmente estar associados à incompatibilidade alélica que resulta em estresse genômico e isolamento reprodutivo. O presente projeto tem por objetivo analisar o impacto desse tipo de genes e TEs nas espécies D. mojavensis (subespécies: D. m. wrigleyii e D. m. mojavensis) e D. arizonae e seus híbridos. A partir de transcriptomas obtidos por análise de RNA-seq em ovários e testículos das espécies parentais e de híbridos recíprocos entre D. arizonae/D. m. wrigleyii e D.arizonae/ D. m. mojavensis, serão analisados quanto à expressão diferencial genes e TEs nos dois tipos de gônadas. Os resultados poderão contribuir para o entendimento da evolução da variação na expressão genes e de TEs em espécies recentes e potencialmente na evolução do isolamento reprodutivo e, consequentemente, no processo de especiação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Cristina Vieira - Integrante / Rita Rebollo - Integrante / Annabelle Haudry - Integrante.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    5. 2016-Atual. Dinamica e Evolutiva Funcional dos Elementos de Transposicao Dentro e Entre Especies
      Descrição: Este projeto irá estudar a dinâmica funcional e evolutiva dos elementos de transposição (TEs) dentro e entre espécies de drosofilídeos focando dois objetivos principais. O primeiro objetivo, que será explorado em dois subprojetos, visa investigar o impacto do estresse genômico decorrente da hibridação na ativação dos TEs, e se essa ativação pode ser associada ao isolamento reprodutivo pós-zigótico. Para isso serão investigadas duas espécies irmãs (D. mojavensis e D. arizonae) que divergiram recentemente e seus híbridos. No subprojeto ?Anotação e caracterização de elementos de transposição nos genomas de Drosophila mojavensis e D.arizonae?, os TEs das duas espécies serão preditos, anotados e classificados hierarquicamente, e contextualizados de acordo com a proximidade de regiões gênicas, de modo a analisar sua potencial ação na regulação gênica. No subprojeto ?A expressão de elementos de transposição pode ser associada ao isolamento pós-zigótico entre Drosophila mojavensis e D. arizonae??, quatro subespécies de D. mojavensis serão intercruzadas com a espécie D. arizonae a fim analisar parâmetros da história de vida e de esterilidade híbrida, bem como realizar análises de expressão de TEs e de genes específicos (candidatos à especiação) em tecidos germinativos. A segunda questão, que se refere à ocorrência de transferência horizontal (HT) de TEs, será abordada no subprojeto ?Transferência horizontal de elementos de transposição sem-LTRs entre Drosophila e Zaprionus?. Utilizando dois retrotransposons sem LTRs, não são propensos a HTs, será testada a hipótese de que espécies do subgênero Zaprionus e do subgrupo melanogaster de Drosophila, que divergiram concomitantemente na África Tropical, passaram por um período permissivo de transferências horizontais de TEs, o que teria facilitado a troca de desse tipo de retrotransposon.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Cristina Vieira - Integrante / Maryanna Cristiano Simão - Integrante / Annabelle Haudry - Integrante / Thiago Yukio Kikuchi Oliveira - Integrante / Cecília Ártico Banho - Integrante / Edoardo Estevam de Oliveira Lobl - Integrante. Financiador(es): Agence Nationale de la Recherche - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    6. 2013-2017. Mobilomica integrada em Coffea e seu inseto praga mais importante - A Broca-do-Cafe
      Descrição: Elementos de transposição (TEs) são fragmentos de DNA cuja principal característica é de se moverem e se inserirem em praticamente qualquer local do genoma e por essa característica constituem ferramentas moleculares valiosas. Como os TEs estão distribuídos por todo o genoma e em várias cópias, constituem meios poderosos para a análise da diversidade genética, tanto no âmbito intrapopulacional e até mesmo dentro de variedades ou clones. O uso de ferramentas moleculares está se tornando disponível para o gênero Coffea com o desenvolvimento de grandes bases de dados moleculares, com sequenciamento genômico e transcriptômico aos quais temos acesso por meio de nossas colaborações internacionais com pesquisadores do IRD (Institute de Recherche pour Le Developemment, Montpellier, França). Contudo, o uso de ferramentas moleculares para o estudo da broca-do-café não no mesmo nível que sua espécie hospedeira. Dada a importância da broca-do-café, o Centro Nacional de Pesquisa do Café (CENICAFÉ) na Colômbia sequenciou o genoma desse coleóptero e obteve bancos de expressão gênica mediante sequenciamento Sanger, FLX-454 e RNA-Seq. Com o objetivo de desenvolver e aprofundar o conhecimento dessa espécie estabelecemos uma colaboração com pesquisadores do CENICAFE para a anotação dos TEs do genoma desse coleóptero. Neste estudo, os elementos de transposição do genoma e do transcriptoma de espécies do gênero Coffea e da broca-do-café, sua praga mais importante, serão anotados, classificados e caracterizados quanto a sua abundância, frequência, distribuição, variabilidade estrutural e sequências gênicas deles derivadas. A identificação dos padrões de inserção de TEs ativos propiciará a identificação de elementos que possam ser usados como marcadores genéticos para rastreabilidade e definição de genótipos de interesse para serem incluídos em programas de melhoramento (café) ou de controle populacional (broca), bem como de marcadores de resposta ao estresse ambiental. Adicionalmente, o uso de retrotransposons como marcadores moleculares pode permitir a identificação clara dos genitores do híbrido tetraploide C. arabica em termos de espécies parentais e grupos de diversidade permitindo melhores estratégias para o acompanhamento do patrimônio genético de descendentes de cruzamentos entre plantas (rastreabilidade) e para a conservação e manejo de recursos genéticos do café, que são de grande importância por causa das mudanças climáticas e rápida destruição das florestas primárias.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Elaine Silva Dias - Integrante / Alan Andrade - Integrante / Perla Hamon - Integrante / Christine Tranchant - Integrante / Romain Guyot - Integrante / Valerie Poncet - Integrante / Alexandre de Kochko - Integrante / Pablo Benavides - Integrante / Pierre Marraccini - Integrante / Eric Marcelo Hernandez Hernandez - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    7. 2013-2016. Rhodnius prolixus genome: transposable elements
      Descrição: This project consists of a joint effort by many researchers to perform the annotation of transposable elements in the sequenced genome of Rhodnius prolixus. Our part in this project is to annotate TEs Class II (DNA Transposons). Psiblast was used to construct reverse position specific matrices from the deducted coding sequences from transposable elements found in the TEFAM and REPBASE (Jurka et al, 2005) databases. The R. prolixus genome (in pieces of 50 kb containing 10 kb of the previous fragment) was queried against this database using the tool RPSblast (Altschul et al. 1997) with an e-value cutoff of 1e-15. The coordinates of the matches having 800nt were extended by 500nt to include flanking regions. The final file containing the genome scaffold name, plus n1 and n2 extended coordinates was sorted and the coordinates that had overlap were fused. This compacted coordinate table was finally used to retrieve the putative transposable elements as a fastA file. These sequences were mapped to an excel spreadsheet and their coding sequence (CDS) and terminal inverted repeats (TIRs) were retrieved (supplemental excel file). The sequences were trimmed at the TIRs or alternatively, at the CDS when repeats were not found. Finally, the sequences were clustered by 90% identity when their length was within 90% of the larger sequence pair being compared.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Integrante / Claudio Jose Struchiner - Integrante / José Marcos Ribeiro - Coordenador / Adriana Granzotto - Integrante / Rita Daniela Fernandez Medina - Integrante / José Manuel C. Tubío - Integrante / Zhijian Jake Tu - Integrante.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    8. 2013-2016. Elementos de transposicao e evolucao genomica da broca do cafe Hypothenemus hampei (Coleoptera: Scolytinae)
      Descrição: A broca-do-café é o inseto praga mais limitante na produção cafeeira gerando redução na produção e qualidade da bebida. Além de sua importância como praga, apresenta características biológicas especiais para se converter em uma espécie não modelo de interesse. Tem um sistema reprodutivo altamente endogâmico com haplodiploidismo funcional, tem cenários micro-evolutivos de resistência a inseticidas, existem evidências de transferência horizontal de genes com subsequente vantagem adaptativa em um nicho ecológico particular, e evidências de que se pode tratar de um complexo de espécies crípticas. A baixa variabilidade genética poderia indicar uma baixa adaptabilidade e escassez de mecanismos de resposta a medidas inovadoras de controle genético, tomando importância os estudos em genômica para conhecer os determinantes genéticos do comportamento reprodutivo e de sua relação com o gênero Coffea. Os elementos de transposição (TEs) são entidades dinâmicas com efeitos importantes no genoma hospedeiro, desde afetar o tamanho do genoma e ter um papel fundamental na integridade cromossômica, até efeitos sobre a regulação da expressão gênica e diversificação da funcionalidade. Neste estudo, os elementos de transposição do genoma da broca-do-café serão (1) anotados e classificados em classes, ordem, superfamília e família e caracterizados quanto a sua abundância, frequência, distribuição, variabilidade estrutural e sequências deles derivadas no genoma da broca-do-café; e (2) analisados funcionalmente para se identificar elementos ativos ou cassetes de TEs domesticados, bem como, (3) será caracterizada a variabilidade interpopulacional no seu polimorfismo de inserção. A caracterização dos TEs no genoma e os padrões de inserção e deterioração podem ser usados como marcadores genéticos que permitiam elucidar em maior detalhe os níveis de estruturação das populações e redefiní-las como espécie única ou como complexo críptico, e simultaneamente, identificar as sequências endógenas da. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Pablo Benavides - Integrante / Eric Marcelo Hernandez - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    9. 2012-2014. Divergencia interpopulacional e interespecifica e processo seletivo atuante nos genes ortologos a fruitless e Odysseus em Drosophila mojavensis e Drosophila arizonae
      Descrição: O processo de especiação é um dos eventos chave no processo evolutivo. Em organismos sexuados, a especiação ocorre quando uma barreira reprodutiva é estabelecida entre duas populações, impedindo o cruzamento entre elas. Tais barreiras podem ser pré-zigóticas, que limitam o potencial para acasalamentos heteroespecíficos por meio de incompatibilidades ecológicas, comportamentais e mecânicas, ou pószigóticas, nas quais os híbridos heterospecíficos são inviáveis ou apresentam aptidão reduzida. Entretanto, os fatores relacionados a esses processos não estão completamente elucidados, especialmente em relação às alterações genéticas relacionadas ao isolamento pré e pós-zigótico. No presente projeto, propomos sequenciar, avaliar a variabilidade e o processo seletivo atuante em dois genes que podem estar relacionados com isolamento pré (fruitless) e pós zigótico (Odysseus) em duas espécies estreitamente relacionadas do grupo repleta de Drosophila ? D. mojavensis e D. arizonae. Essas espécies apresentam divergência interpopulacional, em nível de subespécies no caso de D. mojavensis, e graus variáveis de isolamento reprodutivo pré e pós-zigótico. A divergência genética entre a sequências desses genes candidatos a ?genes de especiação? será comparada com o grau de isolamento sexual (tempos de pré-cópula e de cópula) e de incompatibilidade híbrida (redução da produtividade), entre as duas espécies, e incipiente entre populações, de forma a se ter melhor compreensão da dinâmica do processo de especiação nessas espécies.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    10. 2011-2016. O papel de retrotransposons ativos na evolucao genomica de Coffea canephora e C. arabica
      Descrição: A biodiversidade mundial está ameaçada em muitas partes do mundo. Na África, rápido desmatamento, mudanças climáticas e a proliferação de novas doenças ameaçam não apenas as plantas no seu habitat natural, mas também aquelas cultivadas. Assim, é necessário dispor de plantas bem conhecidas que podem ser usadas como marcadores para o estudo da evolução dos habitats naturais e, principalmente, que possam ser um reservatório futuro para a melhoria da planta. O gênero Coffea pode ser considerado como tal planta modelo. Apenas duas espécies, das mais de cem que constituem o gênero Coffea, são cultivadas em todas as regiões tropicais do mundo: C. canephora, uma espécie diplóide e auto-incompatível, que prefere ambientes úmidos e várzeas, e C. arabica, a única espécie alotetraplóide do gênero, autofértil e que cresce em regiões mais frias, muitas vezes a altitudes de até 2.000 m. Diversos dados botânicos, genéticos, fisiológicos, bioquímicos e genômicos estão disponíveis. Adicionalmente, os programas de melhoramento genético do cafeeiro sofreram recentemente uma expansão extraordinária, a fim de satisfazer as novas necessidades impostas pelas mudanças climáticas (e tudo o que isso implica: tolerância à seca, resistência a pragas...), por um lado, e a crescente demanda dos consumidores por qualidade, por outro. A condução de tais programas de melhoramento genético implica na utilização de vasto e bem conhecido germoplasma para a realização de cruzamentos propiciem a reunião de genes de interesse provenientes de diferentes parentais. Isso também implica na posse de ferramentas moleculares para a identificação eficiente do germoplasma disponível e para a identificação indiscutível dos clones produzidos. Essa ferramenta está se tornando disponível para o gênero Coffea com o desenvolvimento de grandes bases de dados moleculares. Em particular, a identificação de elementos transponíveis (TEs), incluindo os ativos, é agora possível.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Elaine Silva Dias - Integrante / Alan Andrade - Integrante / Perla Hamon - Integrante / Christine Tranchant - Integrante / Romain Guyot - Integrante / Valerie Poncet - Integrante / Alexandre de Kochko - Integrante / Pierre Marraccini - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação / Fundação Agrópolis - Cooperação. Número de produções C, T & A: 1
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    11. 2011-2015. Diversidade intra e interespecifica e regulacao de elementos transponiveis em especies de Rhodnius e em seus hibridos
      Descrição: Estudos em híbridos e em zonas de hibridização, e análises de introgressão, podem auxiliar a compreensão dos eventos genéticos iniciais no processo de especiação e facilitar o entendimento da evolução dos mecanismos de isolamento. Esses estudos, quando realizados em espécies incipientes, onde a incompatibilidade entre elas é pequena e ainda não fixada, como acontece em Rhodnius prolixus e Rhodnius robustus, podem trazer contribuições importantes sobre os mecanismos genéticos associados à especiação. Dentre as descobertas recentes de fatores relacionados à genética da especiação, destacam-se as explosões de mobilização de elementos de transposição (TEs) detectadas em híbridos de muitas espécies de animais e de vegetais. Neste projeto, propomos realizar análises de dois elementos de transposição (um retrotransposon e um transposon), inicialmente, no genoma sequenciado de R. prolixus, para, posteriormente, estudá-los em diferentes linhagens dessa espécie e de R. robustus, bem como em seus híbridos. A ocorrência dos TEs nas diferentes linhagens será investigada por "Southern Blot", sendo a determinação do número de cópias realizada por Quantificação Absoluta por PCR quantitativa. Na sequência, análises de RTQ-PCR e de Imunoprecipitação da cromatina e PCR quantitativa (CHIP-on-Chip) permitirão avaliar a expressão dos TES selecionados e sua regulação epigenética nas espécies parentais, o que possibilitará comparar esses resultados com aqueles obtidos nos híbridos. Essas comparações permitirão investigar se ocorrem aumento de expressão e/ou de mobilização dos TEs decorrentes da hibridização, como já relatado em outros organismos ou, ao contrário, o estabelecimento de algum processo de regulação, como também já reportado em alguns híbridos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Adriana Granzoto - Integrante / João Aristeu da Rosa - Integrante / José Marcos Ribeiro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    12. 2010-2015. Using Machine Learning Methods for Annotation of Transposable Elements
      Descrição: Transposable Elements (TEs) are DNA sequences that can ?move? to different positions within a genome, in a process named transposition. In this process, TEs can modify or disable the function of a gene and even cause diseases. As some TEs replicate themselves during transposition, they can cause changes in the amount of DNA in the genome. TEs are one of the major components of eukaryotic genomes. They can constitute a small part of a genome (around 10% in the Drosophila melanogaster) or represent a large size of it (around 45% in human and more than 80% in maize). The annotation of TEs is an important step in genome sequencing, assembly, alignment, and annotation. However, this is not a simple task, since it depends on their correct identification and classification. The identification of TEs involves either the TE discovery (which is related to the identification of new TE families) or the TE detection (for the identification of members of known TE families). The classification of TEs involves specifying their taxonomy after identification.Although homology-based methods, which search for similarities among sequences, are widely used for TE identification, they present some limitations, since similar sequences may belong to different families and different sequences may be in the same family. Moreover, the TEs being compared can be similar in sequence regions that are not determinant for the identification of their families. Additionally, the identification of TEs using homology ignores many of the biochemical properties of the sequences. Machine learning methods can be used as an alternative to homology-based methods to identify TEs. Preliminary studies [Cerri et al., 2010] have shown that Machine Learning (ML) techniques can achieve competitive performances in comparison with well known homology methods. Moreover, some ML methods, like rule set and decision tree classification induction methods, are useful to discover interpretable knowledge. Thus, inferences per. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Integrante / Jan Ramon - Coordenador / Celine Vens - Integrante / Carlos Noberto Fisher - Integrante / Adriane Beatriz de Souza Serapião - Integrante. Financiador(es): Catholic University Leuven - Cooperação / Pontificia Universidade Catolica do Chile - Cooperação / Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho - Cooperação.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    13. 2010-2014. Dinamica dos elementos de transposicao e seu impacto sobre a evolucao dos genomas e populacoes de Drosophila
      Descrição: Os elementos de transposição têm uma influência importante para a criação de variabilidade genética necessária à adaptação das populações e evolução das espécies. Esse projeto refere-se ao estudo do impacto dos TEs sobre a evolução dos genomas, das populações e das espécies. O conhecimento dos mecanismos pelos quais os genomas e as populações regulam a atividade de tais elementos é uma questão fundamental da genética de populações e da genômica funcional. Em dois subprojetos, pretendemos investigar a dinâmica de dispersão e atuação dos TEs nos genomas de espécies aparentadas, bem como, em seus híbridos, utilizando como modelo espécies próximas (D. melanogaster e D. simulans; D. mojavensis e D. arizonae) e avaliar a ação nessa dinâmica de fatores intrínsecos aos elementos (sub-classe a que pertencem, proporção total no genoma e número específico de inserções) ou às espécies (tamanho populacional, estado ancestral, ancião ou colonizador das populações amostradas, e hibridização) e ao ambiente (temperatura e hábitats particulares que ocupam). Subprojeto I. ?Dinâmica do elemento de transposição 412 em D. melanogaster e D. simulans?. Objetivos: 1. Reconstruir as relações evolutivas entre as seqüências do elemento 412 a partir das seqüências identificadas nos genomas seqüenciados de D. melanogaster e D. simulans (análise já realizada). 2. Reconstruir as relações evolutivas entre as seqüências dos elementos 412 por meio de análise de Median Joining Network, obtidas pelo seqüenciamento de fragmentos amplificados em duas linhagens ancestrais, duas anciãs e duas invasoras, das duas espécies. 3. Comparar as relações evolutivas entre as seqüências obtidas da análise genômica, das duas espécies, com aquelas obtidas das linhagens naturais, que diferem quanto aos aspectos discriminados na justificativa do projeto; 4. Comparar as relações entre as seqüências dos elementos entre as duas espécies analisadas. Subprojeto II. "Investigação de elementos de transposição em populações de. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Cristina Vieira - Integrante / Elaine Silva Dias - Integrante / Elias Alberto Gutierrez Carnelossi - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    14. 2008-2011. Filogeografia do mutualismo entre a planta Bromelia balansae (Bromeliaceae) e a aranha Psecas chapoda (Salticidae)
      Descrição: A associação específica entre a aranha Psecas chapoda (Salticidae) e a planta Bromelia balansae (Bromeliaceae) representa um dos poucos casos de mutualismo envolvendo aranhas e o primeiro registro sobre mutualismo nutricional entre animais e Bromeliaceae. Embora esta associação aranha-planta se estenda por uma grande área geográfica, ocupando diversos tipos de vegetações de várias regiões do Brasil, Bolívia, Argentina e Paraguai, nada se sabe sobre as origens desta interação mutualística. Neste estudo usaremos métodos moleculares envolvendo fragmentos de DNA mitocondrial, i.e., DNAmt (das aranhas) e de DNA cloroplástico, i.e., DNAcp (das bromélias) para i) examinar a estrutura genética das populações de P. chapoda e das suas plantas hospedeiras, ii) testar se há congruência entre as árvores filogeográficas de P. chapoda e de B. balansae para inferências sobre suas as taxas de migração e iii) testar se as populações de plantas e de aranhas estão separadas geneticamente pela distância geográfica e/ou por alguma outra barreira geográfica (e.g., grandes rios, serras etc.) atual ou que tenha existido no passado. Resultados deste estudo serão os primeiros a reportar co-variação na estrutura genética em relações mutualísticas animais-plantas em regiões Neotropicais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Lilian Ricco Medeiros - Integrante / Gustavo Quevedo Romero - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    15. 2008-2011. Analise da expressao de genes portadores de cassetes de elementos transponiveis e elementos ativos em especies diploides (C. canephora, C. eugenoides, C. racemosa) e poliploide (C. arabica) de Coffea
      Descrição: Mesmo diante do grande interesse econômico sobre a produção cafeeira, havia nenhuma informação disponível na literatura com relação à análise de elementos de transposição (TEs) em espécies de Coffea até a publicação de nossos estudos (LOPES et al., 2008). Adicionalmente, ainda não há na literatura estudos sobre a expressão de genes hospedeiros contendo fragmentos de TEs, nem mesmo cenário geral da expressão de TEs ativos em decorrência da ausência de estudos comparativos em diferentes tecidos e condições de estresse. Além disso, a dinâmica de tolerância ou ativação de TEs em relação as diferenças de ploidia entre espécies parentais e descendentes híbridas ainda não foi abordada em escala genômica. Estas três considerações apontam para a relevância da caracterização da atividade transcricional de TEs e de genes contendo TEs em diferentes tecidos nas três espécies de Coffea (C. arabica, C. canephora e C. racemosa); como também, justificam a análise da ativação da transposição de TEs e do aumento do número de cópias em decorrência da hibridização e poliploidização pela comparação da espécie híbrida poliplóide (C. arabica) com suas parentais diplóides (C. canephora e C. eugenoides). Neste projeto, será caracterizada a expressão de 78 clones de cDNA de TEs ativos e de 169 de genes contendo fragmentos de TEs por meio de análises de macroarranjos em sete tecidos (semente, calos, raiz, caule, folha, flor e fruto), e confirmada a expressão de alguns clones nesses tecidos por meio de PCR quantitativa em Tempo Real. Para a análise de possível ativação de TEs em espécies poliplóides, serão utilizadas as seqüências dos 72 clones de C. arabica como sonda para análise de suas expressões por macroarranjos nos sete tecidos supramencionados nas espécies parentais (C. canephora e C. eugenoides). Os clones com maior e menor expressão nas espécies parentais serão selecionados para realização de Southern blot com o objetivo de avaliar o número de cópias genômicas desses TEs nessas nas tr. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Fabricio Ramon Lopes - Integrante / Alan Andrade - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    16. 2007-2011. Analise de respostas adaptativas associadas a insercoes preferenciais de elementos transponiveis em especies invasoras de drosofilideos expostas a estresse ambiental
      Descrição: A temática deste projeto de pesquisa foca tal questão, com ênfase no estudo da ação de elementos transponíveis no processo de adaptação de espécies colonizadoras a habitats perturbados pela ação antrópica. Dentre as possíveis abordagens para o estudo da origem de adaptações devidas à ação de TEs em insetos hospedeiros pode-se citar: (i) a análise da importância dessas seqüências no fenômeno de resistência a inseticidas e; (ii) o estudo da dinâmica de inserção/excisão em populações colonizadoras. Dentre as numerosas espécies de drosofilídeos introduzidas no Brasil em diferentes períodos destacamos D. melanogaster, D. simulans e D. malerkotliana, espécies do subgênero Sophophora, do gênero Drosophila e Zaprionus indianus. Desse modo, será feita uma busca pelos sítios de inserção de elementos transponíveis e análise da variação de seu número nos genomas de espécies invasoras de modo a propiciar o conhecimento do amplo espectro de alternativas que os insetos possuem e que os habilita a se adaptarem rapidamente a mudanças ambientais. Focalizaremos também nosso estudo nos genes das famílias P450, COE e GST de Drosophila que já foram associados à resistência a inseticidas. A disponibilidade atual das seqüências completas de uma variedade de genomas propicia uma oportunidade sem precedente para acessar mais objetivamente a contribuição de seqüências de elementos de transposição para a função gênica. Em vista disso será realizada também a comparação das regiões flanqueadoras dos genes das famílias CYP, GST e EST em D. melanogaster e D. simulans para avaliar a inserção diferencial de TEs nessas regiões, entre as duas espécies. As seqüências com inserções diferenciais serão estudadas em linhagens resistentes e susceptíveis a inseticidas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Nathalia de Setta - Integrante / Fabricio Ramon Lopes - Integrante / Julcimary Ricci - Integrante / Cristina Vieira - Integrante / Lilian Madi-Ravazzi - Integrante / Adriana Granzoto - Integrante / Elaine Silva Dias - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    17. 2007-2011. A regulacao do elemento transponivel Helena em Drosophila
      Descrição: Um dos grandes desafios da genética molecular de populações atual é compreender, em tempo real, a dinâmica de um genoma. O elemento Helena propicia uma oportunidade única para compreender a dinâmica de aquisição e perda de elementos num genoma, já que em D. melanogaster há uma provável inativação desse retroposon e em D. simulans, uma atividade potencial do elemento. Para compreender o processo dinâmico de aquisição e perda de Helena nos genomas, este trabalho tem os objetivos de analisar a ocorrência do elemento Helena, por Bionformática, no genoma de espécies (D. yakuba, D. erecta, D. ananassae, D. persimilis, D. pseudoobscura, D. mojavensis, D. grimshawi, D. willistoni) e comparar o grau de deterioração dessas sequências nas diferentes espéies, descrever o número de cópias de Helena, a sua localização no genoma e a sua estrutura em populações naturais de D. simulans, populações do subgrupo melanogaster, e de D. virilis por meio de Southern blot e PCR para seqüenciamento; analisar a expressão do elemento nas populações e espécies nas quais se encontram cópias completas, por meio de RT-PCR e Northern blot e testar a atividade da cópia completa de Helena a partir de construções com a região de regulação. Com este tipo de análise comparativa poderemos compreender como o elemento Helena, em particular, e os elementos transponíveis em geral, são adquiridos e perdidos pelas espécies e qual é o seu papel no processo de evolução dos genomas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Cristina Vieira - Integrante / Adriana Granzoto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Université Claude Bernarde Lyon 1 - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    18. 2007-2010. Identificacao e caracterizacao de sequencias homologas ao elemento Mutator no genoma de Trichomonas vaginalis
      Descrição: Elementos transponíveis (TEs) são componentes ubíquos dos genomas de procariotos e eucariotos. Algumas famílias de TEs tem sido encontrados em todos os filos, enquanto outros tem uma distribuição mais restrita, como por exemplo, elementos P de insetos e o sistema Mutator em plantas. Entretanto, foi registrado a identificação de seqüências relacionadas a Mutator em duas espécies de fungo, Fusarium oxysporum e Yarrowia lipolytica, e nas primeiras espécies de protozoários do gênero Entamoeba. Com a disponibilidade do genoma de T. vaginalis, estamos realizando a primeira análise compreensiva de seqüências homólogas a Mutator através de: i) confirmação do perfil Mutator por meio da ocorrência de domínios conservados (MutA e zinc finger) e de suporte filogenético; ii) caracterização quanto à ocorrência das famílias identificadas no genoma de T. vaginalis e de sua distribuição em outros genomas por meio de Southern blot e da possível atividade transcricional por meio de Northern blot. A confirmação da ocorrência e atividade transcricional deste TE terá uma importante implicação no cenário evolutivo do sistema Mutator.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Joana Carneiro da Silva - Integrante / Fabricio Ramon Lopes - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / Gustavo Lacerda - Integrante / Marlene Benchimol - Integrante.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    19. 2006-2008. Analise da ocorrencia de elementos de transposicao em ESTs de tres especies de Coffea geradas pelo projeto Genoma Cafe.
      Descrição: O genoma dos eucariotos contém substancial quantidade de seqüências intrônicas e intergênicas que abriga grande quantidade de elementos de transposição (TEs), seqüências que contribuem substancialmente para a evolução das seqüências codificantes de proteínas. São relativamente escassos os trabalhos que enfatizam o impacto de elementos de transposição em genomas complexos. Existe uma grande concentração de trabalhos em Zea mays e Arabidopsis thaliana, entretanto, para Coffea arabica, que apresenta um genoma mais complexo, não há qualquer tipo de informação com relação a ocorrência de TEs. Esta consideração aponta para a relevância da investigação da participação de TEs na composição e expressão desse genoma complexo. Estamos realizando um screnning completo nas bibliotecas de Coffea geradas pelo projeto Genoma Café para identificar seqüências derivadas de TEs em regiões codificadoras. Além das análises de freqüências de TEs das diferentes classes, nas três espécies de Coffea seqüenciadas (Coffea arabica, Coffea canephora e Coffea racemosa), o principal objetivo será identificar seqüências de TEs dentro de éxons, bem como serão avaliar a preferência ou freqüência de inserções tecido-específicas ou associadas a condições experimentais específicas. Ainda, serão realizadas comparações de retenções preferenciais de partes de TEs em grupos de éxons com funções homólogas nas três espécies.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Fabricio Ramon Lopes - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / Marcelo Falsarella Carazzolle - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    20. 2006-2007. Investigacao de sequencias alteradas por recombinacoes de elementos Alu em tumores de cabeca e pescoco
      Descrição: O Câncer é um grupo de doenças decorrentes de uma proliferação celular descontrolada; trata-se de um processo de múltiplos estágios, cada qual sob a influencia de diversos fatores. Os cânceres, em geral, constituem a segunda maior causa de óbitos no Brasil; os que acometem a região de cabeça e pescoço estão entre o sexto mais comun em todo o mundo, descrevendo-se inúmeras patologias distintas em função da grande diversidade histológica entre os sítios anatômicos que acometem. Estudos sobre tumorigêneses têm demonstrado que o tumor pode ocorrer devido à alterações genéticas específicas. Essas mudanças, como inserção ou deleção de elementos transponíveis (TEs), podem ser utilizadas como marcadores moleculares na detecção precoce do câncer. Os TEs constituem a principal fonte de mutação espontâneas, dentre eles, os elementos Alu., que apresentam impactos substanciais na arquitetura do genoma, e são largamente utilizados em diagnóstico clinico. Assim, pretende-se avaliar a freqüência de alterações genômicas induzidas pela recombinação entre elementos Alu em tumores de cabeça e pescoço, através da amplificação do DNA extraído do tecido, por meio da técnica Alu-PCR, analisado em géis de poliacrilamida corado com nitrato de prata.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Paula Rahal - Integrante / Marina Curado Valsechi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    21. 2006-2006. Analise da infeccao do endoparasita Wolbachia pipientis em Zaprionus indianus
      Descrição: Não há na literatura qualquer referência sobre a ocorrência de Wolbachia em Zaprionus indianus, drosofilídeo detectado em território sul-americano em 1999. Em um estudo piloto realizado em nosso laboratório amplificamos seqüências homólogas a de uma seqüência de inserção presente em Wolbachia em indivíduos de Z. indianus de diversas regiões geográficas. Nosso objetivo é estudar a distribuição dessa infecção em populações de Z. indianus e caracterizar as cepas de Wolbachia que infectam esse drosofilídeo visto que os efeitos da infecção por essa bactéria afetam a biologia e evolução das populações. Esta é uma característica que merece estudo, em especial, pelo fato que essa espécie é uma invasora recente da América do Sul.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Wolfgang Miller - Integrante / Adam Reiad Abbas - Integrante. Financiador(es): Fundação para o Desenvolvimento da UNESP - Auxílio financeiro / Medical University of Vienna - Cooperação.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    22. 2006-2006. Estudo da interacao entre o elemento transponivel P e a infeccao de D. melanogaster pela linhagem wMel de Wolbachia pipientis
      Descrição: A incompatibilidade citoplasmática tem sido proposta como a força diretora para a dispersão de Wolbachia nas populações de insetos, entretanto, essa teoria não explica a invasão de D. melanogaster por Wolbachia devido aos baixos níveis de IC observados em condições de campo e a baixa taxa de transmissão maternal. È intrigante que a recente dispersão de Wolbachia nas linhagens de Drosophila melanogaster apresenta uma similaridade geográfica e temporal com a colonização da espécie pelo elemento transponível P. Esse padrão pode ser puramente casual, contudo, é possível que Wolbachia e o citotipo repressor P possam ter interagido devido à sua herança materna. Esse projeto, que está sendo desenvolvido em colaboração com o Dr. Wolfgang Miller (Medical University of Vienna, Áustria), tem como objetivo geral verificar possíveis efeitos da interação entre os efeitos fenotípicos determinados por Wolbachia wMel e os elementos P em linhagens de D. melanogaster. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Julcimary Ricci - Integrante / Wolfgang Miller - Integrante. Financiador(es): Fundação para o Desenvolvimento da UNESP - Auxílio financeiro / Medical University of Vienna - Cooperação.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    23. 2005-2009. Localizacao genomica de sitios de insercao de elementos transponiveis em especies invasoras de drosofilideos expostas a estresse ambiental
      Descrição: Este projeto fundamenta-se em dois modelos teóricos. O primeiro refere-se à hipótese de que os elementos transponíveis acarretam adaptações ao estresse ambiental a que seus hospedeiros são submetidos. A busca pela localização de TEs que conferem resistência pode propiciar o conhecimento do amplo espectro de alternativas que os insetos possuem para tornarem-se adaptados rapidamente a mudanças ambientais. O segundo fundamenta-se na hipótese que uma mudança de status das espécies (de endêmica para invasora e cosmopolita) pode acarretar o "wake-up" de TEs. Esse projeto visa comparar a dinâmica dos elementos transponíveis nos genomas de três espécies originárias do continente africano (Drosophila melanogaster, D. simulans e Zaprionus indianus) e uma asiática (D. malerkotliana) que invadiram a América do Sul em épocas diferentes e as respostas adaptativas destas espécies associadas aos elementos transponíveis que abrigam.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Lilian Madi Ravazzi - Integrante / Nathalia de Setta - Integrante / Pierre Capy - Integrante. Financiador(es): Centre National de la Recherche Scientifique - Cooperação / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    24. 2005-2009. Estudo Comparativo de Duas Invasoes Biologicas no Brasil
      Descrição: Pouco se conhece sobre os mecanismos genéticos que permitem a uma espécie ser invasora e se adaptar a ambientes diferentes. Os drosofilideos são um modelo ideal para abordar estas questões, em função da diversidade das distribuições geográficas dessas espécies e dos conhecimentos acumulados sobre ecologia e genética que dispomos desse grupo. Esse projeto visa a comparar duas espécies originárias do continente africano que invadiram a América do Sul. Uma é invasora recente, Zaprionus indianus, e a outras colonizadoras mais antigas, Drosophila melanogaster e Drosophila simulans, para as quais já existe uma literatura abundante, tanto no plano ecológico quanto no genético. Um dos objetivos do projeto é ampliar estudos de dispersão de Z. indianus no Brasil e, sobretudo sua eventual diferenciação em raças geográficas e climáticas. Pretendemos também, analisar a variabilidade genética de populações de Z. indianus estabelecidas ao longo do território brasileiro, visando responder a três questões iniciais: Qual a origem provável da população brasileira? Qual a perda de biodiversidade sofrida pela população fundadora do Brasil? Qual a variabilidade genética suficiente para que a espécie se estabeleça em diferentes ambientes? Um segundo objetivo é a avaliação da variabilidade genética já existente na espécie D. simulans que já invadiu o continente Sul Americano há um tempo maior, estando presente em todo a América do Sul. Pretende-se neste estudo contribuir para o entendimento dos mecanismos genéticos e ecológicos associados ao processo de invasão e adaptação a diferentes ambientes. E como um terceiro objetivo, pretendemos verificar se há uma associação entre mudança na dinâmica dos elementos de transposição (número de cópias, localização de cópias e/ou atividade dos elementos de transposição) e alteração no status das espécies (de endêmica para invasora e de invasora para cosmopolita). Será realizado um estudo fundamentado na hipótese de que os elementos transponíveis acarre. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Integrante / ELGION L S Loreto - Coordenador / Vera Lúcia Silva Valente Gayeski - Integrante / Nathalia de Setta - Integrante / Louis Bernard Klazcko - Integrante / Julcimary Ricci - Integrante / Pierre Capy - Integrante / Lilian Madi-Ravazzi - Integrante / Elaine Silva Dias - Integrante / Blanche Christine Pires de Bitner-Mathé Leal - Integrante / Jean David - Integrante / Claude Maisonhaute - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / COFECUB - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    25. 2005-2006. Taxa de dispersao do endoparasita Wolbachia pipientis e incompatibilidade hibrida entre linhagens de Drosophila sturtevanti (grupo saltans, subgenero Sophophora)
      Descrição: Wolbachia pipientis é um parasita intracelular obrigatório, que infecta os tecidos reprodutivos de uma grande diversidade de espécies de invertebrados. Estima-se que 1,5 a 5,0 milhões de insetos sejam infectados com essa bactéria, fazendo dela o parasita mais abundante do planeta. Essa bactéria transmitida por fêmeas infectadas à sua progênie, sendo responsável por alterações reprodutivas em seus hospedeiros, como incompatibilidade citoplasmática (IC) observada em cruzamentos entre diferentes populações de insetos. Wolbachia também é amplamente distribuída em Drosophila, estando presente em grande parte das espécies. Nada se conhece sobre os efeitos de IC no grupo saltans de Drosophila, como também não se conhece a dinâmica da transmissão da bactéria em suas populações infectadas. Este estudo é parte de um projeto mais amplo que está sendo desenvolvido em colaboração com o Dr. Wolfgang Miller (Universidade de Viena, Áustria). Visa verificar os efeitos de uma possível incompatibilidade entre populações de D. sturtevanti (grupo saltans, subgrupo sturtevanti). Os objetivos propostos para este projeto são analisar: (1) a incompatibilidade citoplasmática e os efeitos da infecção por Wolbachia sobre o valor adaptativo em cruzamentos entre linhagens de D. sturtevanti infectadas e não infectadas e (2) a freqüência de transmissão de Wolbachia em populações de D. sturtevanti fundadas com linhagens infectadas e não infectadas e (3) a evolução do grau de incompatibilidade na descendência desses cruzamentos. A importância deste estudo deve-se ao fato que a linhagem de Wolbachia presente em D. sturtevanti possui seqüências wsp substancialmente diferentes daquelas encontradas em D. simulans e D. melanogaster, onde os parâmetros acima foram estudados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Ana Paula Aprígio - Integrante / Wolfgang Miller - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação para o Desenvolvimento da UNESP - Auxílio financeiro.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    26. 2004-2007. Analise da Variacao Populacional de Polimorfismos Aloenzimaticos e sua Adaptabilidade em Zaprionus indianus (Diptera: Drosophilidae)
      Descrição: Zaprionus indianus é um drosofilídeo de origem africana que foi recentemente introduzido no Brasil, no ano de 1999. Desde então, colonizou todo o país, sendo encontrada em praticamente todas as regiões do país, exceto em locais com vegetação nativa preservada. Além disso, Z. indianus foi responsável pela perda de 50% da safra de figo de 1999, sendo considerada uma espécie praga desde então. Considerando esta ampla distribuição deste drosofilídeo, e alta invasibilidade em culturas de frutas, além da escassez de informações a respeito das populações que colonizaram o Brasil, este estudo tem como objetivos ampliar o conhecimento a respeito da variabilidade genética das populações de Zaprionus indianus e determinar a estrutura genética dessas populações, o que contribuirá para a construção de um provável mapa de migração e distribuição desta espécie pelo país, em especial pelo estado de São Paulo. Para tanto, populações geográficas de Zaprionus indianus serão caracterizadas quanto aos sistemas aloenzimáticos EST, IDH, HK, PA e PGM, determinar o nível de endogamia das populações analisadas e calcular as distâncias genéticas e relacioná-las à distância geográfica, determinando, com isto, a provável rota de migração deste drosofilídeo. Além disso, pretende-se avaliar a adaptabilidade do loco EST-3 a partir da dinâmica de dispersão dos alelos Est-31, Est-32, Est-33 e Est-34 em populações experimentais e naturais de Z. indianus, submetidas a tratamento com o inseticida malathion e caracterizar mutantes para genes esterásicos que possam estar relacionados à origem da resistência.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Luis Gustavo da Conceição Galego - Integrante / Julcimary Ricci - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    27. 2004-2007. Identificacao e Caracterizacao de Alteracoes Geneticas em Cancer de Mama
      Descrição: Os elementos transponíveis podem ser ferramentas úteis em análises de alterações genéticas do DNA genômico associadas ao câncer de mama, pois são responsáveis por alterações genéticas e epigenéticas, em virtude de sua capacidade de se propagarem dentro do genoma. A técnica Alu-PCR proposta em 2003 utiliza as repetições terminais do elemento Alu como uma forma de detectar alterações genômicas novas sem o conhecimento das seqüências alteradas. Este trabalho faz parte de um projeto mais geral que está sendo realizado com o objetivo de investigar a ocorrência, freqüência de alterações genéticas e identificar seqüências específicas associadas ao câncer de mama. Pretende-se com este projeto identificar inserções, amplificações e deleções de seqüências gênicas por meio do método Alu-PCR em amostras carcinoma de mama invasivo, comparando os resultados com amostras do tecido normal da borda do tumor e do sangue de cada paciente. Os dados obtidos poderão auxiliar na identificação de genes responsáveis pela progressão do tumor e formação de metástases, como também auxiliar no direcionamento para um tratamento mais adequado para cada paciente.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Ana Cristina Fazza - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    28. 2004-2006. Avaliacao da ocorrencia, diversidade de sequencias e atividade transcricional de elementos transponiveis P nao-canonicos em especies do subgenero Sophophora
      Descrição: Seqüências homólogas ao elemento P têm sido detectadas em quase todas as espécies do grupo saltans, mas pouco se sabe sobre a estrutura molecular das famílias não-canônicas e sobre o estado de atividade da família P como um todo. Alguns trabalhos mostraram que as seqüências P isoladas de espécies do grupo saltans são muito assemelhadas ao elemento P canônico de D. melanogaster e, por isso sugeriu-se que os elementos P canônicos também estivessem ativos neste grupo e as demais subfamílias estivessem inativas. Pouco também se conhece sobre os elementos não-canônicos, tanto quanto sua ocorrência no grupo saltans, como quanto ao seu grau de atividade transcricional. Em face do exposto, com este projeto pretendemos: (1) verificar a ocorrência e caracterizar as seqüências dos elementos P tipo-O em espécies dos diferentes subgrupos do grupo saltans e em diferentes linhagens; (2) avaliar o grau de divergência da subfamília O entre as espécies dos diferentes sub-grupos do grupo saltans por meio do seqüenciamento do exon 2 do elemento, o mais conservado; (3) averiguar se as seqüências P tipo-O são transcricionalmente ativas nas linhagens e espécies do grupo saltans.; (4) detectar a ocorrência dos efeitos fenotípicos da mobilização dos elementos P em cruzamentos entre linhagens de espécies possuidoras de elementos transcricionalmente ativos e (5) avaliar a capacidade de transposição da família P nas espécies do grupo saltans caracterizadas como possuidoras de elementos transcricionalmente ativos. Como tivemos indicação de possíveis seqüências homólogas a P no genoma de D. simulans, de acordo com análises de dot blot realizadas em nosso laboratório, neste projeto temos também como objetivo confirmar ou não a inexistência de elementos P nesta espécie.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Nathalia de Setta - Integrante / Elen Arroyo Peres - Integrante / Fabricio Ramon Lopes - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 4
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    29. 2002-2004. Variabilidade genetica e interacoes competitivas em Zaprionus indianus.
      Descrição: Z. indianus é um um drosofilídeo que invadiu o Brasil recentemente (1999) e tem sido considerado uma importante paraga de cultura de figos. Tendo em vista que para se estabelecerem formas de controle adequadas é de imprescindível importância ter-se um conhecimento detalhado da Biologia da espécie invasora, do grau de variabilidade genética e da estrutura genética de suas populações, bem como as inter-relações da espécie invasora com espécies nativas, este projeto tem os seguintes tem por objetivos quantificar a variabilidade genética de populações meio da análise de variantes eletroforéticas, bem como a evolução destas populações no tempo; caracterizar seus componentes do valor adaptativo e conhecer as interações competitivas desta espécie com as espécies nativas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Luis Gustavo da Conceição Galego - Integrante / Nathalia de Setta - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 5
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    30. 2001-2005. Investigacao de biomarcadores de suscetibilidade e de exposicao ambiental em individuos ocupacionalmente expostos a queima de canaviais
      Descrição: No presente estudo investigou-se as freqüências genotípicas e alélicas dos polimorfismos GSTM1, GSTT1, GSTP1, CYP1A1*2A, *2B e *4 em uma população (n=99) do noroeste do Estado de São Paulo. Para tanto, foram empregadas as técnicas PCR multiplex, PCR-RFLP e PCR-SSCP. Adicionalmente, foi avaliada a atividade mutagênica das amostras de urina de parte dessa população, constituída de cortadores de cana-de-açúcar, comparando-se os períodos da safra, quando os trabalhadores cortam cana queimada (expostos) e entressafra, época do plantio (não expostos). O 1-hidroxipireno urinário (1-OHP) foi usado como marcador de exposição interna a hidrocarbonetos aromáticos policíclicos (PAHs), e a influência dos polimorfismos na excreção desse metabólito foi analisada. Nossos resultados mostraram que as freqüências dos genótipos GSTM1 e GSTT1 nulo foram 34,3 % e 20,2 %, respectivamente. Essas freqüências mostraram-se similares quando comparadas as de outras populações brasileiras. Encontramos uma alta freqüência de heterozigotos para o genótipo GSTP1 e mostramos que essa população não estava em equilíbrio de Hardy-Weinberg. As freqüências alélicas para os polimorfismos CYP1A1*2A, *2B e *4 foram respectivamente 0,23; 0,14 e 0,03. Dentre as 29 amostras de urina dos cortadores de cana-de-açúcar expostos à queima de canaviais oito mostraram-se mutagênicas ou com traços de mutagenicidade e 16 foram tóxicas; no entanto, não foi possível investigar a influência dos polimorfismos em relação a atividade mutagênica da urina devido a alta toxicidade das amostras. Os níveis de 1-OHP urinário foram significantemente maiores (P0,0000) em cortadores de cana expostos que no grupo não exposto e controle. Não houve influência dos polimorfismos na excreção de 1-OHP urinário. Conclui-se que os trabalhadores estão significantemente mais expostos ao PAHs e a compostos genotóxicos no período da safra que na entressafra. Estes resultados reforçam a necessidade desses trabalhadores usarem protetores respiratór. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Integrante / Nívea Dulce Conforti Froes - Coordenador / Rosa Maria do Vale Bosso - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    31. 2001-2004. Ocorrencia, distribuicao genomica e diversidade de sequencias de elementos transponiveis em especies de Drosophila da fauna neotropical.
      Descrição: Este projeto está sendo desenvolvido com os seguintes objetivos: 1. avaliar a ocorrência e a variabilidade de sítios de inserção de diferentes elementos, e de sua integridade, em linhagens e espécies dos grupos saltans e repleta; 2. comparar linhagens antigas e recém-coletadas, quanto aos sítios de inserção e estrutura dos elementos. Esta comparação permitirá avaliar se estes elementos têm mudado diferencialmente ao longo do tempo, nestas espécies; 3. avaliar a possibilidade de ter ocorrido transferência horizontal de elementos pela descontinuidade de ocorrência de elementos nas espécies de cada grupo. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Luciane Madureira de Almeida - Integrante / Juliana Polachini de Castro - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 60
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    32. 2001-2004. Investigacao de sequencias hipermetiladas em cancer de mama.
      Descrição: Este projeto objetiva investigar o estado geral de metilação em câncer de mama utilizando o método de AIMS. Os objetivos específicos são identificar: 1) seqüências gênicas hipermetiladas em neoplasias de mama e compará-las a genes já associados a este tipo de tumor ou a outras neoplasias; 2) novas seqüências hipermetiladas não associados ainda ao câncer de mama, também poderão ser identificadas; 3) variações do estado de metilação em tecido normal, carcinoma in situ e carcinoma invasivo, de modo a relacionar a evolução da metilação à evolução das neoplasias de mama.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Flávia Cal Sabino - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Número de produções C, T & A: 11
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    33. 2001-2004. Distribuicao genomica e relacoes filogeneticas dos elementos transponiveis copia, micropia e minos em especies do grupo repleta de Drosophila
      Descrição: No presente estudo foram investigados a distribuição, o número de inserções genômicas, a divergência de seqüências de DNA, a ocorrência de transferência horizontal e as relações filogenéticas dos elementos transponíveis copia, micropia e Minos em espécies do grupo repleta de Drosophila. Para isso, foram empregadas as técnicas PCR, Southern blot e seqüenciamento. Os resultados mostraram que o elemento transponível micropia é um antigo componente do genoma das espécies do grupo repleta, uma vez que esse é amplamente distribuído e possui baixos números de inserções genômicas. Os elementos copia e Minos, embora apresentem baixo número de inserções, parecem ter sido introduzidos recentemente no genoma dessas espécies. As análises de divergência de seqüências mostraram que as espécies do grupo repleta abrigam duas subfamílias micropia, duas subfamílias Minos e uma subfamília copia, como também que forças seletivas atuam na conservação da região ULR do elemento copia. Análises de associações históricas do elemento copia com as espécies do grupo repleta sugeriram a ocorrência de um evento de transferência horizontal entre D. buzzatii e D. serido para explicar a história evolutiva desse elemento no cluster buzzatii. Por outro lado, análises de divergência de nucleotídeos, de associações históricas e das taxas de substituições em sítios sinônimos dos TEs e do gene Adh das espécies hospedeiras permitiram sugerir que o elemento Minos foi transferido horizontalmente ao longo do tempo evolutivo. Foram identificados cinco possíveis eventos de transferência: entre D. saltans e uma linhagem ancestral dos clusters mulleri e mojavensis e essa linhagem e D. hydei; entre D. mulleri e D. mojavensis, entre D. serido e D. buzzatii e, ainda entre D. emarginata e D. spenceri. Uma hipótese alternativa seria a ocorrência de repetidos eventos de transferência horizontal envolvendo a espécie D. hydei, D. aldrichi, D. saltans e a linhagem ancestral dos clusters mulleri e mojavensis. Essa proposta. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Luciane Madureira de Almeida - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    34. 2000-2003. Reavaliacao da distribuicao, diversidade de sequencias, numero de copias, e atividade transcricional de elementos transponiveis no grupo saltans de Drosophila, com enfase no elemento P
      Descrição: No presente estudo investigou-se a distribuição; diversidade de seqüências; número de cópias; e atividade transcricional de elementos transponíveis no grupo saltans de Drosophila. Para isto, foram empregadas as técnicas de Southern blot, PCR, RT-PCR de tecidos germinativo e somático, e seqüenciamento. Os resultados mostraram que ao contrário do que se pensava, existem seqüências homólogas ao elemento P em todos os subgrupos do grupo saltans, entretanto, apenas as espécies dos subgrupos sturtevanti e saltans parecem possuir cópias potencialmente completas. Elementos P completos foram seqüenciados em D. sturtevanti e em D. prosaltans e a análise filogenética realizada mostrou que estas seqüências pertencem a uma mesma subfamília, para a qual se acreditava existirem poucas seqüências. D. saltans parece ser a única espécie do grupo que ainda apresenta uma seqüência P que pode ser considerada transcricionalmente ativa, e provavelmente transposicionalmente ativa, por possuir transcritos que codificam para a transposase e para a proteína repressora da transposição. A comparação do número de substituições ocorridas ao longo do tempo nas seqüências P transcritas, e em seqüências de Adh, sugere que as seqüências P transcritas em D. saltans e D. prosaltans provavelmente estavam presentes no ancestral do subgrupo saltans; sugere também que a seqüência P transcrita em D. sturtevanti pode ter sido transmitida horizontalmente a partir de D. saltans. Além do estudo do elemento P, outros elementos transponíveis foram avaliados quanto a sua distribuição e o seu número de cópias em espécies do grupo saltans. O elemento mariner não parece ser amplamente distribuído nas espécies do grupo, enquanto que os elementos copia, gypsy, micropia, I, hobo, Minos e Bari-1 estão presentes nas espécies dos cinco subgrupos deste grupo de Drosophila.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Marcia Aparecida Carareto - Coordenador / Juliana Polachini de Castro - Integrante / Nathalia de Setta - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (8)
    1. Orientação de trabalho premiado como Melhor trabalho de Graduação na Área de Evolução - Aluno William Vilas Boas Nunes, XI Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila.. 2019.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    2. Orientação de trabalho premiado como Melhor trabalho de Pós-graduação na Área de Evolução - Aluna Cecília Ártico Banho, XI Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila.. 2019.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    3. Professor Homenageado dos formandos dos Cursos de Licenciatura e de Bacharelado em Ciências Biológicas - turma 2009, IBILCE-UNESP de São José do Rio Preto, SP, .. 2012.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    4. Orientação de Trabalho que recebeu Menção Honrosa no XXI Congresso de Iniciação Científica Unesp, Universidade Estadual Paulista.. 2009.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    5. Orientação de trabalho premiado em 3º Lugar como melhor trabalho científico da área de Biológicas, XXXIV Colóquio de Incentivo à Pesquisa., Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho".. 2007.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    6. Nome de turma dos formandos do Cursos de Bacharelado em Ciências Biológicas - turma 2005, IBILCE-UNESP de São José do Rio Preto, SP.. 2005.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    7. Patronesse dos formandos do Curso de Licenciatura em Ciências Biológicas - turma 2004, IBILCE-UNESP de São José do Rio Preto, SP.. 2004.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.
    8. Nome de turma dos formandos do Curso de Licenciatura em Ciências Biológicas - turma 1997, IBILCE-UNESP de São José do Rio Preto, SP.. 1997.
      Membro: Claudia Marcia Aparecida Carareto.

Participação em eventos

  • Total de participação em eventos (171)
    1. Epigenetics Symposium. 2020. (Simpósio).
    2. GenoBio 20. 2020. (Congresso).
    3. XI Simpósio de Ecologia, Genétuca e Evolução de Drosophila.Could the differential niche occupation explain the Zaprionus indianus adaptative success during bioinvasion across Americas?. 2019. (Simpósio).
    4. II Simpósio de Microbiologia e Biociências.Elementos de transposição: diversidade, evolução, aplicações e impacto nos genomas dos seres vivos. 2018. (Simpósio).
    5. Transposable Elements Meeting_Cold Spring Harbor Laboratory_USA.TRANSPOSABLE ELEMENTS MISEXPRESSION IN GONADS OF HYBRIDS BETWEEN DROSOPHILA MOJAVENSIS AND D. ARIZONAE. 2018. (Encontro).
    6. 2017 Congress of the European Society for Evolutionary Biology. Horizontal transfer of non-LTR transposable elements in Drosophilids. 2017. (Congresso).
    7. X Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila.Evolutionary dynamics of transposable elements within and between species. 2017. (Simpósio).
    8. 62° Brazilian-International Congress of Genetics. LSRA, a new lineage, sister to the rosa DNA transposons, identified in the genome of the coffee berry borer Hypothenemus hampei. 2016. (Congresso).
    9. Ancestor In Our Genome: the new Science of Human Evolution. 2016. (Oficina).
    10. XIX Simpósio de Genética.Evolução de coloração em predadores com estratégia senta-espera. 2016. (Simpósio).
    11. 61° Congresso Brasileiro de Genética. Elementos de transposição: diversidade, evolução, aplicações e impacto nos genomas dos seres vivos. 2015. (Congresso).
    12. Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution. High richness in the dying mobilome of Coffee Berry Borer's genome. 2015. (Congresso).
    13. IX Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila.Regulation of transposable elements and genes in hybrids between Drosophila mojavensis and D. arizonae. 2015. (Simpósio).
    14. The Mobile Genome: Genetic and Physiological Impacts of Transposable Elements. Evolutionary dynamics of LTR-Retrotransposons in the allotetraploid Coffea arabica. 2015. (Congresso).
    15. XVIII Simpósio de Genética. 2015. (Simpósio).
    16. 60° Congresso Brasileiro de Genética. Specific activation of an I-like element in Drosophila interspecific hybrids. 2014. (Congresso).
    17. Desestruturando o Racismo.O que a Genética tem a dizer sobre a existência de raças humanas?. 2014. (Encontro).
    18. Discussão de Livros.O Gene Egoísta. 2014. (Encontro).
    19. II INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON EVOLUTIONARY BIOLOGY. Transposable elements in the highly inbred beetle Hypothenemus hampei. 2014. (Congresso).
    20. Franco-Brazilian workshop on Coffee genomics.Expression effects of transposable elements in Coffea. 2013. (Outra).
    21. Grupo de Estudos e Discussões em Bioética.O ensino da Evolução na Escola e na Universidade. 2013. (Encontro).
    22. XIII Workshop de Genética.Transposable Elements (Transposable Elements and Genome Evolution). 2013. (Outra).
    23. XVIII Congrès National sur les Elements Transposables - CNET 2013. Transposable elements are under control in hybrids between close Drosophila species. 2013. (Congresso).
    24. XXIX Semana da Biologia. 2013. (Outra).
    25. 3rd International Conference/Workshop Genomic Impact of Eukaryotic Transposable Elements. Ancestral polymorphism and re-introduction of transposable elements in Drosophila. 2012. (Congresso).
    26. ICTE 2012 International Congress on Transposable Elements. Drosophilids as a model of recent invasion and ancestral polymorphism of transposable elements. 2012. (Congresso).
    27. IV Forum de Internacionalização da UNESP.Elaboração de propostas da Pró-Reitoria de Pesquisa para internacionalização da pesquisa. 2012. (Outra).
    28. XXIV Congresso de Iniciação Científica da UNESP. Avaliador. 2012. (Congresso).
    29. XXVIII Semana da Biologia. 2012. (Outra).
    30. 25th Annual French Drosophila Conference. 2011. (Encontro).
    31. 30th Annual Meeting of the Willi Henning Society. Phylogeography of Psecas chapoda (Araneae, Salticidae). 2011. (Congresso).
    32. 57° Congresso Brasileiro de Genética. Evolutionary dynamics of Non-LTR retrotransposons, CR1 superfamily, in the genome of the malaria mosquito, Anopheles gambiae. 2011. (Congresso).
    33. XIV Simpósio de Genética.Aspectos Evolutivos em Artrópodos - O papel dos elementos de transposição no compartilhamento de variabilidade genética entre espécies. 2011. (Simpósio).
    34. XVIIème Congrès National sur les Èléments Transposable. 2011. (Congresso).
    35. XXII Congresso de Iniciação Científica da UNESP - 2011. Membro do Comitê Científico PIBIC/PIBITI/UNESP. 2011. (Congresso).
    36. XXIII Congresso de Iniciação Científica da UNESP. Comitê Institucional PIBIC/PIBIT/UNESP. 2011. (Congresso).
    37. XXVII Semana da Biologia.Elementos Transponíveis: DNA lixo, agentes de instabilidade genômica ou facilitadores da evolução?. 2011. (Outra).
    38. 2nd ASM Conference on Mobile DNA.RNA surveillance in action: low protein coding potential of exonized transposable elements can be understood in the light of nonsense-mediated mRNA decay (NMD). 2010. (Outra).
    39. 56° Congresso Brasileiro de Genética. Dinâmica evolutiva do elemento de transposição Helena: identificação e atividade in vitro do promotor de Drosophila simulans e Drosophila mojavensis. 2010. (Congresso).
    40. SMBE 2010 - Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution.Copia retrotransposon in the Zaprionus genus: another case of transposable element sharing with the Drosophila melanogaster subgroup. 2010. (Encontro).
    41. XIII Simpósio de Genética.Epigenética. 2010. (Simpósio).
    42. 13th Evolutionary Biology Meeting.The evolutionary dynamics of the Helena retrotransposon revealed by sequenced Drosophila genomes. 2009. (Encontro).
    43. 55° Congresso Brasileiro de Genética. Occurrence of transposable elements in flanking regions of Cyp genes in six species of the Drosophila melanogaster group. 2009. (Congresso).
    44. GDRE - RA Comparative Genomics. 2009. (Encontro).
    45. III Ciclo de Palestras em Genética e Biotecnologia da Universidade Federal de Juiz de Fora.O papel dos transposons na evolução genômica. 2009. (Seminário).
    46. III Jornada de Ciências Biológicas."Charles Darwin - 200 anos: da Origem das Espécies à Biologia Moderna". 2009. (Outra).
    47. Semana da Evolução.Evolução da Espécie Humana. 2009. (Outra).
    48. VI Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila. 2009. (Simpósio).
    49. Workshop "Os elementos de transposição como agentes de diversidade".Dinâmica evolutiva dos elementos de transposição dentro e entre espécies. 2009. (Simpósio).
    50. XXV Semana da Biologia.?Lamarck e Darwin: da Filosofia Zoológica à Origem das Espécies?. 2009. (Outra).
    51. 54º Congresso Brasileiro de Genética. TVMULES, a heterogeneous group of Trichomonas vaginalis Mutator-like elements, are patchily distributed and distinctly active in Trichomonad species. 2008. (Congresso).
    52. 54º Congresso Brasileiro de Genética. ?Processos e Produtos da Evolução Genômica em Eucariotos? - Curso 165. 2008. (Congresso).
    53. 54º Congresso Brasileiro de Genética. 2008. (Congresso).
    54. 54º Congresso Brasileiro de Genética. Genômica comparada e evolutiva. 2008. (Congresso).
    55. 5th International Solanaceae Genome Conference. Transcriptional variability repertories in Coffea focusing on transposable elements. 2008. (Congresso).
    56. GDRE - RA Comparative Genomics.Transposable elements in plant genomes:transcriptional variability repertories of the host using Coffea as a model. 2008. (Encontro).
    57. ICTE 2008 International Congress on Transposable Elements. The role of transposable elements in the origin of protein diversity in flowering plants. 2008. (Congresso).
    58. IPG 2008 (Integrative Post-Genomics) - Lyon's International Multidisciplinary Meeting on Post-Genomics.TvMULEs, Trichomonas vaginalis Mutator-like elements, have been amplified by self-mobilization and recent local duplications. 2008. (Encontro).
    59. Seminário do Grupo de Pesquisa "Centro de Investigação de Microorganismos".Evolução: conceitos fundamentais. 2008. (Seminário).
    60. XXIV Semana da Biologia.Evolucionismo vs Design Inteligente. 2008. (Outra).
    61. XXIV Semana da Biologia. 2008. (Outra).
    62. 1º Simpósio de Inovação Tecnológica da UNESP. 2007. (Simpósio).
    63. 53º Congresso Brasileiro de Genética. Genomic instability mediated by alu retroelements in breast cancer. 2007. (Congresso).
    64. Evolução e Revoluções.O que o genoma revela sobre a origem do homem moderno?. 2007. (Outra).
    65. II Encontro de Pós-Graduação do IBILCE. 2007. (Encontro).
    66. II Encontro de Pós-Graduação do IBILCE.Atendimento das necessidades nacionais e regionais quanto à formação de recursos humanos. 2007. (Encontro).
    67. II Encontro de Pós-graduação do IBILCE-IIEPGI. 2007. (Encontro).
    68. III Curso de Inverno de Genética.Evolução Genomica. 2007. (Outra).
    69. Reunião de trabalho sobre uso de elementos transponíveis para controle genético de doenças transmitidas por vetores.Analysis of transposable elements in genomes, transcriptomes, proteomes and populations. 2007. (Oficina).
    70. V Simpósio de Biologia Animal.Incongruências entre reconstruções filogenéticas baseadas em dados morfológicos e moleculares: o caso do gênero Zaprionus. 2007. (Simpósio).
    71. V Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila.Structural variability and evolution of copia regulatory sequences in the Zaprionus genus. 2007. (Simpósio).
    72. V Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila.Ação dos elementos móveis nos genomas. 2007. (Simpósio).
    73. XIX CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UNESP - CIC. Comitê Científico do PIBIC. 2007. (Congresso).
    74. X Simpósio de Genética da UNESP de São José do Rio Preto.Moderadora da mesa-redonda Biotecnologia Vegetal. 2007. (Simpósio).
    75. X Simpósio de Genética da UNESP de São José do Rio Preto.Abertura Oficial do X Congresso de Genética. 2007. (Simpósio).
    76. 1st International Conference/Workshop Genomic Impact of Eukaryotic Transposable Elements.1st International Conference/Workshop Genomic Impact of Eukaryotic Transposable Elements. 2006. (Encontro).
    77. 52° Congresso Brasileiro de Genética e 12° Congresso Latino Americano de Genética. Transferência Genética Horizontal. 2006. (Congresso).
    78. 52° Congresso Brasileiro de Genética e 12° Congresso Latino Americano de Genética. Transferência horizontal de elementos transponíveis em Drosophila: o estado-da-arte. 2006. (Congresso).
    79. First Meeting of Groupement de Recherche Européen - Arc Rhône Alpin. 2006. (Encontro).
    80. IPG06 Integrative Post-Genomics.Exaptation of transposable elements forms new complete exons in bovine genes. 2006. (Encontro).
    81. Réunion du Groupement de Recherche Européen -Transposable Elements. 2006. (Encontro).
    82. Seminaire du Departement de Génétique et Génomique Évolutives.Exaptation of transposable elements forms new complete exons in bovine genes. 2006. (Seminário).
    83. Seminaire du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - Université Lyon 1.The effects of transposable elements in genes of resistance to insecticides in Drosophila. 2006. (Seminário).
    84. Seminários Temáticos em Genética do Programa de Pós-Graduação em Genética do IBILCE-UNESP.Transferência horizontal de elementos transponíveis em Drosophila. 2006. (Outra).
    85. XXII Semana da Biologia do IBILCE-UNESP.Teoria Sintética da Evolução. 2006. (Outra).
    86. IV Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila.Transposons da família P no grupo saltans de Drosophila: o estado da arte.. 2005. (Simpósio).
    87. IV Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila.IV Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila. 2005. (Simpósio).
    88. Pré Simpósio de Genética.Curso Pré VII Simpósio de Genética. 2005. (Simpósio).
    89. Semana da Consciência Negra.Existem raças na espécie humana?. 2005. (Outra).
    90. Seminaire chez Laboratoire, Populations, Génétique et Evolution.Studies on transposable elements in the saltans group of Drosophila. 2005. (Encontro).
    91. VIII Simpósio de Genética.Mitos e Fatos sobre a origem da vida. 2005. (Simpósio).
    92. VIII Simpósio de Genética.VIII Simpósio de Genética do IBILCE-UNESP. 2005. (Simpósio).
    93. 50° Congresso Brasileiro de Genética. 50° Congresso Brasileiro de Genética. 2004. (Congresso).
    94. II Simpósio de Biologia Animal.Diferentes visões sobre o conceito de espécie. 2004. (Simpósio).
    95. VI I Simpósio de Genética do IBILCE-UNESP.O que os seres vivos atuais nos informam sobre a origem da vida?. 2004. (Simpósio).
    96. XX Semana da Biologia.Diferentes visões sobre o conceito de espécie: genética e evolução. 2004. (Outra).
    97. XXXI Colóquio de Incentivo à Pesquisa.A Influência da Religião na Ciência na Evolução da Ciência. 2004. (Outra).
    98. 49° Congresso Brasileiro de Genética. 49° Congresso Brasileiro de Genética. 2003. (Congresso).
    99. III Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila.III Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila. 2003. (Simpósio).
    100. II Semana da Biologia da UNORP.Criação e Evolução. 2003. (Outra).
    101. 48.º Congresso Nacional de Genética. 48.º Congresso Nacional de Genética. 2002. (Congresso).
    102. 5ª Semana da Biologia da UNIRP.O Genoma Dinâmico. 2002. (Outra).
    103. I Encontro de Pós-Graduação do IBILCE-UNESP.Extinção do Mestrado: vantagens e desvantagens. 2002. (Encontro).
    104. III International Congress of Oncology and Immune-Biomodulation. Impressão Genética e Câncer. 2002. (Congresso).
    105. III International Congress of Oncology and Immune-Biomodulation. Papel dos transposons na carcinogênese não-hereditária. 2002. (Congresso).
    106. IV Semana da Biologia da FAIJales.O Genoma Dinâmico. 2002. (Outra).
    107. V Simpósio de Genética.V Simpósio de Genética. 2002. (Simpósio).
    108. XVIII Semana da Biologia.XVIII Semana da Biologia. 2002. (Outra).
    109. 17th European Drosophila Research Conference.17th European Drosophila Research Conference. 2001. (Seminário).
    110. 47º Congresso Nacional de Genética. 47.º Congresso Nacional de Genética. 2001. (Congresso).
    111. II Simpósio de Ecologia Genética e Evolução de Drosophila.II Simpósio de Ecologia Genética e Evolução de Drosophila. 2001. (Simpósio).
    112. 46° Congresso Nacional de Genética. 46° Congresso Nacional de Genética. 2000. (Congresso).
    113. Seminários do Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos.Pesquisa em Genética. 2000. (Seminário).
    114. 45° Congresso Nacional de Genética. 45° Congresso Nacional de Genética. 1999. (Congresso).
    115. 45° Congresso Nacional de Genética. Distribuição do Sistema P em Populações Brasileiras de Drosophila melanogaster. 1999. (Congresso).
    116. II Semana de Ciências da FAFIA.Ciência e Tecnologia. 1999. (Outra).
    117. Seminários do PET em Biologia do IBILCE-UNESP.Ciência e Tecnologia. 1999. (Seminário).
    118. 44° Congresso Nacional de Genética. Polimorfismo de inversões e valor adaptativo em Drosophila melanogaster. 1998. (Congresso).
    119. III Congresso Aberto aos Estudantes de Biologia. Transferência Gênica Horizontal. 1998. (Congresso).
    120. VII Semana Interna de Prevenção de Acidentes do Trabalho, IBILCE-UNESP.A Importância da CIPA. 1998. (Outra).
    121. VII Semana Interna de Prevenção de Acidentes do Trabalho do IBILCE-UNESP.A Importância da CIPA. 1998. (Encontro).
    122. XIV Semana da Biologia do IBILCE-UNESP.XIV Semana da Biologia, IBILCE-UNESP, São José do Rio Preto, SP, de 25 a 29 de maio de 1998. 1998. (Outra).
    123. XVI Encontro Anual de Etologia.XVI Encontro Anual de Etologia, IBILCE, UNESP de São José do Rio Preto, no período de 30.10 a 02.11.1998.. 1998. (Encontro).
    124. 24° Colóquio de Incentivo à Pesquisa, IBILCE-UNESP.24° Colóquio de Incentivo à Pesquisa, IBILCE-UNESP. 1997. (Outra).
    125. 43° Congresso Nacional de Genética. 43° Congresso Nacional de Genética. 1997. (Congresso).
    126. I Simpósio de Segurança em Laboratório do IBILCE-UNESP.Lixo Tóxico e Biológico. 1997. (Simpósio).
    127. Seminários do Curso de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular da UFRGS.Adaptatividade de variantes moleculares. 1997. (Outra).
    128. Simpósio de Genética Comemorativo dos 40 Anos do Curso de Ciências Biológicos - IBILCE-UNESP.Simpósio de Genética Comemorativo dos 40 Anos do Curso de Ciências Biológicas - IBILCE/UNESP, promovido pelo Curso de Pós-graduação em Genética da UNESP de São José do Rio Preto, nos dias 20 e 21.1.1997.. 1997. (Simpósio).
    129. XIII Semana da Biologia do IBILCE-UNESP.XIII Semana da Biologia, IBILCE-UNESP, São José do Rio Preto, SP, de 19 a 23 de maio de 1997.. 1997. (Outra).
    130. 41a. Reunião Anual da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria.41a. Reunião Anual da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria (RBRAS), IBILCE-UNESP, São José do Rio Preto, SP, de 23 e 24 de maio de 1996.. 1996. (Outra).
    131. 42o. Congresso Nacional de Genética. 42o. Congresso Nacional de Genética. 1996. (Congresso).
    132. Tópicos Especiais em Biologia Celular do Curso de Pós-Graduação em Biologia Celular da UNICAMP.Elementos Transponíveis em Drosophila. 1996. (Seminário).
    133. VIII Congresso de Iniciação Científica da UNESP. Presidente de Comissão de Pesquisa. 1996. (Congresso).
    134. VI Reunião Científica de Genética e Citogenética de Insetos do IBILCE-UNESP.Utilização de elementos transponíveis na introdução de genes em populações de insetos. 1996. (Outra).
    135. XII SEmana da Biologia do IBILCE-UNESP.XII Semana da Biologia, IBILCE-UNESP, São José do Rio Preto, SP, de 27 a 31 de maio de 1996. 1996. (Outra).
    136. 1° Seminário de Pós-Graduação e Pesquisa da UNESP.1° Seminário de Pós-graduação e Pesquisa da UNESP,São Paulo, SP, nos dia 6 e 7 de novembro de 1995.. 1995. (Seminário).
    137. 41° Congresso Nacional de Genética. 41° Congresso Nacional de Genética. 1995. (Congresso).
    138. Presidente de Comissão de Pesquisa. VII Congresso de Iniciação Científica da UNESP,Guaratinguetá, SP, no período de 21 a 23 de novembro de 1995. 1995. (Congresso).
    139. Seminários do Curso de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular da UFRGS.Transpososn em Drosophila melanogaster. 1995. (Seminário).
    140. Seminar of Department of Ecology and Evolutionary Biology - University of Arizona.A possible effect of heterosis on the spread of loaded P elements in experimental cage populations of Drosophila melanogaster. 1995. (Seminário).
    141. Seminar of the Department of Ecology and Evolutionary Biology - University of Arizona.Investigating the feasibility of using a P elements as driver of a neutral gene marker in experimental cage populations of Drosophila melanogaster. 1995. (Outra).
    142. 21° Colóquio de Incentico à Pesquisa do IBILCE-UNESP.21° Colóquio de Incentico à Pesquisa do IBILCE-UNESP. 1994. (Outra).
    143. 20° Colóquio de Incentivo à Pesquisa.20° Colóquio de Incentivo à Pesquisa, IBILCE-UNESP, São José do Rio Preto, SP, de 16 a 20 de agosto de 1993.. 1993. (Outra).
    144. 39° Congresso Nacional de Genética. Caracteres reprodutivos de quatro espécies de Crotalaria. 1993. (Congresso).
    145. III Simpósio de Pesquisa e Pós-Graduação da UNESP.III Simpósio de Pesquisa e Pós-graduação em Ciências Biológicas da UNESP, realizado em Atibaia, SP, no período de 25 a 27 de outubro de 1993.. 1993. (Simpósio).
    146. II Semana Interna de Prevenção de Acidentes do Trabalho. 1993. (Outra).
    147. IV Congresso de Iniciação Científica da UNESP. Apinhamento e esforço reprodutivo em Megaselia scalaris. 1993. (Congresso).
    148. IX Semana de Biologia.IX Semana da Biologia, IBILCE-UNESP, São José do Rio Preto, SP, de 24 a 28.5.93.. 1993. (Outra).
    149. 19° Colóquio de Incentivo à Pesquisa.19° Colóquio de Incentivo à Pesquisa. 1992. (Outra).
    150. 38° Congresso Nacional de Genética. 38° Congresso Nacional de Genética. 1992. (Congresso).
    151. 44a Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência. Quantificação do Valor Adaptativo. 1992. (Congresso).
    152. IV Congresso de Iniciação Científica da UNESP. A Produção Científica na UNESP. 1992. (Congresso).
    153. VIII Semana de Biologia. 1992. (Outra).
    154. VIII Semana de Prevenção de Acidentes e I Semana Interna de Prevenção de Acidentes do Trabalho, IBILCE-UNESP.Os Objetivos da CIPA. 1992. (Outra).
    155. 18° Colóquio de Incentivo à Pesquisa.18° Colóquio de Incentivo à Pesquisa, realizado no IBILCE-UNESP, São José do Rio Preto, SP, de 19 a 23.8.1991. 1991. (Outra).
    156. 37° Congresso Nacional de Genética. 37° Congresso Nacional de Genética. 1991. (Congresso).
    157. Ciclo de Palestras sobre Evolução do IBILCE-UNESP.Natura non facit saltum. 1991. (Outra).
    158. II Simpósio de Pós-graduação e Pesquisa em Ciências Biológicas. 1991. (Simpósio).
    159. VII Semana de Biologia do IBILCE-UNESP. 1991. (Outra).
    160. 17° Colóquio de Incentivo à Pesquisa.17° Colóquio de Incentivo à Pesquisa. 1990. (Outra).
    161. 16° Colóquio de Incentivo à Pesquisa.16° Colóquio de Incentivo à Pesquisa. 1989. (Outra).
    162. 15° Colóquio de Incentivo à Pesquisa.15° Colóquio de Incentivo à Pesquisa. 1988. (Outra).
    163. Seminários do Departamento de Geociências do IBILCE-UNESP.Pontualismo e Evolução da Vida. 1988. (Seminário).
    164. Seminários do Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas do IBILCE-UNESP.Ritmos biológicos em Drosophila: emergência, atividade sexual e movimentação circadiana. 1988. (Seminário).
    165. 14° Colóquio de Incentivo à Pesquisa.14° Colóquio de Incentivo à Pesquisa. 1987. (Outra).
    166. 5° Encontro dos Geneticistas Paulistas.5° Encontro dos Geneticistas Paulistas. 1987. (Encontro).
    167. Seminários do Departamento de Biologia, UBILCE-UNESP.A situação atual do paradigma sintético da Evolução. 1987. (Seminário).
    168. 13° Colóquio de Incentivo à Pesquisa.13° Colóquio de Incentivo à Pesquisa. 1986. (Outra).
    169. Seminários do Departamento de Biologia.Mecanismos de Isolamento Reprodutivo. 1986. (Seminário).
    170. Seminários do Departamento de Biologia.Crescimento Populacional. 1985. (Seminário).
    171. Seminários do Departamento de Biologia do IBILCE-UNESP.Depoimento de Experiência Profissional. 1982. (Seminário).

Organização de eventos

  • Total de organização de eventos (18)
    1. CARARETO, C. M. A.; KUHN, G. C. E. S. ; CARVALHO, B. ; VALENTE, VLS ; LORETO, E. L. S. ; RHODE, C. ; LEAL, B. C. P. B.. Comissão Científica do XI Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila. 2019. Outro
    2. CARARETO, C. M. A.; DOMINGOS, C. R. B. ; PEREIRA, A. V. ; RAMIRES, B. ; RIBEIRO, C. ; CASTRO, G. S. ; TAMBONES, I. ; MORENO, J. ; COMNINOS, L. F. ; FRANCISQUETTI, M. ; LIMA, M. F. ; SANTOS, M. R. ; TOLEDO, N. ; VILAS BOAS, W.. Simpósio Evolução Cultural. 2015. Outro
    3. CARARETO, C. M. A.. Minicurso Papel da Proteína pró-apoptotica BOK no Desenvolvimento de Neoplasias. 2014. (Outro).. . 0.
    4. CARARETO, C. M. A.; KOCHKO, A.. Franco-Brazilian workshop on Coffee genomics. 2013. Outro
    5. CARARETO, C. M. A.; DIAS, F. ; REGHINI, M. ; PELISON, R. ; GOULART, R. ; VOLPIAN, D. ; PITTON, T. ; KOBAL, R.. I Workshop de Bioantropologia. 2012. Outro
    6. CARARETO, C. M. A.; DIAS, E. S.. Workshop "Os elementos transponíveis com agentes de diversidade". 2009. Outro
    7. GIANINI, M. J. S. M. ; SILVA, E. A. ; CARARETO, C. M. A.. Comissão Organizadora do XXI CIC da UNESP. 2009. Congresso
    8. CARARETO, C. M. A.; DOMINGOS, C. R. B. ; SETTA, N. ; LOPES, F. R.. X Simpósio de Genética da UNESP de São José do Rio Preto. 2007. Outro
    9. CARARETO, C. M. A.; BARROS, L. M. ; OLIANI, S. M. ; ITOYAMA, M. M.. 1° Seminário de Pesquisa do IBILCE. 2006. Outro
    10. CARARETO, C. M. A.; DOMINGOS, C. R. B.. Dias de Mobilização DST/HIV/AIDS/ALCOOL/FUMO. 2003. Outro
    11. CARARETO, C. M. A.. Simpósio Genética de Insetos. 2003. (Outro).. . 0.
    12. CARARETO, C. M. A.; GALEGO, L. G. C.. I Encontro de Pós-Graduação da UNESP. 2002. Outro
    13. CARARETO, C. M. A.. IV Simpósio de Genética. 2000. (Outro).. . 0.
    14. CARARETO, C. M. A.; SILVA, A. E. ; CASTRO, J. P. ; Torres, F.R. III Simpósio de Genética. 1999. Outro
    15. SILVA, A. E. ; CARARETO, C. M. A. ; GASPAR, J. O.. II Simpósio de Genética. 1998. Outro
    16. CARARETO, C. M. A.; SANTOS, J. R.. II SIPAT - Semana Interna de Prevenção de Acidentes. 1993. Outro
    17. CARARETO, C. M. A.; SANTOS, J. R.. VIII Semana de Prevenção de Acidentes e I Semana Interna de Prevenção de Acidentes. 1992. Outro
    18. CARARETO, C. M. A.; GAYESKI, V. L. S. V. ; SENE, F. M.. Simpósio Processo Evolutivo:Homenagem a Celso Abbade Mourão. 1992. Outro

Lista de colaborações

  • Colaborações endôgenas (5)
    • Claudia Marcia Aparecida Carareto ⇔ Paula Rahal (14.0)
      1. JARDIM, ANA CG ; Bittar, Cíntia ; MATOS, RENATA PA ; YAMASAKI, LÍLIAN HT ; SILVA, RAFAEL A ; PINHO, JOÃO RR ; FACHINI, ROBERTA M ; Carareto, Claudia MA ; DE CARVALHO-MELLO, ISABEL MVG ; Rahal, Paula. Analysis of HCV quasispecies dynamic under selective pressure of combined therapy. BMC Infectious Diseases (Online). v. 13, p. 61-18, issn: 1471-2334, 2013.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
      2. Bittar, Cíntia ; Jardim, Ana Carolina Gomes ; YAMASAKI, LILIAN HIROMI TOMONARI ; Carareto, Claudia Márcia Aparecida ; PINHO, João Renato Rebello ; LEMEY, PHILIPPE ; DE CARVALHO-MELLO, ISABEL MARIA VICENTE GUEDES ; Rahal, Paula. On Hepatitis C Virus Evolution: The Interaction between Virus and Host towards Treatment Outcome. Plos One. v. 8, p. e62393, issn: 1932-6203, 2013.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
      3. GARDINASSI, LUIZ ; SIMAS, PAULO ; GOMES, DERIANE ; BONFIM, CAROLINE ; NOGUEIRA, FELIPE ; GARCIA, GUSTAVO ; CARARETO, CLAUDIA ; Rahal, Paula ; SOUZA, FÁTIMA. Diversity and Adaptation of Human Respiratory Syncytial Virus Genotypes Circulating in Two Distinct Communities: Public Hospital and Day Care Center. Viruses. v. 4, p. 2432-2447, issn: 1999-4915, 2012.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
      4. Bittar, Cintia ; Jardim, Ana Carolina G ; Yamasaki, Lilian H T ; de Queiroz, Artur T L ; CARARETO, C. M. A. ; Pinho, Joao Renato R ; de Carvalho-Mello, Isabel Maria V G ; Rahal, Paula. Genetic diversity of NS5A protein from Hepatitis C Virus genotype 3a and its relationship to therapy response .(in Press). BMC Infectious Diseases (Online). v. 10, p. 1-9, issn: 1471-2334, 2010.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
      5. Jardim, Ana Carolina G ; Bittar, Cintia ; MATOS, R. P. A. ; PROVAZZIA, P. J. ; YAMASAKI L.H.T. ; SILVA R ; Pinho, Joao Renato R ; CARARETO, C. M. A. ; MELLO, I.M.V.C. ; RAHAL, P.. Quasispecies Variability in NS5A Region of Hepatitis C Virus Genotype 1 and Therapy Response. Em: 18th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, 2011, Seattle. Proceedings of the 18th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, v. 1, p. 107-107, 2011.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
      6. JARDIM, A. C. G. ; BITTAR, C ; MATOS, R. P. A. ; YAMASAKI, L. H. T. ; SILVA, R. ; BONFIM, C. M. ; PINHO, Joao Renato Rebello ; CARARETO, C. M. A. ; MELLO, I. M. ; RAHAL, P.. Variability of Hepatitis C Vírus Genotype 1 and Therapy Outcome. Em: XXII Encontro Nacional de Virologia VI Encontro de Virologia do Mercosul, 2011, Atibaia-SP. Vírus Reviews and Research (XXII National Meeting of Virology VI Mercosur Meeting of Virology), v. 16, p. 15-15, 2011.
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      7. BITTAR, C ; JARDIM, A. C. G. ; PROVAZZI, Paola Jocela S ; Yamasaki, L.H.T. ; CARARETO, C. M. A. ; PINHO, J. R. R. ; MELLO, I. M. ; RAHAL, P.. Evolution of NS5A Genetic Variability Before, During, and after Treatment in Patients Infected with Hepatitis C Virus Genotype 3a. Em: 18th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, 2011, Seattle. Proceedings of the 18th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, v. 1, p. 263-263, 2011.
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      8. BITTAR, Cintia ; JARDIM, A. C. G. ; YAMASAKI, L. H. T. ; QUEIROZ, A. T. L. ; CARARETO, C. M. A. ; PINHO, J. R. R. ; RAHAL, P.. Quasiespecies Composition from Hepatitis C Virus NS5A Protein in Non-Responder and End-Of Treatment Responder Patients. Em: International Theoretical Course, Viral Hepatitis and the Human Host, 2010, São Paulo. Revista do instituto de Medicina Tropical de São Paulo( Journal of the São Paulo Institute of Tropical Medicine, v. 52, p. 12-12, 2010.
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      9. BITTAR, Cintia ; JARDIM, A. C. G. ; YAMASAKI, L. H. T. ; QUEIROZ, A. T. L. ; CARARETO, C. M. A. ; PINHO, J. R. R. ; MELLO, I. M. ; RAHAL, P.. Analysis of The Genetic Variability of NS5A Region From Hepatitis C Virus Genotype 3a. Em: 13th International Symposium on Viral Hepatitis and Liver Disease, 2009, Washington. Proceedings of the 13th International Symposium on Viral Hepatitis and Liver Disease, p. 65-65, 2009.
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      10. JARDIM, A. C. G. ; BITTAR, Cintia ; YAMASAKI, L. H. T. ; QUEIROZ, A. T. L. ; CARARETO, C. M. A. ; PINHO, J. R. R. ; MELLO, I. M. ; RAHAL, P.. Dinamic of Quasiespecies in Patients Infected Whit Hepatitis C Virus Genotupe 1 Before and After Treatment With Peg-Interferon and Ribavirin. Em: 16 International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, 2009, Nice, França. Proceedings of the 16 International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, p. 271-271, 2009.
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      11. JARDIM, A. C. G. ; YAMASAKI, L. H. T. ; QUEIROZ, A. T. L. ; BITTAR, Cintia ; PINHO, Joao Renato Rebello ; CARARETO, C. M. A. ; RAHAL, P. ; MELLO, I. M.. Pre-Treatment Genetic Variability of NS5A Region on Patients Infected with HCV Genotype 1. Em: The 59th Annual Meeting of the American Association for the Study of Liver Diseases, 2008, San Francisco. Hepatology- Official Journal of the American Association for teh Study of Liver Diseases, v. 48, p. 529A-530A, 2008.
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      12. VALSECHI, M. C. ; RAHAL, P. ; CARARETO, C. M. A.. Investigação de Alterações Estruturais Mediadas por Recombinações de Elementos Alu em Tumores de Cabeça e Pescoço. Em: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia. Resumos do 53º Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto: SBG, v. CDROM, p. 131-131, 2007.
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      13. RAHAL, P. ; ESTÉCIO, M. R. H. ; CARARETO, C. M. A. ; ROMEIRO, J. G. ; PROVAZZI, P. J. S. ; SICHERI, L. ; BARBOSA, A. C. C. ; VILLA, L. L. ; Tajara EH. Aberrant hypomethilation of Line-1 transposable element in cervical cancer cell lines HPV-infected. Em: 12th National Meeting of Virology and 4th Mercosul Meeting of Virology (25-28/11/2001, Caldas Novas, GO), 2001, Caldas Novas, Go. Journal of the Brazilian Society for Virology, v. v1, p. 155-155, 2001.
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    • Claudia Marcia Aparecida Carareto ⇔ Eloiza Helena Tajara da Silva (7.0)
      1. FAZZA, A. C. ; SABINO, F. C. ; SETTA, N. ; BORDIN, N. A. ; SILVA, E. H. T. ; CARARETO, C. M. A.. Estimating genomic instability mediated by Alu retroelements in breast cancer. Genetics and Molecular Biology (Impresso). v. 32, p. 25-31, issn: 1415-4757, 2009.
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      2. ESTÉCIO, M. R. H. ; YOUSSEF, E. M. ; CARARETO, C. M. A. ; RAHAL, P. ; GOIS FILHO, J. P. ; FUKUYAMA, E. E. ; VALENTIM, P. J. ; MANIGLIA, J. V. ; ISSA, J. ; SILVA, E. H. T.. Identificação de um novo marcador em tumores de cabeça e pescoço utilizando o métido de PCR sensível à metilação. Em: 49° Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia. Genetics and Molecular Biology - cd room. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, p. 1050-1050, 2003.
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      3. SABINO, F. C. ; ESTÉCIO, M. R. H. ; BORDIN, N. A. ; SILVA, E. H. T. ; CURY, Patricia Maluf ; CARARETO, C. M. A.. Investigação do estado de metilação do elemento transponível Line-1 em câncer de mama. Em: 48º Congresso Nacional de Genética, Águas de Lindóia, SP., 2002, Águas de Lidóia, SP. Genetics and Molecular Biology. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, v. 1, p. GH233-GH233, 2002.
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      4. RAHAL, P. ; ESTÉCIO, M. R. H. ; CARARETO, C. M. A. ; ROMEIRO, J. G. ; PROVAZZI, P. J. S. ; SICHERI, L. ; BARBOSA, A. C. C. ; VILLA, L. L. ; Tajara EH. Aberrant hypomethilation of Line-1 transposable element in cervical cancer cell lines HPV-infected. Em: 12th National Meeting of Virology and 4th Mercosul Meeting of Virology (25-28/11/2001, Caldas Novas, GO), 2001, Caldas Novas, Go. Journal of the Brazilian Society for Virology, v. v1, p. 155-155, 2001.
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      5. RAHAL, P ; ESTÉCIO, M. R. H. ; CARARETO, C. M. A. ; ROMEIRO, J. ; PROVAZZI, P. ; SICHERO, L. ; BARBOSA, A. C. C. ; VILLA, L. L. ; SILVA, E. H. T.. Aberrant hypomethylation of Line-1 transposable element in cervical cancer cell lines HPV-infected. Em: XII Encontro Nacional de Virologia e 40 Encontro de Virologia do Mercosul, 2001, Caldas Novas. Reviews & Research, v. 6, p. 134-134, 2001.
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      6. SILVA, E. H. T. ; SILVEIRA, E. L. V. ; MANZATO, A. J. ; PATERNIANI, E. ; AMARAL, M. E. J. ; KOBAYASHI, M. K. H. ; CARARETO, C. M. A. ; VASQUES, L. R.. Alimentos Transgênicos: uma pesquisa de opinião. Em: 45º CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 1999, Gramado, RS. Genetics and Molecular Biology. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, v. 22, p. 803, 1999.
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      7. SILVA, A. E. ; CARARETO, C. M. A. ; OLIVEIRA, M. T. V. A. ; SILVA, E. H. T. ; GASPAR, J. O. ; VERSUTE, E. M. ; FROES, N. D. C.. Curso de extensão: Tópicos atuais de citogenética e biologia molecular. 1997. Curso de curta duração ministrado/Extensão
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    • Claudia Marcia Aparecida Carareto ⇔ Debora Aparecida Pires de Campos Zuccari (4.0)
      1. GELALETI, G. ; GRANZOTTO, A. ; LEONEL, C. ; JARDIM, B. V. ; MOSCHETTA, M. G. ; Claudia M.A. Carareto ; ZUCCARI, D. A. P. C.. Short interspersed CAN SINE elements as prognostic markers in canine mammary neoplasia. Oncology Reports. v. 31, p. 435-441, issn: 1021-335X, 2014.
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      2. GELALETI, G. ; Granzotto, Adriana ; CARARETO, C. M. A. ; OLIVEIRA, J. G. ; LEONEL, C. ; JARDIM, B.V. ; MOSCHETTA, M. G. ; FERREIRA, L. C. ; ZUCCARI, D. A. P. C.. Caracterização de elementos curtos intercalados (CAN SINE) como marcadores prognósticos em neoplasias mamárias caninas. Em: XV Encontro Nacional de Patologia Veterinária - ENAPAVE, 2011, Goiânia, GO. Anais do XV Encontro Nacional de Patologia Veterinária - ENAPAVE, 2011.
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      3. GELALETI, G. B. ; GRANZOTTO, A. ; CARARETO, C. M. A. ; OLIVEIRA, J. G. ; LEONEL, C. ; JARDIM, B. V. ; MOSCHETTA, M. G. ; FERREIRA, L. C. ; ZUCCARI, D. A. P. C.. Potencial tumor markers in serum of female dogs with mammary neoplasia. Em: Advances in Breast Cancer Research: Genetics, Biology and Clinical Applications, 2011, San Francisco. Program and Proceeding of Advances in Breast Cancer Research, p. 85-85, 2011.
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      4. GELALETI, G. ; GRANZOTTO, A. ; CARARETO, C. M. A. ; LEONEL, C. ; JARDIM, B. V. ; MOSCHETTA, M. G. ; FERREIRA, L. C. ; OLIVEIRA, J. G. ; ZUCCARI, D. A. P. C.. Expression of the serum CAN SINEs sequences as a prognostic marker in canine mammary cancer. Em: AACR-NCI-EORTC International Conference Molecular Targets and Cancer Therapeutics, 2011, San Francisco. Proceedings of the AACR-NCI-EORTC International Conference Molecular Targets and Cancer Therapeutics, p. 271-272, 2011.
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    • Claudia Marcia Aparecida Carareto ⇔ Luisa Lina Villa (1.0)
      1. RAHAL, P. ; ESTÉCIO, M. R. H. ; CARARETO, C. M. A. ; ROMEIRO, J. G. ; PROVAZZI, P. J. S. ; SICHERI, L. ; BARBOSA, A. C. C. ; VILLA, L. L. ; Tajara EH. Aberrant hypomethilation of Line-1 transposable element in cervical cancer cell lines HPV-infected. Em: 12th National Meeting of Virology and 4th Mercosul Meeting of Virology (25-28/11/2001, Caldas Novas, GO), 2001, Caldas Novas, Go. Journal of the Brazilian Society for Virology, v. v1, p. 155-155, 2001.
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    • Claudia Marcia Aparecida Carareto ⇔ Laura Sichero (1.0)
      1. RAHAL, P. ; ESTÉCIO, M. R. H. ; CARARETO, C. M. A. ; ROMEIRO, J. G. ; PROVAZZI, P. J. S. ; SICHERI, L. ; BARBOSA, A. C. C. ; VILLA, L. L. ; Tajara EH. Aberrant hypomethilation of Line-1 transposable element in cervical cancer cell lines HPV-infected. Em: 12th National Meeting of Virology and 4th Mercosul Meeting of Virology (25-28/11/2001, Caldas Novas, GO), 2001, Caldas Novas, Go. Journal of the Brazilian Society for Virology, v. v1, p. 155-155, 2001.
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Data de processamento: 04/07/2022 08:03:42