Especialistas Seniores em Covid-19 com atuação no Brasil

Raquel Cardoso de Melo Minardi

possui doutorado em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais (2008) e graduação em Ciência da Computação pela mesma instituição (2004). Realizou seu pós-doutorado no Comissariat à l'Energie Atomique et aux Énergies Alternatives / CEA na França (2008/2009). Atualmente é Professora Classe D Nível 02 (antigo Associado 2) da Universidade Federal de Minas Gerais no Departamento de Ciência da Computação. É membro afiliado da Academia Brasileira de Ciências (2019-2023). Atua como docente permanente no Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (nível 7 da CAPES) e no Programa de Pós-Graduação em Bioinformática (nível 7 da CAPES). É sub-coordenadora do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG. Seus principais interesses de pesquisa são em Bioinformática e Biologia Computacional e em Visualização de Dados. (Texto informado pelo autor)

https://lattes.cnpq.br/9274887847308980 (11/06/2021)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq: Nível 2

Período de análise:

Endereço: Universidade Federal de Minas Gerais, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação. Av. Antônio Carlos, 6.627 - Prédio do ICEx - Anexo U - Sala 7340 Pampulha 31270010 - Belo Horizonte, MG - Brasil Telefone: (31) 34095860 Ramal: 5886 Fax: (31) 34095860 URL da Homepage: www.dcc.ufmg.br/~raquelcm

Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Área: Ciência da Computação

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (29)
1. MARTINS, PEDRO M. ; SANTOS, LUCIANNA H. ; MARIANO, DIEGO ; QUEIROZ, FELIPPE C. ; BASTOS, LUANA L. ; GOMES, ISABELA DE S. ; FISCHER, PEDRO H. C. ; ROCHA, RAFAEL E. O. ; SILVEIRA, SABRINA A. ; DE LIMA, LEONARDO H. F. ; DE MAGALHÃES, MARIANA T. Q. ; OLIVEIRA, MARIA G. A. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.. Propedia: a database for protein-peptide identification based on a hybrid clustering algorithm. BMC BIOINFORMATICS. v. 22, p. 1-20, issn: 1471-2105, 2021.
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2. RIBEIRO, VAGNER S. ; SANTANA, CHARLES A. ; FASSIO, ALEXANDRE V. ; CERQUEIRA, FABIO R. ; da Silveira, Carlos H. ; ROMANELLI, JOÃO P. R. ; PATARROYO-VARGAS, ADRIANA ; OLIVEIRA, MARIA G. A. ; GONÇALVES-ALMEIDA, VALDETE ; IZIDORO, SANDRO C. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. ; SILVEIRA, SABRINA DE A.. visGReMLIN: graph mining-based detection and visualization of conserved motifs at 3D protein-ligand interface at the atomic level. BMC BIOINFORMATICS. v. 21, p. 80-92, issn: 1471-2105, 2020.
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3. MARIANO, DIEGO ; PANTUZA, NAIARA ; SANTOS, LUCIANNA H. ; ROCHA, RAFAEL E. O. ; DE LIMA, LEONARDO H. F. ; BLEICHER, LUCAS ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL CARDOSO. Glutant?ase: a database for improving the rational design of glucose-tolerant ?-glucosidases. BMC Molecular and Cell Biology. v. 21, p. 1-15, issn: 2661-8850, 2020.
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4. DE LIMA, LEONARDO HENRIQUE FRANCA ; FERNANDEZ-QUINTÉRO, MONICA ; ROCHA, RAFAEL EDUARDO OLIVEIRA ; MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL CARDOSO ; LIEDL, KLAUS ROMAN. Conformational flexibility correlates with glucose tolerance for point mutations in ?-glucosidases - A computational study. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS. v. 1, p. 1-20, issn: 0739-1102, 2020.
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5. BARROSO, JOSÉ RENATO M. S. ; MARIANO, D. C. B. ; DIAS, SANDRO R. ; ROCHA, RAFAEL E. O. ; SANTOS, LUCIANNA H. ; NAGEM, RONALDO A. P. ; MELO, R. C.. Proteus: An algorithm for proposing stabilizing mutation pairs based on interactions observed in known protein 3D structures. BMC BIOINFORMATICS. v. 21, p. 275, issn: 1471-2105, 2020.
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6. SILVA, MARCOS F.M. ; MARTINS, PEDRO M. ; MARIANO, DIEGO C.B. ; SANTOS, LUCIANNA HELENE ; PASTORINI, ISABELA ; PANTUZA, NAIARA ; NOBRE, CRISTIANE N. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.. Proteingo: Motivation, user experience, and learning of molecular interactions in biological complexes. ENTERTAINMENT COMPUTING. v. 29, p. 31-42, issn: 1875-9521, 2019.
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7. MARIANO, DIEGO ; SANTOS, LUCIANNA ; MACHADO, KARINA ; WERHLI, ADRIANO ; DE LIMA, LEONARDO ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL. A Computational Method to Propose Mutations in Enzymes Based on Structural Signature Variation (SSV). INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. v. 20, p. 333, issn: 1422-0067, 2019.
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8. MARIANO, DIEGO ; MARTINS, PEDRO ; HELENE SANTOS, LUCIANNA ; DE MELO-'MINARDI, RAQUEL CARDOSO. Introducing Programming Skills for Life Science Students. BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY EDUCATION. v. 47, p. 1-8, issn: 1470-8175, 2019.
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9. COSTA, LEON SULFIERRY CORRÊA ; MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA ; ROCHA, RAFAEL EDUARDO OLIVEIRA ; KRAML, JOHANNES ; SILVEIRA, CARLOS HENRIQUE DA ; LIEDL, KLAUS ROMAN ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL CARDOSO ; LIMA, LEONARDO HENRIQUE FRANCA DE. Molecular Dynamics Gives New Insights into the Glucose Tolerance and Inhibition Mechanisms on ?-Glucosidases. MOLECULES. v. 24, p. 3215, issn: 1420-3049, 2019.
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11. SOARDI, FERNANDA C. ; MACHADO-SILVA, ALICE ; LINHARES, NATÁLIA D. ; ZHENG, GE ; QU, QIANHUI ; PENA, HELOÍSA B. ; MARTINS, THAÍS M. M. ; VIEIRA, HELAINE G. S. ; PEREIRA, NÚBIA B. ; MELO-MINARDI, RAQUEL C. ; GOMES, CAROLINA C. ; GOMEZ, RICARDO S. ; GOMES, DAWIDSON A. ; Pires, Douglas E. V. ; ASCHER, DAVID B. ; YU, HONGTAO ; PENA, SÉRGIO D. J.. Familial STAG2 germline mutation defines a new human cohesinopathy. npj Genomic Medicine. v. 2, p. 1-11, issn: 2056-7944, 2017.
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12. MARIANO, D.C.B. ; LEITE, C. ; SANTOS, L.H.S. ; MARINS, L.F. ; MACHADO, K.S. ; WERHLI, A.V. ; LIMA, L.H.F. ; DE MELO-MINARDI, R.C.. Characterization of glucose-tolerant ?-glucosidases used in biofuel production under the bioinformatics perspective: a systematic review. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH. v. 16, p. gmr16039740, issn: 1676-5680, 2017.
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13. FASSIO, ALEXANDRE V. ; MARTINS, PEDRO M. ; GUIMARÃES, SAMUEL DA S. ; JUNIOR, SÓCRATES S. A. ; RIBEIRO, VAGNER S. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. ; SILVEIRA, SABRINA DE A.. Vermont: a multi-perspective visual interactive platform for mutational analysis. BMC BIOINFORMATICS. v. 18, p. 51-79, issn: 1471-2105, 2017.
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14. BOARI DE LIMA, ELISA ; Meira, Wagner ; MELO-MINARDI, RAQUEL CARDOSO DE. Isofunctional Protein Subfamily Detection Using Data Integration and Spectral Clustering. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY (ONLINE). v. 12, p. e1005001, issn: 1553-7358, 2016.
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17. SILVEIRA, SABRINA A ; FASSIO, ALEXANDRE V ; GONÇALVES-ALMEIDA, VALDETE M ; DE LIMA, ELISA B ; BARCELOS, YUSSIF T ; ABURJAILE, FLÁVIA F ; RODRIGUES, LAERTE M ; MEIRA JR, WAGNER ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. VERMONT: Visualizing mutations and their effects on protein physicochemical and topological property conservation. BMC Proceedings. v. 8, p. S4, issn: 1753-6561, 2014.
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19. PIRES, D. E. V. ; DE MELO-MINARDI, R. C. ; da Silveira, C. H. ; CAMPOS, F. F. ; Meira, W.. aCSM: noise-free graph-based signatures to large-scale receptor-based ligand prediction. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 29, p. 855-861, issn: 1367-4803, 2013.
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20. Bastard, Karine ; SMITH, ADAM ALEXANDER THIL ; VERGNE-VAXELAIRE, CARINE ; PERRET, ALAIN ; ZAPARUCHA, ANNE ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL ; MARIAGE, ALINE ; BOUTARD, MAGALI ; DEBARD, ADRIEN ; LECHAPLAIS, CHRISTOPHE ; PELLE, CHRISTINE ; PELLOUIN, VIRGINIE ; PERCHAT, NADIA ; PETIT, JEAN-LOUIS ; Kreimeyer, Annett ; MEDIGUE, CLAUDINE ; Weissenbach, Jean ; ARTIGUENAVE, FRANÇOIS ; DE BERARDINIS, VÉRONIQUE ; VALLENET, DAVID ; Salanoubat, Marcel. Revealing the hidden functional diversity of an enzyme family. Nature Chemical Biology. v. 10, p. 42-49, issn: 1552-4450, 2013.
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22. PIRES, D. E. V. ; TOTTI, L. ; MOREIRA, R. ; FAZZION, E. C. ; FONSECA, O. ; MEIRA JR, W. ; MELO, R. C. ; GUEDES NETO, D. O.. FPCluster: An Efficient Out-of-core Clustering Strategy without a Similarity Metric. Journal of Information and Data Management - JIDM. v. 3, p. 132, issn: 2178-7107, 2012.
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29. EHRLICH, D Antolin, M ARTIGUENAVE, F. Metagenomics of the intestinal microbiota: potential applications. Gastroentérologie Clinique et Biologique. v. 34, p. S23-S28, issn: 0399-8320, 2010.
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Livros publicados/organizados ou edições (3)
1. MARIANO, D. C. B. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.. Introdução à Programação Web para Bioinformática: HTML, CSS, PHP & JavaScript. 1 ed. 2017. p. 410.
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2. MARIANO, D. C. B. ; DE MELO-MINARDI, R. C.. Introdução à Programação para Bioinformática com Perl. 1 ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2016. .
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3. MARIANO, D. C. B. ; BARROSO, J. R. P. M. ; CORREIA, T. S. ; DE MELO-MINARDI, R. C.. Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython. 1 ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2015. .
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Capítulos de livros publicados (1)
1. MELO-MINARDI, R. C. Visualização de dados usando Processing. Primeira Escola de. 1ed.Belo Horizonte. Em: . : Instituto de Ciências Exatas, UFMG. 2012.v. 1, p. 55-88.
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Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (25)
1. SANTANA, C. A. ; SILVEIRA, S. A. ; MORAES, J. P. A. ; IZIDORO, SANDRO C. ; DE MELO-MINARDI, R. C. ; RIBEIRO, A. J. M. ; TYZACK, J. D. ; BORKAKOTI, N. ; THORNTON, J. M.. GRaSP: a graph-based residue neighborhood strategy to predict binding sites. Em: 19th European Conference on Computational Biology, 2020.
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2. VILLELA, MARIA LÚCIA BENTO ; FERREIRA, LIDIA SILVA ; BARROS, DIEGO AUGUSTO DE FARIA ; PRATES, RAQUEL OLIVEIRA ; MINARDI, RAQUEL CARDOSO DE MELO. PryMeVis: Uma ferramenta para Modelagem de Design de Privacidade. Em: XIII Simpósio Brasileiro de Sistemas Colaborativos, p. 16, 2016.
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3. MARIANO, DIEGO C.B. ; FERREIRA, M. ; SOUZA, B. ; SANTOS, LUCIANNA HELENE ; DE MELO MINARDI, RAQUEL C.. A brief history of Bioinformatics told by data visualization. Em: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2020.
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4. CAMPELO, J. A. G. ; MONTEIRO, C. R. ; SILVEIRA, C. H. ; SILVEIRA, S. A. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.. Protein structural signatures revisited: geometric linearity of main chains are more relevant to classification performance than packing of residues. Em: 7th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, v. 11465, p. 391-402, 2019.
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5. FASSIO, A. V. ; SANTANA, C. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; SILVEIRA, C. H. ; ROMANELLI, J. P. R. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. ; SILVEIRA, S. A.. visGReMLIN: an interactive strategy to visualize common subgraphs in protein-ligand interaction. Em: International Work Conference on Bioinformatics and Biomedical Enginnering, 2018.
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6. FASSIO, A. V. ; SANTANA, CHARLES A. ; CERQUEIRA, FABIO R. ; SILVEIRA, C. H. ; ROMANELLI, JOÃO P. R. ; DE MELO-MINARDI, R. C. ; SILVEIRA, S. A.. An Interactive Strategy to Visualize Common Subgraphs in Protein-Ligand Interaction. Em: 6th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, v. 10813, 2018.
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7. MARTINS, PEDRO M. ; MAYRINK, VINÍCIUS D. ; DE A. SILVEIRA, SABRINA ; da Silveira, Carlos H. ; DE LIMA, LEONARDO H. F. ; DE MELO- MINARDI, RAQUEL C.. How to compute protein residue contacts more accurately?. Em: the 33rd Annual ACM Symposium, p. 60, 2018.
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8. FRANCISCANI, GERALDO RIBEIRO ; SANTOS, RODRYGO ; BOAVENTURA, MICHEL ; BERNARDINA, PEDRO DALLA ; Meira, Wagner ; DE MELO MINARDI, RAQUEL CARDOSO. Experimental Evaluation of Crowdsourcing on the Characterization of Data Visualization Techniques. Em: 2017 Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS), p. 432-432, 2017.
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9. MEDINA G., SUSANA ; FASSIO, ALEXANDRE VICTOR ; SILVEIRA, SABRINA DE A ; da Silveira, Carlos H. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.. CALI: A Novel Visual Model for Frequent Pattern Mining in Protein-Ligand Graphs. Em: 2017 IEEE 17th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), p. 352, 2017.
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10. MARTINS, P. M. ; MAYRINK, V. ; SILVEIRA, S. A. ; SILVEIRA, C. H. ; LIMA, L. H. F. ; MELO, R. C.. How to more accurately compute protein residue contacts?. Em: ACM Symposium on Applied Computing - TRACK ON BIOINFORMATICS (BIO), 2018.
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11. SEN, SAGAR ; RIBEIRO, MANOEL HORTA ; DE MELO MINARDI, RAQUEL C. ; Meira, Wagner ; NYGARD, MARI. Portinari: A Data Exploration Tool to Personalize Cervical Cancer Screening. Em: 2017 IEEE/ACM 39th International Conference on Software Engineering (ICSE), p. 37, 2017.
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12. CONSTANTINO, KATTIANA ; FIGUEIREDO, EDUARDO ; CARNEIRO, GLAUCO ; MINARDI, RAQUEL. Multiple View Interactive Environment to Analyze Software Product Line Tools. Em: XII Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação, p. 240, 2016.
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13. ARAUJO, MATHEUS LIMA DINIZ ; NASCIMENTO, LURO ; RAFAEL, GUSTAVO CAETANO ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL ; BENEVENUTO, FABRÍCIO. Emotional Fingerprint from Authors in Classical Literature. Em: the 22nd Brazilian Symposium, p. 263, 2016.
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14. SANTANA, CHARLES A. ; CERQUEIRA, FABIO R. ; SILVEIRA, CARLOS H. DA ; FASSIO, ALEXANDRE V. ; MELO-MINARDI, RAQUEL C. DE ; SILVEIRA, SABRINA DE A.. GReMLIN: A Graph Mining Strategy to Infer Protein-Ligand Interaction Patterns. Em: 2016 IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), p. 28, 2016.
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16. FRANCISCANI JR., G. ; SANTOS, R. L. T. ; OTTONI, R. ; PESCE, J. P. ; MEIRA JR., W. ; DE MELO-MINARDI, R.C.. An annotation process for data visualization techniques. Em: DATA ANALYTICS 2014, 2014.
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17. FASSIO, A. V. ; SILVEIRA, S. A. ; DE MELO-MINARDI, R.C.. Visual and interactive strategies to reveal patterns of protein-ligand interactions. Em: ISCB-LA X-Meeting 2014, 2014.
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19. RODRIGUES, A. O. ; MEIRA JR., W. ; MELO-MINARDI, R. C.. Como nos Sentimos: Uma Ferramenta de Mineração Visual de Sentimentos no Twitter. Em: II Brazilian Workshop on Social Network Analysis and Mining, 2013.
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20. MELO-MINARDI, R. C.; DIGIAMPIETRI, L. A. ; VAZ DE MELO, P. O. S. ; FRANCISCANI JR., G. ; OLIVEIRA, L. B.. Caracterização dos programas de pós-graduação em Bioinformática no Brasil. Em: II Brazilian Workshop on Social Network Analysis and Mining, 2013.
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21. SILVEIRA, S. A. ; GONCALVES-ALMEIDA, V. M. ; BARCELOS, Y. ; LIMA, E. B. ; ABURJAILE, F. ; RODRIGUES, L. M. ; MEIRA JR., W. ; MELO-MINARDI, R. C.. VERMONT: Visualizing mutations and their effects on protein physicochemical and topological property conservation. Em: IEEE Symposium on Biological Data Visualization, 2013.
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22. SARAIVA, L. A. ; SILVA, R. C. ; CAMPS, I. ; MELO-MINARDI, R. C. ; VELOSO, M. P.. Docking studies of a new series of analgesic and anti-inflamatory compounds (NSAIDs) with cyclooxigenases. Em: International Society for Computational Bioogy - Latin America 2012 Conference on Bioinformatics, 2012.
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23. SILVEIRA, S. A. ; RODRIGUES, A. O. ; SILVEIRA, C. H. ; MELO-MINARDI, R. C. ; MEIRA JR., W.. ADVISe: Visualizing the dynamics of enzyme annotations in UniProt/SwissProt. Em: IEEE Symposium on Biological Data Visualization, 2012.
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25. MELO-MINARDI, R. C.; BASTARD, K. ; ARTIGUENAVE, F.. High performance computing for protein sequence modelling. Em: Congresso da Sociedade Brasileira de Computação - e-Science, 2011.
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Resumos expandidos publicados em anais de congressos (3)
1. NASCIMENTO, FELIPE ; Melo-Minardi, Raquel. Visualização de grandes redes em ambiente web. Em: IV Brazilian Workshop on Social Network Analysis and Mining, 2015.
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2. PIRES, D. E. V. ; TOTTI, L. ; MOREIRA, R. ; FAZZION, E. ; FONSECA, O. ; MEIRA JR., W. ; MELO-MINARDI, R. C. ; GUEDES, D.. Uma estratégia out-of-core de agrupamento eficiente sem medida de similaridade. Em: Simpósio Brasileiro de Bancos de Dados (SBBD), 2011, Florianópolis. Anais do Simpósio Brasileiro de Bancos de Dados, 2011.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
3. DALIP, D.H ; SANTOS, R.L. ; OLIVEIRA, D.R.R. ; AMARAL, V.F. ; GONÇALVES, M.A. ; PRATES, R.O. ; MELO-MINARDI, R. C. ; ALMEIDA, J. M.. A tool to support users´ assessment of the quality of wikipedia articles. Em: ACM/IEEE Joint Conference on Digital Libraries, 2011, Ottawa. Proceedings of the ACM/IEEE Joint Conference on Digital Libraries, 2011.
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Resumos publicados em anais de congressos (3)
1. BARROS, D. A. F. ; PRATES, R. O. ; DE MELO-MINARDI, R. C.. Uma investigação sobre as técnicas de visualização de informação quantitativas e qualitativas. Em: XIII Simpósio Brasileiro Sobre Fatores Humanos em Sistemas Computacionais, 2014, Foz do Iguaçu. Anais do XIII Simpósio Brasileiro Sobre Fatores Humanos em Sistemas Computacionais, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
2. BARCELOS, Y. ; LEITE, L. R. ; ABURJAILE, F. ; OLIVEIRA, S. T. ; MELO-MINARDI, R. C.. Combining traditional and high-density visualizations in a dashboard to network health monitoring. Em: IEEE Visual Analytics Science and Technology, 2012, Seattle. Proceedings of the IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology, 2012.
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3. M. Bellinzoni ; A. Zaparucha ; A. Perret ; Vergne, Carine ; Bastard, Karine ; Berardinis, Veronique ; MELO-MINARDI, R. C. ; Wagner, Tristan ; Kreimeyer, Annett ; ARTIGUENAVE, F. ; Weissenbach, Jean ; Cohen, Georges N. ; Salanoubat, Marcel ; Alzari, Pedro M.. 3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme: a common fold for an uncommon reaction. Em: EMBO Conference Series: Catalytic mechanisms by biological systems: Catalytic mechanisms by biological systems at the interface between chemistry and biology, 2010, Hamburg. EMBO Conference Series: Catalytic mechanisms by biological systems: Catalytic mechanisms by biological systems at the interface between chemistry and biology, 2010.
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Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (7)
1. DE MELO-MINARDI, R. Bioinformática. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
2. DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. Inteligência artificial e bioinformática. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
3. DE MELO-MINARDI, R. Modelos e algoritmos para bIoinformática estrutural de proteínas. 2020. Apresentação de Trabalho/Seminário
4. DE MELO-MINARDI, R. C. Biologia estrutural computacional: algoritmos e aplicações biotecnológicas. 2020. Apresentação de Trabalho/Seminário
5. GOES-NETO, A. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C ; TEIXEIRA, M. ; LOBO, F.. Inteligência artificial. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
6. DE MELO-MINARDI, R.; SILVEIRA, S. A.. Bioinformática como ferramenta no combate à COVID-19. 2020. Apresentação de Trabalho/Seminário
7. DE MELO-MINARDI, R.C. Data visualization. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
Demais tipos de produção bibliográfica (1)
1. DALIP, D.H ; SANTOS, R.L. ; OLIVEIRA, D.R.R. ; AMARAL, V.F. ; GONÇALVES, M.A. ; PRATES, R.O. ; MELO-MINARDI, R. C. ; ALMEIDA, J. M.. GreenWiki - A Tool to Support Users' Assessment of the Quality of Wikipedia Articles. 2011. Poster aceito
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Produção técnica

Programas de computador com registro de patente (0)
Programas de computador sem registro de patente (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (2)
1. MARIANO, D. C. B. ; LEITE, C. ; SANTOS, L. H. ; ROCHA, R. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.. A guide to performing systematic literature reviews in bioinformatics. 2017. Relatório de pesquisa
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2. MELO-MINARDI, R. C.; PIRES, D. E. V. ; SANTORO, M. M. ; MEIRA JR., W.. I Curso de Verão em Bioinformática Estrutural. 2011. Curso de curta duração ministrado/Extensão
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Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. Diego César Batista Mariano. . Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.. Início: 2019.
  Supervisor: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Tese de doutorado (4)
1. Ana Paula de Abreu. Algoritmos para desenho racional e otimização de compostos peptidomimeticos para inibição de potenciais alvos do sars-cov-2. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2020.
  Supervisor: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2. Frederico Chaves Carvalho. Algoritmos de aprendizagem de máquina aplicados à problemas de biologia estrutura computacional. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
3. Geraldo Ribeiro Franciscani Júnior. A definir. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Início: 2018.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
4. Pedro Magalhães Martins. Propedia: uma base de dados de interações proteínas-peptídeos baseada em um algoritmo de agrupamento híbrido. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2015.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Dissertação de mestrado (7)
1. Luana Luiza Bastos. Proposta de modelagem para construção de um site acessível sobre informações em tecnologia em saúde. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
  Orientadores: Raquel Cardoso de Melo Minardi, Percy Nohama.
2. Heloise Bentes Mar. A definir. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
3. Leandro Libório da Silva Matos. Integração de analise metabolomica em leucemica linfocitica cronica utilizando uma abordagem em redes complexas. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Início: 2020.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
4. Letícia Xavier Silva Cantão. Padrões estruturais e dinâmicos em Acetolactato Sintases tolerantes a herbicidas. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
5. Lucas Moraes dos Santos. Algoritmos de aprendizagem de máquina aplicados à problemas de biologia estrutura computacional. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
6. Mateus Gomes Olavo. A definir. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
7. Maria Luísa Costa Pinto. Biblexplorer: uma ferramenta de busca e visualizações de textos da bíblia. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Início: 2018.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (1)
1. Vítor Pimentel. VTR: um algoritmo para casamento geométrico de interações inter-atômicas em proteínas. Iniciação científica (Graduando em Engenharia de Controle e Automação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2019.
  Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (3)
1. Lucianna Helene dos Santos. . Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
  Supervisor: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2. Coorientação de Sabrina Azevedo Silveira. . Universidade Federal de Minas Gerais, . 2014.
  Supervisor: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
3. Coorientação de Valdete Maria Gonçalves Almeida. . Universidade Federal de Minas Gerais, . 2012.
  Supervisor: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Tese de doutorado (8)

Alexandre Victor Fassio. Prioritizing promising compounds In virtual screening campaigns. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientadores: Raquel Cardoso de Melo Minardi, Rafaela Salgado Ferreira.
Diego César Batista Mariano. Uso de assinaturas estruturais para proposta de mutações em enzimas ?-glicosidase usadas na produção de biocombustíveis. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
João Arthur Gadelha Campelo. Um estudo sobre o uso da linearidade geométrica da cadeia principal como uma assinatura estrutural mais conservada que o empacotamento de resíduos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Laerte Mateus Rodrigues. MutaGraph: Ferramenta para predição da alteração na afinidade de complexos proteicos utilizando graph kernel e métricas de redes complexas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Sandro Carvalho Izidoro. Algoritmos genéticos para identificação de sítios ativos em enzimas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . 2015.
Supervisor: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Elisa Boari de Lima. Detecção de subfamília proteínas isofuncionais utilizando integração de dados e agrupamento espectral. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Douglas Eduardo Valente Pires. CSM: uma assinatura para grafos biológicos baseada em padrões de distâncias. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Supervisor: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Valdete Maria Gonçalves de Almeida. HydroPaCe: uma metodologia para análise de inibição cruzada em serino proteases através de centróides de regiões hidrofóbicas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Supervisor: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Dissertação de mestrado (12)

Larissa Fernandes Leijôto. Algoritmo genético multiobjetivo aplicado a identificação de assinaturas estruturais em interfaces de proteínas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Naiara de Almeida Pantuza. GLICOSE INDUZ RESISTÊNCIA À Moniliophthora perniciosa EM Theobroma cacao QUANDO APLICADA VIA SEMINAL. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Santa Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientadores: Raquel Cardoso de Melo Minardi, Carlos Priminho Pirovani.
José Renato Pereira de Moura Barroso. Proteus: Modelos, algoritmos e uma plataforma para suporte a engenharia de proteínas com base em informações de contatos e sua vizinhança. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Marcos Felipe Martins Silva. Gaming and data mining in the learning and evaluation of contacts in biological complexes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Francisco de Assis Sobrinho. Classificação funcional de proteínas utilizando assinaturas estruturais extraídas dos ângulos torsionais da cadeia polipeptídica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Susana Medina Gordillo. CALI: a novel model for visual mining of biological relevant patterns in protein-ligand graphs. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, . 2016.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Wellisson Rodrigo dos Santos Gonçalves. PDBEST - Uma ferramenta de processamento paralelo para aquisição, manipulação, edição e filtragem de arquivos do Protein Data Bank (PDB). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . 2015.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Alexandre Victor Fassio. nAPOLI: Uma ferramenta web para análise de interações proteína-ligante. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Diego Augusto de Faria Barros. UTIL: Uma taxonomia unificada para visualização de informação. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Pedro Magalhães Martins. CAPRI: Uma base de dados para análise comparativa de paradigmas para a prospecção de contatos em interfaces proteína-proteína. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Geraldo Ribeiro Franciscani Júnior. Uma abordagem colaborativa para organização de técnicas de visualização de dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, . 2014.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Elisa Boari de Lima. Utilizando agrupamento com restrições e agrupamento espectral para integração de dados de Enzimas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Supervisor: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (1)

Coorientação da aluna Valéria de Freitas Amaral. Visualização da Informação sobre Aspectos da Comunicação em Espaços Digitais de Interação Social. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, . 2010.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Iniciação científica (3)

Aleksander Luiz Lada Arruda. PDBest: PDB enhaced structure toolkit, uma implementação em QT. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. 2012.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Solange Teixeira Oliveira. Estudando o problema da recomendação automática de visualizações de dados. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. 2012.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Leandro Andrade Couto Fonseca. Um modelo de programação linear para busca de sítios ativos homólogos. (Graduando em Engenharia Elétrica) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2011.
Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (12)

2016-Atual. ThAMES: Modelos, algoritmos e visualizacoes para o estudo de redes biologicas multivariadas dinamicas
Descrição: Bioinformática é uma área essencialmente interdisciplinar e agregadora de conhecimentos da Ciência da Computação, e de diversas áreas na solução de problemas biológicos. Sob a perspectiva de Computação, existem ainda grandes demandas de novos modelos que possibilitem a geração de conhecimento útil para catalizar descobertas e invenções com potencial biotecnológico. Nossa atuação em Bioinformática consiste em trabalhar em diversos cenários biológicos que tratam de problemas em aberto na biologia ou com especial interesse biotecnológico. No presente projeto, temos um grande problema a ser estudado e uma interessante aplicação em um cenário de alta relevância biotecnológica: a engenharia de enzimas do tipo Beta-Glicosidades envolvidas na produção de biocombustíveis de segunda geração. Alguns problemas tem impedido a produção custo-eficiente desses biocombustíveis. Dentre eles, destaca-se a inibição da enzima Beta-Glicosidase por Glicose. Do ponto de vista de Bioinformática, esse projeto consiste então no estudo do impacto de mutações em proteínas para sua engenharia visando resolver o problema acima descrito. É importante destacar que a construção de enzimas mutantes com a eficiência necessária para os requisitos levantados anteriormente é um problema de grande complexidade, uma vez que uma proteína tem centenas de aminoácidos e para cada aminoácido há dezenove mutações possíveis. Dessa forma, fica evidente a necessidade de novos modelos, algoritmos e ferramentas que sejam capazes propor soluções para o problema descrito. A abordagem que aqui propomos consiste na modelagem dessas proteínas como grafos nos quais um nó pode ser um aminoácido (centenas) ou um átomo (milhares) e as arestas descrevem interações químicas entre eles. Essa seria uma rede multivariada e dinâmica, a qual pretendemos analisar através de modelos, algoritmos e visualizações que serão propostas nesse projeto e que podem ser amplamente utilizadas em outros cenários de aplicação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (7) / Doutorado: (6) . Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Carlos Henrique da Silveira - Integrante / Sabrina de Azevedo Silveira - Integrante / Valdete Maria Gonçalves-Almeida - Integrante / Leonardo Henrique França Lima - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2015-2017. Novas visualizacoes interativas e um sistema de recomendacao de visualizacoes
Descrição: Este projeto visa (1) a aplicação de um processo de desenvolvimento de representações visuais interativas para a base de dados do DATAVIVA; 2) o estudo e proposta de métodos de recomendação automática de visualizações no mesmo sistema e (3) o fomento a discussões sobre as visualizações do sistema com um grupo amplo de usuários e desenvolvedores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2014-Atual. Bioinformatica Estrutural de Proteinas: modelos, algoritmos e aplicacoes biotecnologicas
Descrição: Este projeto propõe-se enfrentar dois desafios biotecnológicos de grande relevância nacional. O primeiro envolve a ricina, uma potente fitotoxina encontrada na mamoneira. Co-produtos da produção do óleo de mamona podem conter quantidades letais de ricina. Além do risco de intoxicação animal e humana do bagaço, isso tem dificultado sua reutilização e reciclagem, em especial no semiárido nordestino. A ricina preocupa também pelo seu potencial uso como arma química. Portanto, há forte apelo para se encontrar meios efetivos de neutralizar, inibir e/ou detectar a ricina. O segundo envolve a modelagem de celulases multifuncionais, capazes de degradar eficientemente a lignocelulose, composto base para a produção de biocombustíveis de segunda geração, os quais têm por princípio a utilização de subprodutos de plantas que não podem ser usados na alimentação humana. Ambos desafios exigem uma abordagem multidisciplinar sinérgica entre a modelarem teórica in silico e experimental in vitro. Objetivos: 1) Prever in silico e validar in vitro ligantes de ricina 2) Simular in silico e caracterizar in vitro efeitos causados por intervenções estratégicas em beta-glicosidases modificadas. 3) Projetar, implementar e validar modelos, algoritmos e ferramentas de Quimioinformática e Bioinformática Estrutural de Proteínas que permitam dar suporte aos objetivos biotecnológicos previamente descritos. Espera-se que este projeto possa revelar novas plataformas químicas para o desenvolvimento de inibidores, kits de detecção, biossensores, neutralizadores (substratos suicidas) e outros produtos de inovação biotecnológica baseados na ricina, com potencial para alavancar o agronegócio da mamona e a indústria nacional de fármacos. Espera-se também a modelagem de celulases multifuncionais, capazes especialmente de orientar a manipulação genética de algas produtoras de $\beta$-glicosidases, com características catalíticas eficientes e de tolerância à inibição por glicose e celobiose, permitindo seu uso industrial na produção de etanol de segunda geração. Espera-se, em fim, que esses desafios possam inspirar novas metodologias matemáticas, computacionais, químicas e bioquímicas integradas, de modo a gerar artefatos biotecnológicos inovadores, bem como contribuir para a formação de profissionais com perfil multidisciplinar altamente qualificados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (6) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (6) . Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Carlos Henrique da Silveira - Integrante / Wagner Meira Jr. - Integrante / Douglas Eduardo Valente Pires - Integrante / François Artiguenave - Integrante / Marcos Augusto dos Santos - Integrante / Karine Bastard - Integrante / Marcel Salanoubat - Integrante / Gisele Lobo Pappa - Integrante / Valdete Maria Gonçalves-Almeida - Integrante / Sabrina Azevedo Silveira - Integrante / VALLENET, DAVID - Integrante / Thiago Ferreira Noronha - Integrante / Demetrius Antonio Machado de Araújo - Integrante / Gerd Bruno da Rocha - Integrante / Adriano Velasque Werhli - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Luis Fernando Fernandes Marins - Integrante / David Ascher - Integrante / Tom Blundell - Integrante / Liv Soares Severino - Integrante / Luis Cesar Rodrigues - Integrante / Leonardo Ramos Emmendorfer - Integrante / Paulo Lilles Jorge Drews Jr - Integrante / Bráulio Roberto Gonçalves Marinho Couto - Integrante.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2013-2015. Modelos, algoritmos e visualizacoes para busca de padroes em redes biologicas
Descrição: O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de modelos, algoritmos e visualizações que possibilitem a descoberta de padrões frequentes em redes biológicas, especialmente as redes de interações moleculares.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Wagner Meira Jr. - Integrante / Marcelo Matos Santoro - Integrante / Douglas Eduardo Valente Pires - Integrante / Artur Oliveira Rodrigues - Integrante / Valdete Maria Gonçalves-Almeida - Integrante / Elisa Boari de Lima - Integrante / Sabrina Azevedo Silveira - Integrante / Sandro Carvalho Izidoro - Integrante / Geraldo Franciscani Jr. - Integrante / Aleksander Lada Arruda - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2013-2014. Computacao de alto desempenho na modelagem e predicao de funcao enzimatica com base em dados estruturais
Descrição: A crescente disponibilidade de dados provenientes de projetos de sequenciamento e latente limitação das técnicas de anotação clássicas baseadas puramente na homologia de sequência, somadas a inúmeras iniciativas de genômica estrutural e ao aperfeiçoamento dos métodos de modelagem por homologia, tornam o desenvolvimento de técnicas baseadas em esrtutura para predição funcional bastante promissor. Visamos reunir especialistas em Bioinformática Estrutural de Proteínas do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG com pesquisadores do Genoscope, em especial o Dr. François Artiguenave, na busca por soluções que possam contribuir para o avanço do estado-da-arte na anotação de enzimas. O objetivo desta colaboração é desenvolver modelos, algoritmos e ferramentas que permitam subsidiar o processo de predição de função de enzimas órfãs (de função desconhecida) em genomas e metagenomas. As metas do projeto para os três anos incluem a formação de recursos humanos qualificados no Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG, a produção de resultados de pesquisa inéditos que possam levar à criação de protótipos, os quais possam gerar tecnologias de ponta, e a disseminação de conhecimento para a comunidade científica. Este projeto é composto por três principais linhas de investigação. A primeira delas visa dar continuidade a uma iniciativa iniciada em 2009 em colaboração com o Genoscope para a modelagem de proteínas de função desconhecida de famílias de proteínas em larga escala com o uso do computação de alto desempenho. A segunda, visa utilizar informação de estruturas de sítios ativos na predição de função e a última, utilizar informações sobre a rede de contatos entre enzimas e seus ligantes em complexos de estrutura conhecida.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Integrante / Wagner Meira Jr. - Integrante / Marcelo Matos Santoro - Coordenador / Valdete Maria Gonçalves Almeida - Integrante / François Artiguenave - Integrante / Gisele Lobo Pappa - Integrante.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2012-2015. Modelos, algoritmos e visualizacoes para descoberta de conhecimento em Bioinformatica
Descrição: O objetivo deste projeto de pesquisa é o desenvolvimento de modelos, algoritmos e visualizações que auxiliem na descoberta de conhecimento em dados biológicos. Em especial, trabalharemos com o problema da predição da função de genes dos genomas e metagenomas recém-sequenciados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2011-2012. Modelos e algoritmos para tratamento de informacoes sociais em tempo real
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Integrante / Wagner Meira Jr. - Coordenador / Mohammed Zaki - Integrante / Dorgival Guedes - Integrante / Adriano Alonso Veloso - Integrante / Adriano César Machado - Integrante / Altigran Soares da Silva - Integrante / Gisele Lobo Pappa - Integrante / Marden Neubert - Integrante / Renato Antônio Celso Ferreira - Integrante / Virgílio Almeida - Integrante.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2011-2012. IRIS2: Metaforas e tecnologias para visualizacao de dados biologicos e descoberta do conhecimento em Bioinformatica
Descrição: O objetivo deste projeto é o estudo e o desenvolvimento de metáforas e tecnologias de visualização capazes de representar o volume e a alta dimensionalidade de dados de Bioinformática, evidenciando os padrões neles presentes e sua evolução, facilitando a compreensão da informação apresentada.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2011-2012. Caracterizacao de polimorfismos genotipicos e proteicos relacionados a funcionalidade probiotica de Saccharomyces boulardii
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Integrante / Douglas Eduardo Valente Pires - Integrante / Ieso Miranda Castro - Coordenador / Glória Regina Franco - Integrante.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2010-2012. ComBi: Modelos, Algoritmos e Heuristicas para Predicao Funcional de Proteinas
Descrição: Este projeto de pesquisa divide-se em tr?es linhas. A primeira consiste na utilização de técnicas de computação natural no intuito de obter proteínas que possuam o mesmo padrão de aminoácidos funcionais de uma enzima de função desconhecida. A segunda consiste em usar métodos de aprendizagem supervisionados no estudo de complexos enzima + substratos. A última abordagem é o estudo de redes de associações entre enzimas que compartilham substratos visando a previsão da localização de uma nova enzima nesta rede, o que pode dar indícios dos possíveis substratos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Carlos Henrique da Silveira - Integrante / Wagner Meira Jr. - Integrante / Marcelo Matos Santoro - Integrante / sandro izidoro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2010-2012. RedOMA: Modelos e Algoritmos para analise de Redes biologicas
Descrição: A crescente geração de dados nos Projetos Genoma e em outras iniciativas que estão gerando dados em escalas nunca antes experimentadas, juntamente com a necessidade de se produzir informação a partir dessa enorme massa de dados, vêm demandando o desenvolvimento de novos modelos e algoritmos. Essa perspectiva de aquisição de redes em número e volume ordens de magnitude maiores que as existentes demanda modelos e algoritmos eficientes que permitam a integração e análise de dados provenientes de múltiplos experimentos biológicos. Estes modelos e algoritmos devem ser capazes de lidar com dados incertos e incompletos visto que as redes refletem resultados experimentais descritos na literatura que são por natureza incompletos e imprecisos. Pretendemos propor um algoritmo para predição de ligações que possa ajudar a prever conexões que existam mas não estejam descritas na rede. Além disto, as redes biológicas estão normalmente organizadas em módulos funcionais. Apesar do grande número de algoritmos descritos para detecção de comunidades, não existem trabalhos que avaliem estes algoritmos e contrastem seus resultados às funções presentes em redes biológicas. Pretendemos propor algoritmos para detecção de módulos funcionais em redes de proteínas. Por fim, como é necessário comparar diversos sistemas biológicos estabelecendo equivalências entre os componentes de suas redes, estudaremos e desenvolveremos também algoritmos de mineração em grafos cujos objetivos principais serão o alinhamento de grafos além da busca de subgrafos conservados. Além disto, como alguns tipos de redes biológicas são dinâmicas, pretendemos estender as técnicas de mineração para a análise da variação dos modelos obtidos ao longo da evolução da rede. Com este projeto, esperamos contribuir no desenvolvimento de algoritmos, principalmente heurísticas, que sejam eficientes e eficazes no estudo destas redes biológicas assim como dos problemas em aberto inerentes a estas redes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (0) . Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Wagner Meira Jr. - Integrante / Marcelo Matos Santoro - Integrante / de Melo-Minardi, R. C. - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
2010-2011. IRIS: Metaforas e tecnologias para visualizacao de dados biologicos
Descrição: O objetivo deste projeto é o estudo e o desenvolvimento de metáforas e tecnologias de visualização capazes de representar o volume e a alta dimensionalidade de dados de Bioinformática, evidenciando os padrões neles presentes e sua evolução, facilitando a compreensão da informação apresentada.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / de Melo-Minardi, R. C. - Integrante. Financiador(es): Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade Federal de Minas Gerais - Auxílio financeiro.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (10)

Bolsa de Produtividade CNPq nivel PQ2, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).. 2021.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Orientação da Melhor Tese do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática 2013, UFMG.. 2020.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Best student paper award, 17th International IEEE Conference on Bioinformatics and Bioengineering.. 2017.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
3o. melhor artigo no XIII Simpósio Brasileiro de Sistemas Colaborativos (SBSC) durante o XXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, Sociedade Brasileira de Computação.. 2016.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Distinguished Student Paper Awards at IEEE 16th International Conference on BioInformatics and BioEngineering, IEEE.. 2016.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Best poster award - Proteins and Proteomics, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.. 2016.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Best poster award - Software Development and Databases;, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.. 2016.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
BioVis 2013 - Data Contest Biology Experts Pick, IEEE Computer Society.. 2013.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
Co-orientação da Melhor Tese do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática 2013 e Menção Honrosa Grande Prêmio UFMG de Teses na Área de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais.. 2013.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.
1o. lugar na competição "Vizualizing evolution", Genetic and Evolutionary Computation Conference.. 2011.
Membro: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (19)

Liga Brasileira da Bioinformática.Preparação de desafio. 2019. (Outra).
Curso de Verão de Bioinformática.Curso de Verão de Bioinformática. 2018. (Seminário).
Curso de Verão de Bioinformática.Problemas compitacionais em bioinformática. 2017. (Seminário).
Escola de Verão em Computação.Cursos sobre bioinformática e visualização de dados. 2017. (Outra).
Escola de Verão em Computação.Cursos sobre bioinformática e visualização de dados. 2016. (Outra).
I Brazilian Student Council Symposium (da International Society for Computational Biology - Regional Student Group).Palestra sobre bioinformática. 2016. (Simpósio).
Inteligent Systems for Molecular Biology. 2016. (Congresso).
Semana da Matemática Computacional.Palestra sobra bioinformática e biologia computacional. 2016. (Seminário).
X-Meeting. 2016. (Congresso).
Escola de Verão em Computação.Cursos sobre bioinformática e visualização de dados. 2015. (Outra).
International Conference on Bioinformatics & Computational Biology. Revealing protein-ligand interaction patterns through frequent subgraph mining. 2015. (Congresso).
Congresso Brasileiro de Engenharia Biomédica. Problemas de pesquisa em biologia estrutural computacional. 2014. (Congresso).
X-Meeting. Visual and interactive strategies to reveal patterns of protein-ligand interactions. 2014. (Congresso).
Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia.Methods for contact computation in protein structures. 2013. (Simpósio).
Escola de Verão em Computação.Cursos sobre bioinformática e visualização de dados. 2013. (Outra).
II Encontro Nacional de Dados Abertos.Painel sobre visualização de dados. 2013. (Encontro).
IEEE Visual Analytics Science and Technology. Combining traditional and high-density visualizations in a dashboard to network health monitoring. 2012. (Congresso).
SWIB (Simpósios SBSC, WebMedia, IHC e SBBD. 2010. (Simpósio).
X-Meeting 2010. Sessão Técnica - Biologia Estrutural. 2010. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (0)

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (2)

Raquel Cardoso de Melo Minardi ⇔ Rafaela Salgado Ferreira (1.0)
FASSIO, ALEXANDRE VICTOR ; SANTOS, LUCIANNA H. ; SILVEIRA, SABRINA A. ; Ferreira, Rafaela S. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL CARDOSO. nAPOLI: a graph-based strategy to detect and visualize conserved protein-ligand interactions in large-scale. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. v. ., p. 1-1, issn: 1545-5963, 2019.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]

Raquel Cardoso de Melo Minardi ⇔ Danton Diego Ferreira (1.0)
GOES-NETO, A. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C ; TEIXEIRA, M. ; LOBO, F.. Inteligência Artificial. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra

(*) Relatório criado com produções desde 2010 até 2021
Data de processamento: 06/11/2021 15:23:32

Relatório gerado por scriptLattes V8.11. Os resultados estão sujeitos a falhas devido a inconsistências no preenchimento dos CVs Lattes. E-mail de contato: henriquimicosp@gmail.com