Especialistas Seniores em Covid-19 com atuação no Brasil

Jonas Ivan Nobre Oliveira

Graduado em Biomedicina/UFRN, especialista em Docência/UNP, mestre em Ciências Biológicas/UFRN e doutor em Bioquímica e Biologia Molecular/UFRN. Atualmente ocupa o cargo de docente da carreira de magistério superior no Departamento de Biofísica e Farmacologia da Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Na pesquisa, possui experiência em campos da Bioinformática e da Modelagem Molecular de sistemas biológicos, com ênfase nos seguintes temas: (i) bioquímica quântica da interação ligante-receptor; (ii) estabilidade estrutural e energética de biocomplexos; (iii) transporte eletrônico em biomoléculas; (iv) Caracterização óptica, eletrônica e termodinâmica de moléculas químicas; (v) Predição de propriedades farmacocinéticas e toxicológicas de compostos bioativos; (v) Imunoinformática, modelagem por homologia, docking e dinâmica molecular. (Texto informado pelo autor)

https://lattes.cnpq.br/2461374517882321 (18/10/2021)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq: Nível 2

Período de análise:

Endereço: Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Centro de Biociências, Departamento de Biofísica e Farmacologia. Laboratório de Biofísica e Simulação Computacional Lagoa Nova 59072970 - Natal, RN - Brasil Telefone: (84) 32153419

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Biofísica

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (39)
1. PEREIRA, A. C. L. ; BEZERRA, K. S. ; SANTOS, J. L. S. ; I. N. OLIVEIRA, J. ; FREIRE, V. N. ; FULCO, U. L.. In silico approach of modified melanoma peptides and their immunotherapeutic potential. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS. v. 23, p. 2836-2845, issn: 1463-9076, 2021.
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37. OLIVEIRA, J.I.N.; ALBUQUERQUE, E.L. ; FULCO, U.L. ; MAURIZ, P.W. ; SARMENTO, R.G.. Electronic transport through oligopeptide chains: An artificial prototype of a molecular diode. Chemical Physics Letters (Print). v. 612, p. 14-19, issn: 0009-2614, 2014.
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39. Bezerril, L. M. ; FULCO, U. L. ; OLIVEIRA, J. I. N. ; Corso, G. ; ALBUQUERQUE, E. L. ; FREIRE, V. N. ; Caetano, E. W. S.. Charge transport in fibrous/not fibrous Î±3-helical and (5Q,7Q)Î±3 variant peptides. Applied Physics Letters. v. 98, p. 053702, issn: 0003-6951, 2011.
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Livros publicados/organizados ou edições (2)
1. OLIVEIRA, JONAS I. N. Conhecendo o Zika Vírus: aspectos gerais, clínicos e estratégias antivirais. 1 ed. Novas Edições Acadêmicas, 2020. p. 56.
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2. OLIVEIRA, J. I. N. Modelagem Molecular: Decifrando a Estabilidade Estrutural do Colágeno Humano. 1 ed. Novas Edições Acadêmicas (International Book Market Service Ltd.), 2018. p. 104.
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Capítulos de livros publicados (0)
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (4)
1. SILVA, OHANA L.T. ; Oliveira, J. I. N.. Análise in silico de Epítopos como alvos Vacinais contra o Vírus da Febre Amarela. Em: XXXI CIC/UFRN, 2020, Natal. *, 2020.
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2. SILVA, M. K. ; Oliveira, J. I. N.. Predição in silico de Epítopos Antigênicos para a Produção de uma Vacina Humana contra SARS-CoV-2. Em: XXXI CIC/UFRN, 2020, Natal. *, 2020.
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3. SILVA, M. K. ; OLIVEIRA, JONAS I. N.. Predição de epítopos de células TCD8+ de estirpes americanas do vírus Mayaro. Em: XXX CIC/UFRN, 2019, Natal. *, 2019.
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4. OLIVEIRA, JONAS I. N. Análise in silico de Epítopos como Alvos Vacinais contra o Vírus Chikungunya. Em: VI Simpósio de Biomedicina (SIMBIOMED 2018), 2018, Natal/RN. *, 2018.
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Resumos publicados em anais de congressos (24)
1. OLIVEIRA, JONAS I. N. Predição de Epítopos de Linfócitos T-CD8+ das Estirpes Americanas do vírus Chinkungunya. Em: XXIX Congresso de Iniciação Científica e Tecnológica (CICT 2018), 2018, 2018.
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2. OLIVEIRA, JONAS I. N. Modelagem Molecular do fármaco Benicar Acoplado ao Receptor de Angiotensin AT1 na Terapêutica do AVC. Em: VI Simpósio de Biomedicina (SIMBIOMED 2018), 2018, 2018.
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3. OLIVEIRA, JONAS I. N. Análise in silico da Inibição da transcrição do MicroRNA MIR-137 em Pacientes Esquizofrênicos Homozigóticos T/T: um Estudo Piloto. Em: VI Simpósio de Biomedicina (SIMBIOMED 2018), 2018, 2018.
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13. OLIVEIRA, J. I. N.; FULCO, U. L. ; ALBUQUERQUE, E. L. ; FREIRE, V. N. ; LIMA NETO, J. X.. A Quantum Study of Drug-Receptor Interaction Recognizing the Binding Energies Between 16S rRNA Residues and Hygromycin B. Em: II International Symposium of Pharmaceutical Sciences, 2011, Natal/RN. II International Symposium of Pharmaceutical Sciences, 2011.
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14. BEZERRA, K. S. ; QUEIROZ, A. F. S. ; ALBUQUERQUE, E. L. ; FULCO, U. L. ; OLIVEIRA, J. I. N.. Avaliação in silico de Zonas Epítopos em Proteínas Secretadas pelo Ovo do Parasita Schistossoma Mansoni. Em: XXII Congresso de Iniciação Científica da UFRN, 2011, Natal/RN. XXII Congresso de Iniciação Científica da UFRN, 2011.
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15. VIANNA, J. F. ; COSTA, A. H. L. ; OLIVEIRA, J. I. N. ; ALBUQUERQUE, E. L.. Avaliação do domínio de ligação do fármaco tamoxifen no receptor alfa do estrogênio. Em: XXII Congresso de Iniciação Científica da UFRN, 2011, Natal/RN. XXII Congresso de Iniciação Científica da UFRN, 2011.
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16. COSTA, A. H. L. ; FULCO, U. L. ; OLIVEIRA, J. I. N. ; ALBUQUERQUE, E. L. ; VIANNA, J. F.. Análise in silico do Hormônio Estradiol com o Receptor de Estrogênio. Em: XXII Congresso de Iniciação Científica da UFRN, 2011, Natal/RN. XXII Congresso de Iniciação Científica da UFRN, 2011.
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17. LIMA NETO, J. X. ; Corso, G. ; OLIVEIRA, J. I. N. ; ALBUQUERQUE, E. L. ; FULCO, U. L.. Descrição por Cálculos de Bioquímica Quântica do Sitio de Ligação do Receptor AMPA Interagindo com Agonistas Parciais - O Efeito das Wilardinas no Sistema Nervoso. Em: XXII Congresso de Iniciação Científica da UFRN, 2011, Natal/RN. XXII Congresso de Iniciação Científica da UFRN, 2011.
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18. OLIVEIRA, J. I. N. Avaliação do Potencial Antigênico das Moléculas Pfmsp3-ct e Pfmso1-19kd do P.falciparum. Em: XLVII Congresso da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, 2011, Natal/RN. XLVII Congresso da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, 2011.
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19. OLIVEIRA, J. I. N. Análise de uma Provável Proteção Cruzada para Espécies Distintas de Plasmidium mediada por IGGs para PfMSP3-Ct e PfMSP1-19KD. Em: XLVII Congresso da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, 2011, Natal/RN. XLVII Congresso da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, 2011.
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20. OLIVEIRA, J. I. N.; ALBUQUERQUE, E. L. ; FULCO, U. L.. Distinção in silico da Natureza Fibrilar de Dois oligopeptídeos a partir de seus Índices de Reatividade. Em: 62ª Reunião Anual SBPC, 2010, 2010.
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21. OLIVEIRA, J. I. N.; LIMA NETO, J. X. ; LIMA, J. C. ; ALBUQUERQUE, E. L. ; FULCO, U. L.. Um Processo Sequencial de Otimizações Clássicas e Quânticas na Determinação de Estruturas Mínimas. Em: 62ª Reunião Anual SBPC, 2010, Natal. *, 2010.
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22. OLIVEIRA, J. I. N.; LIMA NETO, J. X. ; LIMA, J. C. ; ALBUQUERQUE, E. L. ; FULCO, U. L.. Investigação dos Confôrmeros de Fase Gasosa do Aminoácido Apolar L-Valina: Um Estudo por Recozimento Simulado. Em: XII Congresso Brasileiro de Biomedicina, 2010.
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23. OLIVEIRA, J. I. N. Determinação dos Micro-estados de Menor Energia de um Domínio Hidrofóbico da Elastina. Em: XII Congresso Brasileiro de Biomedicina., 2010, Recife/PE. *, 2010.
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24. OLIVEIRA, J. I. N. A Modelagem Molecular Aplicada no Estudo de Oligopeptídeos Solvatados. Em: IX Simpósio do Centro de Biociências, 2010, Natal, RN. *, 2010.
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Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (6)
1. OLIVEIRA, J.I.N. Modelagem Molecular. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
2. OLIVEIRA, J. I. N. Bioinformática à Serviço da Saúde. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
3. OLIVEIRA, J. I. N. Importância da Constante Dielétrica para a Descrição Quântica de Sistemas Ribossomais. 2012. Apresentação de Trabalho/Outra
4. RODRIGUES, C. R. F. ; OLIVEIRA, J. I. N. ; MOURA, R. M. ; FREIRE, V. N. ; FULCO, U. L. ; ALBUQUERQUE, E. L. ; Caetano, E. W. S.. Biofísica Quântica da Estabilidade Estrutural do Colágeno. 2011. Apresentação de Trabalho/Simpósio
5. OLIVEIRA, J. I. N. Yoga para Universitários (CR222-2017). 2017. Curso de curta duração ministrado/Extensão
6. OLIVEIRA, J. I. N. Técnicas de Neuroimagem (CR246-2017). 2017. Curso de curta duração ministrado/Extensão
Demais tipos de produção bibliográfica (0)

Produção técnica

Programas de computador com registro de patente (0)
Programas de computador sem registro de patente (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (0)

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (0)
Dissertação de mestrado (1)
1. Heloísa Silva Saraiva Gomes. Análise Energética de Complexos Orgânicos Relacionados a Biorremediação. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . Início: 2019.
  Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (2)
1. Maria Karolaynne da Silva. Modelagem Molecular de Complexos Biológicos Associados ao Tratamento da Chikungunya (PVA14644-2017 - renovado).. Iniciação científica (Graduando em Farmácia) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . Início: 2018.
  Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
2. Ohana Letícia Tavares da Silva. Predição de antígenos protéicos citosólicos do Chikungunya (PVA14759-2017 - renovado).. Iniciação científica (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Programa de Bolsas de Iniciação Científica PIBIC/UFRN. Início: 2018.
  Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (0)
Dissertação de mestrado (8)
1. Valdiery Silva de Araujo. Avaliação de métodos de diagnóstico de vulvovaginites infeciosas em amostras cérvico-vaginais coletadas no município de São Pedro/RN. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2020.
  Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
2. Daniel Melo de Oliveira Campos. Análise Energética das Interações Intermoleculares dos Inibidores cn-716 e Acil-KR-Aldeído com a Protease de Replicação Viral NS2B-NS3 do Zika Vírus. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2020.
  Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
3. Jaerdyson Medeiros da Rocha. Análise in silico da Interação do Fármaco Toremifeno com o Complexo Glicoproteico GP1/GP2 do Vírus Ebola.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2019.
  Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
4. Stephany Campanelli Esmaile. Modelagem Molecular do Fármaco Olmesartana Acoplado ao Receptor de Angiotensina AT1 em pH Ácido e Fisiológico.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2019.
  Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
5. Aranthya Hevelly de Lima Costa. Análise Energética da Interação do Estradiol e Dietilestilbestrol com o ER?.. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
  Supervisor: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
6. Jéssica de Fátima Vianna. Bioquímica Quântica da Capreomicina e da Estreptomicina em Complexo com o Ribossomo Bacteriano. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
  Supervisor: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
7. Dalila Nascimento Manso. Análise Molecular da Mutação HIS275TIR Isolada na Neuraminidase do H1N1 Resistente ao Oseltamivir. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
  Supervisor: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
8. Katyanna Sales Bezerra. Análise in silico da Interação Entre a Integrina ?2?1 e o Colágeno. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
  Supervisor: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (3)

Maria Karolaynne da Silva. Identification of Promiscuous T cell Epitopes on Mayaro virus structural proteins using immunoinformatics, molecular modeling, and QM:MM approaches. (Graduação em Farmácia - Bioquímico e Analista Clínico) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Programa de Bolsas de Iniciação Científica PIBIC/UFRN. 2021.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Tácio Dantas de Brito Guerra. Estudo comparativo dos métodos radiográficos na escanometria de membros inferiores: erros e acertos técnicos. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2021.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Rafael Menezes Evangelista da Rocha. Avaliação Técnica e Diagnóstica das Artrites: uma Abordagem Radiográfica. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2016.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Iniciação científica (3)

Maria Karolaynne da Silva. Identification of Promiscuous T cell Epitopes on Mayaro virus structural proteins using immunoinformatics, molecular modeling, and QM:MM approaches. (Graduando em Farmácia - Bioquímico e Analista Clínico) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Programa de Bolsas de Iniciação Científica PIBIC/UFRN. 2021.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Tayza da Rocha Viana. Predição de Epítopos de Linfócitos T CD8+ das Estirpes Americanas do Vírus Chinkungunya. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2017.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Rafael Menezes Evangelista da Rocha. Avaliação Técnica e Diagnóstica das Artrites: uma Abordagem Radiográfica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2016.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Orientações de outra natureza (26)

Douglas Felipe de Lima Silva. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia.. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2019.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Ingrid de Paula Holanda. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia.. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2019.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Talles Henrique de Araújo Pontes. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia.. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2019.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Mylene Radmila de Oliveira Souza. Orientação de Docência Assistida. (Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (PPCB-UFRN)) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2019.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Lucas Marques de Souza. Orientação de Docência Assistida. (Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (PPCB-UFRN)) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2019.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Daniel Melo de Oliveira Campos. Orientação de Docência Assistida. (Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (PPCB-UFRN)) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2019.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Nayane Mirley Fernandes Alves. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2018.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Thamirirs Botelho Ribeiro Conceição. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2018.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Maria Heloísa Moreira Vasconcelos. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2018.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Rayane Kimberlly de Paula Araujo. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2018.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Ana Luiza Franco Salzer. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia.. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2018.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Gillaine Lisiany Ferreira da Silva. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia.. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2018.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Karina da Silva Maranhão. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia.. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2018.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Jaerdyson Medeiros da Rocha. Orientação de Docência Assistida. (Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (PPCB-UFRN)) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2018.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Adriane Guerreiro Lemos. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2017.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Mayara Samala Bezerra. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2017.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Alexandre de Lima Marinho. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2017.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Claudio Candido Rodrigues Sobrinho. Orientador Acadêmico do "Estágio Supervisionado em Imaginologia" do CECAN/LIGA. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2017.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Alan Michel Bezerra Furtunato. Orientador Acadêmico do "Estágio Supervisionado em Imaginologia" do HUOL/UFRN-EBSERH. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2017.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Lucas Alighieri Neves Costa Batista. Orientador Acadêmico do "Estágio Supervisionado em Imaginologia" do CECAN/LIGA. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2017.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Tayza da Rocha Viana. Orientador Acadêmico do "Estágio Supervisionado em Imaginologia" do CECAN/LIGA. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2017.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Stephany Campanelli Esmaile. Orientação de Docência Assistida. (Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (PPCB-UFRN)) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2017.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Rafael Menezes Evangelista da Rocha. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2016.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Rafael Felipe Medeiros da Costa. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2016.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Paulianny Franciny Eduardo da Silva. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2016.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Fabrícia Negreiros Marinho. Orientador Acadêmico de Estágio Supervisionado em Imaginologia. (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . 2016.
Orientador: Jonas Ivan Nobre Oliveira.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (6)

2020-Atual. Identificacao de Antigenos Vacinais e para plataformas de Imunodiagnostico do SARS-Cov-2 e Modelagem das Propriedades Farmacocineticas e de Afinidade de Ligacao de Potenciais Inibidores (PVA17493-2020)
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Jonas Ivan Nobre Oliveira - Coordenador.
Membro: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
2020-Atual. Vacinologia Reversa e Modelagem Molecular de Antigenos Vacinais contra Doencas Negligenciadas (PVA17234-2020)
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Jonas Ivan Nobre Oliveira - Coordenador.
Membro: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
2017-Atual. Biofisica Quantica Molecular (PVA14190-2017)
Descrição: A engenharia de dispositivos baseados no DNA para a nanoeletrônica molecular é crucialmente dependente do entendimento do seu mecanismo (e da dinâmica) de transporte dos portadores de carga (elétrons e buracos). Diferentemente das proteínas, a molécula do DNA não é simplesmente um problema de transferência elétron/buraco, e sua conveniência como um potencial dispositivo nano-eletrônico molecular não pode depender apenas da transferência de longo-alcance de elétrons e buracos através da molécula. A razão para isto se baseia no mecanismo propriamente dito: ele falha ao explicar a persistência da eficiência dos transportadores de carga quando as taxas de transferência não diminuem rapidamente com a distância. No entanto, o arranjo pi dos pares da base representa um apropriado caminho para o transporte de carga de longo alcance, mas aparentemente não o para o de curto-alcance. No decorrer desse Projeto, diferentes moléculas de DNA, além de genes específicos, farão parte de circuitos nanoorgânicos teóricos. Assim, pretende-se: [i] padronizar modelos de biocircuitos com a dupla-fita de DNA conectada a 2 eletrodos metálicos; [ii] modelar o segmento do DNA por meio de estruturas quasi-periódicas tipo Fibonacci e Rudin-Shapiro, e comparar as suas propriedades físicas com a de cromossomos humanos; [iii] determinar de forma inequívoca o papel desempenhado pelas correlações de curto alcance nos fenômenos de transporte e de localização dos portadores de carga.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jonas Ivan Nobre Oliveira - Integrante / Eudenilson Lins de Albuquerque - Coordenador.
Membro: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
2017-Atual. Imunoinformatica de Candidatos Antigenicos para uma Vacina contra o Chikungunya (PVA14759-2017)
Descrição: Diariamente, o organismo humano é desafiado através da invasão de patógenos. No caso da invasão viral, o principal meio de defesa ocorre através do Receptor de Linfócito T (TCR), o qual interage com o peptídeo viral (epitopo) que é apresentado pelo Complexo Principal de Histocompatibilidade de classe I (MHC-I). Dada a imensidão de epitopos possíveis e a limitação do organismo em possuir um único TCR para reconhecer cada antígeno, o sistema imunológico desenvolveu o mecanismo de reatividade cruzada, através do qual um mesmo TCR pode reconhecer diferentes epitopos virais. Nesse trabalho, estudaremos o envelope do vírus Chikungunya (CHIKV) através de uma abordagem por Imunoinformática, objetivando a predição de um protótipo de vacina de subunidade a ser testada experimentalmente. Apropriando-se desta nova tecnologia, intimamente relacionada com a Imunologia, identificaremos regiões antigênicas e imunogênicos do CHIKV capazes de ativar células T e B antígeno-específicas. Assim, acreditamos que a pesquisa apresentada neste projeto viabilizaria o desenvolvimento de um protótipo de vacina direcionada ao vírus Chikungunya, o qual seria posteriormente testado e validado por estudos experimentais. No campo da concepção de vacinas, ferramentas computacionais ganharam considerável atenção devido à alta eficiência, baixa predição de falsos negativos e resultados rápidos (Van DeWaterbeemd e Gifford, 2003). No caso, a partir de uma abordagem estatística, é possível predizer as regiões epítopos de proteínas patogênicas com elevada confiabilidade. Nesta perspectiva, este estudo tem como objetivo principal investigar a imunogenicidade do envelope do Chikungunya a partir de técnicas e ferramentas da Imunoinformática, no intuito de prever o desenvolvimento de uma vacina eficaz contra este vírus. Como objetivos específicos: [i] analisar sequências do genoma do CHIKV com o intuito de obter uma sequência consenso; [ii] identificar regiões antigênicas; [iv] avaliação de imunogenicidade; [v] determinar epítopos lineares e descontínuos; [vi] validar resultados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Jonas Ivan Nobre Oliveira - Coordenador.
Membro: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
2017-Atual. Biofisica Quantica de Complexos Biologicos Associados ao Tratamento da Zica, Chikungunya e Febre Amarela (PVA14644-2017)
Descrição: O vírus da Zica foi descoberto a mais de meio século, porém só recentemente, com as epidemias de 2015-2016 recebeu a devida atenção da comunidade científica. De fato, até 2007, apenas 14 casos de infecção humana por Zica foram relatados em todo mundo; já, em 2016, o Brasil notificou 128.266 casos de infecção pelo vírus da Zika. No caso da Chikungunya, a doença que atingiu 146.914 indivíduos apresentou alta de 1.135% na taxa de mortalidade em comparação com 2015, a saber 159 óbitos. A realidade da Febre Amarela não é diferente: de dezembro de 2016 a março de 2017, o Brasil relatou 1.987 casos suspeitos, com 574 confirmações, 187 mortes, 926 casos descartados e 487 ainda sob investigação. A emergência dessas infecções preocupa a saúde pública de países em desenvolvimento, tendo em vista o risco de epidemias e suas implicações médicas e socioeconômicas. Consequentemente, observa-se um grande esforço da comunidade científica nacional e internacional no combate a esses vírus, especialmente através de pesquisas de descoberta, desenvolvimento ou aperfeiçoamento de vacinas e antivirais. Nesse contexto, simulações in silico de Modelagem Molecular, Imunoinformática e Biofísica Quântica destacam-se como ferramentas científicas imprescindíveis para a terapêutica antiviral, especialmente no desenho racional de insumos farmacêuticos, anticorpos e vacinas. Além disso, a natureza dessas metodologias possibilita a manipulação de um grande número de condições experimentais em ambiente computacional; evitando, por conseguinte, desperdícios de tempo e insumos no trabalho experimental. No Projeto de Pesquisa ?Biofísica Quântica de Biocomplexos Associados com o Tratamento da Zica, Chikungunya e Febre Amarela? propomos analisar os aspectos conformacionais e energéticos dos complexos Sofosbuvir--methyltransferase_NS5 (Zica), Suramin--Heterodímero_E1/E2 (Chikungunya) e Ivermectin?Helicase_NS3 (Febre Amarela), especificamente: [i] avaliar os modos de ligação dos ligantes nos respectivos sítios ativos; [ii] caracterizar as principais forças intermoleculares ? pontes de hidrogênio, ligação pi,-pi, cátion-pi, dipolo-dipolo, dipolo induzido e dipolo-induzido-dipolo-induzido ? que regem os sistemas em studo; [iii] calcular as energias de interação individuais (ligante-resíduos de aminoácidos do receptor) e a energia total da ligação inibidor-receptor; [iv] determinar o raio de convergência de estabilização dos complexos fármaco-receptor e, consequentemente, o tamanho real do sítio ativo; [v] diferenciar as interações específicas realizadas por cada região do inibidor no sítio de ligação do receptor; [vi] quantificar as cargas atômicas e o mapa de potencial eletrostático. A publicação destes resultados direcionará pesquisas teórico-experimentais direcionadas ao desenho racional de novos fármacos de maior eficácia e potência terapêutica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Jonas Ivan Nobre Oliveira - Coordenador.
Membro: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
2016-Atual. Nanobioestruturas e Sistemas Complexos (PVA12065-2016)
Descrição: Estudo das propriedades eletrônicas e termodinâmicas de moléculas biológicas (DNA, RNA e Polipeptídios) a partir de um modelo teórico utilizando uma Hamiltoniano do tipo tight-binding, equação de Dyson, a técnica da matriz-transferência e a Teoria do Funcional da Densidade (DFT). Pretende-se, pois, contribuir com a fundamentação teórica do sesenvolvimento de nanobiodispositivos, por exemplo biosensores. Para as moléculas do DNA e RNA, os modelos de simulação do tipo fita simples e fita dupla, as interações de primeiros e segundos vizinhos e a isca de peixe ou "dangling backbone ladder" serão considerados. Para o cálculo do Hamiltoniano tight-binding, os valores das energias de ionizações dos monômeros (nucleotídeos e aminoácidos) e os valores dos potenciais de hopping dos polímeros biológicos serão calculados através de métodos computacionais ab-initio. Por fim, a densidade de estados eletrônicos, a transmitância, a corrente e o calor específico serão avaliados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jonas Ivan Nobre Oliveira - Integrante / Umberto Laino Fulco - Coordenador.
Membro: Jonas Ivan Nobre Oliveira.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (2)

3º Lugar no VI Simpósio de Biomedicina (SIMBIOMED 2018), UnP.. 2018.
Membro: Jonas Ivan Nobre Oliveira.
Menção honrosa durante o 1º Congresso Regional da Sociedade Brasileira de Biofísica (22-28/05/15), Sociedade Brasileira de Biofísica (SBF).. 2015.
Membro: Jonas Ivan Nobre Oliveira.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (0)

Organização de eventos

Total de organização de eventos (0)

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (6)

Jonas Ivan Nobre Oliveira ⇔ Umberto Laino Fulco (25.0)
PEREIRA, A. C. L. ; BEZERRA, K. S. ; SANTOS, J. L. S. ; I. N. OLIVEIRA, J. ; Freire, V. N. ; FULCO, U. L.. In silico approach of modified melanoma peptides and their immunotherapeutic potential. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS. v. 23, p. 2836-2845, issn: 1463-9076, 2021.
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SILVA, MARIA K. ; GOMES, HELOÍSA S.S. ; SILVA, OHANA L.T. ; CAMPANELLI, STEPHANY E. ; CAMPOS, DANIEL M.O. ; ARAÚJO, JOSÉLIO M.G. ; FERNANDES, JOSÉ V. ; Fulco, Umberto L. ; OLIVEIRA, JONAS I.N.. Identification of promiscuous T cell epitopes on Mayaro virus structural proteins using immunoinformatics, molecular modeling, and QM:MM approaches. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION. v. 91, p. 104826, issn: 1567-1348, 2021.
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Jonas Ivan Nobre Oliveira ⇔ Valder Nogueira Freire (13.0)
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Jonas Ivan Nobre Oliveira ⇔ Francisco Anacleto Barros Fidelis de Moura (1.0)
DE ALMEIDA, M. L. ; Oliveira, J. I. N. ; LIMA NETO, J. X. ; GOMES, C. E. M. ; FULCO, U. L. ; Albuquerque, E. L. ; Freire, V. N. ; Caetano, E. W. S. ; de Moura, F. A. B. F. ; LYRA, M. L.. Electronic transport in methylated fragments of DNA. Applied Physics Letters. v. 107, p. 203701, issn: 0003-6951, 2015.
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Jonas Ivan Nobre Oliveira ⇔ Valter Ferreira de Andrade Neto (1.0)
DE SENA PEREIRA, VALESKA S. ; DA SILVA EMERY, FLÁVIO ; LOBO, LIS ; NOGUEIRA, FÁTIMA ; OLIVEIRA, JONAS I. N. ; FULCO, UMBERTO L. ; ALBUQUERQUE, EUDENILSON L. ; KATZIN, ALEJANDRO M. ; DE ANDRADE-NETO, VALTER F.. In vitro antiplasmodial activity, pharmacokinetic profiles and interference in isoprenoid pathway of 2-aniline-3-hydroxy-1.4-naphthoquinone derivatives. MALARIA JOURNAL. v. 17, p. 482-493, issn: 1475-2875, 2018.
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Jonas Ivan Nobre Oliveira ⇔ Viviane Souza do Amaral (1.0)
BARBOSA, E D ; NETO, J X LIMA ; TEIXEIRA, D G ; BEZERRA, K S ; DO AMARAL, V S ; OLIVEIRA, JONAS I N ; LIMA, J P M SANTOS ; MACHADO, L D ; FULCO, U L. Exploring human porphobilinogen synthase metalloprotein by quantum biochemistry and evolutionary methods-. Metallomics. v. 14, p. mfab017, issn: 1756-591X, 2021.
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Jonas Ivan Nobre Oliveira ⇔ Flavio da Silva Emery (1.0)
DE SENA PEREIRA, VALESKA S. ; DA SILVA EMERY, FLÁVIO ; LOBO, LIS ; NOGUEIRA, FÁTIMA ; OLIVEIRA, JONAS I. N. ; FULCO, UMBERTO L. ; ALBUQUERQUE, EUDENILSON L. ; KATZIN, ALEJANDRO M. ; DE ANDRADE-NETO, VALTER F.. In vitro antiplasmodial activity, pharmacokinetic profiles and interference in isoprenoid pathway of 2-aniline-3-hydroxy-1.4-naphthoquinone derivatives. MALARIA JOURNAL. v. 17, p. 482-493, issn: 1475-2875, 2018.
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(*) Relatório criado com produções desde 2010 até 2021
Data de processamento: 06/11/2021 15:23:23

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