UFABC-professores

Antonio Sergio Kimus Braz

Possui graduação em Agronomia pela Universidade Federal de Viçosa (1995), mestrado em Fitopatologia pela Universidade Federal de Viçosa (1998) e doutorado em Ciências Biológicas (Genética) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2004). Foi Bolsista de Pós Doutorado (CNPq) e posteriormente de ProDoc (CAPES) no Departamento de Genética da UNESP de Botucatu (2005-2008). Atualmente é Professor de Genética Molecular e Genômica na Universidade Federal do ABC . Tem experiência na áreas de Genética molecular vegetal, virologia vegetal, bioinformática, evolução molecular, modelagem molecular e dinâmica molecular. Atuando principalmente nos seguintes temas: Evolução molecular, Modelagem molecular e Biologia Molecular estrutural. (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/4305314253377032 (23/06/2024)
  • Rótulo/Grupo: CCNH
  • Bolsa CNPq:
  • Período de análise: 2009-HOJE
  • Endereço: Universidade Federal do ABC, Centro de Ciências Naturais e Humanas. Rua Santa Adélia, 166 Bangu 09210-170 - Santo Andre, SP - Brasil Telefone: (14) 49963166 URL da Homepage: http://www.ufabc.edu.br
  • Grande área: Ciências Biológicas
  • Área: Bioquímica
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações


Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (2)
    1. 2014-Atual. Estudo da Flexibilidade das Proteínas NS3 e NS5 do Dengue Virus (DENV) através de Análise de Modos Normais e Dinâmica Molecular
      Descrição: O presente trabalho tem por objetivo principal identificar, por meio de simulações, movimentos de grande amplitude realizados pelas proteínas NS3 e NS5 codificadas pelo DENV. Esses movimentos normalmente estão relacionados à mobilidade alostérica e desempenham um importante papel nas atividades exercidas por essas proteínas, sejam elas atividades catalíticas (protease, helicase, MTase e RdRp) ou interação de proteínas do hospedeiro (STAT2, TYK 2, KPNB1 e XPO1). Objetivos Específicos: Investigar mudanças conformacionais das proteínas NS3 e NS5 do DENV e seus respectivos domínios, através da análise dos modos normais e da geração de estruturas por meio de DM ao longo dos modos. i) Gerar e selecionar estruturas por meio de DM ao longo da combinação de modos que possam ser usadas para estudos posteriores envolvendo interação proteína-proteína. ii) Verificar se os movimentos e alterações estruturais observadas podem contribuir de alguma forma para o papel catalítico desempenhado pelos domínios protease, helicase, Mtase e RdRp. iii) Verificar se as variações estruturais obtidas por NMA e MD auxiliariam de alguma forma a capacidade de ligação da Proteína NS5 com outras proteínas como a NS3 viral e as proteínas do hospedeiro STAT2, TYK 2, KPNB1 e XPO1 (cujas estruturas estão resolvidas experimentalmente). Para isso, devemos realizar testes de Docking molecular das proteínas alvo com as variações estruturais da NS5 e NS3. iv) Comparar os resultados obtidos com dados de literatura, e procurar/criar hipóteses para explicar os resultados obtidos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Antonio Sergio Kimus Braz - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Antonio Sergio Kimus Braz.
    2. 2010-2012. Desenvolvimento de metodologia para docking flexível com alterações especificas na estrutura primária. E suas aplicações para estudar interação Proteína-Proteína , Proteína-Ligante e resistência de patógenos a drogas
      Descrição: Projeto Bolsa PNPD.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Antonio Sergio Kimus Braz - Integrante / SCOTT, L. P. B. - Coordenador.
      Membro: Antonio Sergio Kimus Braz.
      Descrição: Projeto de Auxílio regular à Pesuqisa - Fapesp. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / Perahia, D - Integrante / Antonio Sergio Kimus Braz - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Ligia Barbour Scott.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (0)

    Participação em eventos

    • Total de participação em eventos (0)

      Organização de eventos

      • Total de organização de eventos (2)
        1. BRAZ, A. S. K.. I ESCOLA BRASILEIRA DE MODELAGEM MOLECULAR. 2011. (Congresso).. . 0.
        2. BRAZ, A. S. K.. VI Workshop de genética. 2006. (Outro).. . 0.

      Lista de colaborações

      • Colaborações endôgenas (9)
        • Antonio Sergio Kimus Braz ⇔ Ana Ligia Barbour Scott (9.0)
          1. RESENDE-LARA, PEDRO TÚLIO ; PERAHIA, DAVID ; SCOTT, ANA LÍGIA ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS. Unveiling functional motions based on point mutations in biased signaling systems: A normal mode study on nerve growth factor bound to TrkA. PLoS One. v. 15, p. e0231542, issn: 1932-6203, 2020.
          2. LIMA, ANGELICA NAKAGAWA ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS ; DE SOUZA COSTA, MAURÍCIO GARCIA ; PERAHIA, DAVID ; SCOTT, LUIS PAULO BARBOUR. Effects of pH and aggregation in the human prion conversion into scrapie form: a study using molecular dynamics with excited normal modes. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS. v. 47, p. 583-590, issn: 0175-7571, 2018.
          3. PHILOT, ERIC ALLISON ; DA MATA LOPES, DAVID ; DE SOUZA, ARYANE TOFANELLO ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS ; NANTES, Iseli Lourenço ; Rodrigues, Tiago ; PERAHIA, DAVID ; MITEVA, MARIA A. ; SCOTT, LUIS PAULO BARBOUR. Binding of phenothiazines into allosteric hydrophobic pocket of human thioredoxin 1. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS. v. 45, p. 2798-286, issn: 0175-7571, 2016.
          4. MEISSNER, GABRIEL OTTO ; DE RESENDE LARA, PEDRO TÚLIO ; SCOTT, LUIS PAULO BARBOUR ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS ; CHAVES-MOREIRA, DANIELE ; MATSUBARA, FERNANDO HITOMI ; SOARES, EDUARDO MENDONÇA ; TREVISAN-SILVA, DILZA ; GREMSKI, LUIZA HELENA ; VEIGA, SILVIO. SANCHES ; CHAIM, OLGA MEIRI. Molecular cloning and in silico characterization of knottin peptide, U2-SCRTX-Lit2, from brown spider (Loxosceles intermedia) venom glands. Journal of Molecular Modeling (Online). v. 22, p. 196, issn: 1610-2940, 2016.
          5. DE CONTO, VALDERES ; BRAZ, ANTÔNIO S.K. ; PERAHIA, DAVID ; SCOTT, LUIS P.B.. Recovery of the wild type atomic flexibility in the HIV-1 protease double mutants. Journal of Molecular Graphics & Modelling. v. 59c, p. 107-116, issn: 1093-3263, 2015.
          6. PHILOT, E. A. ; PERAHIA, D. ; BRAZ, A. S. K. ; COSTA, M. S. ; SCOTT, L. P. B.. Binding sites and hydrophobic pockets in Human Thioredoxin 1 determined by normal mode analysis. Journal of Structural Biology (Print). v. 184, p. 293-300, issn: 1047-8477, 2013.
          7. ZOTTI, MOISÉS J. ; GEYTER, ELLEN DE ; SWEVERS, LUC ; BRAZ, ANTÔNIO S.K. ; SCOTT, LUIS P.B. ; ROUGÉ, PIERRE ; COLL, JOSEP ; GRUTZMACHER, ANDERSON D. ; LENARDÃO, EDER J. ; SMAGGHE, GUY. A cell-based reporter assay for screening for EcR agonist/antagonist activity of natural ecdysteroids in Lepidoptera (Bm5) and Diptera (S2) cell cultures, followed by modeling of ecdysteroid-EcR interactions and normal mode analysis. Pesticide Biochemistry and Physiology. v. 107, p. 309-320, issn: 0048-3575, 2013.
          8. BRAZ, A. S. K. ; Patrícia Tuferatto ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B.. Relation between flexibility and positively selected HIV-1 protease mutants against inhibitors. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. v. 80, p. 2680-2691, issn: 0887-3585, 2012.
          9. LIMA, A. N. ; PHILOT, E. A. ; PERAHIA, D. ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B.. GANM: A protein¿ligand docking approach based on genetic algorithm and normal modes. Applied Mathematics and Computation. v. 219, p. 511-520, issn: 0096-3003, 2012.

        • Antonio Sergio Kimus Braz ⇔ Luciana Campos Paulino (2.0)
          1. MEDEIROS, PEDRO ; CANATO, DANILO ; BRAZ, ANTONIO SERGIO KIMUS ; Paulino, Luciana Campos. Phylogenetic analyses reveal insights into interdomain horizontal gene transfer of microbial lipases. MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION. v. 195, p. 108069, issn: 1055-7903, 2024.
          2. SOARES, RENAN C. ; CAMARGO-PENNA, PEDRO H. ; DE MORAES, VANESSA C. S. ; DE VECCHI, RODRIGO ; CLAVAUD, CÉCILE ; BRETON, LIONEL ; BRAZ, ANTONIO S. K. ; PAULINO, LUCIANA C.. Dysbiotic Bacterial and Fungal Communities Not Restricted to Clinically Affected Skin Sites in Dandruff. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. v. 6, p. 157, issn: 2235-2988, 2016.

        • Antonio Sergio Kimus Braz ⇔ Wanius José Garcia da Silva (2.0)
          1. SODRÉ, VICTORIA ; ARAUJO, JUSCEMÁCIA NASCIMENTO ; GONÇALVES, THIAGO AUGUSTO ; VILELA, NATHÁLIA ; BRAZ, ANTONIO SERGIO KIMUS ; FRANCO, TELMA TEIXEIRA ; DE OLIVEIRA NETO, MÁRIO ; DAMASIO, ANDRÉ RICARDO DE LIMA ; Garcia, Wanius ; SQUINA, FABIO MARCIO. An alkaline active feruloyl-CoA synthetase from soil metagenome as a potential key enzyme for lignin valorization strategies. PLoS One. v. 14, p. e0212629, issn: 1932-6203, 2019.
          2. DA SILVA, VIVIAM M. ; Colussi, Francieli ; DE OLIVEIRA NETO, MARIO ; BRAZ, ANTONIO S. K. ; SQUINA, FABIO M. ; OLIVEIRA, CRISTIANO L. P. ; Garcia, Wanius. Modular Hyperthermostable Bacterial Endo-β-1,4-Mannanase: Molecular Shape, Flexibility and Temperature-Dependent Conformational Changes. Plos One. v. 9, p. e92996, issn: 1932-6203, 2014.

        • Antonio Sergio Kimus Braz ⇔ Christiane Bertachini Lombello (1.0)
          1. MONTEIRO NASCIMENTO, MONICA ; SANTOS AKKARI, ALESSANDRA ; FREITAS MARIANO, KELLY ; Kimus BRAZ, Antonio ; LOMBELLO, CHRISTIANE ; DE ARAUJO, DANIELE. Cyclodextrin-based delivery systems for arthritic diseases: from development to experimental therapeutics. Current Pharmaceutical Design (Print). v. 21, p. 4907-4916, issn: 1381-6128, 2015.

        • Antonio Sergio Kimus Braz ⇔ Daniele Ribeiro de Araujo (1.0)
          1. MONTEIRO NASCIMENTO, MONICA ; SANTOS AKKARI, ALESSANDRA ; FREITAS MARIANO, KELLY ; Kimus BRAZ, Antonio ; LOMBELLO, CHRISTIANE ; DE ARAUJO, DANIELE. Cyclodextrin-based delivery systems for arthritic diseases: from development to experimental therapeutics. Current Pharmaceutical Design (Print). v. 21, p. 4907-4916, issn: 1381-6128, 2015.

        • Antonio Sergio Kimus Braz ⇔ Hana Paula Masuda (1.0)
          1. BIZOTTO, FERNANDA M. ; CERATTI, RENAN S. ; BRAZ, ANTONIO S.K. ; Masuda, Hana Paula. Evolutionary history of Mo25 gene in plants, a component of RAM/MOR signaling network. MECHANISMS OF DEVELOPMENT. v. 153, p. 64-73, issn: 0925-4773, 2018.

        • Antonio Sergio Kimus Braz ⇔ Iseli Lourenço Nantes (1.0)
          1. PHILOT, ERIC ALLISON ; DA MATA LOPES, DAVID ; DE SOUZA, ARYANE TOFANELLO ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS ; NANTES, Iseli Lourenço ; Rodrigues, Tiago ; PERAHIA, DAVID ; MITEVA, MARIA A. ; SCOTT, LUIS PAULO BARBOUR. Binding of phenothiazines into allosteric hydrophobic pocket of human thioredoxin 1. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS. v. 45, p. 2798-286, issn: 0175-7571, 2016.

        • Antonio Sergio Kimus Braz ⇔ Maria Cristina Carlan da Silva (1.0)
          1. STANGHERLIN, LUCAS M. ; DE PAULA, FELIPE N. ; ICIMOTO, MARCELO Y. ; RUIZ, LEONARDO G. P. ; NOGUEIRA, MAURÍCIO L. ; BRAZ, ANTÔNIO S. K. ; JULIANO, LUIZ ; DA SILVA, MARIA C. C.. Positively Selected Sites at HCMV gB Furin Processing Region and Their Effects in Cleavage Efficiency. Frontiers in Microbiology. v. 8, p. 1-10, issn: 1664-302X, 2017.

        • Antonio Sergio Kimus Braz ⇔ Tiago Rodrigues (1.0)
          1. PHILOT, ERIC ALLISON ; DA MATA LOPES, DAVID ; DE SOUZA, ARYANE TOFANELLO ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS ; NANTES, Iseli Lourenço ; Rodrigues, Tiago ; PERAHIA, DAVID ; MITEVA, MARIA A. ; SCOTT, LUIS PAULO BARBOUR. Binding of phenothiazines into allosteric hydrophobic pocket of human thioredoxin 1. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS. v. 45, p. 2798-286, issn: 0175-7571, 2016.




      Data de processamento: 16/11/2024 16:24:34