Especialistas Seniores em Covid-19 com atuação no Brasil

Fabio Passetti

Obteve os títulos de Bacharel em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista campus Rio Claro em 1999, mestre em Bioquímica pela Universidade de São Paulo em 2002 e doutor em Bioinformática pela Universidade de São Paulo em 2007. De 2006 a 2014 foi pesquisador do Instituto Nacional de Câncer. Desde 2014 é pesquisador da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) e desenvolve suas pesquisas no Instituto Carlos Chagas (Fiocruz-Paraná). Tem experiência na área de Bioinformática e Biologia Computacional, atuando principalmente na análise e integração de dados de genoma, transcriptoma e proteoma. É docente permanente do Programa de Pós-Graduação strictu senso em Biologia Computacional e Sistemas do IOC/Fiocruz (CAPES 5). É docente permanente do Programa de Pós-Graduação strictu senso em Biociências e Biotecnologia do ICC/Fiocruz (CAPES 4). É membro da Comissão de Pós-graduação (CPG) do PPG-BB do ICC/Fiocruz. É bolsista de Produtividade em Pesquisa (PQ) do CNPq - Nível 2 (2020-2022). (Texto informado pelo autor)

https://lattes.cnpq.br/4216542239143600 (30/06/2021)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq: Nível 2

Período de análise:

Endereço: Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Carlos Chagas. Rua Professor Algacyr Munhoz Mader - de 2891/2892 ao fim Cidade Industrial 81350010 - Curitiba, PR - Brasil Telefone: (41) 33163230 URL da Homepage: https://www.icc.fiocruz.br/labreg/

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Genética

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (24)
1. BISPO, S. ; FARIAS, T. D. J. ; DE ARAUJO-SOUZA, PATRICIA SAVIO ; CINTRA, R. ; SANTOS, H. G. ; JORGE, NATASHA A. N. ; CASTRO, M. A. ; WAJNBERG, GABRIEL ; SCHERER, NICOLE DE MIRANDA ; GENTA, M. L. ; CARVALHO, J. P. ; VILLA, L. L. ; SICHERO, L. ; Passetti, F. Dysregulation of Transcription Factor Networks Unveils Different Pathways in Human Papillomavirus 16-Positive Squamous Cell Carcinoma and Adenocarcinoma of the Uterine Cervix. FRONTIERS IN ONCOLOGY. v. 11, p. 626187, issn: 2234-943X, 2021.
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Livros publicados/organizados ou edições (0)
Capítulos de livros publicados (2)
1. Passetti, Fabio; Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; Durham, Alan. Using Bioinformatics Tools to Study the Role of microRNA in Cancer. Em: Ronald Trent. (Org.). Clinical Bioinformatics (Methods in Molecular Biology, vol. 1168). 2ed.New York. : Springer New York. 2014.v. 1, p. 99-116.
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2. Oliveira, P.S.L. ; Passetti, F. Bioinformática na Oncologia. Em: FERREIRA, C.G.; DA ROCHA, J.C.C.. (Org.). Oncologia Molecular. 2ed.São Paulo. : Atheneu. 2010.p. 533-545.
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Resumos publicados em anais de congressos (32)
1. SILVA, E. M. G. ; Tavares, Raphael ; Passetti, Fabio. Comparative analysis of human and mouse brain proteomes unveil orthologous splice variants. Em: 14th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2018, 2018, São Pedro. X-meeting 2018 Abstract Book, 2018.
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2. OLIVEIRA, F. C. M. ; WAJNBERG, GABRIEL ; Passetti, Fabio. The assessment of the impact of small deletions within human protein domains using transcriptome data: a pilot study in lung cancer. Em: 13th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2017, 2017, Águas de São Pedro. X-meeting 2017 Abstract Book, 2017.
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3. MARTINS, T. G. ; SILVA, E. M. G. ; Tavares, R. ; Passetti, Fabio. Analysis of splice variants in the proteome of Alzheimer's disease: preliminary results. Em: 13th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2017, 2017, Águas de São Pedro. X-meeting 2017 Abstract Book, 2017.
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4. SILVA, E. M. G. ; MARTINS, T. G. ; Tavares, R. ; Passetti, Fabio. Comparative analysis of the alternative splicing diversity in the human and mouse brain proteomes: preliminary results. Em: 13th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2017, 2017, Águas de São Pedro. X-meeting 2017 Abstract Book, 2017.
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5. JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, GABRIEL ; CARVALHO, B. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio. PIWI-interacting RNA and small nucleolar RNA signatures of smokers and non-smokers in lung adenocarcinoma. Em: 12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016 Abstract Book, 2016.
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6. OLIVEIRA, F. C. M. ; WAJNBERG, GABRIEL ; Passetti, Fabio. The assessment of the impact of small deletions within human protein domains using transcriptome data: a preliminary analysis. Em: 12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016 Abstract Book, 2016.
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7. WAJNBERG, GABRIEL ; SCHERER, NICOLE M. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio. The assessment of small deletions impact within human exons in protein domains of 66 genomes in the 1000genomes project using transcriptome data. Em: ISMB 2016, 2016, Orlando. ISMB 2016 Abstract Book, 2016.
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8. WAJNBERG, GABRIEL ; SCHERER, NICOLE M. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio. The discovery of novel multiple small deletions within human coding genes associated to known lung cancer pathways. Em: 12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016 Abstract Book, 2016.
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9. BLANCO, J. N. ; JORGE, N. A. N. ; Passetti, Fabio. Single nucleotide variation analysis in microRNA target regions in colorectal cancer. Em: 12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016 Abstract Book, 2016.
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11. Tavares, Raphael ; SCHERER, NICOLE DE MIRANDA ; PAULETTI, BIANCA ALVES ; MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL ; LEME, ADRIANA FRANCO PAES ; Passetti, Fabio. Splice variant detection in the human and mouse brains using proteogenomics. Em: 6th Conference of the Brazilian Mass Spectrometry Society & 1st Ibero American Conference on Mass Spectrometry (6th BrMASS/1st IbMASS), 2016, Rio de Janeiro. 6th Conference of the Brazilian Mass Spectrometry Society & 1st Ibero American Conference on Mass Spectrometry (6th BrMASS/1st IbMASS) Abstract Book, 2016.
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15. WAJNBERG, G. ; SCHERER, N. M. ; Ferreira, C G ; PASSETTI, F.. Identification of small deletions within human exons in asian and european genomes using transcriptome data. Em: X-meeting/BSB 2015, 2015, São Paulo. Anais do X-meeting/BSB 2015, 2015.
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28. Tavares, R. ; Folador, Edson Luiz ; KASHIWABARA, A. ; JORGE, N. A. N. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio. Development of a computational approach to translate in silico splice variants detected in the human transcriptome: preliminary results. Em: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis (SC). X-meeting 2011 Abstract Book, 2011.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
29. SILVA, R. T. ; Ferreira, C G ; PASSETTI, F.. Development of a database of splice variants translated in silico. Em: International Workshop on Genomic Databases, 2010, Buzios. IWGD'10 Abstract Book, 2010.
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30. FOLADOR, E. L. ; BINATO, R. ; NEVES, P. ; CORREA, S. ; RENAUD, G. ; Ferreira, C G ; ABDELHAY, E. ; PASSETTI, F.. pLIMS: an innovative approach to manage and analyze 2D/1D protein gel. Em: International Workshop on Genomic Databases, 2010, Buzios. IWGD'10 Abstract Book, 2010.
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31. JORGE, N. A. N. ; Ferreira, C G ; LIMA, A. M. ; PASSETTI, F.. Searching for TPP riboswitch candidates in the Human Genome. Em: International Workshop on Genomic Databases, 2010, Buzios. IWGD'10 Abstracts book, 2010.
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32. RENAUD, G. ; NEVES, P. ; PASSETTI, F.. SEGTOR: A web interface to rapidly annotate coordinates, SNVs, insertions and deletions from next-generation sequencing data. Em: International Workshop on Genomic Databases, 2010, Buzios. IWGD'10 Abstracts Book, 2010.
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Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (17)
1. Passetti, Fabio. Redes de fatores de transcrição revelam diferentes vias envolvidas no carcinoma de células escamosas e no adenocarcinoma do colo uterino causados por HPV-16. 2021. Apresentação de Trabalho/Seminário
2. Passetti, Fabio. Non-protein coding genes can distinguish at the molecular level adenocarcinoma from squamous cell carcinoma of the cervix. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
3. PASSETTI, F. Desvendando a diversidade de eventos de splicing alternativo no proteoma humano. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
4. Passetti, Fabio. Desenvolvimento de uma abordagem computacional em proteogenômica e a sua aplicação no estudo do perfil de variantes por splicing alternativo no homem. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
5. Tavares, R. ; SCHERER, N. M. ; PAULETTI, B. A. ; MARTINS-E-SOUZA, D. ; LEME, A. F. P. ; Passetti, Fabio. Splice variant detection in the human and mouse brains using proteogenomics. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
6. PASSETTI, F. Introduction to Linux. 2015. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
7. PASSETTI, F. High-throughput sequencing: da produção à análise dos dados. 2015. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
8. Passetti, Fabio. Desenvolvimento de métodos computacionais inovadores para o estudo do impacto da diversidade produzida por eventos de splicing altenrativo e de INDELs na sequência de proteínas. 2015. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
9. PASSETTI, F. O Genoma Humano. 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
10. PASSETTI, F. O Genoma Humano. 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
11. Passetti, Fabio. Genomics and transcriptomic analyses of cervical cancers: Bioinformatics. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
12. Passetti, Fabio. Genomics and transcriptomic analyses of cervical cancers: project outline. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
13. Passetti, Fabio. O papel da Bioinformática na Pesquisa em Biologia. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
14. Passetti, Fabio. Palestra. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
15. Passetti, Fabio. Aplicações de Bioinformática para Estudos em Oncologia. 2012. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
16. Passetti, Fabio. Abordagens computacionais para a análise de genômica e gerenciamento de dados de proteômica. 2012. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
17. Passetti, Fabio. Palestra. 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
Demais tipos de produção bibliográfica (0)

Produção técnica

Programas de computador com registro de patente (0)
Programas de computador sem registro de patente (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (2)
1. PASSETTI, F.; CONSTANZI-STRAUSS, E. ; EVANGELISTA, A. C. ; ARAUJO, L. H.. 5° seminário sobre câncer - diagnóstico molecular. 2020. (Programa de rádio ou TV/Mesa. 2020.
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2. PASSETTI, F. Avanço da oncologia molecular está longe de pacientes no sistema público. 2020. (Programa de rádio ou. 2020.
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Demais tipos de produção técnica (3)
1. Passetti, Fabio; SCHERER, NICOLE M. ; Tavares, Raphael ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Pinho, M.B.. O uso de ferramentas de Bioinformática para a inovação científica em Oncologia (durante o IV Curso de Verão Pesquisa em Oncologia INCA). 2012. Curso de curta duração ministrado/Extensão
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2. PASSETTI, F.; SCHERER, N. ; Folador, Edson Luiz ; SILVA, R. T. ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Pinho, M.B.. I CURSO PRÁTICO DE INTRODUÇÃO À PROGRAMAÇÃO PARA BIOINFORMÁTICA. 2011. Curso de curta duração ministrado/Extensão
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3. PASSETTI, F. Bioinformática (14o Encontro Nacional de Biomedicina). 2011. Curso de curta duração ministrado/Extensão
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Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. Flávia Cristina de Paula Freitas. . Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ.. Início: 2021.
  Supervisor: Fabio Passetti.
Tese de doutorado (6)
1. Vinícius da Silva Coutinho Parreira. Análise do impacto de vesículas extracelulares de patógenos que acometem o cérebro usando modelos murinos. Tese (Doutorado em BIOCIÊNCIAS E BIOTECNOLOGIA) - Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. Início: 2020.
  Orientador: Fabio Passetti.
2. Aline Beatriz Mello Rodrigues. Identificação in silico de potenciais inibidores para variantes de splicing alternativo de Rho quinase no tratamento e controle da esclerose múltipla. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2020.
  Supervisor: Fabio Passetti.
3. Letícia Graziela Costa Santos de Mattos. Identificação Computacional de Proteínas Oriundas de Eventos por Splicing Alternativo Ortólogas Entre Humano e Camundongo. Tese (Doutorado em BIOCIÊNCIAS E BIOTECNOLOGIA EM SAÚDE) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019.
  Orientador: Fabio Passetti.
4. Alexandre Zanatta Vieira. Atuação de ncRNA no mecanismo de resistência a antimicrobianos em bactérias. Tese (Doutorado em BIOCIÊNCIAS E BIOTECNOLOGIA) - Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. (Coorientador).. Início: 2019.
  Supervisor: Fabio Passetti.
5. Alana Serrano Campelo de Souza. Analise de genes associados a resposta imunológica em lesões precurssoras do carcinoma do colo do utero. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2019.
  Supervisor: Fabio Passetti.
6. Esdras Matheus Gomes da Silva. Desenvolvimento de uma abordagem proteogenômica para identificação de variantes de aminoácido único em diferentes modelos biológicos. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018.
  Orientador: Fabio Passetti.
Dissertação de mestrado (0)
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (0)
Orientações de outra natureza (1)
1. Carolina Mathias. Estudo do impacto da diversidade de transcritos e o seu reflexo no proteoma de diferentes regiões do cérebro. Orientação de outra natureza. Fundação Oswaldo Cruz. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, . Início: 2021.
  Orientador: Fabio Passetti.

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (3)
1. Saloe Bispo Poubel. . Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. 2020.
  Supervisor: Fabio Passetti.
2. Ticiana Della Justina Farias. . Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. 2020.
  Supervisor: Fabio Passetti.
3. Saloe Bispo Poubel. . Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. 2020.
  Supervisor: Fabio Passetti.
Tese de doutorado (5)

Thais Guimarães Martins. Análise da diversidade de splicing alternativo no proteoma de doenças neurodegenerativas. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Fabio Passetti.
Deborah Antunes dos Santos. Searching for TPP riboswitch in the human genome and comparison with others from different species. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Fabio Passetti.
Gabriel Wajnberg. O impacto de pequenas deleções genômicas em domínios protéicos identificadas a partir de dados de rna-seq de amostras de pacientes de adenocarcinoma de pulmão. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Fabio Passetti.
Natasha Andressa Nogueira Jorge. Utilização de rnas não codificadores pequenos na distinção de amostras humanas de câncer de pulmão e de células do sangue. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Fabio Passetti.
Raphael Tavares da Silva. nálise de variantes de splicing em homem e camundongo por uma abordagem de proteogenômica. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Fabio Passetti.
Dissertação de mestrado (7)

Vinícius da Silva Coutinho Parreira. Análise da atuação do mecanismo da via NMD em variantes por splicing alternativo no transcriptoma humano por uma abordagem de bioinformática. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Fabio Passetti.
Aruana Fagundes Fiuza Hansel Fröze. Identificação de variantes de splicing alternativo de RNAs não codificadores no transcriptoma de carcinoma cervical de células escamosas e adenocarcinoma cervical. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Fabio Passetti.
Esdras Matheus Gomes da Silva. Análise comparativa da diversidade de splicing alternativo no proteoma do cérebro humano e murino. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Fabio Passetti.
Mayla Abrahim Costa. Análise do perfil de expressão de piRNA e snoRNA em diferentes subtipos de câncer de tireóide. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Fabio Passetti.
Gabriel Wajnberg. Análise de variação do número de cópias de genes em câncer de bexiga. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. 2013.
Orientador: Fabio Passetti.
Natasha Andressa Nogueira Jorge. SncSeq: um pipeline para análise de dados de sequenciamento de segunda geração de pequenos RNAs não-codificantes. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. 2013.
Orientador: Fabio Passetti.
Raphael Tavares da Silva. Desenvolvimento de uma abordagem computacional para a tradução in silico de variantes de splicing detectadas no transcriptoma humano. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Fabio Passetti.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (1)

Raphael Tavares da Silva. Análise por Bioinformática sequências repetidas nos sítios de splice no transcriptoma humano. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Oncologia) - Instituto Nacional de Câncer, . 2010.
Orientador: Fabio Passetti.
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (2)

Fernanda Cristina Medeiros de Oliveira. Desenvolvimento de uma abordagem inovadora para a análise do impacto de polimorfismos de sequência encontrados no genoma humano em domínios proteico. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Fabio Passetti.
Jéssica Noronha Blanco. Caracterização e frequência de variações de nucleotídeo único em regiões alco de miRNAs em câncer colorretal. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Fabio Passetti.
Orientações de outra natureza (3)

Flávia Cristina de Paula Freitas. Estudo do impacto da diversidade de transcritos e o seu reflexo no proteoma de diferentes regiões do cérebro. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020.
Orientador: Fabio Passetti.
Gabriel Lira Espindola Mendes. Desenvolvimento de uma abordagem compuacional para análise de proteomas. Orientação de outra natureza - Instituto Nacional de Câncer, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Fabio Passetti.
Cristóvão Freitas Iglesias Junior. Construção de Banco de Dados de Protocolos de Experimentos de Predição de Estrutura. (Ciências Biológicas: Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, . 2012.
Orientador: Fabio Passetti.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (5)

2016-Atual. Sequenciamento e analise de polimorfismos de sequencia e do perfil de expressao genica de dois subtipos de cancer de colo uterino: carcinoma escamoso e adenocarcinoma
Descrição: Análise em larga escala do transcriptoma de pacientes de CCU. Projeto de pesquisa apoiado pelo INCT-HPV.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Nicole de Miranda Scherer - Integrante / Luisa Lina Villa - Integrante / DE ARAUJO-SOUZA, PATRICIA SAVIO - Integrante / Laura Sichero - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1
Membro: Fabio Passetti.
2013-2017. Projeto MYOP
Descrição: Desenvolvimento de um novo preditor de genes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabio Passetti - Integrante / Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Kashiwabara - Integrante.
Membro: Fabio Passetti.
2013-Atual. Uso de dados de transcriptoma para a analise da diversidade do proteoma por Bioinformatica
Descrição: O splicing alternativo é caracterizado como uma eficiente forma para aumento do repertório protéico de um organismo sem a necessidade de incremento do número de genes. Entretanto, são escassos os estudos de proteômica nos quais sejam apresentadas novas isoformas de proteínas decorrentes de splicing alternativo. Um dos motivos para que isto ocorra é a falta de estratégias para a tradução de dados de transcriptoma que possibilitem a produção de repositórios de sequências hipotéticas de proteínas que auxiliem na detecção de proteínas submetidas a técnicas e espectrometria de massa. Entretanto, pouca atenção tem sido dada aos dados de sequenciamento de alta vazão disponíveis publicamente. Este projeto de pesquisa pretende contribuir na caracterização em larga escala de proteínas resultantes de splicing alternativo usando dados de sequenciadores de alta vazão. Em termos biológicos, já existem casos na literatura que reportam eventos de splicing alternativo levando à ocorrência de proteínas dominante-negativas, atenuadoras da atividade biológica ou até mesmo antagonistas. Assim, valendo-se de dados de transcriptoma do homem, rato e camundongo, este projeto pode também contribuir para o descobrimento de biomarcadores a partir da sua utilização para a análise de experimentos em larga escala de proteômica. Desta forma, podem ser propostos novos biomarcadores que sejam utilizados no diagnóstico mais eficiente de diferentes patologias. Neste sentido, a metodologia de Bioinformática que será empregada neste projeto para a construção dos repositórios, foi utilizada em outro projeto para a validação experimental de candidatos a biomarcadores de câncer selecionados pela referida técnica de Bioinformática. Resultados preliminares mostram que mais de 70% das variantes de splicing ainda inéditas na literatura e selecionadas para o estudo tiveram a sua validação experimental confirmada.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / DE ARAUJO-SOUZA, PATRICIA SAVIO - Integrante / Adriana Abalen Martins Dias - Integrante / Andrea Siqueira Haibara - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 7 / Número de orientações: 1
Membro: Fabio Passetti.
2012-2013. Analise por bioinformatica do transcriptoma traduzido do homem, rato e camundongo
Descrição: Tradução in silico de dados de transcriptoma. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Nicole de Miranda Scherer - Integrante / Carlos Gil Ferreira - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2
Membro: Fabio Passetti.
2010-Atual. Desenvolvimento de uma metodologia para a criacao de um banco de dados de proteinas oriundas de splicing alternativo
Descrição: Desenvolvimento de uma abordagem computacional para a eficiente tradução de variantes de splicing alternativo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Número de produções C, T & A: 2
Membro: Fabio Passetti.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (11)

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2, 2020-2022, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq.. 2020.
Membro: Fabio Passetti.
Prêmio de Teses Alexandre Peixoto para tese de Deborah Antunes dos Santos, IOC/Fiocruz.. 2019.
Membro: Fabio Passetti.
Prêmio de Teses Alexandre Peixoto para tese de Natasha Andressa Nogueira Jorge, IOC/Fiocruz.. 2018.
Membro: Fabio Passetti.
Prêmio de Teses Alexandre Peixoto para tese de Raphael Tavares da Silva, IOC/Fiocruz.. 2017.
Membro: Fabio Passetti.
Prêmio CAPES de Tese 2017 da área Interdisciplinar para tese de Raphael Tavares da Silva, CAPES.. 2017.
Membro: Fabio Passetti.
Bolsista do programa Jovem Cientista do Nosso Estado, 2016-2019, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro, FAPERJ.. 2016.
Membro: Fabio Passetti.
Bolsita de Produtividade em Desenvolvimento Tecnológico e Extensão Inovadora - DT 2012, nível 2, 2013-2015, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq.. 2013.
Membro: Fabio Passetti.
Bolsista do programa Jovem Cientista do Nosso Estado, 2013-2016, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro, FAPERJ.. 2013.
Membro: Fabio Passetti.
Menção honrosa na apresentação oral do aluno Raphael Tavares da Silva na categoria Transcriptomics & Proteomics no X-Meeting 2013, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).. 2013.
Membro: Fabio Passetti.
Melhor trabalho apresentado pela aluna Natasha Andressa Nogueira Jorge na categoria Iniciação Científica na VII Jornada de Iniciação Científica & II Jornada de Pós-Gradução, Instituto Nacional de Câncer.. 2010.
Membro: Fabio Passetti.
Bolsita de Produtividade em Desenvolvimento Tecnológico e Extensão Inovadora - DT 2009, nível 2, 2010-2012, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq.. 2010.
Membro: Fabio Passetti.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (6)

9th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2013). SpliceProt: a protein sequence repository of predicted human splice variants. 2013. (Congresso).
8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2013). Development of a computational approach to translate in silico splicing variants detected in the human transcriptome. 2012. (Congresso).
Reunião BrProt - Sociedade Brasileira de Proteômica.Development of a computational approach to translate in silico splicing variants detected in the human transcriptome. 2012. (Simpósio).
7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011). Development of a computational approach to translate in silico splice variants detected in the human transcriptome: preliminary results. 2011. (Congresso).
6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010). 2010. (Congresso).
International Workshop on Genomic Databases.International Workshop on Genomic Databases electrophoresis experiments for collaborative projects. 2010. (Oficina).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (13)

Passetti, Fabio; GUIMARAES, A. C. R.. II International Course on Bioinformatics Analysis of RNA-Seq Data. 2019. Outro
CATANHO, M. ; CURVO, P. ; Passetti, Fabio. Bioinformatics Analysis of RNA-Seq Data. 2018. Outro
PASSETTI, F.; ALVES, F.. International Course on Theoretical and Applied Aspects of Systems Biology. 2016. Outro
Saraiva, A. M.; CHAPMAN, A. D. ; Thompson, Alexander ; CARTOLANO JÚNIOR, E.A. ; STEVENSON, R. D.. TDWG Meeting 2016. 2016. Congresso
FRANCO, G. ; Durham, Alan ; CAMPOS, S. ; BRANDAO, M. ; LEMKE, N. ; GRYNBERG, P. ; PASSETTI, F. ; BITAR, M. ; SCHERER, N. ; FUJITA, A. ; GRUBER, A. ; HASHIMOTO, R. F.. X-meeting 2015. 2015. Congresso
OLIVEIRA, G. ; GALANTE, P. A. F. ; FRANCO, G. ; Passetti, F ; DURHAM, A. M. ; SILVA JR., F.. ISCB-LA/X-meeting 2014. 2014. Congresso
OLIVEIRA, G. ; SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA, N. F. ; ISEPPON, A. B. ; GUIMARAES, K. S. ; FONSECA, P. G. S. ; BALBINO, V. ; SILVA JR., F. ; FRANCO, G. ; Passetti, Fabio ; GALANTE, P. A. F.. X-meeting 2013. 2013. Congresso
Passetti, F; WAJNBERG, G. ; JORGE, N. A. N. ; Tavares, Raphael ; PINA, J. L. S. ; CARVALHO, P. D. ; SCHERER, N. M.. Uso de ferramentas de bioinformática para pesquisa em câncer (durante o Curso de Inverno da Fiocruz 2013). 2013. Outro
Passetti, Fabio; CARVALHO, B. ; OLIVEIRA, G.. RNA-Seq analysis using Bioconductor. 2013. Outro
OLIVEIRA, G. ; GIACHETTO, P. F. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; PEREIRA, G. A. G. ; CARAZZOLLE, M. F. ; SOBREIRA, T. J. P. ; PASSETTI, F. ; SILVA JR., W. ; GALANTE, P. ; FRANCO, G.. X-meeting 2012. 2012. Congresso
Passetti, F; Tavares, Raphael ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Pinho, M.B. ; SCHERER, N. M.. O uso de ferramentas de Bioinformática para a inovação científica em Oncologia (durante o IV Curso de Verão em Pesquisa em Oncologia do INCA). 2012. Outro
OLIVEIRA, G. ; COLLADO-VIDES, J. ; PORTO, L. M. ; PEDROSA, F. ; SILVA JR., W. ; FRANCO, G. ; PASSETTI, F. ; GALANTE, P.. X-meeting 2011. 2011. Congresso
Passetti, Fabio; JORGE, N. A. N. ; Tavares, Raphael ; WAJNBERG, G. ; FOLADOR, E. L. ; SCHERER, N. M.. I Curso Prático De Introdução À Programação Para Bioinformática. 2011. Outro

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (7)

Fabio Passetti ⇔ Emmanuel Dias-Neto (3.0)
NUNES, DIANA N. ; Dias-Neto, Emmanuel ; CARDÓ-VILA, MARINA ; EDWARDS, JULIANNA K. ; DOBROFF, ANDREY S. ; GIORDANO, RICARDO J. ; MANDELIN, JAMI ; BRENTANI, HELENA P. ; HASSELGREN, CATRIN ; YAO, VIRGINIA J. ; MARCHIÒ, SERENA ; PEREIRA, CARLOS A. B. ; Passetti, Fabio ; CALIN, GEORGE A. ; SIDMAN, RICHARD L. ; ARAP, WADIH ; PASQUALINI, RENATA. Synchronous down-modulation of miR-17 family members is an early causative event in the retinal angiogenic switch. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Online). v. 150, p. 201500008-3775, issn: 1091-6490, 2015.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
Tavares, Raphael ; Renaud, Gabriel ; Oliveira, Paulo Sergio Lopes ; Ferreira, Carlos G. ; Dias-Neto, Emmanuel ; Passetti, Fabio. Identical sequence patterns in the ends of exons and introns of human protein-coding genes. Computational Biology and Chemistry (Print). v. 36, p. 55-61, issn: 1476-9271, 2012.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
Sebollela, Adriano ; Freitas-Corrêa, Léo ; Oliveira, Fábio F. ; Mendes, Camila T. ; Wasilewska-Sampaio, Ana Paula ; Camacho-Pereira, Juliana ; Galina, Antonio ; Brentani, Helena ; Passetti, Fabio ; Felice, Fernanda G. ; Dias-Neto, Emmanuel ; Ferreira, Sérgio T.. Expression Profile of Rat Hippocampal Neurons Treated with the Neuroprotective Compound 2,4-Dinitrophenol: Up-Regulation of cAMP Signaling Genes. Neurotoxicity Research. v. 18, p. 112-123, issn: 1029-8428, 2010.
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Fabio Passetti ⇔ Fernanda Guarino De Felice (1.0)
Sebollela, Adriano ; Freitas-Corrêa, Léo ; Oliveira, Fábio F. ; Mendes, Camila T. ; Wasilewska-Sampaio, Ana Paula ; Camacho-Pereira, Juliana ; Galina, Antonio ; Brentani, Helena ; Passetti, Fabio ; Felice, Fernanda G. ; Dias-Neto, Emmanuel ; Ferreira, Sérgio T.. Expression Profile of Rat Hippocampal Neurons Treated with the Neuroprotective Compound 2,4-Dinitrophenol: Up-Regulation of cAMP Signaling Genes. Neurotoxicity Research. v. 18, p. 112-123, issn: 1029-8428, 2010.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]

Fabio Passetti ⇔ Claudia Nunes Duarte dos Santos (1.0)
SUZUKAWA, ANDRÉIA A. ; ZANLUCA, CAMILA ; JORGE, NATASHA A.N. ; DE NORONHA, LUCIA ; KOISHI, ANDREA C. ; DE PAULA, CAROLINE B.V. ; REBUTINI, PATRÍCIA Z. ; NAGASHIMA, SEIGO ; HANSEL-FROSE, ARUANA F.F. ; PARREIRA, VINÍCIUS S.C. ; BORDIGNON, JULIANO ; MACDONALD, MARGARET R. ; RICE, CHARLES M. ; Passetti, Fabio ; DUARTE DOS SANTOS, CLAUDIA NUNES. Downregulation of IGF2 expression in third trimester placental tissues from Zika virus infected women in Brazil. JOURNAL OF INFECTION. v. 81, p. S0163-4453(20)3, issn: 0163-4453, 2020.
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Fabio Passetti ⇔ Emanuel Maltempi de Souza (1.0)
PANKIEVICZ, V. C. S. ; CAMILIOS-NETO, D. ; BONATO, P. ; BALSANELLI, E. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; FAORO, H. ; CHUBATSU, L. S. ; DONATTI, L. ; WAJNBERG, G. ; PASSETTI, F. ; MONTEIRO, R. A. ; PEDROSA, F. O. ; SOUZA, E. M.. RNA-seq transcriptional profiling of Herbaspirillum seropedicae colonizing wheat (Triticum aestivum) roots. Plant Molecular Biology. v. 90, p. 589-603, issn: 0167-4412, 2016.
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Fabio Passetti ⇔ Fabio de Oliveira Pedrosa (1.0)
PANKIEVICZ, V. C. S. ; CAMILIOS-NETO, D. ; BONATO, P. ; BALSANELLI, E. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; FAORO, H. ; CHUBATSU, L. S. ; DONATTI, L. ; WAJNBERG, G. ; PASSETTI, F. ; MONTEIRO, R. A. ; PEDROSA, F. O. ; SOUZA, E. M.. RNA-seq transcriptional profiling of Herbaspirillum seropedicae colonizing wheat (Triticum aestivum) roots. Plant Molecular Biology. v. 90, p. 589-603, issn: 0167-4412, 2016.
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Fabio Passetti ⇔ Daniel Martins-de-Souza (1.0)
Tavares, Raphael ; WAJNBERG, GABRIEL ; SCHERER, NICOLE DE MIRANDA ; PAULETTI, BIANCA ALVES ; CASSOLI, JULIANA S. ; Ferreira, Carlos Gil ; PAES LEME, ADRIANA FRANCO ; DE ARAUJO-SOUZA, PATRICIA SAVIO ; MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL ; Passetti, Fabio. Unveiling alterative splice diversity from human oligodendrocyte proteome data. Journal of Proteomics (Print). v. 151, p. 293-301, issn: 1874-3919, 2017.
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Fabio Passetti ⇔ Lucia de Noronha (1.0)
SUZUKAWA, ANDRÉIA A. ; ZANLUCA, CAMILA ; JORGE, NATASHA A.N. ; DE NORONHA, LUCIA ; KOISHI, ANDREA C. ; DE PAULA, CAROLINE B.V. ; REBUTINI, PATRÍCIA Z. ; NAGASHIMA, SEIGO ; HANSEL-FROSE, ARUANA F.F. ; PARREIRA, VINÍCIUS S.C. ; BORDIGNON, JULIANO ; MACDONALD, MARGARET R. ; RICE, CHARLES M. ; Passetti, Fabio ; DUARTE DOS SANTOS, CLAUDIA NUNES. Downregulation of IGF2 expression in third trimester placental tissues from Zika virus infected women in Brazil. JOURNAL OF INFECTION. v. 81, p. S0163-4453(20)3, issn: 0163-4453, 2020.
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(*) Relatório criado com produções desde 2010 até 2021
Data de processamento: 06/11/2021 15:23:34

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