Especialistas Seniores em Covid-19 com atuação no Brasil

Marcelo Ribeiro da Silva Briones

Possui Graduação em Biologia e Mestrado pela Universidade de São Paulo, Doutorado pela Universidade Federal de São Paulo (1994) e Pós-doutorado pela New York University (EUA) (1994-1996). É professor da Universidade Federal de São Paulo e foi pesquisador internacional do Howard Hughes Medical Institute (EUA) (2000-2005). Tem experiência na área de Genômica e Biologia Molecular, com ênfase em processos evolutivos e bioinformática. Atua também na análise estatística em informática em saúde pela ligação entre a informação genômica e dados clínicos de pacientes. Participou como investigador principal do projeto genoma da Xylella fastidiosa da FAPESP, foi coordenador de centro de sequenciamento no projeto genoma humano do câncer (FAPESP e Instituto Ludwig) e do transcriptoma do cérebro epilético. É membro titular da Academia de Ciências do Estado de São Paulo, Life Fellow do Galton Institute (Reino Unido), foi membro do comitê gestor da iniciativa brasileira de medicina de precisão (BIPMED), é editor associado de bioinformática e biologia computacional dos periódicos Frontiers in Genetics e Frontiers in Bioengineering and Biotechnology e coordenador do Centro de Bioinformática Médica da Escola Paulista de Medicina da UNIFESP. (Texto informado pelo autor)

https://lattes.cnpq.br/0018992452321910 (20/10/2021)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq: Nível 1C

Período de análise:

Endereço: Universidade Federal de São Paulo, Departamento de Microbiologia Imunobiologia e Parasitologia. Rua Botucatu, 862 ECB 3 andar Vila Clementino 04023062 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (011) 55764537

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Microbiologia

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (27)
1. LOPES, LUCIANO R. ; FERREIRA, R. C. E. ; ANTONELI JR, F. ; PAIVA, P. B. ; BRIONES, MRS. Possible impact of ancient oxygen levels on mitochondrial genome evolution as inferred by supertrees, supermatrices and relaxed molecular clocks. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH. v. 20, p. GMR18485, issn: 1676-5680, 2021.
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2. CAMPOS, J. H. C. ; MARICATO, J. T. ; BARCONI, C. T. ; ANTONELI, F. ; JANINI, L. M. R. ; BRIONES, M. R. S.. Direct RNA Sequencing Reveals SARS-CoV-2 m6A Sites and Possible Differential DRACH Motif Methylation among Variants. Viruses-Basel. v. 13, p. 2108-2116, issn: 1999-4915, 2021.
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3. MEHRPOUR, SHEIDA ; RODRIGUES, CAMILA RONQUI ; FERREIRA, RENATA CARMONA ; BRIONES, MARCELO RIBEIRO DA SILVA ; OLIVEIRA, ACARY SOUZA BULLE. Hardy-Weinberg Equilibrium in different mitochondrial haplogroups of four genes associated with neuroprotection and neurodegeneration. Arquivos de Neuro-Psiquiatria (Online). v. 78, p. 269-276, issn: 1678-4227, 2020.
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4. ANTONELI, FERNANDO ; PASSOS, FERNANDO M. ; LOPES, LUCIANO R. ; BRIONES, MARCELO R. S.. A Kolmogorov-Smirnov test for the molecular clock based on Bayesian ensembles of phylogenies. PLoS One. v. 13, p. e0190826, issn: 1932-6203, 2018.
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5. Briones, M.R.S.; SNYDER, A. M. ; FERREIRA, R. C. E. ; NEELY, E. B. ; CONNOR, J. R. ; BROACH, J. R.. A Possible Role for Platelet-Activating Factor Receptor in Amyotrophic Lateral Sclerosis Treatment. Frontiers in Neurology. v. 9, p. 39, issn: 1664-2295, 2018.
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6. BARTELLI, T. F. ; BRUNO, D. C. ; BRIONES, MRS. Whole-Genome Sequences and Annotation of the Opportunistic Pathogen Strain SC5314 Grown under Two Different Environmental Conditions. GENOME ANNOUNCEMENTS. v. 6, p. e01475-17, issn: 2169-8287, 2018.
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7. BARTELLI, T. F. ; BRUNO, D. C. ; BRIONES, M. R. S.. Evidence for Mitochondrial Genome Methylation in the Yeast Candida albicans: A Potential Novel Epigenetic Mechanism Affecting Adaptation and Pathogenicity?. Frontiers in Genetics. v. 9, p. 166, issn: 1664-8021, 2018.
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8. BRUNO, D. C. ; BARTELLI, T. F. ; BRIONES, M. R. S.. Genome Sequence of a Staphylococcus epidermidis Strain (GTH12) Associated with Candida albicans SC5314 Cultured under Hypoxia at 37°C in Glycerol for 12 Weeks. GENOME ANNOUNCEMENTS. v. 6, p. e00533-18, issn: 2169-8287, 2018.
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9. BRUNO, DANIELLE DO CARMO FERREIRA ; BARTELLI, THAIS FERNANDA ; RODRIGUES, CAMILA RONQUI ; Briones, Marcelo R.S.. Prolonged growth of Candida albicans reveals co-isolated bacteria from single yeast colonies. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION. v. 65, p. 117-126, issn: 1567-1348, 2018.
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10. ANTONELI, FERNANDO ; Ferreira, Renata C. ; Briones, Marcelo R.S.. A model of gene expression based on random dynamical systems reveals modularity properties of gene regulatory networks. Mathematical Biosciences. v. 276, p. 82-100, issn: 0025-5564, 2016.
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11. FERREIRA, RENATA C ; POPOVA, EVGENYA Y ; JAMES, JESSICA ; BRIONES, MARCELO RS ; ZHANG, SAMUEL S ; BARNSTABLE, COLIN J. Histone deacetylase 1 is essential for rod photoreceptor differentiation by regulating acetylation at histone H3 lysine 9 and histone H4 lysine 12 in the mouse retina. The Journal of Biological Chemistry (Print). v. 291, p. jbc.M116.756643, issn: 0021-9258, 2016.
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12. MERSEGUEL, KARINA BELLINGHAUSEN ; NISHIKAKU, ANGELA SATIE ; RODRIGUES, ANDERSON MESSIAS ; Padovan, Ana Carolina ; E FERREIRA, RENATA CARMONA ; SALLES DE AZEVEDO MELO, ANALY ; DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO ; COLOMBO, ARNALDO LOPES. Genetic diversity of medically important and emerging Candida species causing invasive infection. BMC Infectious Diseases (Online). v. 15, p. 57, issn: 1471-2334, 2015.
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13. IRINYI, L. International Society of Human and Animal Mycology (ISHAM)-ITS reference DNA barcoding database--the quality controlled standard tool for routine identification of human and animal pathogenic fungi. Medical Mycology (Oxford. Online). v. mmy, p. myv008, issn: 1460-2709, 2015.
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14. LICHTENSTEIN, F. ; ANTONELI JR, F. ; BRIONES, M. R. S.. MIA: Mutual Information Analyzer, a graphic user interface program that calculates entropy, vertical and horizontal mutual information of molecular sequence sets. BMC Bioinformatics. v. 16, p. 409, issn: 1471-2105, 2015.
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15. SILVA, RICHARD C. ; Padovan, Ana Carolina B. ; PIMENTA, D. C. ; Ferreira, Renata C. ; SILVA, C. V. ; BRIONES, MRS. Extracellular enolase of Candida albicans is involved in colonization of mammalian intestinal epithelium. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. v. 4, p. 66, issn: 2235-2988, 2014.
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16. DE OLIVEIRA, PRISCILA ; LIMA, FABIO MITSUO ; CRUZ, MARIO COSTA ; E FERREIRA, RENATA CARMONA ; SANCHEZ-FLORES, ALEJANDRO ; CORDERO, ESTEBAN M. ; CORTEZ, DANIELLE RODRIGUES ; FERREIRA, ÉDEN RAMALHO ; Briones, Marcelo Ribeiro ; MORTARA, RENATO ARRUDA ; DA SILVEIRA, JOSÉ FRANCO ; BAHIA, DIANA. Trypanosoma cruzi: Genome characterization of phosphatidylinositol kinase gene family (PIK and PIK-related) and identification of a novel PIK gene. Infection, Genetics and Evolution (Print). v. 12/04, p. 1-9, issn: 1567-1348, 2014.
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17. BARTELLI, T. F. ; Ferreira, Renata C. ; Colombo, Arnaldo L. ; BRIONES, M. R. S.. Intraspecific comparative genomics of Candida albicans mitochondria reveals non-coding regions under neutral evolution. Infection, Genetics and Evolution (Print). v. 14, p. 302-312, issn: 1567-1348, 2013.
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18. SILVA, D. C. ; SILVA, R. C. ; FERREIRA, R. C. E. ; BRIONES, M. R. S.. Examining marginal sequence similarities between bacterial type III secretion system components and Trypanosoma cruzi surface proteins: Horizontal gene transfer or convergent evolution?. Frontiers in Genetics. v. 4, p. 143, issn: 1664-8021, 2013.
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19. REAL, F. ; VIDAL, R. O. ; CARAZZOLLE, M. F. ; MONDEGO, J. M. C. ; COSTA, G. G. L. ; HERAI, R. H. ; WURTELE, M. ; CARVALHO, L. M. ; FERREIRA, R. C. E. ; MORTARA, R. A. ; BARBIERI, C. L. ; MIECZKOWSKI, P. ; SILVEIRA, J. F. ; BRIONES, M. R. S. ; PEREIRA, G. A. G. ; BAHIA, D.. The Genome Sequence of Leishmania (Leishmania) amazonensis: Functional Annotation and Extended Analysis of Gene Models. DNA Research. v. Adv, p. 1-15, issn: 1340-2838, 2013.
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20. XAFRANSKI, HEMÍLIO ; MELO, ANALY SA ; MACHADO, ANTONIA M ; BRIONES, MARCELO RS ; COLOMBO, ARNALDO L. A quick and low-cost PCR-based assay for Candida spp. identification in positive blood culture bottles. BMC Infectious Diseases (Online). v. 13, p. 467, issn: 1471-2334, 2013.
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21. Ferreira, Renata C. ; ANTONELI, FERNANDO ; BRIONES, MARCELO R. S.. The hidden factors in impact factors: a perspective from Brazilian science. Frontiers in Genetics. v. 4, p. 130, issn: 1664-8021, 2013.
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22. Ferreira, Renata C. ; Briones, Marcelo R.S.. Phylogenetic evidence based on Trypanosoma cruzi nuclear gene sequences and information entropy suggest that inter-strain intragenic recombination is a basic mechanism underlying the allele diversity of hybrid strains. Infection, Genetics and Evolution (Print). v. 12, p. 1064-1071, issn: 1567-1348, 2012.
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23. SOUZA, A. C. R. ; FERREIRA, R. C. ; GONCALVES, S. S. ; QUINDOS, G. ; ERASO, E. ; BIZERRA, F. C. ; BRIONES, M. R. S. ; COLOMBO, A. L.. Accurate Identification of Candida parapsilosis (Sensu Lato) by Use of Mitochondrial DNA and Real-Time PCR. Journal of Clinical Microbiology (Print). v. 50, p. 2310-2314, issn: 0095-1137, 2012.
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24. CORTEZ, CRISTIAN ; MARTINS, RAFAEL M. ; ALVES, RENAN M. ; SILVA, RICHARD C. ; BILCHES, LUCIANA C. ; MACEDO, SILENE ; ATAYDE, VANESSA D. ; Kawashita, Silvia Y. ; BRIONES, MARCELO R. S. ; YOSHIDA, NOBUKO ; TRAUB-CSEKÖ, YARA M.. Differential Infectivity by the Oral Route of Trypanosoma cruzi Lineages Derived from Y Strain. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online). v. 6, p. e1804, issn: 1935-2735, 2012.
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25. Bosco, Francisco ; CASTRO, D. ; BRIONES, M. R. S.. Neutral and Stable Equilibria of Genetic Systems and the Hardy¿Weinberg Principle: Limitations of the Chi-Square Test and Advantages of Auto-Correlation Functions of Allele Frequencies. Frontiers in Genetics. v. 3, p. 276, issn: 1664-8021, 2012.
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26. MERSEGUEL, K. ; NISHIKAKU, A. S. ; PIRES, D. C. ; Padovan, A.C.B. ; FERREIRA, R. C. ; Melo, Analy S. A. ; BRIONES, M. R. S. ; COLOMBO, A. L.. Molecular identification of Candida strains from a large brazilian collection. MYCOSES. v. 55, p. 273, issn: 0933-7407, 2012.
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27. Ienne, Susan ; Pedroso, Aurélio ; Carmona e Ferreira, Renata ; Briones, Marcelo R.S. ; Zingales, Bianca. Network genealogy of 195-bp satellite DNA supports the superimposed hybridization hypothesis of Trypanosoma cruzi evolutionary pattern?. Infection, Genetics and Evolution (Print). v. 10, p. 601-606, issn: 1567-1348, 2010.
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Livros publicados/organizados ou edições (0)
Capítulos de livros publicados (0)
Textos em jornais de notícias/revistas (1)
1. BRIONES, M. R. S. A Falácia Ateísta de Richard Dawkins. Mensageiro Luterano, Editora Concórdia Porto Alegre, p. 10-16, 01 set. 2011.
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Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
Resumos publicados em anais de congressos (0)
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (3)
1. BRIONES, MRS. Estrutura, expressão e evolução da informação genética em micoorganismos patogênicos. 2012. Apresentação de Trabalho/Seminário
2. BRIONES, M. R. S. Evolução da informação genética e dinâmica da expressão gênica de microorganismos. 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
3. BRIONES, MRS. Evolução e dinâmica da expressão gênica de microorganismos na perspectiva da sistemática molecular e teoria da informação. 2010. Apresentação de Trabalho/Seminário
Demais tipos de produção bibliográfica (8)
1. CAMPOS, J. H. C. ; AGUIAR, A. C. R. ; ANTONELI, F. ; TRUZZI, G. ; BRIONES, M. R. S. ; FERREIRA, R. C. E. ; COELHO, F. M. S.. Whole-genome analysis of monozygotic twins discordant for type 1 narcolepsy. New Haven, CT, USA: Yale University / Cold Spring Harbor Laboratory. 2021. Pre-Print
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2. CAMPOS, J. H. C. ; MARICATO, J. T. ; BARCONI, C. T. ; ANTONELI, F. ; JANINI, L. M. R. ; BRIONES, M. R. S.. Direct RNA sequencing reveals SARS-CoV-2 m6A sites and possible differential DRACH motif methylation among variants. Cold Spring Harbor Laboratory. 2021. Pre-Print
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
3. Briones, Marcelo R.S.; ANTONELI, F. ; FERREIRA, R. C. E. ; Carvalho MVGI ; Janini LMR. Noisy Genome Data and Faulty Clade Statistics Undermine Conclusions on SARS-CoV-2 Evolution and Strain Typing in the Brazilian Epidemy: A Technical Note. Basel, Suíca.: https://www.preprints.org/. 2020. Pre-Print
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
4. FURUYAMA, T. N. ; ANTONELI, F. ; Carvalho MVGI ; Briones, Marcelo R.S. ; Janini LMR. Temporal data series of COVID-19 epidemics in the USA, Asia and Europe suggests a selective sweep of SARS-CoV-2 Spike D614G variant. Ithaca, New York, USA: Cornell University. 2020. Pre-Print
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
5. BARTELLI, T. F. ; BRUNO, D. C. ; LICHTENSTEIN, F. ; BRIONES, M. R. S.. Experimental evolution of Candida albicans under hypoxia and heat shock reveals nuclear genome variants and mitochondrial methylome alterations. Cold Spring Harbor Laboratory doi: https://doi.org/10.1101/167338. 2017. Pre-Print
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6. BRUNO, D. C. ; BARTELLI, T. F. ; RODRIGUES, C. R. ; BRIONES, M. R. S.. Experimental evolution and genome data analysis of Candida albicans reveals cryptic bacteria in single yeast colonies. Cold Spring Harbor Laboratory doi: https://doi.org/10.1101/168500. 2017. Pre-Print
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
7. FERREIRA, R. C. E. ; BRIONES, M. R. S. ; ANTONELI, F.. A Model of Gene Expression Based on Random Dynamical Systems Reveals Modularity Properties of Gene Regulatory Networks. Ithaca, NY, USA: Cornell University Library. 2013. Pre-Print
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
8. SILVA, D. C. ; SILVA, R. C. ; FERREIRA, R. C. E. ; BRIONES, M. R. S.. Examining marginal sequence similarities between bacterial type III secretion system and Trypanosoma cruzi surface proteins: Horizontal gene transfer or convergent evolution?. Ithaca, NY: Cornell University. 2012. Pre-Print
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Produção técnica

Programas de computador com registro de patente (0)
Programas de computador sem registro de patente (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (0)

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. João Henrique Coelho Campos. . Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2021.
  Supervisor: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Tese de doutorado (1)
1. Camila Ronqui Rodrigues. Genômica da resposta à drogas em Esclerose Lateral Amiotrófica esporádica. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2018.
  Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Dissertação de mestrado (1)
1. Ilda Manuelly Santos. Polimorfismos no genoma mitocondrial humano associados com a Esclerose Lateral Amiotrófica. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, . Início: 2018.
  Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (0)
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (2)
1. Luciano Rodrigo Lopes. . Universidade Federal de São Paulo, . 2018.
  Supervisor: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
2. Renata Carmona e Ferreira. . Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
  Supervisor: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Tese de doutorado (5)

João Henrique Coelho Campos. Associação de variantes do genoma mitocondrial à Esclerose lateral amiotrófica e sua distribuição em haplogrupos. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Luciano Rodrigo Lopes. Investigação da transferência de genes mitocondriais para o genoma nuclear e comparação evolutiva entre ambos os genomas. Tese (Doutorado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, . 2017.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Danielle do Carmo Ferreira da Silva. Distribuição e morfologia de mitocôndrias der Candida albicans em condições de hipóxia e choque térmico. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Thais Fernanda Bartelli. Alterações no genoma mitocondrial de Candida albicans em microaerofilia, anaerobiose e variação térmica. Tese (Doutorado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Flavio Lichtenstein. Diferenciação de espécies biológicas através de algoritmos de análise de entropia utilizando dados de sequências genéticas. Tese (Doutorado em Gestão e Informática em Saúde) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Dissertação de mestrado (5)

Ilda Manuelly Santos. Polimorfismos no genoma mitocondrial associados à esclerose lateral amiotrófica. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Camila Ronqui Rodrigues. Recombinação no DNA mitcondrial humano na perspectiva de testes de Bootscan. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, . 2017.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Danielle do Carmo Ferreira da Silva. Similaridades entre as sequências de proteínas de invasão celular de Trypanosoma cruzi e bactérias intracelulares: transferência horizontal de genes ou convergência evolutiva?. Dissertação (Mestrado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Thais Fernanda Bartelli. Identificação de domínios de evolução neutra no DNA mitocondrial de Candida albicans e suas possíveis aplicações em tipagem. Dissertação (Mestrado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Richard Cardoso da Silva. Caracterização de genes hipotéticos e o papel da Enolase da superfície de C. albicans na adesão celular. Dissertação (Mestrado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (3)

STELA FLORENCIO DA SILVA. EFEITO DA HIPÓXIA E CHOQUE TÉRMICO NA FORMAÇÃO DE BIOFILME E PERFIL DE RESISTÊNCIA A DROGAS ANTIFÚNGICAS EM Candida albicans. (Graduação em Ciências Biomédicas) - Faculdades Metropolitanas Unidas, . 2015.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
CamilaCardosoDiSanto. DENOVOASSEMBLY:ESTUDOPRÁTICODAMONTAGEMDOGENOMANUCLEARDA LINHAGEML757DECANDIDAALBICANS. (Graduação em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo, . 2015.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Fernando Marcon. An explicit Poisson-Kolmogorov-Smirnov test for the molecular clock in phylogenies. (Graduação em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo, . 2014.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Iniciação científica (1)

Jeremias Ponciano da SIlva. Análise de sequências de origem mitocondrial no genoma nuclear de fungos e protistas. (Graduando em Ciência da Computação) - Faculdade de Tecnologia Ciências e Educação, . 2013.
Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (1)

2021-Atual. Investigacao de elementos induzidos pela resposta vacinal nos individuos submetidos aos testes clinicos com a vacina ChAdOx1 nCOV-19
Descrição: Esta proposta de pesquisa consiste em um desdobramento do projeto internacional com amostras de indivíduos voluntários para o teste da vacina Oxford-UNIFESP ChAdOx1 nCoV-19. A proposta envolverá as 2.000 amostras de voluntários, e os períodos correspondentes, para estabelecer principalmente um repositório para toda a comunidade acadêmica do Estado de São Paulo. Este repositório será convertido em um biobanco após a conclusão do projeto, conforme declarado na legislação atual. Além disso, as amostras armazenadas no biorrepositório serão usadas para realizar análises dessas amostras que não se sobrepõem às "Medidas de resultados primários e secundários", conforme descrito na documentação do ensaio clínico disponível em ClinicalTrials.gov (Institutos Nacionais de Saúde, ID NCT04400838). O projeto será coordenado pelo Prof. Luiz Mario Ramos Janini e incluirá uma equipe de pesquisadores principais em diferentes áreas, referentes aos objetivos específicos e histórico de pesquisa da FAPESP. Os objetivos deste projeto são: (1) estabelecer um biorrepositório contendo todas as amostras obtidas de voluntários antes e depois da vacinação. Este biorrepositório estará disponível, de acordo com os procedimentos legais, para toda a comunidade científica do Estado de São Paulo, conforme determinado pelas diretrizes da FAPESP; (2) avaliar a capacidade de neutralização de soros de indivíduos vacinados contra cepas SARS-CoV-2 circulantes específicas do Brasil e outras cepas específicas de coronavírus para avaliação da imunidade cruzada; (3) caracterizar isolados brasileiros de SARS-CoV-2 e estudar a variação de sequência e os padrões evolutivos da proteína "Spike" específicos para avaliar o potencial de escape da vacina por modificação do alvo ou epítopos; (4) gerar e analisar perfis de citocinas de soros de voluntários antes e após a vacinação para avaliar a resposta inflamatória e efeitos associados; (5) analisar e comparar os transcriptomas sanguíneos de voluntários, por RNA-seq, antes e após a vacinação. Essa análise será quantitativa e qualitativa para avaliar o impacto da vacina nos níveis diferenciais de expressão gênica e avaliar a variação individual na resposta genética à vacina e (6) analisar o perfil de secretoma no sangue total dos voluntários, antes e após a vacinação, para avaliar o tipo de resposta imune predominante e possível "priming" por outro coronavírus.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Ribeiro da Silva Briones - Coordenador / Fernando Antoneli - Integrante / Isabel MVG Carvalho - Integrante / Luiz mario ramos janini - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (5)

Associate Editor of Bioinformatics and Computational Biology for Frontiers in Genetics and Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, https://www.frontiersin.org/.. 2018.
Membro: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Life Fellow, Galton Institute, UK.. 2016.
Membro: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Membro Titular, Academia de Ciências do Estado de São Paulo.. 2015.
Membro: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Prêmio 80 anos de Pesquisa da Escola Paulista de Medicina, Escola Paulista de Medicina - UNIFESP.. 2013.
Membro: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.
Prêmio INTEL-ISEF de Tecnologia junto com Barbara Cohen e Renata Carmona e Ferreira, INTEL - Mostratec.. 2013.
Membro: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (0)

Organização de eventos

Total de organização de eventos (0)

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (3)

Marcelo Ribeiro da Silva Briones ⇔ Arnaldo Lopes Colombo (6.0)
MERSEGUEL, KARINA BELLINGHAUSEN ; NISHIKAKU, ANGELA SATIE ; RODRIGUES, ANDERSON MESSIAS ; PADOVAN, ANA CAROLINA ; E FERREIRA, RENATA CARMONA ; SALLES DE AZEVEDO MELO, ANALY ; DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO ; COLOMBO, Arnaldo Lopes. Genetic diversity of medically important and emerging Candida species causing invasive infection. BMC Infectious Diseases (Online). v. 15, p. PMC4339437, issn: 1471-2334, 2015.
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IRINYI, L. International Society of Human and Animal Mycology (ISHAM)-ITS reference DNA barcoding database--the quality controlled standard tool for routine identification of human and animal pathogenic fungi. Medical Mycology (Oxford. Online). v. mmy, p. 313-317, issn: 1369-3786, 2015.
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BARTELLI, THAIS F. ; FERREIRA, RENATA C. ; Colombo, Arnaldo L. ; BRIONES, MARCELO R.S.. Intraspecific comparative genomics of Candida albicans mitochondria reveals non-coding regions under neutral evolution. Infection, Genetics and Evolution (Print). v. 14, p. 302-312, issn: 1567-1348, 2013.
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XAFRANSKI, HEMÍLIO ; MELO, ANALY SA ; MACHADO, ANTONIA M ; BRIONES, MARCELO RS ; COLOMBO, ARNALDO L. A quick and low-cost PCR-based assay for Candida spp. identification in positive blood culture bottles. BMC Infectious Diseases (Online). v. 13, p. 467, issn: 1471-2334, 2013.
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SOUZA, A. C. R. ; FERREIRA, R. C. ; GONÇALVES, SS ; QUINDOS, G. ; ERASO, E. ; BIZERRA, F. C. ; BRIONES, M. R. S. ; COLOMBO, Arnaldo Lopes. Accurate Identification of Candida parapsilosis (Sensu Lato) by Use of Mitochondrial DNA and Real-Time PCR. Journal of Clinical Microbiology (Print). v. 50, p. 2310-2314, issn: 0095-1137, 2012.
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MERSEGUEL, K. ; NISHIKAKU, A. S. ; PIRES, D. C. ; Padovan, A.C.B. ; FERREIRA, R. C. ; Melo, Analy S. A. ; BRIONES, M. R. S. ; COLOMBO, Arnaldo Lopes. Molecular identification of Candida strains from a large brazilian collection. MYCOSES. v. 55, p. 273, issn: 0933-7407, 2012.
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Marcelo Ribeiro da Silva Briones ⇔ Goncalo Amarante Guimarães Pereira (1.0)
REAL, F. ; Vidal, R. O. ; Carazzolle, M. F. ; MONDEGO, J. M. C. ; COSTA, G. G. L. ; Herai, R. H. ; WURTELE, M. ; DE CARVALHO, L. M. ; E FERREIRA, R. C. ; MORTARA, R. A. ; BARBIERI, C. L. ; MIECZKOWSKI, P. ; DA SILVEIRA, J. F. ; BRIONES, M. R. D. S. ; Pereira, G. A. G. ; Bahia, D.. The Genome Sequence of Leishmania (Leishmania) amazonensis: Functional Annotation and Extended Analysis of Gene Models. DNA Research. v. Adv, p. 1-15, issn: 1340-2838, 2013.
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Marcelo Ribeiro da Silva Briones ⇔ Juliana Alves Parente Rocha (1.0)
IRINYI, L. International Society of Human and Animal Mycology (ISHAM)-ITS reference DNA barcoding database--the quality controlled standard tool for routine identification of human and animal pathogenic fungi. Medical Mycology (Oxford. Online). v. mmy, p. 313-317, issn: 1369-3786, 2015.
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(*) Relatório criado com produções desde 2010 até 2021
Data de processamento: 06/11/2021 15:21:02

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