Especialistas Seniores em Covid-19 com atuação no Brasil

Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos

Possui graduação em Ciencias Biologicas pela Universidade do Estado do Rio de Janeiro (1983), mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (1995) e doutorado em Ciências Biológicas (Genética) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2000). Atualmente é pesquisadoradora Laboratório Nacional de Computação Científica, professora credenciada no Dpeto de Genética da Universidade Federal do Rio de Janeiro e Cientista do Estado do Rio de Janeiro. Participou da criação e foi a primeira presidente da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C). É coordenadora da Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida. É também coordenadora do Laboratório Internacional Associado (CNRS) na área de Bioinformática. É membro do Comitê de Assessoramento de Genética (CA-GE), no período de 01/07/2014 a 30/06/2017 e do Conselho da SBPC - quadriênio 2015-19. Tem experiência na área de Bioinformática e de Biologia Computacional atuando principalmente nos seguintes temas: Genomica, Desenvolvimento de métodos matemáticos e ferramentas computacionais aplicados a genômica e anotação de genomas. (Texto informado pelo autor)

  • https://lattes.cnpq.br/8989199088323836 (08/08/2020)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq: Nível 1B
  • Período de análise:
  • Endereço: Laboratório Nacional de Computação Científica, Departamento de Matemática Aplicada e Computacional, Laboratório de Bioinformática. Av. Getulio Vargas 333 Quitandinha 25651070 - Petrópolis, RJ - Brasil Telefone: (24) 22336065 Fax: (24) 22315595 URL da Homepage: https://www.lncc.br/~atrv
  • Grande área: Ciências Biológicas
  • Área: Genética
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (53)
    1. 2020-Atual. Corona-omica - RJ: Plataforma computacional integrativa para caracterizacao de determinantes virais e do hospedeiro na COVID-19 utilizando abordagens OMICAS no estado do Rio de Janeiro
      Descrição: O objetivo deste projeto é identificar e caracterizar fatores genômicos virais e dos hospedeiros envolvidos na patogênese do COVID-19, associados às manifestações clínicas da doença através da integração de dados de ômica (genômica viral, metagenômica, exoma e transcritoma humanos) e técnicas de Inteligência Artificial. Os dados genômicos virais serão utilizados em estudos de vigilância genômica através de reconstruções filogenéticas e filogeográficas para avaliar a dispersão de epidemia e identificação de "clusters" de transmissão. Os dados de exoma e RNA-Seq dos pacientes serão utilizados para identificação de marcadores prognósticos e possíveis alvos terapêuticos para fornecer suporte ao diagnóstico da COVID-19 com perspectivas de aplicação ao SUS.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / AGUIAR, RENATO S. - Integrante / Caroline Moreira Voloch - Integrante / Cynthia Chester Cardoso - Integrante / Cíntia Barros Santos Rebouças - Integrante / Enrique Medina-Acosta - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    2. 2020-Atual. Corona-omica BR MCTIC/FINEP: Rede Nacional de genomas, exoma e transcriptoma de COVID-19 para identificacao de fatores associados a dispersao da epidemia e severidade
      Descrição: O presente estudo tem por objetivo realizar uma ampla análise da variabilidade genética humana e viral associadas com a dispersão da epidemia no país, bem como aos perfis de suscetibilidade a doença. A partir da análise de genoma completo dos vírus, esperamos identificar mutações associadas a virulência ou ainda potenciais alvos terapêuticos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Fernando Spilki - Coordenador. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    3. 2019-Atual. Sequenciamento de DNA e analises bioinformaticas para metagenomica - METAPETRO
      Descrição: Devido aos avanços nas tecnologias de sequenciamento de última geração e no desenvolvimento de novos algoritmos, softwares e ferramentas de bioinformática, análises mais robustas a partir da enorme quantidade de dados geradas, vem abrindo novos caminhos em estudos ambientais. A metagenômica consite na análise, independente de cultivo, de genomas presentes em dado habitat. As informações obtidas a partir da análise de metagenomas podem ser usadas para determinar a diversidade de uma comunidade, a presença de microrganismos específicos ou dominantes, rotas metabólicas, bem como determinar a simples presença de um gene. O presente projeto tem como objetivo principal realizar estudos ambientais em áreas influenciadas pela indústria do petróleo através de estudos metagenômicos. De acordo com os interesses da indústria de óleo e gás e disponibilidade qualitativa e quantitativa das amostras serão realizadas análises metagenômicas que permitirão acessar o perfil taxonômico, funcional e metabólico dos ambientes estudados, realizar estudos comparativos entre as comunidades, bem como buscar produtos gênicos de interesse biotecnológico. Esse conhecimento poderá ser útil para o desenvolvimento de medidas de intervenção nos processos, visando redução de custos e aumento da produção. Além disso, será útil para avaliação da degradação do ambiente e proposição de medidas de recomposição dos ecossistemas degradados. Termo de cooperação n° 5900.0109896.18.9. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Almeida, Luiz G. P. - Integrante / Alexandra L. Gerber - Integrante / Ana Paula Guimarãs - Integrante / CIAPINA, LUCIANE PRIOLI - Integrante / Luciano Takeshi Kishi - Integrante. Financiador(es): PETROBRAS - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    4. 2019-Atual. Inteligenciomica saude: o uso de metodologias de inteligencia artificial para identificacao de preditores geneticos associados aos casos severos e neurologicos por arboviroses
      Descrição: O Brasil tem sofrido com diversas epidemias de arboviroses ao longo dos últimos séculos. Viroses como Zika, Febre Amarela, Chikungunya, Dengue, Oropouche e Mayaro são transmitidos por mosquitos vetores abundantes no Brasil. Através de estratégias de genômica viral, exoma, transcritômica e metagenômica serão analisadas amostras humanas e de primatas por meio de métodos de inteligência artificial (Deep Learning) com o objetivo de extrair conhecimento nos dados gerados. Além disso, a integração com metadados auxiliarão na identificação de possíveis fatores envolvidos na susceptibilidade aos casos mais severos de arboviroses. Trata-se de um projeto interdisciplinar envolvendo pesquisadores com conhecimento em diferentes áreas (bioinformática, bioestatística, matemática, médicos, virologistas, genética, biologia celular e neurocientistas) de diferentes instituições do Rio de Janeiro e nacionais na tentativa de identificar os fatores preditivos que expliquem a susceptibilidade de uma pequena proporção da população acometida por arboviroses em desenvolverem manifestações clínicas severas e fatais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / AGUIAR, RENATO S. - Integrante / TANURI, AMILCAR - Integrante / Roberto Andrade Medronho - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    5. 2019-Atual. Global Biodiversity and Health Big Data Sharing Initiative
      Descrição: The objectives of this project are to build a Global Biodiversity and Health Big Data Alliance, whose core members consist of countries and regions along the Belt and Road based on Beijing Institute of Genomics? solid foundation and international status in the field of biological big data, and collaborations with international research organizations and universities; to explore new mechanism of data openness and sharing; to develop a platform for omics big data integration, translation and sharing; to construct a world-class omics data center containing a variety of repositories and knowledge bases that are publicly accessible to worldwide communities; and to promote the development of science and innovation for global human health and biodiversity studies.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Yiming Bao - Integrante.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    6. 2019-Atual. Estudo-Piloto para a Implantacao de uma Rede Brasileira de Vigilancia de Resistencia Antimicrobiana em Saude Unica
      Descrição: A epidemiologia da resistência bacteriana aos antimicrobianos é complexa e tem sido amplamente reconhecida a importância de um sistema de vigilância integrado baseado no conceito ?One-Health?- Saúde Única. Vários estudos brasileiros têm reportado a frequência, os fenótipos e genótipos de bactérias resistentes em isolados de origem humana, de distintos animais, incluindo animais selvagens, de produção e de estimação, bem como de alimentos e do meio ambiente. Entretanto, até onde é do nosso conhecimento, nenhum estudo coletou, prospectivamente e simultaneamente, isolados de humanos, de animais e do ambiente sob a perspectiva de uma vigilância integrada em saúde única. Com o objetivo de estimar a frequência de E. coli e K. pneumoniae resistentes às cefalosporinas de amplo espectro e carbapenêmicos, estabelecemos uma rede colaborativa com grupos de pesquisa das cinco regiões geográficas brasileiras para obtenção de amostras de humanos saudáveis e doentes, animais de produção, alimento e do meio ambiente sob o mesmo critério de inclusão e metodologia de avaliação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Ana Cristina Gales - Coordenador / CAYÔ, RODRIGO - Integrante / Antônio Carlos Campos Pignatari - Integrante / Carlos Roberto Veiga Kiffer - Integrante / Timothy R. Walsh - Integrante / Diego Andrey - Integrante.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    7. 2019-Atual. Rede Fluminense para a Pesquisa e Desenvolvimento de Nanomateriais Nanobiosistemas
      Descrição: Esta proposta visa a criação de uma rede de pesquisa em nanotecnologia fortemente interligada entre seis instituições (UFRJ, UFF, Inmetro, PUC-RJ, Fiocruz e LNCC) reconhecidas pela alta qualidade na formação de seus pesquisadores e estudantes e de sua produção científica, assim como pela vocação para interação com o meio industrial. Diversas equipes interinstitucionais formadas nesta proposta aliarão suas expertises para o desenvolvimento, avaliação de inocuidade, e caracterização de nanomateriais e nanobiosistemas com grande potencial para a fabricação de nanodispositivos e nanoprodutos na área da saúde, para tecnologias de armazenamento e processamento de informação, para geração de energia limpas e preservação do meio ambiente. A sinergia entre pesquisadores atuantes em Ciência de Materiais, Ciências Biológicas e Farmacêuticas, Física, Química, Medicina, Modelagem Computacional e Bioinformática, de vários níveis de experiência (de pesquisadores consolidados à jovens cientistas promissores) permitirá sem dúvida a geração de pesquisas de fronteira e de alto nível científico-tecnológico. É importante enfatizar que, além da geração de conhecimento, nossa proposta possui forte vocação para a inovação, uma vez que, praticamente, todos os laboratórios envolvidos possuem programas oficiais de apoio a geração de empresas e produtos. A formação desta Rede de Nanotecnologia também contribuíra para consolidação da nova pós-graduação em Nanobiossistemas que envolve quatro das instituições (UFRJ, INMETRO, LNCC e FIOCRUZ) e que visa a formação de pesquisadores qualificados e aptos a proporem soluções sustentáveis, usando a nanociência e nanotecnologia, para os desafios atuais e futuros na área da saúde e do meio ambiente, as quais são fundamentais para o país.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Carlos Alberto Achete - Coordenador. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    8. 2018-Atual. Multi-omicas para a compreensao de doencas geneticas e infecciosas com perspectivas terapeuticas
      Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    9. 2018-Atual. Estudo de interacoes moleculares atraves de analises computacionais apos a infeccao do ZIKV e outras arboviroses.
      Descrição: Esta proposta pretende dar continuidade a uma linha de pesquisa iniciada no Laboratório de Bioinformática (LABINFO) do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) e está relacionada ao estudo das arboviroses, especialmente ao estudo do vírus da ZIKA e suas patologias. O ZIKV foi caracterizado pela primeira vez no Brasil em 2015, após meses de circulação em várias cidades do Nordeste. A transmissão do vírus por diversas formas (saliva, sexual e sanguínea) e consequentes casos neurológicos graves relacionados ao ZIKV, como a Síndrome de Guillan Barré, microcefalia e doenças oculares começaram a ser relatadas. Devido à carência de uma plataforma de Genômica Computacional dedicada ao estudo de arboviroses, o presente projeto tem por objetivo ampliar a plataforma já existente no LNCC, flexibilizando e facilitando o seu acesso para a comunidade científica. Esta plataforma terá como suporte o uso de tecnologias de sequenciamento de nova geração, computação de alto desempenho, sistema de gerenciamento de workflows do software SABIA e dos serviços disponíveis no portal da Rede Nacional de Bioinformática. Dessa forma, um conjunto de facilidades estará disponibilizado para gerar, analisar e realizar estudos sobre a infecção e as manifestações fisiopatológicas associadas ao ZIKV e aos outros arbovírus (dengue, chikungunya, mayaro, entre outros), sem grande demanda de tempo e esforço. Essas análises abrangerão a detecção de polimorfismos, estudos de expressão gênica, caracterização de funções biológicas e vias metabólicas, caracterização de pequenos RNAs e de exomas de amostras humanas do Estado do Rio de Janeiro e de cultivos celulares infectados pelo vírus. Essas informações fornecerão subsídios para estudos de virologia, epidemiologia, fisiopatologia e interação vírus-hospedeiro visando atender às necessidades do desenvolvimento de soluções inovadoras, principalmente no contexto de saúde pública no Estado do Rio de Janeiro e do País.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador. Financiador(es): FAPERJ - Bolsa.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    10. 2017-Atual. Diagnostico e prognostico de mulheres com Neoplasia Intraepitelial Grau 2: identificacao e validacao clinica de biomarcadores.
      Descrição: Avaliar a introdução de novas tecnologias (biomarcadores, imuno-histoquímica, expressão gênica, genotipagem HPV, quantificação digital) no diagnóstico e prognóstico de pacientes com NICII.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Fabio Bastos Russomano - Integrante / Cecília Vianna de Andrade - Coordenador.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    11. 2016-2019. Rede 4 - Microcefalia associada a infeccao pelo virus Zika: uma abordagem transdisciplinar
      Descrição: A infecção pelo vírus Zika (ZIKV) e, principalmente, as manifestações neurológicas a ele relacionadas, é recente, necessita de entendimento e, se constitui num quadro complexo, que levou o País a decretar situação de emergência em saúde pública de importância nacional. Nos estudos em humanos serão criadas quatro coortes de mulheres grávidas e respectivos bebês, e um biorrepositório de amostras de fluidos, tecidos e órgãos, para uso em pesquisa, particularmente relacionada ao sistema nervoso, sistema imune, placenta, membranas epiteliais, além de interação vírus-célula. Estes mesmos tecidos serão analisados em modelos animais a serem desenvolvidos, e que nos permitirão desenvolver estudos iniciais visando a determinação de candidatos vacinais. Por fim, o aspecto educacional incluído no projeto, compreenderá formação de recursos humanos especializados (níveis técnico e pós-graduação), assim como divulgação científica e interface direta com a sociedade. Os resultados que serão gerados nesta rede serão essenciais na compreensão da microcefalia associada à infecção por ZIKV, abrindo ainda portas , seja através de análise de material humano, seja através dos modelos experimentais, para perspectivas terapêuticas. A compreensão de como o vírus altera o neurodesenvolvimento será fundamental para desenvolver inibidores que previnam tais anomalias. Este conhecimento, integrado ao sequenciamento de diferentes amostras do vírus, e ao estudos de polimorfismo gênico poderão prover o conhecimento sobre resistência versus susceptibilidade à doença, e de novo, oferecer condições para melhor delineamento de alternativas de prevenção, inclusive vacinal.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Wilson Savino - Coordenador.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    12. 2016-2018. Estudo Molecular das Doencas Geneticas Cronicas: Defeitos Congenitos, Doenca do Desenvolvimento e Cancer Infantil, a partir da Via das RASopatias - Apoio as Instituicoes de Ensino Sediadas no RJ
      Descrição: Com o advento das técnicas moleculares de Sequenciamento de Nova Geração do genoma, diferentes níveis de conhecimento das doenças genéticas estão sendo ampliados, abrindo portas para a otimização de técnicas de diagnóstico, melhorando a compreensão das doenças em nível celular e fisiopatologia molecular, além de auxiliar na condução clínica dos pacientes. As RASopatias são entendidas como um conjunto de síndromes caracterizadas por uma heterogeneidade de sinais e sintomas clínicos que limita o prognóstico, ainda na vida infantil, de predisposições a determinados tumores ou atrasos neurocognitivos. Tal heterogeneidade genética se deve a diversos tipos de mutações nos genes da via de sinalização RAS/MAPK, tornando a investigação molecular pelo sequenciamento tradicional sequencial laborioso e de difícil consolidação/otimização. Desta forma, a partir de tecnologias de sequenciamento de nova geração, a investigação e o conhecimento atual dos aspectos genéticos podem agregar novos processos de gestão entre a Clínica ? SUS ? Pesquisa ? Ensino, oferecendo um amplo entendimento das doenças e de sua aplicação aos pacientes e famílias, além de abrir novos horizontes e estudos em nível da genômica, biologia celular e oncogênese. O presente projeto propõe a construção de um Consórcio Molecular a partir de uma estreita colaboração entre o Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), referência em análises genômicas, e o Centro de Genética Médica do IFF/Fiocruz, unidade materno-infantil do Estado do Rio de Janeiro, que recebe grande número de pacientes com doenças do desenvolvimento, destacando-se as síndromes associadas à via das RASopatias, visando desenvolver soluções inovadoras em saúde pública e ampliação de conhecimento utilizando técnicas genômicas de última geração aplicadas as doenças genéticas.. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / CARVALHO, FABÍOLA M. - Integrante / GUEDES, RAFAEL LUCAS - Integrante / DE MORAIS, GUILHERME LOSS - Integrante / Nathalia Pereira Cavaleiro - Integrante / Kary Ann Del Carmem Ocaña Gautherot - Integrante / Juan Clinton Llerena Junior - Integrante / Sayonara Maria de Carvalho Gonzalez - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    13. 2016-Atual. Medicina de precisao aplicada a imunodeficiencia primaria (PIDD): Uma abordagem progressiva e custo-efetiva utilizando o sequenciamento de nova geracao.
      Descrição: As imunodeficiências primárias são doenças genéticas raras que têm como principal característica alterações das funções do sistema imune, levando à maior suscetibilidade às infecções de repetição, autoimunidade e neoplasias. A criança com imunodeficiência primária, embora relativamente rara, é um paciente de alto custo para o SUS, devido a dificuldades diagnósticas, requer o uso de antibióticoterapia e internações prolongadas que em muitos casos evoluem a óbito. Alternativas terapêuticas para alguns casos são de alto custo como transplantes de Células Tronco Hematopoiéticas ou infusão de imunoglobulina intravenosa. No entanto, a indicação terapêutica adequada está diretamente relacionada ao diagnóstico diferencial, precoce e preciso, possibilitando alcançar a eficiência da intervenção clínica, com redução significativa do número de infecções e internações. Até o momento existem mais de 300 mutações causadoras de PIDD. Os testes de diagnóstico molecular existentes podem ser inconclusivos devido a sobreposição com fenótipos clínicos. Dentre os testes genéticos para variantes genéticas associados à PIDD, o sequenciamento de genes individuais usando a metodologia de Sanger é demorado e caro. Embora existam painéis de genes PIDD conhecidos, este método possui limitações, tais como a incapacidade de detectar novos genes relacionados à PIDD. Nesse trabalho propomos o estudo de diferentes grupos de imunodeficiências através de estratégias de sequenciamento de exomas, com o objetivo de alcançar o diagnóstico no maior nível de complexidade e definir de forma precisa a deficiência no sistema imune. O conhecimento dessas alterações moleculares permitirá o tratamento mais efetivo do paciente e possibilitarão benefícios a curto e longo prazo, com adoção de protocolos de cuidados adequados e minimizando internações graves e morte associada a essas patologias. Adicionalmente, o conhecimento dos genes envolvidos nessas patologias no contexto de doenças do nosso meio, permitirão dissecar as vias moleculares essenciais para o combate às doenças negligenciadas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Fabíola Marques de Carvalho - Integrante / GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ - Integrante / Joseane Biso de Carvalho - Integrante / DE MORAIS, GUILHERME L. - Integrante / CIAPINA, LUCIANE P. - Integrante / Leonardo Gomes - Integrante / Leticia Guida - Integrante / Zilton Vasconcelos - Integrante.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    14. 2016-Atual. Genomica Aplicada a aquicultura da ostra nativa de importancia economica (Crassostrea gasar) no Estado do Rio de Janeiro
      Descrição: O presente projeto tem como foco a caracterização dos perfis genômicos da espécies nativa da ostra brasileira (C. gasar) incluindo análises comparativas com a ostra japonesa mais cultivada no mundo (C. gigas) e aproveitar-se dessa ampla área de conhecimento ainda pouco explorada para a formação de recursos humanos para ensino e pesquisa. Esses conhecimentos são necessários para estabelecer as condições necessárias para aplicação de políticas que evitem a degradação dos estoques pesqueiros no Estado do Rio de Janeiro. A rede GARPA-RIO busca estabelecer as condições necessárias para aplicação de políticas que evitem a degradação dos estoques ostreícolas no Estado do Rio de Janeiro, através da caracterização do perfil genômico da espécie mais consumida de ostras nativas, C. gasar. Para identificar as melhores condições de crescimento da C. gasar no Estado do Rio de Janeiro, com o objetivo de uma posterior implantação de cultivo no litoral fluminense, serão realizadas diversas análises de seu perfil genético sob determinadas condições limitantes em comparação com a população da mesma espécie em Santa Catarina. Busca-se compreender se as condições já estabelecidas para cultivo de C. gasar em Santa Catarina podem ser aplicadas à população do Rio de Janeiro e, no caso provável de diferenças adaptativas importantes, empregar uma abordagem genômica para guiar o processo de melhoramento genético das mesmas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Nathalia Pereira Cavaleiro - Integrante / SOLÉ-CAVA, ANTONIO M. - Integrante.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    15. 2016-Atual. Genomica Computacional do Virus da Zika (ZIKV)
      Descrição: Este projeto pretende investigar a interação do microorganismo-hospedeiro (SAIZIKA) através do sequenciamento de cultivos (primários ou linhagens estabelecidas) de células humanas de diferentes tecidos considerados como alvos potenciais de infecção, incluindo neurônios/neuroblastos, células de Schwann, trofoblasto, queratinócitos, fibroblastos, epiteliais tímicas e células- tronco de sangue de cordão, seguidas por análises de bioinformática. Para isso, realizaremos uma análise comparativa do transcritoma humano em cultivos celulares de amostras sadias e infectadas pelo ZIKV. Nessa etapa, pretende-se identificar e caracterizar as funções biológicas e vias metabólicas dos genes humanos diferencialmente expressos e que estejam envolvidos na padronização do neuro-eixo e malformações encefálicas. Convênio FINEP - nº 01.16.0078.00 - GENOVIR.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Alexandra L. Gerber - Integrante / Ana Paula Guimarãs - Integrante / ORTIZ, MAURO FREITAS - Integrante / GUEDES, RAFAEL - Integrante / Kary Ann Del Carmem Ocaña Gautherot - Integrante / Joseane Biso de Carvalho - Integrante / DE MORAIS, GUILHERME L. - Integrante. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    16. 2016-Atual. Apoio a manutencao da infraestrutura do centro multiusuario Unidade de Genomica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA)
      Descrição: A Unidade de Genômica Computacional ?Darcy Fontoura de Almeida? (UGCDFA), inaugurada no final de 2008, é uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas do Estado do Rio de Janeiro bem como do país e do exterior e está associada ao Laboratório Nacional de Bioinformática (LABINFO) do LNCC. A UGCDFA atua em sincronia com o LABINFO sendo este um centro de excelência em Bioinformática no Brasil e no exterior. Esta associação tem como finalidade integrar as atividades de sequenciamento em larga-escala de DNA e de bioinformática, utilizando a infraestrutura de Computação de Alto Desempenho do LNCC, permitindo maior agilidade no processamento e análise dos dados gerados pelos sequenciadores de DNA de nova geração instalados na UGCDFA. Recentemente, com a instalação do supercomputador Santos Dumont, com um total de 18.144 núcleos de CPU, as sequências geradas na UGCDFA poderão ser processadas com maior velocidade atendendo de forma mais eficiente as várias redes genômicas, grupos parceiros e colaboradores. Até o momento, foram sequenciados cerca de 450 genomas, metagenomas, transcritomas totalizando, aproximadamente, 60Tb de dados gerados pela UGCDFA e processados pelo LABINFO. É importante destacar que para todos os projetos desenvolvidos em colaboração, fazemos parte do alicerce central, visto que somos responsáveis pela geração e processamento das informações genômicas. Esta proposta tem por objetivo a manutenção da infraestrutura da UGCDFA visando continuar gerando grandes quantidades de dados para diversos modelos biológicos e disponibilizando serviços para instituições de pesquisa e acadêmicas, nacionais e internacionais. Ressaltamos que devido ao número de sequenciamentos realizados, processados e analisados na UGCDFA/LABINFO, atualmente, o Estado do Rio de Janeiro tem um papel de destaque nacional na área de genômica computacional/bioinformática, pois foi o que mais gerou, depositou e analisou dados de genomas, transcritomas e metagenomas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Fabíola Marques de Carvalho - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Nicolás, Marisa F. - Integrante / DE MORAIS, GUILHERME LOSS - Integrante / GUEDES, RAFAEL - Integrante / Kary Ann Del Carmem Ocaña Gautherot - Integrante / Joseane Biso de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    17. 2016-Atual. A Global Alliance For Zika Virus Control And Prevention - ZIKAlliance
      Descrição: The overall objectives of ZIKAlliance are to assess the impact of Zika virus infection on pregnant women and fetuses as well as to decipher the natural history of Zika virus infection in humans and their environment in the context of other circulating arboviruses. The multidisciplinary ZIKAlliance project will link large observational multicentre cohort studies with basic scientific research to address the above questions, (i) with longstanding shared work experience on arboviral diseases in basic, clinical and applied sciences; (ii) with an established network of clinical cohorts currently studying Dengue Fever in Latin America the Caribbean; (iii) guided by the principles of One Health approach to respond to the challenges of vector‐borne epidemics.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    18. 2015-2019. Metagenomica aplicada a avaliacao dos efeitos da injecao de CO2 na microbiota de reservatorios
      Descrição: Esta proposta envolve diferentes domínios de investigação para chegar a uma abordagem multidisciplinar coordenada visando o desenvolvimento de ferramentas e procedimentos para identificar (a) padrões de diversidade taxonômica e funcional de comunidades microbianas e (b) novos genes envolvidos com redução de sulfato, metanogênese, degradação de hidrocarbonetos, produção de surfactantes, entre outros, os quais possuem potencial para o desenvolvimento de estratégias biotecnológicas aplicadas a produção de petróleo. A partir disso, pretende-se monitorar a dinâmica das comunidades microbianas presentes em reservatórios submetidos à injeção de CO2 e estimar os impactos dessas microbiotas sobre a produção de petróleo. A partir do conhecimento adquirido será possível entender melhor os mecanismos bioquímicos envolvidos e propor estratégias que visem redução de perdas e otimização de processos... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (3) . Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Lucymara Fassarela Agnez-Lima - Coordenador / Ana Teresa Freitas - Integrante. Financiador(es): PETROGAL BRASIL - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    19. 2015-2019. Plasticidade Genomica, Mobiloma e Evolucao do Patogeno Humano Vibrio Cholerae e Vibrios Ambientais
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Fabiano Thompson - Integrante / Ana Carolina P Vicente - Integrante / Cristiane Carneiro Thompson - Coordenador. Financiador(es): Japan Society for the Promotion of Science - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    20. 2015-2019. Processos adaptativos em Staphylococcus aureus em dois diferentes niveis: Evolucao populacional do clone USA400 e mudanca para o estado de persistencia durante infeccao osteo-articular
      Descrição: Este projeto tem como um dos principais objetivos reunir especialistas que trabalham em diferentes áreas da ciência, que se propõem a utilizar múltiplas e distintas abordagens relacionadas à microbiologia, biologia molecular, genômica e bioinformática, de forma a se obter uma melhor compreensão do patógeno S. aureus, com foco em sua evolução e adaptação em diferentes níveis. Para tanto, pretendemos realizar uma combinação de abordagens fenotípicas, genômicas e transcriptômicas, visando estabelecer uma colaboração sólida entre os parceiros franceses e brasileiros, implicando na união de expertises distintas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Agnes Marie Sá Figueiredo - Coordenador / Frederic Laurent - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação / COFECUB - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    21. 2015-2018. Integracao de grande quantidade de dados de redes biologicas: um portal de biologia de sistemas com ferramentas e bases de dados relacionadas as diversas omicas para pre-processamento, mineracao e divulgacao de informacoes e conhecimento
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Bolsa.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    22. 2015-Atual. Sistema de Microscopia de Optica Nao-Linear Multifotonica: Introducao de um Novo Recurso na Plataforma de Bioimagem da Fundacao Oswaldo Cruz.
      Descrição: A microscopia de luz tem evoluído muito, tanto pelo constante desenvolvimento tecnológico dos constituintes dos microscópios, quanto pela retroalimentação oriunda das questões científicas por eles estudadas. Nesse cenário, destaca-se a microscopia de óptica não-linear multifotônica, cuja disseminação entre os pesquisadores é crescente. O aperfeiçoamento tecnológico de seus componentes, incluindo lasers sintonizáveis de centralização automática, lentes objetivas especiais e detectores de alta sensibilidade, vem aumentando o escopo de aplicações dessa técnica, as quais passaram a incluir, por exemplo, estudo de processos bioquímicos dinâmicos em células vivas e mesmo em pequenos animais de experimentação. Por conta disso, a presente proposta solicita a aquisição de um sistema de microscopia multifotônica, a ser integrado à Plataforma de Bioimagem da Fundação Oswaldo Cruz, e disponibilizado para a comunidade científica do nosso estado enquanto uma importante ferramenta para estudos de biologia celular e estrutural. Esta Plataforma está inserida na Rede de Plataformas Tecnológicas da Fiocruz e dispõe de equipamentos de microscopia fotônica e eletrônica, distribuídos entre suas diferentes subunidades e colocados à disposição da comunidade interna e externa. Considerando as expertises temáticas dos diferentes pesquisadores que aderiram a este projeto, a aquisição do microscópio multifotônico permitirá um salto de qualidade nas análises realizadas em experimentos de migração e diferenciação celular, interações celulares e moleculares, reconstruções tridimensionais em alta resolução, de tecidos e de órgãos. Tais estudos certamente revelarão aspectos ainda não desvendados sobre a fisiologia celular e tecidual, além de permitir análises complexas relativas às modificações encontradas em diversas doenças agudas e crônicas. Além disso, permitirá que os alunos de graduação e pós-graduação possam realizar análises cujo detalhamento não poderia ser realizado sem este equipamento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Wilson Savino - Coordenador.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    23. 2015-Atual. Laminin and Cell Therapy for Muscular Dystrophies
      Descrição: We propose to decipher the organisation of the laminin matrix, its relationship with myogenic precursors proliferation and differentiation, and its role in normal and dystrophic muscle, including on gene expression in vivo in xenografts. We will investigate the presence of laminin isoforms and receptors in normal and dystrophic cultured human muscle cells, as well as in muscle biopsies. We will define the dynamic evolution of laminin isoforms and their possible deregulation in dystrophic conditions by transcriptomic analyses. We will then alter the expression of laminin isoforms and laminin receptors in vitro using siRNAs, in order to improve engraftment of muscle cells for cell therapy and identify new targets for other therapeutic approaches.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Wilson Savino - Coordenador / Vincent Mouly - Integrante.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    24. 2014-2020. Rede Avancada em Biologia Computacional (RABICO)
      Descrição: A Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ) terá sua sede no LNCC e pretende oferecer um conjunto de softwares com tecnologia moderna e atualizada para o desenvolvimento de aplicações que requerem alto poder computacional e recursos avançados de visualização científica, possibilitar a geração e estimular o desenvolvimento da pesquisa de forma integrada com equipes multidisciplinares, para o estudo de problemas relacionados à saúde humana, animal, vegetal e ambiental, e principalmente, formar recursos humanos qualificados na Graduação e na Pós-Graduação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Arnaldo Zaha - Integrante / Fabiano L. Thompson - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    25. 2014-2019. Rede Avancada de Pesquisa em Biotecnologia Marinha
      Descrição: A Rede Avançada de Pesquisa em Biotecnologia Marinha compreende dois projetos nas linhas temáticas estratégicas e de fronteira para a pesquisa no nosso pais, a genômica e a bioinformática, além de também conter um projeto direcionado ao setor produtivo e um projeto direcionado a valoração da biodiversidade endêmica brasileira. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Fabiano L. Thompson - Coordenador / Ricardo Henrique Kruger - Integrante / Renato Crespo Pereira - Integrante / Rogério Valle - Integrante. Financiador(es): Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    26. 2014-2018. Ampliacao e Modernizacao dos Laboratorios de Bioinformatica e Medicina Assistida
      Descrição: Atualização da plataforma de sequenciamento e computacional de alto desempenho para sequenciamento genomas e transcriptomas humanos aplicados a pesquisas biomédicas com aplicações diretas em genomas humanos. Expansão da capacidade computacional de larga escala existente no Laboratório Nacional de Computação Científica visando a, de forma geral, solução de problemas de grande porte na área de hemodinâmica computacional orientada à modelagem do sistema cardiovascular humano.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Raúl A. Feijóo - Integrante. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    27. 2014-2017. Rede Brasileira de Bioinformatica
      Descrição: A Estruturação e Implantação de uma Rede Nacional de Bioinformática: que deverá ser estabelecida e, a médio e longo prazo, integrar e disponibilizar, no país, estruturas de bioinformática abertas e multiusuárias, capazes de oferecer serviços ao desenvolvimento de pesquisas em diferentes áreas do conhecimento biológico e também produtos biotecnológicos voltados para a melhoria das condições de vida da população no país; Além disso deverá formar recursos humanos capacitados, seja por meio de cursos de curta-duração ou através de associações com cursos pós-graduação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Santuza Maria Ribeiro Teixeira - Integrante / Kleber Franchili - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    28. 2014-2017. Marcadores geneticos e moleculares de virulencia em tripanosomatideos patogenicos e nao patogenicos
      Descrição: Os objetivos do presente projeto financiado pelo PROGRAMA CAPES/STINT (EDITAL Nº. 075/2013-2014) são: 1. Gerar sequencias de cepas polares de T. rangeli selecionadas com base em características fenotípicas e genotípicas diferenciais e realizar estudos de genômica comparativa; 2. Realizar a montagem do genoma de referência do T. rangeli utilizando os bancos de dados previamente gerados (EST, e dados de genoma gerados na plataforma 454) em associação com os novos dados a serem gerados utilizando aa plataforma Illumina; 3. Realizar a análise e a anotação do genoma referência do T. rangeli utilizando pipelines para busca de genes, de sequencias repetitivas e de polimorfismos únicos de sequencia (SNP), combinados com anotação automática e manual; 4. Gerar sequencias de cepas de T. cruzi selecionadas com base em características fenotípicas diferenciais; 5. Utilizar técnicas de sequenciamento de leituras longas (SMRT sequencing) para obter dados que possam resolver a montagem de regiões complexas do genoma como as regiões teloméricas e as famílias multigênicas, tanto em T. cruzi como no T. rangeli; 6. Realizar análises genômicas comparativas entre cepas de T. cruzi selecionadas com base em características fenotípicas; 7. Comparar os genomas referências do T. cruzi e do T. rangeli na busca de marcadores diferenciais de diagnóstico e/ou de marcadores de virulência e patogenicidade; 8. Realizar cursos de pós-graduação e palestras no Brasil e na Suécia ao nível de pós-graduação visando a formação de recursos humanos e o aperfeiçoamento de Docentes; 9. Possibilitar o intercâmbio de pesquisadores e estudantes de pós-graduação entre os laboratórios participantes através de reuniões conjuntas, intercâmbio de pesquisadores e estudantes visitantes e a realização de cursos e workshops; 10. Estimular a participação em eventos científicos dos pesquisadores Brasileiros e Suecos tanto no Brasil quanto na Suécia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (4) . Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Edmundo Carlos Grisard - Coordenador / Daniella Castanheira Bartholomeu - Integrante / Santuza Maria Ribeiro Teixeira - Integrante / TALAVERA-LOPEZ, C. - Integrante / STOCO, PATRÍCIA HERMES - Integrante / ANDERSSON, BJÖRN - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    29. 2014-2017. Analise de produtos de excrecao-secrecao e potenciais mecanismos de interacao das formas larvais patogenicas de cestodeos do genero Echinococcus com celulas do tecido hospedeiro - CNPq/MS/SCTIE/DECIT No37/2014 ? Pesquisas sobre Helmintiases
      Descrição: -. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Arnaldo Zaha - Coordenador.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    30. 2014-2016. Obtencao de consorcios microbianos e caracterizacao de genes com aplicacao biotecnologica em bioremediacao e costeira marinha
      Descrição: A presente proposta, tem por objetivo a identificação de espécies bacterianas, genes e rotas metabólicas relacionadas à degradação de hidrocarbonetos e produção de surfactantes, contribuindo para um melhor conhecimento quanto à constituição genética de comunidades microbianas e a identificação de genes de interesse biotecnológico. Neste sentido, nossa rede padronizou metodologias que permitiram o acesso ao patrimônio genético de microorganismos não cultiváveis, levando a identificação de genes ou a obtenção de seqüências que possivelmente correspondem a genes novos, visto resultados preliminares acima descritos. Nesse sentido, através da presente proposta, pretendemos caracterizar bioquimicamente estes genes (desconhecidos e os que apresentam similaridade com bancos de dados), para identificar possíveis aplicações em estratégias de biorremediação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Lucymara Fassarela Agnez-Lima - Coordenador / Marilene Henning Vainstein - Integrante / Ana Teresa Freitas - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    31. 2014-Atual. Genomica Aplicada a Recursos Pesqueiros e de Aquicultura do Estado do Rio de Janeiro GARPA-RIO
      Descrição: O Brasil possui uma extensa costa cuja pesca artesanal serve de sustento para as populações costeiras, e cuja exploração comercial é atividade altamente lucrativa. No entanto, a exploração desregulada dos recursos pesqueiros pode levar ao seu esgotamento em poucos anos. O projeto GARPA-RIO é constituído por uma rede de laboratórios e instituições de pesquisa dos Estados do RJ, SC e RN que visa abordar duas questões de importância fundamental para a preservação desses recursos, através de abordagens de genômica molecular e análises de bioinformática. A primeira questão busca estratégias de melhoramento para cultivo de ostras na costa fluminense. Para isso, utilizaremos os métodos mais recentes de sequenciamento no NextSeq 500 Illumina, através de experimentos de genômica, transcritômica e metagenômica, onde buscaremos caracterizar o perfil genético das ostras nativas do gênero Crassostrea sob determinadas condições ambientais e seus possíveis patógenos, bem como detectar os limites dos estoques genéticos na costa. Os experimentos serão realizados comparando as populações de SC, onde o cultivo de C. gasar está bem estabelecido, com aquelas do RJ, a fim de detectarmos as diferenças no perfil de expressão e estabelecermos as condições adequadas para o futuro estabelecimento de um cultivo ostreícola no RJ. A aplicação deste cultivo será conduzida pela FIPERJ, parceira neste projeto. A segunda questão visa o monitoramento da qualidade e comercialização do pescado através da identificação molecular e criação de um banco de dados com sequências de marcadores moleculares das espécies, nativas ou não, pescadas ou comercializadas no RJ. Ambas as estratégias implicarão na geração de empregos e desenvolvimento social local, ao mesmo tempo em que proporciona benefícios tangíveis ao ambiente marinho e ganho econômico ao Estado.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Fabíola Marques de Carvalho - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Carla Osthoff - Integrante / GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ - Integrante / DE MORAIS, GUILHERME LOSS - Integrante / Roberto Pinto Souto - Integrante / Nathalia Pereira Cavaleiro - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    32. 2013-2016. Abordagem multidisciplinar no estudo da biodiversidade, interacao e metabolismo bacteriano em suinos (CAPES/COFECUB)
      Descrição: Esse projeto propõe explorar experimentalmente e matematicamente a biodiversidade de bactérias que vivem no trato respiratório de suínos, muitas delas patogênicas. Entre essas, Mycoplasma hyopneumoniae, Actinobacillus pleuropneumoniae, Actinobacillus suis, Streptococcus suis, Bordetella bronchiseptica, Pasteurella multocida e Mycoplasma hyorhinis são as mais estudadas. Entretanto, o microbioma da via respiratória de suínos é quase que completamente desconhecida e possivelmente muitas outras espécies não identificadas vivem nesse compartimento do organismo podendo influenciar decisivamente o processo infeccioso das bactérias patogênicas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Arnaldo Zaha - Integrante / Marie-France Sagot - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    33. 2013-2015. Rede Brasileira de Microbiologia: A Identificacao e Caracterizacao de Patogenos Bacterianos Infeccao Hospitalar.
      Descrição: O Brasil é o quinto maior país do mundo, tanto pela área geográfica e população, com mais de 192 milhões de pessoas que vivem principalmente na costa atlântica. O Brasil está passando por mudanças econômicas, sociais e ambientais rápidas. Apesar das reduções acentuadas no número de óbitos por doenças infecciosas, principalmente devido a infecções e doenças tropicais nos últimos seis décadas, a resistência bacteriana tem emergido como um importante problema de saúde em hospitais brasileiros. Embora a maioria da população dependa do sistema público de saúde, uma fração cada vez maior está sendo gerenciado pelo sistema de saúde privado refletindo em práticas de saúde distintas ao nível da gestão da infecção hospitalar. Como resultado, os padrões distintos de resistência antimicrobiana podem surgir dentro do país. O objetivo desta proposta é a criação de uma Rede Brasileira de Microbiologia, para identificação e caracterização de bactérias patogênicas que irão unir as ações de médicos, microbiologistas e cientistas, em uma perspectiva interdisciplinar.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Ana Cristina Gales - Integrante / Flavia Rossi - Integrante / Bianca R. Lucarevschi - Integrante.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    34. 2013-2015. Identification and characterization of bacterial pathogens in nosocomial infection management
      Descrição: The aim of this propose is to create a Brazilian Network for Microbiology Identification and Characterization of bacterial Pathogens that will merge the actions of clinicians, microbiologists and scientists, in an interdisciplinary perspective.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Ana Cristina Gales - Integrante / Glaucia Paranhos-Baccala - Integrante / Flavia Rossi - Integrante / Bianca R. Lucarevschi - Integrante. Financiador(es): Institut Merieux - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    35. 2013-2013. Aplicacoes biomedicas em plataformas computacionais de alto desempenho em placas GPUs
      Descrição: O presente projeto tem como objetivo capacitar recursos humanos para usar múltiplos processadores gráficos (GPUs) para acelerar algoritmos na área de pesquisa biomédica, aproveitando duas qualidades fundamentais do ambiente tecnológico atual: (1) a excelente relação custo/desempenho que representa ter uma GPU, o que requer investimento cerca de um décimo em comparação ao seu homólogo em alcançar o mesmo poder de computação em processadores convencionais (CPUs), e (2) a sua escalabilidade extraordinária, precisamente quando as CPUs mostram claros sinais de esgotamento em sua taxa de aceleração, acentuada cada vez mais pela difícil redução do tamanho dos processadores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Antonio Tadeu Azevedo Gomes - Integrante / OSWALDO TRELLES SALAZAR - Integrante / Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior - Integrante / Bruno Schulze - Integrante / Carla Osthoff - Integrante / Manuel Ujaldon - Integrante / Andres Rodriguez - Integrante.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    36. 2012-2020. LIA - Laboratorio Internacional Associado -Titulo do projeto: Laboratorio InteRnacional de pesquisa em bIOinformatica - LIRIO
      Descrição: The current project for a LIA builds upon a strong collaboration between the team of a French-Brazilian researcher with a background in discrete mathematics and algorithmics for the life sciences who has made her scientific career in France, since 2001 in the Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR 5558, and the team of a Brazilian researcher with a background in genetics and bioinformatics, and extensive national and international links in the area of bioinformatics. The research that will be conducted in the LIA will concern putting together all the activities currently conducted by each team separately or that each team has already planned to do, but also new research that the synergy between the two teams will enable to address in future. This synergy represented by the LIA should also allow us to apply for other sources of funding to support the research we wish to develop. Initially, this research will be concentrated on two main axes, one strongly concerned with the host-parasite relationship and the second with micro-environmental genomics and systems biology. Both address complex systems by a broad variety of experimental, bioinformatic and algorithmic approaches that reflect the complementarity of the two teams involved (biology including experimental part for the Brazilian team, algorithmics for the French one) while bioinformatics is a common language between the two. Besides fundamental issues, the two axes may have also important health-related implications. The topics in these two axes belong to one of the five ?thématiques au c?ur de l?INEE?, namely ?Biodiversité et écologie fonctionnelle?, and cover three ?thèmes d?interface?, namely ?Biodiversité, structure, dynamique et fonctionnalité?, ?Mécanismes d?adaptation et d?évolution? and ?Environment et santé?. Training will represent another key aspect of the LIA, and will aim at extending the already intensive exchanges of researchers, Master and PhD students between the two French and Braz. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Arnaldo Zaha - Integrante / Nicolás, Marisa F - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Marie-France Sagot - Integrante / Maria Cristina Machado Motta - Integrante. Financiador(es): Centre National de la Recherche Scientifique - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    37. 2012-2015. Analise da biodiversidade viral e bacteriana na co-circulacao com o virus da gripe - Edital FAPERJ Prioridade Rio
      Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem processando e analisando sequências genômicas de amostras respiratórias provenientes de pacientes com síndromes respiratórias severas, tais como a síndrome gripal, bronquiolites e pneumonias. A identificação do genoma viral e/ou bacteriano associado às manifestações clínicas dos pacientes com síndromes respiratórias severas permitirá traçar o perfil epidemiológico de cada patógeno em uma determinada região geográfica. Devido à infraestrutura do LABINFO e ao conhecimento das técnicas de sequenciamento e análise bioinformática, uma colaboração foi estabelecida entre o LABINFO e o Laboratoire des Pathogènes Émergents (LPE) da Fundação Mérieux localizado em Lyon, França, para a análise metagenômica de patógenos diretamente de amostras respiratórias onde os casos de Influenza mono ou co-detectados em crianças com pneumonia severa serão analisados. O LPE tem um programa de pesquisa sobre as pneumonias severas em crianças com menos de 5 anos. Esse programa, que inclui casos/controles, foi implantado em 10 países diferentes: Mongólia, China, Camboja, Haiti, Paraguai, Brasil, Mali, Madagascar, Líbano e Índia. Criada em 2008 pela Fundação Mérieux, a Rede GABRIEL (Global Approach for Biological Research on Infectious Epidemics in Low income countries) é uma rede de laboratórios de pesquisa internacional que inclui laboratórios de países desenvolvidos e em desenvolvimento. Estes laboratórios trabalham conjuntamente no desenvolvimento de projetos de pesquisa sobre doenças infecciosas que tem impacto significativo na saúde pública, bem como, conduzem estudos epidemiológicos visando o melhoramento do controle destes patógenos. A missão da rede GABRIEL é de apoiar os países em desenvolvimento a desenvolver sua capacidade de pesquisa para a detecção, a identificação e o controle dos patógenos, e de conduzir estudos epidemiológicos nas áreas de infecções d. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Claudia Elizabeth Thompson - Integrante / Glaucia Paranhos-Baccala - Integrante / Jean Noel Telles - Integrante / Florence Komurian-Pradel - Integrante / Patricia Fernandes Barreto Machado Costa - Integrante / Alain Rajoharison - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    38. 2012-2015. Genomica Computacional: Computacao de alto desempenho associada ao sequenciamento de nova geracao. Edital FAPERJ (Bolsa-Cientista do Nosso Estado).
      Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem sendo responsável pelo recebimento, processamento, armazenamento e pela análise das sequências de muitos dos genomas gerados no Brasil. Os softwares e banco de dados desenvolvidos pela equipe, utilizando métodos computacionais e matemáticos avançados, têm sido utilizados por vários grupos no exterior e no Brasil. Um exemplo é a ferramenta SABIA, totalmente desenvolvida no LABINFO. Desde 2008, foi criada a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA), sendo esta uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas de todo o país. Assim, um ambiente de desenvolvimento de pesquisa em Genômica Computacional, associado ao LABINFO, utilizando a infraestrutura de Computação de Alto desempenho do LNCC/MCTI, foi instalado. Em um primeiro momento foi possível adquirir um sequenciador de segunda geração, o 454 da Roche Applied Science.Recentemente adquirimos um outro equipamento, o Ion Torrent Personal Genoma Machine (PGMTM), e que é um sequenciador de última geração de alta acurácia, com a vantagem desta nova tecnologia de sequenciamento usar técnica de semicondutores e estar em pleno desenvolvimento, com um campo de aplicações mais amplo. Por se tratar de uma tecnologia diferente e complementar à já existente na UGCDFA, este equipamento poderá atender projetos de pesquisa antes inviabilizados, seja pelo alto custo e/ou limitação da tecnologia, dando um salto tecnológico importante. A presente proposta tem por objetivo desenvolver novas ferramentas de Bioinformática (montagem, anotação e comparação de genomas, transcriptomas e metagenomas) usando computação de alto desempenho, assim como realizar sequenciamentos de organismos utilizando as duas plataformas disponíveis na UGCDFA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Bolsa.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    39. 2012-2015. Research, Infrastructure and Training in High Performance and Cloud Computing applied to Next Generation Sequencing and Metagenomics data analysis [ R I T A ] (Ciencia sem Fronteira)
      Descrição: This proposal, with the working name RITA (Research, Infrastructure and Training in High Performance and Cloud Computing applied to Next Generation Sequencing and Metagenomics), pursues the linking of different research domains to come up with a coordinated approach in development of tools for large-scale data and computationally intensive scientific applications in the life sciences, including associated training of human resources.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / OSWALDO TRELLES SALAZAR - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    40. 2012-2014. Bioinformatica aplicada ao sequenciamento usando tecnologia de pirosequenciamento e de semicondutores: desenvolvimento de novas ferramentas utilizando computacao paralela e distribuida (Edital CNPq Universal 14/2011)
      Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem sendo responsável pelo recebimento, processamento, armazenamento e pela análise das seqüências de muitos dos genomas gerados no Brasil. Os softwares e banco de dados desenvolvidos pela equipe, utilizando métodos computacionais e matemáticos avançados, têm sido utilizados por vários grupos no exterior e no Brasil. Um exemplo é a ferramenta SABIA, totalmente desenvolvida no LABINFO. Desde 2008, foi criada a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA), sendo esta uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas de todo o país. Assim, um ambiente de desenvolvimento de pesquisa em Genômica Computacional, associado ao LABINFO, utilizando a infra-estrutura de Computação de Alto desempenho do LNCC/MCT, foi instalado. Em um primeiro momento com financiamento do Ministério da Ciência e Tecnologia e do Ministério da Saúde foi possível adquirir um seqüenciador de segunda geração, o 454 da Roche Applied Science. No presente momento estamos adquirindo outro equipamento, o Ion Torrent Personal Genoma Machine (PGMTM), adquirido com verba do MCT, e que é um seqüenciador de última geração de alta acurácia, com a vantagem desta nova tecnologia de sequenciamento usar técnica de semicondutores e estar em pleno desenvolvimento, com um campo de aplicações mais amplo. Por se tratar de uma tecnologia diferente e complementar à já existente na UGCDFA, este equipamento poderá atender projetos de pesquisa antes inviabilizados, seja pelo alto custo e/ou limitação da tecnologia, dando um salto tecnológico importante. A presente proposta tem por objetivo desenvolver novas ferramentas de Bioinformática (montagem, anotação e comparação de genomas) usando computação de alto desempenho, assim como realizar sequenciamentos utilizando as duas plataformas disponíveis na UGCDFA.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Oberdan de Lima Cunha - Integrante / Alex Sandro Mundstein - Integrante / Vicente de Araujo Calfo - Integrante / Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Milena Magalhães - Integrante / Claudia Elizabeth Thompson - Integrante / Luiz Fernando Goda Zuleta - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    41. 2012-2014. Bases genomicas, imunologicas e ultraestruturais das diferencas patogenicas de distintas linhagens evolutivas do parasito Trypanosoma cruzi - Edital Faperj 03/2012 Doencas Negligenciadas
      Descrição: A doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, continua sendo um grave problema de saúde pública. Atualmente, não há vacinas nem drogas efetivas para o tratamento da doença de Chagas crônica. Além disso, a ausência de métodos de diagnóstico eficientes dificulta a identificação de indivíduos infectados e, portanto, o tratamento. Mesmo na possibilidade de tratamento, sua eficácia raramente pode ser devidamente avaliada. A identificação de novos alvos de tratamento, diagnóstico, profilaxia e marcadores de cura pós-tratamento ainda são necessários para o controle da doença de Chagas. Um dos fatores que dificulta a identificação destes alvos é a grande variabilidade genética do parasito. Atualmente, seis linhagens evolutivas são reconhecidas, as quais apresentam características moleculares, imunológicas, epidemiológicas bastante distintas. Até o momento, entretanto, poucos são os estudos multidisciplinares e em larga escala visando a caracterização sistemática de distintas linhagens do parasito. Apenas os genomas das cepas CL Brener e Sylvio foram publicados e, além disto, os dados de expressão gênica são limitados e não há relatos na literatura sobre estudos ultraestruturas comparativos entre cepas do parasito. Pouco se sabe, portanto, sobre as importantes diferenças que devem existir no genoma, transcriptoma e na organização ultraestrutural das diferentes cepas de T. cruzi e que poderiam contribuir para as diferenças no comportamento biológico e nos dados de epidemiologia da doença de Chagas. Neste projeto propomos o uso de abordagens multidisciplinares envolvendo componentes de genômica, biologia molecular e celular e imunologia, visando contribuir para um melhor entendimento da patogênese diferencial causada por distintas linhagens evolutivas e cepas do T. cruzi. Este projeto objetiva ainda a identificação de novos alvos de diagnóstico que considerem a grande diversidade genética do parasito. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Rosane Silva - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Milena Magalhães - Integrante / Claudia Elizabeth Thompson - Integrante / Luiz Fernando Goda Zuleta - Integrante / Maria Cristina Machado Motta - Integrante / Aline Zuma - Integrante / Ana Paula Guimarãs - Integrante / Francisco Prosdocimi - Integrante / Turan Peter Urmenyi - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    42. 2011-2013. Genomica Computacional - Edital Faperj 08/2009 - Jovem Cientista do Nosso Estado
      Descrição: O objetivo deste projeto é o de seqüenciar o metagenoma do suco digestivo de três órgãos distintos do trato digestivo do caramujo Achatina fulica pelo método de pirosequenciamento e com base nas seqüencias geradas identificar a biodiversidade microbiana existente e a presença de genes codificadores de enzimas (principalmente celulases) com potencial aplicação na degradação de fibras vegetais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    43. 2011-2013. Bioinformatica aplicada a reconstrucoes e analises metabolicas de parasitas - Edital Faperj 24/2010 - Cooperacao Bilateral FAPERJ/INRIA
      Descrição: O estilo de vida pode ser considerado como a soma dos efeitos do ambiente em um dado organismo, assim como as associações que este estabelece com outras espécies (Cases et al., 2003). No caso das bactérias intracelulares obrigatórias, o ambiente é restrito à célula hospedeira. A vida intracelular apresenta pressões seletivas específicas, como a redução do genoma, com a consequente perda de vias metabólicas. Alguns desses traços evolutivos são comuns a todas as bactérias intracelulares e outros são específicos ao tipo de associação estabelecida com o hospedeiro. A inativação de vias cujos produtos finais estão disponíveis no meio pode ser favorecida pela seleção natural (Moran, 2007). Em parasitas obrigatórios, parece ser favorecida a perda de genes de modo a utilizar substratos não encontrados no seu ambiente restrito, havendo assim a síntese de produtos metabólicos fornecidos pelo hospedeiro (Moran, 2007). No mutualismo há intensas trocas nutricionais entre os seres associados, ocorrendo a conservação de vias metabólicas essenciais para a manutenção desta relação (Baumann et al., 1995; Shigenobu et al., 2000; Pérez-Brocal et al., 2006; McCutcheon e Moran, 2007; López-Sánchez et al., 2009). O número crescente de genomas sequenciados possibilita a realização de análises comparativas em organismos que apresentam estilos de vida diferentes. A partir desses dados, as reconstruções metabólicas obtidas fornecem informações sobre as vias biossintéticas preditas. A maneira clássica de identificar e comparar a capacidade metabólica de um grupo de organismos é verificar sucessivamente a presença de vias de síntese que são referências para cada uma das redes metabólicas reconstruídas. Além de ser um processo demorado e restrito quanto ao número de organismos analisados, ele é igualmente limitante em relação à exploração da rede metabólica, pois considera apenas as vias de síntese selecionadas a priori. A análise global destas redes faz-se então necessária, pois permite explo. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Marie-France Sagot - Integrante / Cecília Coimbra Klein - Integrante / Paulo Vieira Milreu - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    44. 2011-2013. TAGS: The power of the short - Tools and Algorithms for next Generation Sequencing applications
      Descrição: TAGS project aims at developing new algorithms an tools for next generation DNA sequencing applications. Such challenges will be addressed by developing accurate error models, approximate indexing methods, distributed data structures and exploiting multi-core system architectures. The adoption of precise error models will allow to accurately model the types of errors that are inherent to HTSR technologies. Then, approximate indexing methods will be used to pre-process the reference genome and filter out large fractions of the genome where the reads cannot possibly match. Parallel processing platforms will be extensively exploited to accelerate the alignment. The development of an integrated parallel programming framework will allow the simultaneous exploitation of three levels of parallelism: 1) Coarse-grained, by dividing the sequence database in subsets that will be assigned to each processing node of a cluster/grid; 2) Intermediate-grained, by tiling the sequence pair alignment procedure in several chunks that are individually processed by the cores available in each multi-core processing node; 3) Fine-grained, by following the Single Instruction Multiple Data (SIMD) paradigm to simultaneously evaluate several neighboring partial scores of the alignment procedure between the query sequence and the reference genome. When combined together, its is expected that the indexing methods and the parallel architectures will make it possible to obtain a re-sequencing platform that is competitive in international terms.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Ana Teresa Freitas - Coordenador / Francisco Jorge Dias Oliveira Fernandes - Integrante / Leonel Augusto Pires Seabra Sousa - Integrante / Luís Manuel Silveira Russo - Integrante / Nuno Filipe Valentim Roma - Integrante / Paulo Ferreira Godinho Flores - Integrante / Paulo Gustavo Soares da Fonseca - Integrante. Financiador(es): Fundação para a Ciência e a Tecnologia - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    45. 2011-2013. Interacoes do Trypanossoma rangeli com seus vetores e hospedeiros: aspectos biologicos e moleculares
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Edmundo Carlos Grisard - Coordenador / Patrícia Hermes Stoco - Integrante / Álvaro José Romanha - Integrante / Andrá Báfica - Integrante / Mário Steindel - Integrante.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    46. 2011-Atual. Genomica Computacional: Computacao de alto desempenho aplicada ao sequenciamento de nova geracao.
      Descrição: Bolsa de Produtividade em Pesquisa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    47. 2010-2014. Estrategias inovadoras visando o incremento na eficiencia do processo de fixacao biologica do nitrogenio com leguminosas de graos e oleaginosas: da genomica estrutural e funcional ao desenvolvimento de novos inoculantes
      Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Mariangela Hungria - Coordenador.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    48. 2010-2013. Pos-Genoma de Fungos Patogenicos Humanos visando o desenvolvimento de novas drogas antifungicas
      Descrição: Propõe-se a utilizar informações pós-genoma de patógenos humanos visando o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas que possam ser utilizadas no tratamento de micoses de alta relevância mundial. A idéia é, por meio da análise de genômica comparativa, identificar possíveis genes-alvos candidatos (que codificam para proteínas essenciais) e que estejam presentes em determinados fungos patogênicos humanos. Este projeto utilizará conhecimento multidisciplinar, como requer esta área de fronteira da biotecnologia, agregando especialistas em bioinformática, bioquímica, biofísica estrutural, biologia molecular em associação com grupos de competência na área de modelagem de proteínas in silico e identificação de novas drogas contra alvos-moleculares préidentificados, por varredura virtual de quimiotecas, visando o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas. Edital FAP-DF 03/2009 Programa de Apoio a Núcleos de Excelência PRONEX/FAP-DF/CNPq. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Leila Lopes Bezerra - Integrante / Maria Sueli Soares Felipe - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    49. 2010-2013. Analise taxonomica, filogenetica e genomica comparativa de grupos de rizobios representativos da biodiversidade centro- e sulamericana e com grau elevado de diversidade genetica em relacao as especies ja descritas
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Mariangela Hungria - Integrante.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    50. 2010-2012. Prospeccao de enzimas com potencial aplicacao na producao de etanol de segunda geracao: o caramujo africano e microorganismos associados a manguezais do Estado do Rio de Janeiro - Edital PENSARIO 2009
      Descrição: Este projeto pretende investigar duas fontes de enzimas celulolíticas: (1) no caramujo Achatina fulica e (2) a identificação do grupo taxonômico, o isolamento e a caracterização de microrganismos de diferentes manguezais do estado do Rio de Janeiro. Acreditamos que com esses conhecimentos possa ser esclarecido o processo de degradação da celulose e hemicelulose e o potencial uso dos agentes envolvidos na biotecnologia para produção de etanol a partir da biomassa vegetal (como o bagaço da cana-de-açúcar). Pensa Rio - Apoio ao Estudo de Temas Relevantes e Estratégicos para o Estado do RJ - 2009 Edital FAPERJ N.º 16/2009. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Jorge Almeida Guimarães - Integrante / Eloi de Souza Garcia - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    51. 2010-2012. Genomica Comparativa entre Variantes de Staphylococcus aureus Resistentes a Meticilina, Pertencentes a Linhagem ST239, Importante Patogeno de Pneumonias Hospitalares.
      Descrição: Infecções nosocomiais associadas a dispositivos médicos invasivos, incluindo, as pneumonias associadas à ventilação (PAV), estão entre as principais causas de morbidade e mortalidade em pacientes hospitalizados, em todo o mundo. S. aureus, principalmente S. aureus resistentes à meticilina (MRSA), são líderes absolutos em infecções nosocomiais. O objetivo principal deste estudo é a geração e a análise comparativa de sequências genômicas de variantes ST239 de MRSA (isoladas no Rio de Janeiro), diferindo quanto à expressão de biofilme e do quorum-sensing agr, visando apontar potenciais proteínas moduladoras do filme biológico. Edital - Apoio ao Estudo de Temas Prioritários para o governo do Estado do Rio de Janeiro ? 2010. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Agnes Marie Sá Figueiredo - Coordenador. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    52. 2010-2012. Genomica Funcional e Proteomica da Chromobacterium violaceum: Caracterizacao de novos genes de interesse biotecnologico
      Descrição: Rede Nacional de Genoma Brasileiro, é conhecida por seu extraordinário potencial biológico. A análise de seu genoma mostrou a presença de aproximadamente 40% de ORFs hipotéticas conservadas ou hipotéticas, indicando que grande parte do patrimônio genético desta espécie ainda é desconhecido, sugerindo a existência de uma série de novos genes com potencial biotecnológico ainda não identificado. Assim, o objetivo da presente proposta é identificar e caracterizar novos produtos de interesse biotecnológico especificamente com atividades de reparo de DNA, resistência a metais e bioinseticidas, usando como procedimento a proteômica diferencial associada à genômica da Chromobacterium violaceum. Para tanto, cepas da linhagem ATCC e mutante em violaceína serão crescidas na presença e/ou ausência de diferentes agentes estressores. Após a Identificação por espectrometria e massa, as ORFS candidatas serão clonadas em vetores de expressão e testes funcionais serão realizados. Por outro lado, purificação dos extratos e/ou da proteína recombinante também será efetuada tanto para a carcterização estrutural quanto funcional do novo polipeptídeo. A biologia de sistema será uma ferramenta imprescindível para a análise de interações entre macromoléculas já existentes no genoma da C. violaceum, como a violaceína, bem como para os novos produtos encontrados. Esta análise trará novas informações sobre como os diferentes processos biológicos podem ser regulados em diferentes contextos fisiológicos. A execução da presente proposta virá a contribuir para o esclarecimento da genética desta bactéria com a obtenção de um banco de proteínas diferencialmente expressas que estará disponível à comunidade científica e poderá ser usada para a caracterização funcional de diversos genes de interesse biotecnológico. Podemos enfatizar também a aplicabilidade em diferentes áreas como a de saúde humana (reparo de DNA), agricultura (bioinseticidas) e meio ambiente (resposta a metais). A presente proposta,. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Silvia Regina Batistuzzo de Medeiros - Coordenador.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
    53. 2010-2011. Analise dos polimorfismos geneticos nos virus Influenza A de origem suina circulantes nas regioes sul, sudeste e nordeste do Brasil
      Descrição: Os vírus influenza apresentam uma grande variabilidade genômica que se reflete na composição antigênica anual da vacina. Além disso, o surgimento de novas linhagens de vírus influenza, devido ao rearranjo dos seus segmentos genômicos em diferentes hospedeiros, pode aumentar a sua variabilidade genética. Assim, estudos filogenéticos são importantes para monitorar as cepas circulantes, possibilitando uma melhor análise para a indicação de cepas vacinais anuais representativas do Hemisfério Sul e para analise do impacto de novos vírus sobre os sistemas de saúde. Este impacto ainda pode ser mais significativo se levamos em consideração a possibilidade de emergência de variantes de Influenza A/H1N1v resistentes ao Oseltamivir, como já foram descrito no Canadá, Dinamarca, Japão e Hong Kong. Sendo assim, neste projeto, propomos uma continua analise filogenética dos vírus influenza detectada em amostras brasileiras no ano de 2009 e por quanto perdurar a pandemia de Influenza A/H1N1v e a detecção de cepas circulantes resistentes aos antivirais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Maurício Egídio Cantão - Integrante / Marilda Agudo Mendonça Teixeira de Siqueira - Coordenador.
      Membro: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (0)

    Participação em eventos

    • Total de participação em eventos (30)
      1. 1° SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE O ACESSO AO PATRIMÔNIO GENÉTICO E CONHECIMENTO TRADICIONAL ASSOCIADO INTERFACES ENTRE COMUNIDADE, ACADEMIA, EMPRESA E GOVERNO. Uso e Disponibilização de Sequências Genéticas: proteção ou estímulo à Biopirataria. 2019. (Congresso).
      2. 4th Big Data Forum for Life and Health Sciences. Genomics and Bioinformatics at LNCC From virus to human genome through bioinformatics. 2019. (Congresso).
      3. X International Conference on Bioinformatics. Genomics and Bioinformatics at LNCC. 2019. (Congresso).
      4. Prêmio ASM - 29º Congresso Brasileiro de Microbiologia. Avaliadora. 2017. (Congresso).
      5. SolBio International Conference 2016. Combined genomic and structural analyses of a cultured magnetotactic bacterium reveals its niche adaptation to a dynamic environment. 2016. (Congresso).
      6. SolBio International Conference 2016. Secondary metabolite gene clusters in the entomopathogen fungus Metarhizium anisopliae: Genome identification and patterns of expression in a cuticle infection model. 2016. (Congresso).
      7. SolBio International Conference 2016. The polymyxin B-induced transcriptomic response of a clinical, multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae involves multiple regulatory elements and intracellular targets. 2016. (Congresso).
      8. 2nd SymBioMath Summerschool and Project Meeting.Bioinformatics applied to metagenomics. 2014. (Outra).
      9. 60º Congresso Brasileiro de Genética. Abordagens em bioinformática para o estudo de bactérias patogênicas empregando sistemas de sequenciamento de nova geração. 2014. (Congresso).
      10. 66ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC).Sessão Especial " Homenagem ao prof. Darcy Fontoura de Almeida". 2014. (Outra).
      11. Symposium Computational Biology, From Genomes to Systems.Computational Biology, From Genomes to Systems. 2014. (Simpósio).
      12. Workshop on Genomic Data Analysis and Bioinformatics.Genomic Data Analysis and Bioinformatics. 2014. (Simpósio).
      13. XLDB South America 2014. 2014. (Outra).
      14. X Summer Course for Bioinformatics.Computational genomics at LABINFO: what we did and what we are doing. 2014. (Seminário).
      15. 15th International Simposium on Computer Architecture and High Performance Computing/ 4th Workshop on Applications for Multi-Core Architectures/ WAMCA. Applying GPU Dynamic Parallelism to High-Performance Normalization of Gene Expressions. 2013. (Congresso).
      16. 4to. Congreso Argentino de Bioinformática y Biología Computacional (4CAB2C) y 4ta. Conferencia Internacional de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SolBio) del 29 al 31 de Octubre de 2013 - Rosario, Argentina. Bioinformatics applied to metagenomics. 2013. (Congresso).
      17. 59º Congresso Brasileiro de Genética. 60 anos pós - DNA. 2013. (Congresso).
      18. 6th Annual GABRIEL Meeting. Study of viral and bacterial Biodiversity:from the next generation sequencing to bioinformatics analyses viral and bacterial Interactions in the Upper respiratory Tract. 2013. (Congresso).
      19. XXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia XL Reunião Anual da Pesquisa Básica em Doença de Chagas. O genoma do Anopheles darlingi, o principal major Neotropical Malaria Vecto. 2013. (Congresso).
      20. 28ª Reunião de Genética de Microrganismos. Genômica e proteômica no estudo de microrganismos. 2012. (Congresso).
      21. 58º Congresso Brasileiro de Genética. Disease or not disease: genomics of tripanosomatid protozoa addresses the question. 2012. (Congresso).
      22. Ciclo Regular de Seminários do Centro de Biotecnologia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul.Estratégias de montagem e anotação de genomas a partir de dados gerados por plataformas de alto desempenho. 2012. (Seminário).
      23. ISCB Latin America 2012. SABIA: A new version for next generation sequencing platforms. 2012. (Congresso).
      24. XII Reunião Científica do Departamento de Microbiologia do ICB/USP.O que podemos aprender com as novas tecnologias de sequenciamento. 2012. (Encontro).
      25. Séminaires aux Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires.Bioinformatique appliquée a l'analyse génomique au Brésil. Les avancées de la Métagenomique.. 2011. (Seminário).
      26. XIII Reunião Científica Anual do Instituto Butantan - 2011 - "Instituto Butantan 110 Anos: um Olhar para o Futuro".Atividades em Genômica Computacional desenvolvidas no Labinfo: aplicações na área da saúde". 2011. (Outra).
      27. I Escola Regional de Informática do Rio de Janeiro.Bioinformática. 2010. (Outra).
      28. Keystone Symposia - RNA Silencing: Mechanism, Biology and Application.Computation prediction of small non-coding RNAs in Vibrio genomes. 2010. (Simpósio).
      29. SB-Meeting.Bioinformatics Tools for Genomic Analysis. 2010. (Encontro).
      30. X Jornadas de Bioinformática - Workshop on Bioinformatics for Personalized Medicine.Brazilian Genomics activities in a nutshell. 2010. (Oficina).

    Organização de eventos

    • Total de organização de eventos (23)
      1. DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO. Domingo com Ciência na Quinta. 2019. .. . 0.
      2. VASCONCELOS, A. T. R.. SolBio International Conference 2016. 2016. (Congresso).. . 0.
      3. DE VASCONCELOS, A.T.R.; GAUTHEROT, K. A. C. O. ; GALHEIGO, M. M. ; Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior. Treinamento para a Alocação de Aplicações de Bioinformática na Arquitetura do CSGRID/SINAPAD. 2015. Outro
      4. VASCONCELOS, A. T. R.; OSWALDO TRELLES SALAZAR. Aplicações Biomédicas em Plataformas Computacionais de Alto Desempenho em Placas GPUs. 2013. Outro
      5. VASCONCELOS, A. T. R.; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CANTAO, M. E.. Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas e Metagenômicas. 2012. Outro
      6. Oliveira, G. C. ; COLLADO-VIDES, J. ; RIVAS, J. ; Chehin, R. ; Holmes, D. ; Gonzalez-Nilo, D. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; PORTO, L. ; Pedrosa, F. ; Wilson A. da Silva Jr ; PASSETI, F. ; Franco, G. R. ; Galante, P.. X-Meeting (AB3C/SolBio) - 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmerican Society for Bioinformatics (SolBio). 2011. Congresso
      7. VASCONCELOS, A. T. R.; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CANTAO, M. E.. Ferramentas de Bioinformática Aplicadas à Análise de Sequências Genômicas, Metagenômicas e Transcriptômicas. 2011. Outro
      8. VASCONCELOS, A. T. R.; ZAHA, Arnaldo ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; THOMPSON, F.. Descobertas recentes e perspectivas em Bioinformática e Genômica: uma tripla comemoração. 2010. Outro
      9. VASCONCELOS, A. T. R.; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CANTAO, M. E. ; BARCELLOS, F. G.. Análise Metagenômica com o uso das Plataformas de Segunda Geração de Sequenciamento de DNA. 2010. Outro
      10. VASCONCELOS, A. T. R.. First Workshop Proteomics in the New World. 2008. (Outro).. . 0.
      11. VASCONCELOS, A. T. R.. Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST) Conference on Bioinformatics. 2006. (Outro).. . 0.
      12. VASCONCELOS, A. T. R.. Theoretical and Practical Course on Bioinformatics Applied to Proteomics and Structural Bioinformatics. 2006. (Outro).. . 0.
      13. VASCONCELOS, A. T. R.. Congresso Internacional ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology). 2005. (Congresso).. . 0.
      14. VASCONCELOS, A. T. R.. 11o Workshop Internacional em Evolução e Epidemiologia Molecular Viral. 2005. (Congresso).. . 0.
      15. VASCONCELOS, A. T. R.. Second International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).. . 0.
      16. VASCONCELOS, A. T. R.. Curso de Genoma. 2004. (Outro).. . 0.
      17. VASCONCELOS, A. T. R.. Curso de Proteoma. 2004. (Outro).. . 0.
      18. VASCONCELOS, A. T. R.. II Workshop Brasileiro de Bioinformática. 2003. (Outro).. . 0.
      19. VASCONCELOS, A. T. R.. 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).. . 0.
      20. VASCONCELOS, A. T. R.. Segundo Curso de Especilalização em Bioinformática. 2003. (Outro).. . 0.
      21. VASCONCELOS, A. T. R.. Terceiro Curso de Especialização em Bioinformatica. 2003. (Outro).. . 0.
      22. VASCONCELOS, A. T. R.. I Workshop Brasileiro de Bioinformática. 2002. (Outro).. . 0.
      23. VASCONCELOS, A. T. R.. Primeiro Curso de Especialização em Bioinformática. 2002. (Outro).. . 0.

    Lista de colaborações

    • Colaborações endôgenas (14)
      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Wilson Savino (5.0)
        1. MESSIAS, CAROLINA V. ; LOSS-MORAIS, GUILHERME ; CARVALHO, JOSEANE BISO DE ; GONZÁLEZ, MARIELA N. ; CUNHA, DANIELA P. ; VASCONCELOS, ZILTON ; ARGE, LUIS W. P. ; FARIAS-DE-OLIVEIRA, DÉSIO A. ; GERBER, ALEXANDRA L. ; PORTARI, ELYZABETH A. ; FERREIRA, NILMA ; RAPHAEL, LIDIANE M. S. ; BONALDO, MYRNA C. ; RIEDERER, INGO ; LOPES MOREIRA, MARIA E. ; COTTA-DE-ALMEIDA, VINICIUS ; VASCONCELOS, ANA T. R. ; MENDES-DA-CRUZ, DANIELLA A. ; Savino, Wilson. Zika virus targets the human thymic epithelium. Scientific Reports. v. 10, p. xxx-xxx, issn: 2045-2322, 2020.
          [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        2. GOLBERT, DAIANE CRISTINA F. ; SANTANA-VAN-VLIET, ELIANE ; RIBEIRO-ALVES, MARCELO ; DA FONSÊCA, MARBELLA MARIA B. ; LEPLETIER, AILIN ; MENDES-DA-CRUZ, DANIELLA ARÊAS ; LOSS, GUILHERME ; COTTA-DE-ALMEIDA, VINÍCIUS ; Vasconcelos, Ana Tereza R. ; Savino, Wilson. Small interference ITGA6 gene targeting in the human thymic epithelium differentially regulates the expression of immunological synapse-related genes. Cell Adhesion & Migration. v. 12, p. 1-16, issn: 1933-6918, 2017.
          [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        3. FERREIRA GOLBERT, DAIANE CRISTINA ; Correa-de-Santana, Eliane ; RIBEIRO-ALVES, MARCELO ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; Savino, Wilson. ITGA6 gene silencing by RNA interference modulates the expression of a large number of cell migration-related genes in human thymic epithelial cells. BMC Genomics. v. 14, p. S3, issn: 1471-2164, 2013.
          [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        4. Golbert, D. C. F. ; SANTANA-VAN-VLIET, E. ; Mundstein, A. S. ; CALFO, V. ; SAVINO, W. ; de Vasconcelos, A. T. R.. Laminin-database v.2.0: an update on laminins in health and neuromuscular disorders. Nucleic Acids Research. v. 42, p. D426-9, issn: 0305-1048, 2013.
          [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        5. Golbert, D. C. F. ; Linhares-Lacerda, L. ; ALMEIDA, L. G. P. ; Correa-de-Santana, E. ; OLIVEIRA, A. R. ; MUNDSTEIN, A. S. ; SAVINO, W. ; VASCONCELOS, A. T. R.. Laminin database: a tool to retrieve high-throughput and curated data for studies on laminins. Nucleic Acids Research (Online). v. 193, p. D320-D323, issn: 1362-4962, 2011.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Wanderley de Souza (5.0)
        1. de Andrade Rosa, Ivone ; CARUSO, MARJOLLY BRIGIDO ; DE OLIVEIRA SANTOS, EIDY ; GONZAGA, LUIZ ; ZINGALI, RUSSOLINA BENEDETA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R ; de Souza, Wanderley ; Benchimol, Marlene. The costa of trichomonads: A complex macromolecular cytoskeleton structure made of uncommon proteins. BIOLOGY OF THE CELL. v. 109, p. 238-253, issn: 0248-4900, 2017.
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        2. AZEVEDO-MARTINS, A. C. ; MACHADO, A. C. L. ; KLEIN, C. C. ; CIAPINA, L. ; ALMEIDA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SAGOT, M. F. ; DE SOUZA, W. ; EINICKER-LAMAS, M. ; GALINA, A. ; MOTTA, M. C. M.. Mitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption. Parasitology (Cambridge. Online). v. 141, p. 1-11, issn: 0031-1820, 2014.
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        3. MOTTA, MARIA CRISTINA MACHADO MARTINS, ALLAN CEZAR DE AZEVEDO DE SOUZA, SILVANA SANT?ANNA CATTA-PRETA, CAROLINA MOURA COSTA SILVA, Rosane SILVA, Rosane KLEIN, CECILIA COIMBRA DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE LIMA CUNHA, OBERDAN CIAPINA, LUCIANE PRIOLI BROCCHI, MARCELO COLABARDINI, ANA CRISTINA DE ARAUJO LIMA, BRUNA MACHADO, CARLOS RENATO DE ALMEIDA SOARES, CÉLIA MARIA PROBST, CHRISTIAN MACAGNAN DE MENEZES, CLAUDIA BEATRIZ AFONSO THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH BARTHOLOMEU, DANIELLA CASTANHEIRA GRADIA, DANIELA FIORI PAVONI, DANIELA PARADA GRISARD, EDMUNDO C. Predicting the Proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and Their Respective Endosymbionts Reveals New Aspects of the Trypanosomatidae Family. Plos One. v. 8, p. e60209-e60229, issn: 1932-6203, 2013.
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        4. Cardoso, Alexander M. ; Cavalcante, Janaína J. V. ; Vieira, Ricardo P. ; Lima, Joyce L. ; Grieco, Maria Angela B. ; Clementino, Maysa M. ; Vasconcelos, Ana Tereza R. ; Garcia, Eloi S. ; de Souza, Wanderley ; Albano, Rodolpho M. ; Martins, Orlando B.. Gut Bacterial Communities in the Giant Land Snail Achatina fulica and Their Modification by Sugarcane-Based Diet. Plos One. v. 7, p. e33440, issn: 1932-6203, 2012.
          [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        5. Cardoso, Alexander M. ; CAVALCANTE, JANAÍNA J. V. ; CANTÃO, MAURÍCIO E. ; THOMPSON, CLAUDIA E. ; FLATSCHART, ROBERTO B. ; GLOGAUER, ARNALDO ; SCAPIN, SANDRA M. N. ; SADE, YOUSSEF B. ; BELTRÃO, PAULO J. M. S. I. ; GERBER, ALEXANDRA L. ; Martins, Orlando B. ; Garcia, Eloi S. ; de Souza, Wanderley ; Vasconcelos, Ana Tereza R.. Metagenomic Analysis of the Microbiota from the Crop of an Invasive Snail Reveals a Rich Reservoir of Novel Genes. Plos One. v. 7, p. e48505, issn: 1932-6203, 2012.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Tiago Antônio de Oliveira Mendes (3.0)
        1. REIS-CUNHA, JOÃO LUÍS ; RODRIGUES-LUIZ, GABRIELA F. ; VALDIVIA, HUGO O. ; BAPTISTA, RODRIGO P. ; MENDES, TIAGO A. O. ; DE MORAIS, GUILHERME LOSS ; GUEDES, RAFAEL ; MACEDO, ANDREA M. ; BERN, CARYN ; GILMAN, ROBERT H. ; LOPEZ, CARLOS TALAVERA ; ANDERSSON, BJÖRN ; Vasconcelos, Ana Tereza ; BARTHOLOMEU, DANIELLA C.. Chromosomal copy number variation reveals differential levels of genomic plasticity in distinct Trypanosoma cruzi strains. BMC Genomics. v. 16, p. 499, issn: 1471-2164, 2015.
          [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        2. STOCO, PATRÍCIA HERMES WAGNER, GLAUBER TALAVERA-LOPEZ, CARLOS GERBER, ALEXANDRA ZAHA, Arnaldo THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH BARTHOLOMEU, DANIELLA CASTANHEIRA LÜCKEMEYER, DÉBORA DENARDIN BAHIA, DIANA LORETO, ELGION PRESTES, ELISA BEATRIZ LIMA, FÁBIO MITSUO RODRIGUES-LUIZ, GABRIELA VALLEJO, GUSTAVO ADOLFO FILHO, JOSÉ FRANCO DA SILVEIRA SCHENKMAN, SÉRGIO MONTEIRO, KARINA MARIANTE TYLER, KEVIN MORRIS ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE ORTIZ, MAURO FREITAS CHIURILLO, MIGUEL ANGEL MORAES, MILENE HÖEHR DE CUNHA, OBERDAN DE LIMA MENDONÇA-NETO, RONDON SILVA, ROSANE , et al.TEIXEIRA, SANTUZA MARIA RIBEIRO MURTA, SILVANE MARIA FONSECA SINCERO, THAIS CRISTINE MARQUES MENDES, TIAGO ANTONIO DE OLIVEIRA URMENYI, TURÁN PETER SILVA, VIVIANE GRAZIELLE DAROCHA, WANDERSON DUARTE ANDERSSON, BJÖRN ROMANHA, ÁLVARO JOSÉ STEINDEL, MÁRIO VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE GRISARD, EDMUNDO CARLOS ; Genome of the Avirulent Human-Infective Trypanosome-Trypanosoma rangeli. Genome of the Avirulent Human-Infective Trypanosome Trypanosoma rangeli. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online). v. 8, p. e3176, issn: 1935-2735, 2014.
          [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        3. MOTTA, MARIA CRISTINA MACHADO MARTINS, ALLAN CEZAR DE AZEVEDO DE SOUZA, SILVANA SANT?ANNA CATTA-PRETA, CAROLINA MOURA COSTA SILVA, Rosane SILVA, Rosane KLEIN, CECILIA COIMBRA DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE LIMA CUNHA, OBERDAN CIAPINA, LUCIANE PRIOLI BROCCHI, MARCELO COLABARDINI, ANA CRISTINA DE ARAUJO LIMA, BRUNA MACHADO, CARLOS RENATO DE ALMEIDA SOARES, CÉLIA MARIA PROBST, CHRISTIAN MACAGNAN DE MENEZES, CLAUDIA BEATRIZ AFONSO THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH BARTHOLOMEU, DANIELLA CASTANHEIRA GRADIA, DANIELA FIORI PAVONI, DANIELA PARADA GRISARD, EDMUNDO C. Predicting the Proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and Their Respective Endosymbionts Reveals New Aspects of the Trypanosomatidae Family. Plos One. v. 8, p. e60209-e60229, issn: 1932-6203, 2013.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Renato Santana de Aguiar (2.0)
        1. Aguiar, Renato S.; Aguiar, Renato S. Molecular alterations in the extracellular matrix in the brains of newborns with congenital Zika syndrome. Science Signaling. v. 13, p. eaay6736, issn: 1945-0877, 2020.
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        2. CANDIDO, DARLAN S. Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. SCIENCE. v. 4567, p. eabd2161, issn: 0036-8075, 2020.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Lívia Kmetzsch Rosa e Silva (2.0)
        1. JUNGES, ÂNGELA ; BOLDO, JULIANO TOMAZZONI ; SOUZA, BÁRBARA KUNZLER ; GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; SBARAINI, NICOLAU ; Kmetzsch, Lívia ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; Staats, Charley Christian ; DE ALMEIDA, LUIS GONZAGA PAULA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; Vainstein, Marilene Henning ; Schrank, Augusto. Genomic Analyses and Transcriptional Profiles of the Glycoside Hydrolase Family 18 Genes of the Entomopathogenic Fungus Metarhizium anisopliae. Plos One. v. 9, p. e107864, issn: 1932-6203, 2014.
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        2. Staats, Charley Christian ; JUNGES, ÂNGELA ; GUEDES, RAFAEL LUCAS ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; DE MORAIS, GUILHERME LOSS ; BOLDO, JULIANO TOMAZZONI ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; ANDREIS, FÁBIO CARRER ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; SBARAINI, NICOLAU ; DA PAIXÃO, RANA LOUISE ; BROETTO, LEONARDO ; LANDELL, MELISSA ; SANTI, LUCÉLIA ; DA SILVA, WALTER ORLANDO ; SILVEIRA, CAROLINA PEREIRA ; SERRANO, THAIANE RISPOLI ; DE OLIVEIRA, EDER SILVA ; Kmetzsch, Lívia ; Vainstein, Marilene Henning ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA ; Schrank, Augusto. Comparative genome analysis of entomopathogenic fungi reveals a complex set of secreted proteins. BMC Genomics. v. 15, p. 822, issn: 1471-2164, 2014.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Maurício Lacerda Nogueira (1.0)
        1. CANDIDO, DARLAN S. Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. SCIENCE. v. 4567, p. eabd2161, issn: 0036-8075, 2020.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Roberto Gomes de Souza Berlinck (1.0)
        1. Trindade-Silva, Amaro E. ; Rua, Cintia ; Silva, Genivaldo G. Z. ; Dutilh, Bas E. ; Moreira, Ana Paula B. ; Edwards, Robert A. ; HAJDU, Eduardo ; Lobo-Hajdu, Gisele ; Vasconcelos, Ana Tereza ; Berlinck, Roberto G. S. ; Thompson, Fabiano L.. Taxonomic and Functional Microbial Signatures of the Endemic Marine Sponge Arenosclera brasiliensis. Plos One. v. 7, p. e39905, issn: 1932-6203, 2012.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Eduardo Carlos Meduna Hajdu (1.0)
        1. Trindade-Silva, Amaro E. ; Rua, Cintia ; Silva, Genivaldo G. Z. ; Dutilh, Bas E. ; Moreira, Ana Paula B. ; Edwards, Robert A. ; HAJDU, Eduardo ; Lobo-Hajdu, Gisele ; Vasconcelos, Ana Tereza ; Berlinck, Roberto G. S. ; Thompson, Fabiano L.. Taxonomic and Functional Microbial Signatures of the Endemic Marine Sponge Arenosclera brasiliensis. Plos One. v. 7, p. e39905, issn: 1932-6203, 2012.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Eduardo Alexandrino Servolo de Medeiros (1.0)
        1. ANDREY, DIEGO O ; DANTAS, PRISCILA ; MARTINS, WILLAMES B S ; MARQUES DE CARVALHO, FABÍOLA ; GONZAGA, LUIZ A ; SANDS, KIRSTY ; PORTAL, EDWARD ; SAUSER, JULIEN ; CAYÔ, RODRIGO ; NICOLAS, MARISA F ; VASCONCELOS, ANA TEREZA R ; MEDEIROS, EDUARDO A ; WALSH, TIMOTHY R ; GALES, ANA C. An Emerging Clone, KPC-2-Producing Klebsiella pneumoniae ST16, Associated with High Mortality Rates in a CC258 Endemic Setting. CLINICAL INFECTIOUS DISEASES. v. ciz109, p. 1-10, issn: 1058-4838, 2019.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Rommel Thiago Juca Ramos (1.0)
        1. GOMES DE SÁ, PABLO ; VERAS, ADONNEY ; FONTANA, CARLA SUERTEGARAY ; ALEIXO, ALEXANDRE ; BURLAMAQUI, TIBÉRIO ; MELLO, CLAUDIO VIANNA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; Ramos, Rommel ; SCHNEIDER, MARIA ; Silva, Artur. The assembly and annotation of the complete Rufous-bellied thrush mitochondrial genome. Mitochondrial DNA. v. 16, p. 1-2, issn: 1940-1736, 2015.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Anna Sara Shafferman Levin (1.0)
        1. Vasconcelos, Ana Tereza R.; Vasconcelos, Ana Tereza R. The changing epidemiology of Acinetobacter spp. producing OXA carbapenemases causing bloodstream infections in Brazil: A BrasNet report. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. v. 12, p. 295, issn: 0732-8893, 2015.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ André Felipe Andrade dos Santos (1.0)
        1. CANDIDO, DARLAN S. Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. SCIENCE. v. 4567, p. eabd2161, issn: 0036-8075, 2020.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Patrícia Brasil (1.0)
        1. BONALDO, MYRNA C. ; RIBEIRO, IEDA P. ; LIMA, NOEMIA S. ; DOS SANTOS, ALEXANDRE A. C. ; MENEZES, LIDIANE S. R. ; DA CRUZ, STEPHANIE O. D. ; DE MELLO, IASMIM S. ; FURTADO, NATHÁLIA D. ; DE MOURA, ELAINE E. ; DAMASCENO, LUANA ; DA SILVA, KELY A. B. ; DE CASTRO, MARCIA G. ; GERBER, ALEXANDRA L. ; ALMEIDA, L. G. ; LOURENÇO-DE-OLIVEIRA, RICARDO ; VASCONCELOS, A. T. R. ; BRASIL, PATRÍCIA. Isolation of Infective Zika Virus from Urine and Saliva of Patients in Brazil. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online). v. 10, p. e0004816, issn: 1935-2735, 2016.
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      • Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ⇔ Daniel Cardoso Moraes de Oliveira (1.0)
        1. OCAÑA, KARY A.C.S. ; GALHEIGO, MARCELO ; OSTHOFF, CARLA ; GADELHA, LUIZ M.R. ; PORTO, FABIO ; GOMES, ANTÔNIO TADEU A. ; DE OLIVEIRA, DANIEL ; Vasconcelos, Ana Tereza. BioinfoPortal: A scientific gateway for integrating bioinformatics applications on the Brazilian national high-performance computing network. Future Generation Computer Systems. v. 107, p. 192-214, issn: 0167-739X, 2020.
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    (*) Relatório criado com produções desde 2010 até 2020
    Data de processamento: 14/09/2020 20:04:02