UFABC-professores-CMCC

Ana Ligia Barbour Scott

Professora Titular na Universidade Federal do ABCOrientadora de Doutorado de Mestrado e Doutorado. Bolsista Produtividade Nível 2. Pós-Doutorado junto ao Pós-doutorado junto a Escola de Medicina da Universidade de Pittsburgh/ MMBios. (2018). Pós-Doutorado no IGBMC, Biologie structurale intégrative group, Universidade de Strasbour (2023). Pós-doutorado Laboratoire de Biologie et Pharmacologie Appliquée (LBPA)- Ecole Normale Supérieure de Cachan- Perahia Lab. (2013). Doutorado junto ao Departamento de Física do IBILCE/UNESP (2013). Lider do Laboratório de Biologia Computacional e de Bioinformática da UFABC. Atua na área de Biofísica Molecular e Biologia Estrutural. (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/9435885004578060 (12/11/2024)

Rótulo/Grupo: CMCC

Bolsa CNPq: Nível 2

Período de análise: 2007-HOJE

Endereço: Universidade Federal do ABC, Centro de Matemática, Computação e Cognição. Avenida dos Estados, 5001 Santa Terezinha 09210580 - Santo André, SP - Brasil Telefone: (11) 49960041 Ramal: 0041 Fax: (11) 44361700 URL da Homepage: https://www.ufabc.edu.br

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Biofísica

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (35)
1. SEPULVEDA, ANDERSON FERREIRA ; DA SILVA, JÉSSICA BASSI ; BRUSCHI, MARCOS LUCIANO ; FRANCO, MARGARETH KKD ; YOKAICHIYA, FABIANO ; TÓFOLI, GIOVANA RADOMILLE ; CEREDA, CÍNTIA MARIA SAIA ; ROSSO, ANABELLA PATRICIA ; GIACOMELLI, FERNANDO CARLOS ; SCOTT, ANA LIGIA ; DE ARAUJO, DANIELE RIBEIRO. Influence of structural organization on mucoadhesive properties of poloxamer-hyaluronic acid-based micelles and hydrogels: from molecular modelling to biointerfaces interactions. COLLOIDS AND SURFACES A-PHYSICOCHEMICAL AND ENGINEERING ASPECTS. v. 698, p. 134527, issn: 0927-7757, 2024.
2. DAHMANI, ZAKARIA L. ; SCOTT, ANA LIGIA ; VÉNIEN-BRYAN, CATHERINE ; PERAHIA, DAVID ; COSTA, MAURICIO G.S. MDFF_NM: Improved Molecular Dynamics Flexible Fitting into Cryo-EM Density Maps with a Multireplica Normal Mode-Based Search. Journal of Chemical Information and Modeling. v. 64, p. 5151-5160, issn: 1549-9596, 2024.
3. GASPARINI, P. ; PHILOT, E.A. ; PANTALEÃO, S.Q. ; TORRES-BONFIM, N.E.S.M. ; KLIOUSOFF, A. ; QUIROZ, R.C.N. ; Perahia, D. ; SIMÕES, R.P. ; MAGRO, A.J. ; SCOTT, A.L.. Unveiling mutation effects on the structural dynamics of the main protease from SARS-CoV-2 with hybrid simulation methods. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING. v. 121, p. 108443, issn: 1093-3263, 2023.
4. PANTALEÃO, SIMONE QUEIROZ ; PHILOT, ERIC ALLISON ; DE PAULA, HEBERTH ; INÊS DE SAIRRE, MIRELA ; LIMA, ANGELICA NAKAGAWA ; PIRES, LOREN MONIELLY ; ALVES DOS SANTOS, RAQUEL ; SCOTT, ANA LIGIA ; HONORIO, KATHIA MARIA. Virtual screening and in vitro assays of novel hits as promising DPP-4 inhibitors. BIOCHIMIE. v. 194, p. 43-50, issn: 0300-9084, 2022.
5. KAYNAK, BURAK T. ; KRIEGER, JAMES M. ; DUDAS, BALINT ; DAHMANI, ZAKARIA L. ; COSTA, MAURICIO G. S. ; BALOG, ERIKA ; SCOTT, ANA LIGIA ; DORUKER, PEMRA ; PERAHIA, DAVID ; BAHAR, IVET. Sampling of Protein Conformational Space Using Hybrid Simulations: A Critical Assessment of Recent Methods. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES. v. 9, p. 832847, issn: 2296-889X, 2022.
6. CASTRO, ANA C. H. ; BEZERRA, ÍTALO R. S. ; PASCON, ALINE M. ; DA SILVA, GABRIELA H. ; PHILOT, ERIC A. ; DE OLIVEIRA, VIVIAN L. ; MANCINI, RODRIGO S. N. ; SCHLEDER, GABRIEL R. ; CASTRO, CARLOS E. ; DE CARVALHO, LUCIANI R. S. ; FERNANDES, BIANCA H. V. ; CILLI, EDUARDO M. ; SANCHES, PAULO R. S. ; SANTHIAGO, MURILO ; CHARLIE-SILVA, IVES ; MARTINEZ, DIEGO S. T. ; SCOTT, ANA L. ; ALVES, WENDEL A. ; LIMA, RENATO S.. Modular Label-Free Electrochemical Biosensor Loading Nature-Inspired Peptide toward the Widespread Use of COVID-19 Antibody Tests. ACS Nano. v. 16, p. 14239-14253, issn: 1936-0851, 2022.
7. QUIROZ, R.C.N. ; PHILOT, E.A. ; GENERAL, I.J. ; Perahia, D. ; SCOTT, A.L.. Effect of phosphorylation on the structural dynamics, thermal stability of human dopamine transporter: A simulation study using normal modes, molecular dynamics and Markov State Model. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING. v. 118, p. 108359, issn: 1093-3263, 2022.
8. PANTALEÃO, SIMONE QUEIROZ ; CAMILLO, LÍVIA DE MORAES BOMEDIANO ; NEVES, TAINAN CERQUEIRA ; MENEZES, ISABELA DE GODOY ; STANGHERLIN, LUCAS MATHEUS ; BATISTA, HELENA BEATRIZ DE CARVALHO RUTHNER ; POOLE, EMMA ; NEVELS, MICHAEL ; PHILOT, ERIC ALISSON ; SCOTT, ANA LIGIA ; CARLAN DA SILVA, MARIA CRISTINA. Molecular modelling of the HCMV IL-10 protein isoforms and analysis of their interaction with the human IL-10 receptor. PLoS One. v. 17, p. e0277953, issn: 1932-6203, 2022.
9. DA COSTA, MARCELA OLIVEIRA LEGRAMANTI ; PAVANI, THAIS FERNANDA AMORIM ; LIMA, ANGÉLICA NAKAGAWA ; SCOTT, ANA LÍGIA ; RAMOS, DÉBORA FELICIA VIEIRA ; LAZARINI, MARIANA ; RANDO, DANIELA GONÇALES GALASSE. Nifuroxazide as JAK2 inhibitor: A binding mode proposal and Hel cell proliferation assay. EUROPEAN JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES. v. 162, p. 105822, issn: 0928-0987, 2021.
10. RESENDE-LARA, PEDRO TÚLIO ; PERAHIA, DAVID ; SCOTT, ANA LÍGIA ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS. Unveiling functional motions based on point mutations in biased signaling systems: A normal mode study on nerve growth factor bound to TrkA. PLoS One. v. 15, p. e0231542, issn: 1932-6203, 2020.
11. KRIEGER, JAMES M ; DORUKER, PEMRA ; SCOTT, ANA LIGIA ; PERAHIA, DAVID ; BAHAR, IVET. Towards gaining sight of multiscale events: utilizing network models and normal modes in hybrid methods. CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY. v. 64, p. 34-41, issn: 0959-440X, 2020.
12. PANTALEÃO, SIMONE QUEIROZ ; PHILOT, ERIC ALLISON ; DE OLIVEIRA ALMEIDA, MICHELL ; LIMA, ANGELICA NAKAGAWA ; DE SAIRRE, MIRELA INÊS ; SCOTT, ANA LIGIA ; HONORIO, KATHIA MARIA. Integrated Protocol to Design Potential Inhibitors of Dipeptidyl Peptidase- 4 (DPP-4). CURRENT TOPICS IN MEDICINAL CHEMISTRY. v. 20, p. 209-226, issn: 1568-0266, 2020.
13. DE MORAES BOMEDIANO CAMILLO, LÍVIA ; FERREIRA, GRAZIELE CRISTINA ; ALVES DURAN, ADRIANA FELICIANO ; SANTOS DA SILVA, FLAVIA RIBEIRO ; GARCIA, WANIUS ; SCOTT, ANA LÍGIA ; SASAKI, SERGIO DAISHI. Structural modelling and thermostability of a serine protease inhibitor belonging to the Kunitz-BPTI family from the Rhipicephalus microplus tick. BIOCHIMIE. v. 181, p. 226-233, issn: 0300-9084, 2020.
14. DE VASCONCELOS, DEBORA NALIATI ; LIMA, ANGÉLICA NAKAGAWA ; PHILOT, ERIC ALLISON ; SCOTT, ANA LÍGIA ; FERREIRA BOZA, IZABELLE AMORIM ; DE SOUZA, AGUINALDO ROBINSON ; MORGON, NELSON HENRIQUE ; XIMENES, VALDECIR FARIAS. Methyl divanillate: redox properties and binding affinity with albumin of an antioxidant and potential NADPH oxidase inhibitor. RSC Advances. v. 9, p. 19983-19992, issn: 2046-2069, 2019.
15. MOREIRA, CARLOS ALVES ; PHILOT, ERIC ALLISON ; LIMA, ANGÉLICA NAKAGAWA ; SCOTT, ANA LIGIA. Predicting regions prone to protein aggregation based on SVM algorithm. APPLIED MATHEMATICS AND COMPUTATION. v. 359, p. 502-511, issn: 0096-3003, 2019.
16. BERTOZO, LUIZA DE CARVALHO ; PHILOT, ERIC ALLISON ; LIMA, ANGÉLICA NAKAGAWA ; DE RESENDE LARA, PEDRO TÚLIO ; SCOTT, ANA LÍGIA ; XIMENES, VALDECIR FARIAS. Interaction between 1-pyrenesulfonic acid and albumin: Moving inside the protein. SPECTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND BIOMOLECULAR SPECTROSCOPY. v. 208, p. 243-254, issn: 1386-1425, 2019.
17. MANO, E. ; SCOTT, L. P. B. ; HONORIO, K. M.. UDP-glucuronosyltransferases: Structure, Function and Drug Design Studies. CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY. v. 25, p. 10-15, issn: 0929-8673, 2018.
18. WANG, KENT Z. Q. ; STEER, ERIN ; OTERO, P. ANTHONY ; BATEMAN, NICHOLAS W. ; CHENG, MARY HONGYING ; SCOTT, ANA LIGIA ; WU, CHRISTINE ; BAHAR, IVET ; SHIH, YU-TZU ; HSUEH, YI-PING ; CHU, CHARLEEN T.. PINK1 Interacts with VCP/p97 and Activates PKA to Promote NSFL1C/p47 Phosphorylation and Dendritic Arborization in Neurons. eneuro. v. 1, p. ENEURO.0466-18.2018, issn: 2373-2822, 2018.
19. LIMA, ANGELICA NAKAGAWA ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS ; DE SOUZA COSTA, MAURÍCIO GARCIA ; PERAHIA, DAVID ; SCOTT, LUIS PAULO BARBOUR. Effects of pH and aggregation in the human prion conversion into scrapie form: a study using molecular dynamics with excited normal modes. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS. v. 47, p. 583-590, issn: 0175-7571, 2018.
20. PANTALEÃO, SIMONE ; PHILOT, ERIC ; DE RESENDE-LARA, PEDRO ; LIMA, ANGÉLICA ; PERAHIA, DAVID ; MITEVA, MARIA ; SCOTT, ANA ; HONORIO, KATHIA. Structural Dynamics of DPP-4 and Its Influence on the Projection of Bioactive Ligands. MOLECULES. v. 23, p. 490, issn: 1420-3049, 2018.
21. PANTALEAO, S. Q. ; FUJJI1B, D. G. V. ; MALTAROLLO, V. ; SILVA, D. C. ; TROSSINI, G. H. G. ; WEBER, K. C. ; SCOTT, L. P. B. ; HONORIO, K. M.. The role of QSAR and virtual screening studies in type 2 diabetes drug discovery. Medicinal Chemistry. v. 13, p. 1, issn: 1573-4064, 2017.
22. Philot, E. A. ; LOPES, D. M. ; SOUZA, A. T. ; BRAZ, A. S. K. ; NANTES, I. L. ; RODRIGUES, T. ; Perahia, D. ; MITEVA, M. A. ; SCOTT, L. P. B.. Binding of phenothiazines into allosteric hydrophobic pocket of human thioredoxin 1. European Biophysics Journal. v. 43, p. 2798-286, issn: 0175-7571, 2016.
23. Lima, A N. ; Philot, E. A. ; TROSSINI, G. ; SCOTT, L. P. B. ; MALTAROLLO, V. ; HONORIO, K. M.. Use of machine learning approaches for novel drug discovery. Expert Opinion on Drug Discovery. v. 11, p. 225-239, issn: 1746-0441, 2016.
24. MEISSNER, G. ; RESENDE-LARA, P. ; MATSUBARA, F. ; Luis P B Scott ; BRAZ, ANTÔNIO S.K. ; CHAVES-MOREIRA, D. ; SOARES, E. ; TREVISAN-SILVA, D. ; GREMSKI, L. ; VEIGA ; CHAIM, O.. Molecular cloning and in silico characterization of knottin peptide, U2-SCRTX-Lit2, from brown spider (Loxosceles intermedia) venom glands. Journal of Molecular Modeling (Online). v. 22, p. 196, issn: 0948-5023, 2016.
25. ARAUJO, G. ; Silva, R H T ; SCOTT, L. P. B. ; ARAUJO, A. S. ; SOUZA, F. P. ; OLIVEIRA, R. J.. Structure and functional dynamics characterization of the ion channel of the human respiratory syncytial virus (hRSV) small hydrophobic protein (SH) transmembrane domain by combining molecular dynamics with excited normal modes. Journal of Molecular Modeling (Print). v. 22, p. 3-8, issn: 1610-2940, 2016.
26. CONTO, V. ; BRAZ, A. S. K. ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B.. Recovery of the wild type atomic flexibility in the HIV-1 protease double mutants. Journal of Molecular Graphics & Modelling. v. 59c, p. 107-116, issn: 1093-3263, 2015.
27. LIBERATO, M. ; KOGISKOK, S. ; SILVA, E. ; SILVA, R. ; OLIVEIRA, V. ; Luis P B Scott ; ANDO, R. ; ALVES, W. ; COUTINHO-NETO, M.. Self-Assembly of Arg-Phe Nanostructures via the Solid-Vapor Phase Method. Journal of Physical Chemistry. B. v. 117, p. 733-740, issn: 1520-6106, 2013.
28. Philot, E. A. ; Perahia, D. ; BRAZ, A. S. K. ; COSTA, M. ; SCOTT, L. P. B.. Binding sites and hydrophobic pockets in Human Thioredoxin 1 determined by normal mode analysis. JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY. v. 182, p. 293-300, issn: 1047-8477, 2013.
29. ZOTTI, MOISÉS J. ; DE GEYTER, ELLEN ; SWEVERS, LUC ; BRAZ, ANTÔNIO S.K. ; SCOTT, LUIS P.B. ; ROUGÉ, PIERRE ; COLL, JOSEP ; GRUTZMACHER, ANDERSON D. ; LENARDÃO, EDER J. ; SMAGGHE, GUY. A cell-based reporter assay for screening for EcR agonist/antagonist activity of natural ecdysteroids in Lepidoptera (Bm5) and Diptera (S2) cell cultures, followed by modeling of ecdysteroid-EcR interactions and normal mode analysis. Pesticide Biochemistry and Physiology. v. 107, p. 309-320, issn: 0048-3575, 2013.
30. BRAZ, A. S. K. ; Patrícia Tuferatto ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B.. Relation between flexibility and positively selected HIV-1 protease mutants against inhibitors. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. v. 80, p. 2680-2691, issn: 0887-3585, 2012.
31. Lima, A N. ; Philot, E. A. ; BRAZ, A. S. K. ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B.. GANM: A protein¿ligand docking approach based on genetic algorithm and normal modes. APPLIED MATHEMATICS AND COMPUTATION. v. 219, p. 511-520, issn: 0096-3003, 2012.
32. Stelle, D. ; Barioni, C. M. ; SCOTT, L. P. B.. Using data mining to identify structural rules in proteins. Applied Mathematics and Computation. v. 218, p. 1997-2004, issn: 0096-3003, 2011.
33. SCOTT, L. P. B.; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, José Roberto. Use of genetic algorithms and solvation potential to study peptides structure. Applied Mathematics and Computation. v. 195, p. 515-522, issn: 0096-3003, 2008.
34. SCOTT, L. P. B.; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, José Roberto. Predicting Peptides Structure with Solvation Potential and Rotamer Library Dependent of the Backbone. Applied Mathematics and Computation. v. 199, p. 155-161, issn: 0096-3003, 2008.
35. SCOTT, L. P. B.; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, José Roberto. Using genetic algorithm to design protein sequence. APPLIED MATHEMATICS AND COMPUTATION. v. 200, p. 1-9, issn: 0096-3003, 2008.
Livros publicados/organizados ou edições (1)
1. SCOTT, ANA LIGIA; Lima, A N. ; Philot, E. A.. Métodos Computacionais no Estudo de Macromoléculas Biológicas Capítulo 3. 1 ed. Sâo Paulo: Livraria da Física, 2019. v. 1, p. 264.
Capítulos de livros publicados (1)
1. SCOTT, L. P. B.; ARAUJO, M.. Modelling of Biosystem Structure: A study of Hydrophobic Effect on the Protein Folding. Em: Rubem P Mondaine. (Org.). Biomat 2008: International Symposium on Mathematical and Computational Biology [Hardcover]. 1ed.Singapore. : World Scientific Publishing Co. Pte. Ltda.. 2009.v. I, p. 114-155.
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (6)
1. SCOTT, L. P. B. A new protocol to investigate conformational population patterns in the enzymatic activity cycle of proteins using molecular dynamics and normal modes. Em: 9 International Conference on Structural Biology, v. I, p. 49-49, 2017.
2. SCOTT, L. P. B.; CHAHINE, Jorge. Design of Protein Sequence with Genetic Algorithms. Em: Conference on Computational Physics, 2008.
3. PEREIRA, D. C. ; SCOTT, L. P. B. ; NASCIMENTO, M., Z.. Avaliação de filtros para pré-processamento aplicados à mamogramas. Em: Congresso Brasileiro de Engenharia Biomédica, 2008.
4. SCOTT, L. P. B.; Silva, H R. ; ARAUJO, M.. A study of hydrophobic effect on the protein folding using Monte Carlo. Em: Biomat 2008, v. I, p. 146-156, 2008.
5. PEREIRA, D. C. ; NASCIMENTO, M., Z. ; SCOTT, L. P. B. ; C. S. Kurashima. Avaliação de Filtros Wavelets Aplicados no Pré-Processamento de Imagens Mamográficas. Em: XI Congresso Brasileiro de Informática na Saúde, 2008.
6. Joselisa Paiva ; SCOTT, L. P. B.. Estudo de Aplicação de Diferentes Arquiteturas de Redes Neurais Artificiais no Diagnóstico de Propensão à Doenças Cárdiacas. Em: VI Congresso de Lógica Aplicada à Tecnologia, v. 1, 2007.
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (2)
1. ANA LIGIA SCOTT; Lima, A N. ; OLIVEIRA, R. J. ; Perahia, D. ; COSTA, M. ; BRAZ, A. S. K.. Effects of pH and aggregation in the human prion conversion into scrapie form: a study using molecular dynamics with excited normal modes,. Em: X-Meeting 2018, 2018, Aguas de Sao Paedro. X-Meeting 2018, v. 1, 2018.
2. SCOTT, L. P. B.; Lima, A N. ; Philot, E. A. ; Perahia, D. ; Cassiano, J.. Applying Genetic Algorithms and Rotamer Library to study the Molecular Docking of HIV-1 Protease and CDK-2 with ligands. Em: Conference on Computational Physics 2010, 2010, Trondheim. proceedings of Conference on Computational Physics 2010, 2010.
Resumos publicados em anais de congressos (48)
1. CARLAN, M. C. ; NEVES, T. C. ; STANGHERLIN, L. M. ; BOMEDIANO, L. M. ; Ana Lígia Scott. COMPUTATIONAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE HUMAN CYTOMEGALOVIRUS IL-10 ISOFORMS. Em: XXXII Congresso Brasileiro de Virologia, 2021, web. XXXII Congresso Brasileiro de Virologia, 2021.
2. PANTALEAO, S. Q. ; Lima, A N. ; Philot, E. A. ; HONORIO, K. M. ; ANA LIGIA SCOTT. Analysis of the biological activity of antidiabetic compounds using CoMFA models. Em: 41 Reuniao da Sociedade Brasileira de Quimica, 2018, v. 1, 2018.
3. SANTOS, A. L. ; Braz, A. S. K ; Lima, A N. ; ANA LIGIA SCOTT. MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS AND NORMAL MODES ANALYSIS OF ZIKA VIRUS NS1. Em: X-meeting 2018, 2018, Aguas de Sao Pedro. X-meeting 2018, v. 1, 2018.
4. MOREIRA, C. ; ANA LIGIA SCOTT. Predicting Regions Prone to Protein Aggregation based on SVM Algorithm. Em: X-meeting 2018, 2018. X-meeting 2018, v. 1, 2018.
5. Lima, A N. ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B. ; COSTA, M.. pH and aggregation effects in the convesrsion of human prion into scrapie form: a study suing Molecular Dynamics with excited Normal Modes. Em: 46th SBBq meeting, 2017, Aguás de Lindóia. 46th SBBq meeting, v. 1, 2017.
6. PANTALEAO, S. Q. ; Lima, A N. ; Philot, E. A. ; SCOTT, L. P. B. ; HONÓRIO, K.. STRUCTURAL ANALYSIS OF THE BIOLOGICAL TARGET DIPEPTIDYL PEPTIDASE-4 (DPP-4) RELATED TO TYPE II DIABETES MELLITUS TREATMENT. Em: 46th SBBq meeting, 2017, Águas de Lindóia. 46th SBBq meeting, v. 1, 2017.
7. Philot, E. A. ; MORO, P. ; OLIVEIRA, R. J. ; SCOTT, L. P. B.. USING STRUCTURE-BASED MODEL AND NORMAL MODE ANALYSIS TO INVESTIGATE SOD 1 AGGREGATION. Em: 46th SBBq Meeting, 2017, Águas de Lindóia. 46th SBBq Meeting, v. 1, 2017.
8. Tufanetto, P ; Braz, A. S. K ; SCOTT, L. P. B.. STRUCTURAL ANALYSIS OF THE DENGUE PROTEASE (NS2B/NS3) AND ALLOSTERIC INHIBITION MECHANISMS. Em: 46 th SBBq meeting, 2017, Águas de Lindóia. 46 th SBBq meeting, v. 1, 2017.
9. QUEIROZ, S. ; Lima, A N. ; Philot, E. A. ; SCOTT, L. P. B. ; HONÓRIO, K.. Estudo sobre os movimentos funcionais da dipeptidil peptidase-4 (DPP-4) e as interações moleculares com ligantes para tratamento do diabetes tipo II. Em: Reunião da SBQ 2016, 2016, v. 1, 2016.
10. SCOTT, L. P. B.; Lima, A N. ; OLIVEIRA, R. J. ; Perahia, D. ; COSTA, M.. PH AND AGGREGATION EFFECTS IN THE CONVERSION OF HUMAN PRION INTO SCRAPIE FORM: A STUDY USING MOLECULAR DYNAMICS WITH EXCITED NORMAL MODES. Em: reunião da SBBq 2016, 2016, Natal. Anais da 45 Reunião da SBBq 2016, v. 1, 2016.
11. PANTALEAO, S. Q. ; Lima, A N. ; Philot, E. A. ; RESENDE-LARA, P. ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B. ; HONORIO, K. M.. Docking Molecular de Candidatos a Inibidores da Enzima DPP-4. Em: VIII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS, 2016, PETRÓPOLIS. VIII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS, 2016.
12. SCOTT, L. P. B.; PANTALEAO, S. Q. ; Philot, E. A. ; Lima, A N. ; HONORIO, K. M.. Functional Movements and Conformational Changes of dipeptidil peptidase-4 (DPP-4) related with biding sites and ligands. Em: ongress of Theoretical Chemists of Latin Expression - Quitel 2016, 2016, Montevideo. QUITEL 2016, 42nd International Congress of Theoretical Chemists of Latin Expression, v. i, 2016.
13. MOREIRA, C. ; SCOTT, L. P. B.. Development a Predictor of Aggregation-protein using Supporting Vector Machine. Em: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2016, Belo Horizonte. X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), v. 1, 2016.
14. CONTO, V. ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B. ; MELLO, P. H. ; COUTINHO-NETO, M.. IMPACT OF PROTEIN FLEXIBILITY IN THE SUBSTRATE CLEAVAGE OF HIV-PR EVALUATED USING NORMAL MODES AND DENSITY FUNCTIONAL THEORY. Em: 23rd Congress of the International Union for Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2015, Foz do Iguaçu. 23rd Congress of the International Union for Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), v. I, p. 147-147, 2015.
15. Lima, A N. ; BRAZ, A. S. K. ; Perahia, D. ; OLIVEIRA, R. J. ; SCOTT, L. P. B.. STUDY OF AGGREGATION MODELS OF PrPSc USING MOLECULAR DYNAMICS WITH EXCITED NORMAL MODES AND COARSEGRAINED. Em: SBBa and IUBMB 2015 abstrct book, 2015, Foz do Iguaçu. SBBq and IUBMB 2015, v. I, 2015.
16. CONTO, V. ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B. ; COUTINHO-NETO, M. ; MELLO, P. H.. STRUCTURE ENSAMBLE GENERATED FROM NMA REVEALED DISTINCT MOTION PATTERNS FOR HIV-1 PROTEASE ENZYME ACTIVE CYCLE. Em: SBBq and IUBMB 2015, 2015, Foz do Iguaçu. SBBq and IUBMB 2015 abstract book, v. 1, 2015.
17. ARAUJO, G. C. ; Silva, R H T ; SCOTT, L. P. B. ; OLIVEIRA, R. J. ; SOUZA, F. P.. Analysis of RSV SH Protein Viroporin Function by Molecular Dynamics and Normal Modes. Em: SBBq and IUBMB 2015, 2015, Foz do Iguaçu. SBBq and IUBMB 2015 abstract book, v. 1, 2015.
18. TEIXEIRA, T. ; ARAUJO, G. ; SCOTT, L. P. B. ; SOUZA, F. P.. STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSES OF M2-1 PROTEIN FOR PHARMACOPHORE MODEL DESIGN BY BIOINFORMATICS TOOLS. Em: SBBq and IUBMB 2015, 2015, Foz do Iguaçu. SBBQ and IUBMB 2015, v. 1, 2015.
19. RESENDE-LARA, P. ; SCOTT, L. P. B. ; BRAZ, A. S. K.. CONFORMATIONAL ENTROPY CHANGES IN NERVE GROWTH FACTOR INTERACTION WITH TRKA RECEPTOR. Em: SBBQ and IUBMB 2015, 2015, Fos do Iguaçu. SBBQ and IUBMB 2015 - Abstract book, v. 1, 2015.
20. RESENDE-LARA, P. ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B. ; BRAZ, A. S. K.. Normal Modes Analysis of Human Nerve Growth Factor and its Receptors. Em: Reunião Anual da SBBq 2014, 2014, Foz do Iguaçu. Reunião Anual da SBBq 2014, 2014.
21. CONTO, V. ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B. ; Perahia, D. ; COUTINHO-NETO, M. ; MELLO, P. H.. Effects of the Presence of Substrates, Products and Catalytic Water in HIV1 Protease Flexibility by NMA. Em: Reunião SBBq 2014, 2014, Foz do Iguaçu. Reunião SBBq 2014, 2014.
22. BRAZ, A. S. K. ; Tufanetto, P ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B.. Flexibility study of HIV1 Tat, Normal Modes Analysis. Em: Reunião SBBq 2014, 2014, Foz do Iguaçu. Reunião SBBq 2014, 2014.
23. Lima, A N. ; BRAZ, A. S. K. ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B.. Transition between PrPC and PrPSc in monomers and trimers studied by Normal Modes Analysis and Activated Molecular Dynamics simulations. Em: X-Meeting 2014, 2014, Belo Horizonte. Proc. of The third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America 2014), 2014.
24. BRAZ, A. S. K. ; CONTO, V. ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B.. HiV-1 protease double mutants analysis by NMA indicates convergence to flexibility of the wild type. Em: 9th European Biophysics Congress, 2013, Lisboa. European Biophysical Journal, v. 42, p. S174-S174, 2013.
25. Lima, A N. ; BRAZ, A. S. K. ; Perahia, D. ; COSTA, M. ; SCOTT, L. P. B.. Transition between PrPC and PrPSc studied using normal modes analysis and excited molecular dynamics. Em: 9th European Biophysics Congress, 2013, Lisboa. European Biophysical Journal, v. 42, p. S178-S178, 2013.
26. Silva, R H T ; COUTINHO-NETO, M. ; ALVES, W. ; LIBERATO, M. ; Luis P B Scott. tudy of Self-Assembly of Arg−Phe Nanostructures. Em: Encontro da SBBq 2013, 2013, Foz do Iguaçu. Anais do Encontro da SBBq 2013, 2013.
27. Angélica Lima ; Eric Phillot ; Silva, R H T ; Braz, A. S. ; SCOTT, L. P. B.. A NEW APPROACH FOR DOCKING MOLECULAR: THE SECOND AND THIRD VERSION OF GANM. Em: XLI Anual Meeting of SBBq, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Anual Meeting of SBBq, 2012.
28. Eric Phillot ; David Perahia ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B.. INVESTIGATING THE FLEXIBILITY OF HUMAN THIOREDOXIN 1 USING NORMAL MODES ANALYSIS. Em: XLI Anual Meeting of SBBq, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Anual Meeting of SBBq, 2012.
29. Tufanetto, P ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B. ; David Perahia. FLEXIBILITY STUDY OF HIV-1 PROTEASE MUTANTS OF POSITIVELY SELECTED MUTANTS, NORMAL MODES ANALYSIS. Em: XLI Anual Meeting of SBBq, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Anual Meeting of SBBq, 2012.
30. GOMES, D. H. ; Perahia, D. ; Bisch, P .M. ; PASCUTTI, P. G. ; SCOTT, L. P. B.. DEVELOPMENT OF A FULLY FLEXIBLE PROTEIN-PROTEIN DOCKING METHOD COMBINING NORMAL MODES AND GENETIC ALGORITHM. Em: XLI Anual Meeting of SBBq, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Anual Meeting of SBBq, 2012.
31. SCOTT, L. P. B.; Stelle, D. ; Barioni, C. M.. Identifying folding rules for proteins: relating the secondary structures of proteins and hydrophobicity patterns. Em: XI European Symposium of the Protein Society, 2011, Estocolmo. WXI European Wonders and Disatres of The Protein World, v. I, p. 33-33, 2011.
32. SCOTT, L. P. B.; Godoy, W.. Using Normal Modes Analysis and Molecular Dynamics to investigate amyloid peptides and senile plaques. Em: IX European Symposium of the Protein Society, 2011, Estocolmo. Wonders and Disatres of The Protein World, v. 1, p. 68-68, 2011.
33. SCOTT, L. P. B.; Philot, E. A. ; Lima, A N. ; David Perahia ; Braz, A. S.. GANM: A new protein-ligand docking approach based on genetic algorithm and normal modes. Em: IX European Symposium of the Protein Society, 2011, Estocolmo. Wonders and Disatres of The Protein World, v. 1, p. 33-33, 2011.
34. Godoy, W. ; SCOTT, L. P. B.. Analyzying Alzheimer´s amyloids with molecular dynamics and normal modes. Em: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto. Livro de Resumos: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, v. 1, p. 75-75, 2011.
35. GOMES, D. H. ; PASCUTTI, P. G. ; David Perahia ; Bisch, P .M. ; SCOTT, L. P. B.. Protein-protein Docking using normal modes and genetic algorithm. Em: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto. Livro de Resumos - XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, p. 186-186, 2011.
36. Angélica Lima ; Eric Phillot ; Silva, R H T ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B.. GANM-methodology to introduce the flexibility of protein using genetic algorithm in protein docking. Em: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto. Livro de Resumos -XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, p. 240-240, 2011.
37. Patrícia Tuferatto ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B.. Analyses of the Inhibitor-active site binding of the HIV-1 Protease (Human Immunodeficiency Virus -1-M) in cases od strutcure and/or functional mutations. Em: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2011, 2011, São José do Rio Preto. Programa e Livro de Resumos: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2011, 2011.
38. Stelle, D. ; Barioni, C. M. ; SCOTT, L. P. B.. Identifing relationship between the secondary structures of proteins and hidrophobicity patterns present in the primary structure. Em: Reunião da SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. LIvro de REsumos da Reunião Aniual da SBBq, 2011.
39. Silva, R H T ; Yamagushi, M. E. B ; Vitor Barbanti Pereira Leite ; CHAHINE, Jorge ; SCOTT, L. P. B.. Hydrophobicity effect on protein evolution. Em: Reunião Anual da SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. LIvro de Resumos da Reunião Aniual da SBBq, 2011.
40. Eric Phillot ; Lima, A N. ; ARAUJO, A. P. ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B.. Developing a methodology for protein-ligand docking based on genetic algorithm and rotamer library. Em: Reunião Anual da SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. LIvro de Resumos da Reunião Aniual da SBBq, 2011.
41. SCOTT, L. P. B.; Perahia, D. ; Angélica Lima ; Eric Phillot. Methodological developments based on genetic algorithm and normal mode analysis for performing protein-ligand and protein-protein simulations. Em: ISCB Latin America 2010, 2010, 2010.
42. SCOTT, L. P. B.; TISSUER, P. ; Faria, A.. A Study of Hydrophobic Effect on the protein Folding Using Monte Carlo in 2D and Cubic Lattice. Em: ISCB Latin America 2010, 2010, Montevideo. ISCB Latin America 2010, 2010.
43. SCOTT, L. P. B.; Eric Phillot ; Angélica Lima. Using genetic algorithms and rotamer library to investigate protein-ligand docking. Em: ISCB Latin America, 2010, Montevideo. ISCB Latin America 2010, 2010.
44. SCOTT, L. P. B.; Barioni, C. M. ; Stelle, D.. Applying data mining to investigate the protein folding and etrxact rule of rometion of secondary structure. Em: ISCB - Latin America 2010, 2010, Montevideo. ISCB Latin America. Montevideo: ISCB, 2010.
45. razante, H. ; BRAZ, A. S. K. ; SCOTT, L. P. B.. Protein Data Integration for Phylogenetic data Mining. Em: ISCB Latin America 2010, 2010, Montevideo. ISCB Latin America 2010, 2010.
46. SCOTT, L. P. B.; Philot, E. A. ; Lima, A N. ; Perahia, D.. Developing a methodology for protein-ligand docking based on genetic algorithm and normal modes. Em: 9a European Conference on Computational Biology -2010, 2010, Ghent - Bélgica. European Conference on Computational Biology 2010, 2010.
47. Stelle, D. ; SCOTT, L. P. B. ; Barioni, C. M.. Using data mining to identify structural rules in proteins. Em: 9 European Conference on Computational Biology, 2010, gHENT. eccb 2010, 2010.
48. Angélica Lima ; Eric Phillot ; SCOTT, L. P. B.. COMBINING GENTEIC ALGORITHMS AND ROTAMER LIBRARY TO INVESTIGATE PROTEIN-LIGAND DOCKING. Em: VII CONGRESSO IBERO AMERICANO DE BIOFÍSICA 2009, 2009, BÚZIOS. VII CONGRESSO IBERO AMERICANO DE BIOFÍSICA 2009, 2009.
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (33)
1. Ana Lígia Scott. A invisibilidade das mulheres TRANS no meio acadêmico/científico e barreiras e desafios existentes? no simpósio MULHERES NA CIÊNCIA: DESAFIOS DA DIVERSIDADE. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
2. GASPARINI, P. ; MATTOS, J. C. ; TORRES-BONFIM, N. E. ; MOREIRA, C. ; NAVARRO, R. C. ; MAGRO, A. J. ; Perahia, D. ; Philot, E. A. ; Ana Lígia Scott. UNVEILING MUTATION EFFECTS ON THE STRUCTURAL DYNAMICS OF THE MAIN PROTEASE FROM SARS-COV-2 WITH HYBRID SIMULATION METHODS. 2021. Apresentação de Trabalho/Comunicação
3. ANA LíGIA SCOTT. Protein-Ligand and Protein-protein Docking considering global and local conformational changes: some studies cases. 2019. Apresentação de Trabalho/Comunicação
4. NAVARRO, R. C. ; SCOTT, ANA. STRUCTURAL DYNAMIC ANALYSIS FOR hDAT USING ELASTIC NETWORK MODELS. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
5. TORRES-BONFIM, N. E. ; SCOTT, ANA ; Lima, A N. ; CARLDERON, L. A. ... Synthetic Peptides and New Molecular Targets Against Leshimaniases: A Large-scale Virtual Screening. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
6. SANTOS, A. L. ; SCOTT, ANA. A protocol to investigate protein stability with Molecular Dynamics and Dihedral Perturbation. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
7. ANA LíGIA SCOTT. Studies about Conformational Changes and Functional Movements using Full-Atom model combined with Coarse-Grained and QM/MM. 2018. Apresentação de Trabalho/Seminário
8. ANA LIGIA SCOTT. Integrating Models all-toms and cooarse grained to study movements in proteins. 2018. Apresentação de Trabalho/Seminário
9. ANA LíGIA SCOTT; PANTALEAO, S. Q. ; HONÓRIO, K.. Structural Dynamics of DPP-4 and its influence on the projection of inhibitors. 2018. Apresentação de Trabalho/Outra
10. SCOTT, L. P. B.; Perahia, D. ; Lima, A N. ; COSTA, M.. pH and aggregation effects in the convesrsion of human prion into scrapie form: a study suing Molecular Dynamics with excited Normal Modes. 2017. Apresentação de Trabalho/Seminário
11. PANTALEAO, S. Q. ; Lima, A N. ; Philot, E. A. ; SCOTT, L. P. B. ; HONORIO, K. M.. STRUCTURAL ANALYSIS OF THE BIOLOGICAL TARGET DIPEPTIDYL PEPTIDASE-4 (DPP-4) RELATED TO TYPE II DIABETES MELLITUS TREATMENT. 2017. Apresentação de Trabalho/Outra
12. PANTALEAO, S. Q. ; Lima, A N. ; Philot, E. A. ; SCOTT, L. P. B. ; HONÓRIO, K.. Análise de Propriedade Farmacocinéticas do Inibidor N7F para a enzima DDP-4. 2017. Apresentação de Trabalho/Outra
13. Philot, E. A. ; MORO, P. ; OLIVEIRA, R. J. ; SCOTT, L. P. B.. USING STRUCTURE-BASED MODEL AND NORMAL MODE ANALYSIS TO INVESTIGATE SOD 1 AGGREGATION. 2017. Apresentação de Trabalho/Outra
14. SCOTT, L. P. B.; Lima, A N. ; OLIVEIRA, R. J. ; Perahia, D. ; COSTA, M.. PH AND AGGREGATION EFFECTS IN THE CONVERSION OF HUMAN PRION INTO SCRAPIE FORM: A STUDY USING MOLECULAR DYNAMICS WITH EXCITED NORMAL MODES. 2016. Apresentação de Trabalho/Congresso
15. SCOTT, L. P. B.; PANTALEAO, S. Q. ; Philot, E. A. ; Lima, A N. ; HONÓRIO, K.. Functional Movements and Conformational Changes of dipeptidil peptidase-4 (DPP-4) related with biding sites and ligands. 2016. Apresentação de Trabalho/Comunicação
16. SCOTT, L. P. B. Studying functionally relevant structural changes and global motions in proteins. 2015. Apresentação de Trabalho/Simpósio
17. SCOTT, L. P. B. Modelagem e simulação de mecanismos moleculares e da interação de fármacos com proteínas. 2015. Apresentação de Trabalho/Seminário
18. SCOTT, L. P. B. Studying functionally relevant structural changes and global motions in proteins. 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
19. SCOTT, L. P. B.; GOMES, D. H. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P .M.. Protein-protein docking interaction taking account global conformational changes. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
20. Philot, E. A. ; Perahia, D. ; SCOTT, L. P. B. ; BRAZ, A. S. K.. Flexibility of Thioredoxin 1 and new binding sites using Normal Modes Analyses. 2013. Apresentação de Trabalho/Seminário
21. GOMES, D. H. ; SCOTT, L. P. B. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P .M. ; David Perahia. Deveopment of a fully Flexible Protein-Protein Docking method combining Normal Modes and Genetic Algorithm. 2012. Apresentação de Trabalho/Simpósio
22. GOMES, D. H. ; SCOTT, L. P. B. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P .M. ; Perahia, D.. Protein-Protein docking using normal modes and genetic algorithm. 2011. Apresentação de Trabalho/Comunicação
23. Angélica Lima ; Eric Phillot ; SCOTT, L. P. B. ; BRAZ, A. S. K. ; Perahia, D.. THE SECOND AND THIRD VERSION OF GANM: AN APPROACH FOR MOLECULAR DOCKING. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
24. SCOTT, L. P. B.; TISSUER, P. ; Faria, A.. A study of hydrophobic Effect in Real sequences using Monte Carlo and HP Model. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
25. Stelle, D. ; SCOTT, L. P. B. ; Barioni, C. M.. Develping a software to extract rule for the formation of secondary strutucture. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
26. Stelle, D. ; SCOTT, L. P. B. ; Barioni, C. M.. Using Data mining to identify Hydrophobicity Patterns and sequences motifs in proteins classes. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
27. SCOTT, L. P. B.; CHAHINE, Jorge. Design of protein Sequence with Genetic Algorithms. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
28. SCOTT, L. P. B.; CHAHINE, Jorge. A Surdy of Hydrophobic effect on The Protein Folding using Monte Carlo. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
29. SCOTT, L. P. B. Técnicas de Predição de Estruturas de Proteínas. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
30. SCOTT, L. P. B. Predicting Peptides Structure with Solvation Potential and Rotamer. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
31. SCOTT, L. P. B.; CHAHINE, Jorge. Application of Genetic Algorithms to modeling and design of proteins. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
32. SCOTT, L. P. B.; Joselisa Paiva. . Estudo de Aplicação de Diferentes Arquiteturas de Redes Neurais Artificiais no Diagnóstico de Propensão à Doenças Cárdiacas. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
33. SCOTT, L. P. B.; CHAHINE, Jorge. Prediction of Pepetides Structure Using Genetic Algorithms and Rotamer Library Dindependent fo Backbone. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
Demais tipos de produção bibliográfica (1)
1. SCOTT, L. P. B. Mini- Curso: Modelos e técnicas para predição de estruturas de proteínas. 2008. Material Didático

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (0)

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. Simone Queiroz Pantaleão. . Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2023.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
Tese de doutorado (2)
1. Yollanda Macedo. Estudo da Dinâmica Conformacional e Estabilidade dos Meta-estados para TMEM176 e seu Papel na Ativação do Inflassoma. Tese (Doutorado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
  Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
2. Patrícia Gasparini. Compreendendo a Dinâmica Estrutural, Movimentos Funcionais e Interações Moleculares da Proteína Estrutural Spike e Proteases do SARS-CoV-2 e a busca por Bioativos.. Tese (Doutorado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021.
  Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Dissertação de mestrado (2)
1. Alexandro tadeu Mathias de Souza. Desenvolvimento de um Preditor de Regiões de Agregação em Complexos Proteicos. Dissertação (Mestrado profissional em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, . Início: 2023.
  Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
2. Glauco Endrigo Moura de Lima. Explorando técnicas de aprendizado de máquina para reclassificar poses do docking. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
  Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (0)
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (9)
1. Simone Queiroz. . Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
2. Angelica Nakagawa Lima. . Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
3. Eric Allison Phillot. . Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
4. Eric Allison Phillot. . Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
5. Angelica Lima. . Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
6. Eric Allison Philot. . Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
7. Valderes de Conto. . Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2012.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
8. Ricardo Hildebrand Theodoro da Silva. Desenvolvimento de um software para design de fármacos baseado em estrutura e estudo de interação proteína-proteína proteína-ligante. Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
9. Humberto Luiz Razante. Integração de Bancos de dados Biológicos e Implementação de um Workflow para Mineração de Dados filogenéticos. Universidade Federral do ABC, Universidade Federral do ABC. 2009.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
Tese de doutorado (9)

roberto carlos navarro quiroz. Dopamine Transporter and CamKII, analyzing the interactions and molecular mechanism of Phosphorylation. Tese (Doutorado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2019.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Carlos Alvez Moreira. Predicao de Regiaoes Proepensa a Agregacao x Estabilidade de Proteinas. Tese (Doutorado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Angelica Nakagwa Lima. Caracterização teórica das interações moleculares entre os peptídeos β-Amilóides (Aβ42, Aβ40), Prion Protein (PrPc e PrPSc), APLP1, B30 por meio de dinâmica molecular, análise de modos normais de baixa frequência, docking proteína-proteína e QM/MM?. Tese (Doutorado em Biossitemas) - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2015.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
André Luiz dos Santos. Movimentos Funcionais e Mudanças Conformacionais de proteínas e peptídeos relacionados com agregação. Tese (Doutorado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Simone Queiroz Pantaleão. Estudos de Modelagem Molecular e Triagem Virtual de Ligantes da Enzima Dipeptidil Peptidase-4 Candidatos ao Tratamento do Diabetes Tipo II. Tese (Doutorado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, . 2015.
Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
Pedro Túlio de Resende Lara. Transferência de informação na sinalização dos receptores TrkA mediados por neurotrofinas e outros ligantes. Tese (Doutorado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
André Kliousoff Junior. Determinação de padrões de movimentos funcionais em classes proteínas usando modos normais e técnicas de aprendizado de máquina. Tese (Doutorado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, . 2015.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Patrícia Cassiolato Tufanetto. Estudo estrutural de replicases virais a partir de análise de modos normais. Tese (Doutorado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
Eric Allison Philot. Caracterizando as Interações moleculares entre a Tioredoxina e inibidores/moduladores alostéricos. Tese (Doutorado em Biossitemas) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Dissertação de mestrado (12)

GISELDA CRISTINA FERREIRA. Covid-19 vs. Política e a Polarização no Twitter. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, . 2021.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Carlos Moreira. Desenvolvimento de um Preditor de Agregação de proteínas e peptídeos. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, . 2016.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
André Kliousoff. Estudo de padrões de propriedades de resíduos em Proteínas Desordenadas. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, . 2015.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Pedro Túlio de Resende Lara. Estudo estrutural de neurotrofinas e seus receptores a partir de análise de modos normais. Dissertação (Mestrado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, . 2015.
Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
Raphael Leite. Iplementação da terceira versão da ferramenta GANM: considerando o ligante flexivel. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federral do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Denis Lucas Silva. Estudo de padrões em proteínas virais humanas e a sua correlação com a rede de interação dessas proteínas. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Rosanne Viera. Predição de Hot Spots em complexos Proteína-Proteína. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Paulo Henrique Pisani. Algoritmos Imunológicos aplicados na Detecção de Intrusões com Dinâmica da Digitação. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
Diogo Stelle. Uso de Data Mining na descoberta ou identificação de regras de enovelamento baseado em perfis de hidrofobicidade. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2011.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Eric Allison Philo. Investigação do Docking da HIV-1 Protease e Ligantes utilizando Algoritmos Genéticos e Biblioteca de Rotâmeros. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Engenharia de Informação) - Universidade Federal do ABC, Universidade Federal do ABC. 2010.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Angelica Nakagawa Lima. Investigação do Docking da HIV-1 Protease e Ligantes utilizando Algoritmos Genéticos e Dinâmica Molecular com Modos Normais. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Danilo César Pereira. Quantificação do Pré-Processamento em Sistemas De Diagnóstico Auxiliado por Computador. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Engenharia de Informação) - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2007.
Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (17)

Jean Carlos de Matos. Estudo in silico da dinâmica estrutural e movimentos funcionais e não funcionais da Protease principal da SARS-COV-2 e suas interações com inibidores. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Eduardo Petecof Mattoso. Análise estrutural e funcional de alguns mutantes da Prions (PrPC, PrPSc) por meio de dinâmica molecular e análise de modos normais. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Fernando Georgetto Nogueira. Estudo estrutural e funcional da Alfa-sinucleína por meio de análise de modos normais e dinâmica molecular. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Henrique Santos Franco. Aplicação de Redes Neurais Artificiais para Predizer Estruturas Secundárias de Proteínas. Iniciação Científica - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Vitor Hugo Lage Cabral. Análise Estrutural e de Flexibilidade dos Mutantes da Prion via Dinâmica Molecular e Modos Normais. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
SERGIO RICARDO ZERBETTO MASSON. Análise dos Modos Normais de nano estruturas de peptídeos. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, MINISTÉRIO DA EDUCAÇÃO. 2011.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Patricia Cassiolato Tufanetto. Análise in silico da afinidade de inibidores ao sítio ativo da protease do HIV-1MNO (Human Immunodeficiency Virus ? 1MNO) em casos de mutações não sinônimas sob pressão de seleção positiva.. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2011.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
André Macedo. Análise in silico da flexibilidade da SOD em casos de mutações não sinônimas sob pressão de seleção positiva. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, MEC. 2011.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Danielle Custório. Investigando a Flexibilidade da Tioredoxinas e Tioredoxinas Redutase por meio de análise de modos normais de baixa frequência e dinâmica molecular. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2010.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Wesley Henrique Godoy. Investigando a estrutura e flexibilidade de peptídeos β-Amilóides (Aβ42, Aβ40) e a formação de agregados por meio de dinâmica molecular e análise de modos normais de baixa frequência. Iniciação Científica - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2010.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Arthur Muramoto Hayashi. Estudo dos softwares: VMD, ArgusLab na Simulação de Docking de Sistemas Proteína-Ligante relacionados à doenças auto-imunes. Iniciação Científica - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2009.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Cassio Pereira Christianini. Estudo dos softwares: VMD, ArgusLab e Gromac na Simulação de Docking de Sistemas Proteína-Ligante. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2009.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Michelle Honoratto Araújo. Modelagem por hmologia de proteínas envolvidas em doenças auto imunes. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Universidade Federral do ABC. 2009.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Joselisa Paiva. Aplicação de Redes Neurais do Tipo MLP na Predição de Doenças Cardíacas. (Graduando em BC&T) - Universidade Federral do ABC, Universidade Federral do ABC. 2008.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Hudson Roger da Silva. Aplicação de Monte Carlo no Estudo de Enovelamento, Dinâmica e Estabilidade de EstruturasProtéicas em uma Rede Cúbica. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Bruno Novaes. Predição de pepetídeos usando Algoritmo genético e Bilbioteca de Rotâmeros. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Michelle Honorato. Predição de Estruturas de proteínas Usando Algoritmos Genéticos e Biblioteca de Rotãmeros dependente do backbone. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Orientações de outra natureza (3)

Valderes De Conto. Estudo das interações moleculares entre Tioredoxinas/Tioredoxinas Redutase e inibidores/moduladores alostéricos e caracterização das interações moleculares presentes no sistema Trx. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Diego Enry Gomes. Desenvolvimento de metodologia para docking flexível com alterações especificas na estrutura primária. E as aplicações para estudar interação Proteína-Proteína, Proteína-Ligante e resistência de patógenos a drogas. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Angélica Nakagawa Lima. Desenvolvimento de metodologia para docking flexível com alterações especificas na estrutura primária. E suas aplicações para estudar interação Proteína-Proteína , Proteína-Ligante e resistência de patógenos a drogas. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (12)

2022-Atual. Efeitos de fosforilação e mecanismos moleculares envolvidos com hDAT e o transporte de dopamina (absorção e efluxo)e as interações com CaMKII
Descrição: . Este projeto visa compreender os mecanismos moleculares envolvidos no transporte do metabolismo da dopamina por meio várias técnicas de simulação com métodos híbridos MDeNM que integrados que combinam NMA (usando ENMs ou modelos atômicos completos), dinâmica molecular e dados experimentais de técnicas biofísicas. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / David Parahia - Integrante / Roberto Carlos Navarro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2021-Atual. Adjuvant for COVID-19: Drug repurposing and discovery of plant based novel therapeutics/adjuvants with anti-inflammatory and immunostimulatory properties.
Descrição: Vários tipos de vírus se multiplicam no hospedeiro sem causar danos graves, incluindo aqueles capazes de causar doenças. Mas, em alguns casos, a resposta do hospedeiro pode causar efeitos fisiopatológicos importantes, que podem ser relativamente inespecíficos ou mais direcionados pela resposta imune humoral e/ou celular. É geralmente conhecido que os macrófagos fazem parte de uma população de células do sistema imune inato que responde a agentes microbianos pela produção de moléculas inflamatórias que matam os patógenos e promovem a reparação dos tecidos. No entanto, uma resposta inadequada dessas células pode levar a danos ao próprio indivíduo, como pode ser visto na Página síndrome de ativação macrofágica induzida por infecções graves, incluindo aquelas relacionadas ao SARS-CoV-2. A ocorrência e evolução do COVID-19 depende da interação entre o vírus e o sistema imunológico de cada indivíduo. Portanto, a identificação de agentes imunomoduladores capazes de manter uma resposta imune controlada e ao mesmotempo responder adequadamente aos patógenos são de grande interesse neste momento de pandemia. Este projeto de pesquisa propõe unir estudos in silico (docking molecular, triagem virtual, modelagem molecular, simulações de dinâmica molecular, análise de modos normais, etc.) e in vitro (experimentos de interação imunológica e biofísica contra alvos validados e ensaios de inibição viral) para identificar moléculas de origem vegetal, ou compostos sintéticos semelhantes a essas substâncias naturais, com propriedades antiinflamatórias e imunomoduladoras contra COVID-19 ou SARS-CoV-2. Espera-se que o resultado direto deste projeto seja a aquisição de informações que permitirão um melhor entendimento da estrutura / função de proteínas-chave na infecção por SARS-CoV-2 que podem auxiliar na formulação de candidatos a fármacos para auxiliar no tratamento. de COVID-19. A complementaridade e interdisciplinaridade dos grupos pode ser muito produtiva para desenvolver o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / Eric Allison Philot - Integrante / Angelo José Magro - Integrante / Marcelo Hill - Integrante / Ignacio Generale - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2016-Atual. Estudo das interações moleculares envolvidas na formação de agregados da Superóxido Dismutase 1 (SOD1) e de seus aspectos termodinâmicos por meio de Molecular Dynamics with excited Normal Modes e técnicas de mineração de dados
Descrição: A enzima humana Cu,Zn-SOD é um homodímero de 35-kDa (Rumfeldt, 2009), no qual cada monômero se liga a um átomo de zinco e um átomo de cobre. O Cobre está diretamente envolvido nas reações de catálise, enquanto o Zinco tem função estrutural na região do sítio ativo. Expressada em praticamente, todos os tecidos e em altas concentrações, esta enzima converte o ânion superóxido, um danoso produto do metabolismo protéico, em peróxido de hidrogênio e oxigênio molecular. Este projeto de pesquisa possui como principais objetivos: i) compreender as interações moleculares envolvidas na formação dos agregados da SOD1; ii) identificar padrões (flexibilidade e área acessível ao solvente) em mutantes da SOD1 que estejam correlacionados com a formação de agregados e com diferentes doenças, iii) estudar e compreender melhor o papel do cobre (Cu) e do zinco (Zn) para a estabilidade da estrutura da SOD1 e na propensão de formação de agregados, iv) contribuir para compreensão, de forma mais geral, do mecanismo de agregação de proteínas. O projeto de pesquisa será desenvolvido no Laboratório de Biologia Computacional e Bioinformática da UFABC com a colaboração do Dr. David Perahia que é especialista nas técnicas de Análise de Modos Normais e Dinâmica Molecular. Estudos sobre os mecanismos e agregados envolvidos com patologias podem auxiliar na compreensão das mesmas e no desenvolvimento de novos medicamentos e tratamentos. Mais especificamente, a compreensão das interações moleculares envolvidas na formação dos agregados da SOD e seus mutantes são importantes e contribuem para a compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos em doenças neurodegenerativas como a Esclerose Lateral Amiotrófica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2014-2016. Estudo de estrutural e funcional de proteínas envolvidas em doenças neurodegenerativa utilizando analise de modos normais e dinâmica molecular
Descrição: Este projeto de pesquisa propõem investigar diferentes doenças neurodegernerativas do ponto de vista molecular, estudando as proteínas envolvidas com essas patologias a partir de vários aspectos: estrutura, dinâmica, formação de agregados, função e interação. Pretende-se investigar os mecanismos moleculares a partir de diferentes visões: evolução, busca de padrões (bioinformática), enovelmamento, formaçao de agregado, interação proteína-ligante e drug design. Essa visão/estudo hierarquico permitirá um melhor entendimento do processo molecular envolvido nessas doenças neurodegenerativas. Este projeto de pesquisa possui como principais objetivos: i) compreender as interações moleculares envolvidas na formação dos agregados de proteínas e doenças neurodegenerativas; ii) identificar padrões (flexibilidade, área acessível ao solvente e outros) nas proteínas e em seus respectivos mutantes que estejam relacionados com as diferentes doenças, iii) identificar possíveis sítios de ligação alostéricos por meio de mudanças conformacionais globais, iv) investigar o docking dessas proteínas com compostos candidatos a inibidores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2011-2013. Study of moleuclar interactions among Thioredoxin/Thioredoxin Reductase and inhibitors and alosteric modulators the characterization of moecular interactions presents in the system Trx.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / Eric Allison Philot - Integrante / Ricardo Hildebrand Theodoro da Silv - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2011-2013. Estudo de padrões em proteínas virais humanas e a sua correlação com a rede de interação dessas proteínas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / Denis Lucas Silva - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2010-2015. DESENVOLVIMENTO DE UM SOFTWARE PARA DESIGN DE FÁRMACOS BASEADO EM ESTRUTURA E ESTUDO DE INTERAÇÃO PROTEÍNA-PROTEÍNA PROTEÍNA-LIGANTE
Descrição: Projeto Bolsa PNPD. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / Antonio Sergio Kimus Braz - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2010-2012. Desenvolvimento de metodologia para docking flexível com alterações especificas na estrutura primária. E suas aplicações para estudar interação Proteína-Proteína , Proteína-Ligante e resistência de patógenos a drogas
Descrição: Projeto de Auxílio regular à Pesuqisa - Fapesp. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / Perahia, D - Integrante / Antonio Sergio Kimus Braz - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2010-Atual. Laboratório de Modelagem e Simulação de Sistemas não Lineares (LMSSNL)
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2009-2010. Methodological developments based on genetic algorithm and normal mode technique to simulate molecular docking
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / David Parahia - Integrante. Financiador(es): Chamada Fapesp/CNRS - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2007-2009. Aplicação de Monte Carlo e Wang-Landau Estudo de Enovelamento, Dinâmica e Estabilidade de Estruturas Protéicas em uma Rede Cúbica
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / Hudson Roger - Integrante.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2007-2008. Investigação do uso de algoritmos genéticos e redes neurais na modelagem e predição de estruturas de macromoléculas e na simulação de docking entre proteína e ligante
Descrição: Investigação e desenvolvimento de ferramentas para áre de modelagem de proteínas, utilizando algoritmos genéticos e redes neurais. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (0)

Participação em eventos

Total de participação em eventos (27)

Hands-on Workshop on Computational Biophysics 2018. 2018. (Oficina).
Hands-On Workshop on Enhanced Sampling and Free-Energy Calculation. 2018. (Oficina).
SBBq. PH AND AGGREGATION EFFECTS IN THE CONVERSION OF HUMAN PRION INTO SCRAPIE FORM: A STUDY USING MOLECULAR DYNAMICS WITH EXCITED NORMAL MODES. 2017. (Congresso).
SBBq. STRUCTURAL ANALYSIS OF THE BIOLOGICAL TARGET DIPEPTIDYL PEPTIDASE-4 (DPP-4) RELATED TO TYPE II DIABETES MELLITUS TREATMENT. 2017. (Congresso).
IUBMB 2015. STUDY OF AGGREGATION MODELS OF PRPSC USING MOLECULAR DYNAMICS WITH EXCITED NORMAL MODES AND COARSE-GRAINED. 2015. (Congresso).
reunião da SBBq 2015. STUDY OF AGGREGATION MODELS OF PRPSC USING MOLECULAR DYNAMICS WITH EXCITED NORMAL MODES AND COARSE-GRAINED. 2015. (Congresso).
Workshop em Biofísica Molecular.Studying functionally relevant structural changes and global motions in proteins. 2015. (Simpósio).
III Simpósio Interdisciplinar Fisica+ Bioinformática.Atudying functionally relevant changes and global motions in proteins. 2014. (Simpósio).
Reuniao Anual da SBBq 2014. Effects of the Presence of Substrates, Products and Catalytic Water in HIV1 Protease Flexibility by NMA. 2014. (Congresso).
Workshop at the interface between physics and biology. 2014. (Seminário).
9th European Biophysics Congress. HIV-1 protease double mutants analysis by NMA indicates convergence to flexibility of the wild type. 2013. (Congresso).
Frontiers in dynamics simulations of biological molecules.Flexibility of Thioredoxin1 and new binding sites using Normal Modes Analyses. 2013. (Simpósio).
WORKSHOP DEFIS - Biophysics of large macromolecular assemblies: experiments and simulations.Protein-protein docking interaction taking account global conformational changes. 2013. (Simpósio).
REUNIÃ DA SBBq. DEVELOPMENT OF A FULLY FLEXIBLE PROTEIN-PROTEIN DOCKING METHOD COMBINING NORMAL MODES AND GENETIC ALGORITHM. 2012. (Congresso).
Protein Socity Europen Meeting 2011. Using Normal Modes Analysis and Molecular Dynamics to investigate amyloid peptides and senile plaques. 2011. (Congresso).
Reunião da SBQT 2011. Protein-protein Docking using normal modes and genetic algorithm. 2011. (Congresso).
Simpósio Interdisciplinar: Física + Bioinformática. Analyses of the Inhibitor-active site binding of the HIV-1 Protease (Human Immunodeficiency Virus -1-M) in cases od strutcure and/or functional mutations. 2011. (Congresso).
9 European Conference on Computational Biology. Developing a methodology for protein-ligand docking based on genetic algorithm and normal modes. 2010. (Congresso).
II Semana Científica e Cultural da Unifesp Diadema (SCCUD). Bioinfromática: modelagem molecular. 2010. (Congresso).
ISCB Latin America 2010. A Methodological developments based on genetic algorithm and normal mode analysis for performing protein-ligand and protein-protein docking simulations. 2010. (Congresso).
XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. developing a software to extract rules for the formation of secondary structure. 2010. (Congresso).
Conference on Computational Physics. Design of Protein Sequence with Genetic Algorithms. 2008. (Congresso).
Curso de Verão em Biofísica Molecular 2008.Modelos e Técnicas para predição de Estrutura de Proteínas. 2008. (Outra).
Aula Magna para os Cursos de Física e Computação- UNIFEV.Biotecnologia: Uma área promissora para profissionais da área de extas. 2007. (Outra).
I Workshop em Sistemas Complexos e Cognição. Predicting Peptides Structure with Solvation Potential and Rotamer. 2007. (Congresso).
Semana da Computação - UNIRP.Biotecnologia: Uma área promissora para profissionais da área de computação. 2007. (Seminário).
XIV Congresso Latino-Americano de Biomatemática. Application of genetic algorithms to modeling and design proteins. 2007. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (16)

Ana Lígia Scott; Philot, E. A. ; GASPARINI, P. ; NAVARRO, R. C. ; TORRES-BONFIM, N. E.. I Workshop of Molecular Modeling in Drug and Discovery Design. 2021. Congresso
AL Scott; BATISTA, P. R. ; OLIVEIRA, R. J. ; ARAUJO, A. S.. 49 Reunião da SBBq: 8 Webinar Conformational space sample of proteins: Methods and Applications. 2020. Congresso
ANA LíGIA SCOTT; NASCIMENTO, A. S. ; MALTAROLLO, V. ; PULLARA, F.. 48 Reunião da SBBq 2019 - Simpósio Computational Simulations for Drug Design. 2019. Congresso
SCOTT, L. P. B.; COUTINHO-NETO, M. ; HONORIO, K. M. ; MELLO, P. H.. IV Escola Brasileira de Modelagem Molecular. 2017. Congresso
SCOTT, L. P. B.. Symposium: Dynamic of Biomolecular Systems - 46th SBBq. 2017. (Outro).. . 0.
Braz, A. S. ; COUTINHO, M ; HONÓRIO, K. ; SCOTT, L. P. B. ; MELLO, P. H.. III Escola Brasileira de Modelagem Molecular. 2015. Congresso
HONÓRIO, K. ; SCOTT, L. P. B. ; MELLO, P. H. ; COUTINHO-NETO, M. ; BRAZ, A. S. K.. II ESCOLA DE BRASILEIRA DE MODELAGEM MOLECULAR - EBMM 2013. 2013. Congresso
SCOTT, L. P. B.; COUTINHO, M ; MELLO, P. H. ; Braz, A. S. K ; NASCIMENTO, A. S. ; HONÓRIO, K.. ESCOLA BARSILEIRA DE MODELAGEM MOLECULAR - EBMM 2011. 2011. Congresso
SCOTT, L. P. B.; KLEINSCHMIDT, J. H. ; MInami, M ; Born ; FRAGA, F.. I Workshop da Pós Graduação em Engeharia da Informação da UFABC. 2011. Outro
SCOTT, L. P. B.. IADIS Multi Conference on Computer Science and Information Systems 2010. 2010. (Congresso).. . 0.
SCOTT, L. P. B.. IADIS Informatics 2009 (I 2009) Conference. 2009. (Congresso).. . 0.
SCOTT, L. P. B.; Lorena, Ana. I Escola Brasileira de Bioifnromática, EBB 2008. 2008. Congresso
SCOTT, L. P. B.; Lorena, Ana. Simpósio Brasileiro de Bioinformática. 2008. Congresso
SCOTT, L. P. B.. I Congresso de Iniciação Científica da UNIFEV. 2005. (Congresso).. . 0.
SCOTT, L. P. B.. I Simpósio de Biotecnologia do Noroeste Paulista. 2005. (Congresso).. . 0.
SCOTT, L. P. B.. I Congresso de Iniciação Científica da UNIRP. 2004. (Congresso).. . 0.

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (0)

Data de processamento: 16/11/2024 16:20:29

Relatório gerado por scriptLattes V9. Os resultados podem ser afetados por possíveis falhas decorrentes de inconsistências no preenchimento dos Currículos Lattes. E-mail de contato: jesus.mena@ufabc.edu.br