PPG-biossistemas

Ana Ligia Barbour Scott

Professora Titular na Universidade Federal do ABCOrientadora de Doutorado de Mestrado e Doutorado. Bolsista Produtividade Nível 2. Pós-Doutorado junto ao Pós-doutorado junto a Escola de Medicina da Universidade de Pittsburgh/ MMBios. (2018). Pós-Doutorado no IGBMC, Biologie structurale intégrative group, Universidade de Strasbour (2023). Pós-doutorado Laboratoire de Biologie et Pharmacologie Appliquée (LBPA)- Ecole Normale Supérieure de Cachan- Perahia Lab. (2013). Doutorado junto ao Departamento de Física do IBILCE/UNESP (2013). Lider do Laboratório de Biologia Computacional e de Bioinformática da UFABC. Atua na área de Biofísica Molecular e Biologia Estrutural. (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/9435885004578060 (12/11/2024)

Rótulo/Grupo: PERMANENTE

Bolsa CNPq: Nível 2

Período de análise:

Endereço: Universidade Federal do ABC, Centro de Matemática, Computação e Cognição. Avenida dos Estados, 5001 Santa Terezinha 09210580 - Santo André, SP - Brasil Telefone: (11) 49960041 Ramal: 0041 Fax: (11) 44361700 URL da Homepage: https://www.ufabc.edu.br

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Biofísica

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (13)
1. SEPULVEDA, ANDERSON FERREIRA ; DA SILVA, JÉSSICA BASSI ; BRUSCHI, MARCOS LUCIANO ; FRANCO, MARGARETH KKD ; YOKAICHIYA, FABIANO ; TÓFOLI, GIOVANA RADOMILLE ; CEREDA, CÍNTIA MARIA SAIA ; ROSSO, ANABELLA PATRICIA ; GIACOMELLI, FERNANDO CARLOS ; SCOTT, ANA LIGIA ; DE ARAUJO, DANIELE RIBEIRO. Influence of structural organization on mucoadhesive properties of poloxamer-hyaluronic acid-based micelles and hydrogels: from molecular modelling to biointerfaces interactions. COLLOIDS AND SURFACES A-PHYSICOCHEMICAL AND ENGINEERING ASPECTS. v. 698, p. 134527, issn: 0927-7757, 2024.
2. DAHMANI, ZAKARIA L. ; SCOTT, ANA LIGIA ; VÉNIEN-BRYAN, CATHERINE ; PERAHIA, DAVID ; COSTA, MAURICIO G.S. MDFF_NM: Improved Molecular Dynamics Flexible Fitting into Cryo-EM Density Maps with a Multireplica Normal Mode-Based Search. Journal of Chemical Information and Modeling. v. 64, p. 5151-5160, issn: 1549-9596, 2024.
3. GASPARINI, P. ; PHILOT, E.A. ; PANTALEÃO, S.Q. ; TORRES-BONFIM, N.E.S.M. ; KLIOUSOFF, A. ; QUIROZ, R.C.N. ; Perahia, D. ; SIMÕES, R.P. ; MAGRO, A.J. ; SCOTT, A.L.. Unveiling mutation effects on the structural dynamics of the main protease from SARS-CoV-2 with hybrid simulation methods. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING. v. 121, p. 108443, issn: 1093-3263, 2023.
4. PANTALEÃO, SIMONE QUEIROZ ; PHILOT, ERIC ALLISON ; DE PAULA, HEBERTH ; INÊS DE SAIRRE, MIRELA ; LIMA, ANGELICA NAKAGAWA ; PIRES, LOREN MONIELLY ; ALVES DOS SANTOS, RAQUEL ; SCOTT, ANA LIGIA ; HONORIO, KATHIA MARIA. Virtual screening and in vitro assays of novel hits as promising DPP-4 inhibitors. BIOCHIMIE. v. 194, p. 43-50, issn: 0300-9084, 2022.
5. KAYNAK, BURAK T. ; KRIEGER, JAMES M. ; DUDAS, BALINT ; DAHMANI, ZAKARIA L. ; COSTA, MAURICIO G. S. ; BALOG, ERIKA ; SCOTT, ANA LIGIA ; DORUKER, PEMRA ; PERAHIA, DAVID ; BAHAR, IVET. Sampling of Protein Conformational Space Using Hybrid Simulations: A Critical Assessment of Recent Methods. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES. v. 9, p. 832847, issn: 2296-889X, 2022.
6. CASTRO, ANA C. H. ; BEZERRA, ÍTALO R. S. ; PASCON, ALINE M. ; DA SILVA, GABRIELA H. ; PHILOT, ERIC A. ; DE OLIVEIRA, VIVIAN L. ; MANCINI, RODRIGO S. N. ; SCHLEDER, GABRIEL R. ; CASTRO, CARLOS E. ; DE CARVALHO, LUCIANI R. S. ; FERNANDES, BIANCA H. V. ; CILLI, EDUARDO M. ; SANCHES, PAULO R. S. ; SANTHIAGO, MURILO ; CHARLIE-SILVA, IVES ; MARTINEZ, DIEGO S. T. ; SCOTT, ANA L. ; ALVES, WENDEL A. ; LIMA, RENATO S.. Modular Label-Free Electrochemical Biosensor Loading Nature-Inspired Peptide toward the Widespread Use of COVID-19 Antibody Tests. ACS Nano. v. 16, p. 14239-14253, issn: 1936-0851, 2022.
7. QUIROZ, R.C.N. ; PHILOT, E.A. ; GENERAL, I.J. ; Perahia, D. ; SCOTT, A.L.. Effect of phosphorylation on the structural dynamics, thermal stability of human dopamine transporter: A simulation study using normal modes, molecular dynamics and Markov State Model. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING. v. 118, p. 108359, issn: 1093-3263, 2022.
8. PANTALEÃO, SIMONE QUEIROZ ; CAMILLO, LÍVIA DE MORAES BOMEDIANO ; NEVES, TAINAN CERQUEIRA ; MENEZES, ISABELA DE GODOY ; STANGHERLIN, LUCAS MATHEUS ; BATISTA, HELENA BEATRIZ DE CARVALHO RUTHNER ; POOLE, EMMA ; NEVELS, MICHAEL ; PHILOT, ERIC ALISSON ; SCOTT, ANA LIGIA ; CARLAN DA SILVA, MARIA CRISTINA. Molecular modelling of the HCMV IL-10 protein isoforms and analysis of their interaction with the human IL-10 receptor. PLoS One. v. 17, p. e0277953, issn: 1932-6203, 2022.
9. DA COSTA, MARCELA OLIVEIRA LEGRAMANTI ; PAVANI, THAIS FERNANDA AMORIM ; LIMA, ANGÉLICA NAKAGAWA ; SCOTT, ANA LÍGIA ; RAMOS, DÉBORA FELICIA VIEIRA ; LAZARINI, MARIANA ; RANDO, DANIELA GONÇALES GALASSE. Nifuroxazide as JAK2 inhibitor: A binding mode proposal and Hel cell proliferation assay. EUROPEAN JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES. v. 162, p. 105822, issn: 0928-0987, 2021.
10. RESENDE-LARA, PEDRO TÚLIO ; PERAHIA, DAVID ; SCOTT, ANA LÍGIA ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS. Unveiling functional motions based on point mutations in biased signaling systems: A normal mode study on nerve growth factor bound to TrkA. PLoS One. v. 15, p. e0231542, issn: 1932-6203, 2020.
11. KRIEGER, JAMES M ; DORUKER, PEMRA ; SCOTT, ANA LIGIA ; PERAHIA, DAVID ; BAHAR, IVET. Towards gaining sight of multiscale events: utilizing network models and normal modes in hybrid methods. CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY. v. 64, p. 34-41, issn: 0959-440X, 2020.
12. PANTALEÃO, SIMONE QUEIROZ ; PHILOT, ERIC ALLISON ; DE OLIVEIRA ALMEIDA, MICHELL ; LIMA, ANGELICA NAKAGAWA ; DE SAIRRE, MIRELA INÊS ; SCOTT, ANA LIGIA ; HONORIO, KATHIA MARIA. Integrated Protocol to Design Potential Inhibitors of Dipeptidyl Peptidase- 4 (DPP-4). CURRENT TOPICS IN MEDICINAL CHEMISTRY. v. 20, p. 209-226, issn: 1568-0266, 2020.
13. DE MORAES BOMEDIANO CAMILLO, LÍVIA ; FERREIRA, GRAZIELE CRISTINA ; ALVES DURAN, ADRIANA FELICIANO ; SANTOS DA SILVA, FLAVIA RIBEIRO ; GARCIA, WANIUS ; SCOTT, ANA LÍGIA ; SASAKI, SERGIO DAISHI. Structural modelling and thermostability of a serine protease inhibitor belonging to the Kunitz-BPTI family from the Rhipicephalus microplus tick. BIOCHIMIE. v. 181, p. 226-233, issn: 0300-9084, 2020.
Livros publicados/organizados ou edições (0)
Capítulos de livros publicados (0)
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
Resumos publicados em anais de congressos (1)
1. CARLAN, M. C. ; NEVES, T. C. ; STANGHERLIN, L. M. ; BOMEDIANO, L. M. ; Ana Lígia Scott. COMPUTATIONAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE HUMAN CYTOMEGALOVIRUS IL-10 ISOFORMS. Em: XXXII Congresso Brasileiro de Virologia, 2021, web. XXXII Congresso Brasileiro de Virologia, 2021.
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (2)
1. Ana Lígia Scott. A invisibilidade das mulheres TRANS no meio acadêmico/científico e barreiras e desafios existentes? no simpósio MULHERES NA CIÊNCIA: DESAFIOS DA DIVERSIDADE. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
2. GASPARINI, P. ; MATTOS, J. C. ; TORRES-BONFIM, N. E. ; MOREIRA, C. ; NAVARRO, R. C. ; MAGRO, A. J. ; Perahia, D. ; Philot, E. A. ; Ana Lígia Scott. UNVEILING MUTATION EFFECTS ON THE STRUCTURAL DYNAMICS OF THE MAIN PROTEASE FROM SARS-COV-2 WITH HYBRID SIMULATION METHODS. 2021. Apresentação de Trabalho/Comunicação
Demais tipos de produção bibliográfica (0)

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (0)

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. Simone Queiroz Pantaleão. . Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2023.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
Tese de doutorado (2)
1. Yollanda Macedo. Estudo da Dinâmica Conformacional e Estabilidade dos Meta-estados para TMEM176 e seu Papel na Ativação do Inflassoma. Tese (Doutorado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
  Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
2. Patrícia Gasparini. Compreendendo a Dinâmica Estrutural, Movimentos Funcionais e Interações Moleculares da Proteína Estrutural Spike e Proteases do SARS-CoV-2 e a busca por Bioativos.. Tese (Doutorado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021.
  Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Dissertação de mestrado (2)
1. Alexandro tadeu Mathias de Souza. Desenvolvimento de um Preditor de Regiões de Agregação em Complexos Proteicos. Dissertação (Mestrado profissional em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, . Início: 2023.
  Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
2. Glauco Endrigo Moura de Lima. Explorando técnicas de aprendizado de máquina para reclassificar poses do docking. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
  Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (0)
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. Simone Queiroz. . Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
  Supervisor: Ana Ligia Barbour Scott.
Tese de doutorado (0)
Dissertação de mestrado (1)

GISELDA CRISTINA FERREIRA. Covid-19 vs. Política e a Polarização no Twitter. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC, . 2021.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (1)

Jean Carlos de Matos. Estudo in silico da dinâmica estrutural e movimentos funcionais e não funcionais da Protease principal da SARS-COV-2 e suas interações com inibidores. (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020.
Orientador: Ana Ligia Barbour Scott.
Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (2)

2022-Atual. Efeitos de fosforilação e mecanismos moleculares envolvidos com hDAT e o transporte de dopamina (absorção e efluxo)e as interações com CaMKII
Descrição: . Este projeto visa compreender os mecanismos moleculares envolvidos no transporte do metabolismo da dopamina por meio várias técnicas de simulação com métodos híbridos MDeNM que integrados que combinam NMA (usando ENMs ou modelos atômicos completos), dinâmica molecular e dados experimentais de técnicas biofísicas. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / David Parahia - Integrante / Roberto Carlos Navarro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.
2021-Atual. Adjuvant for COVID-19: Drug repurposing and discovery of plant based novel therapeutics/adjuvants with anti-inflammatory and immunostimulatory properties.
Descrição: Vários tipos de vírus se multiplicam no hospedeiro sem causar danos graves, incluindo aqueles capazes de causar doenças. Mas, em alguns casos, a resposta do hospedeiro pode causar efeitos fisiopatológicos importantes, que podem ser relativamente inespecíficos ou mais direcionados pela resposta imune humoral e/ou celular. É geralmente conhecido que os macrófagos fazem parte de uma população de células do sistema imune inato que responde a agentes microbianos pela produção de moléculas inflamatórias que matam os patógenos e promovem a reparação dos tecidos. No entanto, uma resposta inadequada dessas células pode levar a danos ao próprio indivíduo, como pode ser visto na Página síndrome de ativação macrofágica induzida por infecções graves, incluindo aquelas relacionadas ao SARS-CoV-2. A ocorrência e evolução do COVID-19 depende da interação entre o vírus e o sistema imunológico de cada indivíduo. Portanto, a identificação de agentes imunomoduladores capazes de manter uma resposta imune controlada e ao mesmotempo responder adequadamente aos patógenos são de grande interesse neste momento de pandemia. Este projeto de pesquisa propõe unir estudos in silico (docking molecular, triagem virtual, modelagem molecular, simulações de dinâmica molecular, análise de modos normais, etc.) e in vitro (experimentos de interação imunológica e biofísica contra alvos validados e ensaios de inibição viral) para identificar moléculas de origem vegetal, ou compostos sintéticos semelhantes a essas substâncias naturais, com propriedades antiinflamatórias e imunomoduladoras contra COVID-19 ou SARS-CoV-2. Espera-se que o resultado direto deste projeto seja a aquisição de informações que permitirão um melhor entendimento da estrutura / função de proteínas-chave na infecção por SARS-CoV-2 que podem auxiliar na formulação de candidatos a fármacos para auxiliar no tratamento. de COVID-19. A complementaridade e interdisciplinaridade dos grupos pode ser muito produtiva para desenvolver o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Ana Ligia Barbour Scott - Coordenador / Eric Allison Philot - Integrante / Angelo José Magro - Integrante / Marcelo Hill - Integrante / Ignacio Generale - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Ligia Barbour Scott.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (0)

Participação em eventos

Total de participação em eventos (0)

Organização de eventos

Total de organização de eventos (8)

Ana Lígia Scott; Philot, E. A. ; GASPARINI, P. ; NAVARRO, R. C. ; TORRES-BONFIM, N. E.. I Workshop of Molecular Modeling in Drug and Discovery Design. 2021. Congresso
AL Scott; BATISTA, P. R. ; OLIVEIRA, R. J. ; ARAUJO, A. S.. 49 Reunião da SBBq: 8 Webinar Conformational space sample of proteins: Methods and Applications. 2020. Congresso
SCOTT, L. P. B.. Symposium: Dynamic of Biomolecular Systems - 46th SBBq. 2017. (Outro).. . 0.
SCOTT, L. P. B.. IADIS Multi Conference on Computer Science and Information Systems 2010. 2010. (Congresso).. . 0.
SCOTT, L. P. B.. IADIS Informatics 2009 (I 2009) Conference. 2009. (Congresso).. . 0.
SCOTT, L. P. B.. I Congresso de Iniciação Científica da UNIFEV. 2005. (Congresso).. . 0.
SCOTT, L. P. B.. I Simpósio de Biotecnologia do Noroeste Paulista. 2005. (Congresso).. . 0.
SCOTT, L. P. B.. I Congresso de Iniciação Científica da UNIRP. 2004. (Congresso).. . 0.

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (5)

Ana Ligia Barbour Scott ⇔ Antonio Sergio Kimus Braz (1.0)
RESENDE-LARA, PEDRO TÚLIO ; PERAHIA, DAVID ; SCOTT, ANA LÍGIA ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS. Unveiling functional motions based on point mutations in biased signaling systems: A normal mode study on nerve growth factor bound to TrkA. PLoS One. v. 15, p. e0231542, issn: 1932-6203, 2020.

Ana Ligia Barbour Scott ⇔ Daniele Ribeiro de Araujo (1.0)
Sepulveda, Anderson Ferreira ; DA SILVA, JÉSSICA BASSI ; BRUSCHI, MARCOS LUCIANO ; FRANCO, MARGARETH KKD ; Yokaichiya, Fabiano ; Tófoli, Giovana Radomille ; CEREDA, Cíntia Maria Saia ; ROSSO, ANABELLA PATRICIA ; GIACOMELLI, FERNANDO CARLOS ; SCOTT, ANA LIGIA ; de Araujo, Daniele Ribeiro. Influence of structural organization on mucoadhesive properties of poloxamer-hyaluronic acid-based micelles and hydrogels: from molecular modelling to biointerfaces interactions. COLLOIDS AND SURFACES A-PHYSICOCHEMICAL AND ENGINEERING ASPECTS. v. 698, p. 134527, issn: 0927-7757, 2024.

Ana Ligia Barbour Scott ⇔ Helena Beatriz de Carvalho Ruthner Batista (1.0)
PANTALEÃO, SIMONE QUEIROZ ; CAMILLO, LÍVIA DE MORAES BOMEDIANO ; NEVES, TAINAN CERQUEIRA ; MENEZES, ISABELA DE GODOY ; STANGHERLIN, LUCAS MATHEUS ; BATISTA, HELENA BEATRIZ DE CARVALHO RUTHNER ; POOLE, EMMA ; NEVELS, MICHAEL ; PHILOT, ERIC ALISSON ; SCOTT, ANA LIGIA ; CARLAN DA SILVA, MARIA CRISTINA. Molecular modelling of the HCMV IL-10 protein isoforms and analysis of their interaction with the human IL-10 receptor. PLoS One. v. 17, p. e0277953, issn: 1932-6203, 2022.

Ana Ligia Barbour Scott ⇔ Maria Cristina Carlan da Silva (1.0)
PANTALEÃO, SIMONE QUEIROZ ; CAMILLO, LÍVIA DE MORAES BOMEDIANO ; NEVES, TAINAN CERQUEIRA ; MENEZES, ISABELA DE GODOY ; STANGHERLIN, LUCAS MATHEUS ; BATISTA, HELENA BEATRIZ DE CARVALHO RUTHNER ; POOLE, EMMA ; NEVELS, MICHAEL ; PHILOT, ERIC ALISSON ; SCOTT, ANA LIGIA ; CARLAN DA SILVA, MARIA CRISTINA. Molecular modelling of the HCMV IL-10 protein isoforms and analysis of their interaction with the human IL-10 receptor. PLoS One. v. 17, p. e0277953, issn: 1932-6203, 2022.

Ana Ligia Barbour Scott ⇔ Sergio Daishi Sasaki (1.0)
DE MORAES BOMEDIANO CAMILLO, LÍVIA ; FERREIRA, GRAZIELE CRISTINA ; ALVES DURAN, ADRIANA FELICIANO ; SANTOS DA SILVA, FLAVIA RIBEIRO ; GARCIA, WANIUS ; SCOTT, ANA LÍGIA ; SASAKI, SERGIO DAISHI. Structural modelling and thermostability of a serine protease inhibitor belonging to the Kunitz-BPTI family from the Rhipicephalus microplus tick. BIOCHIMIE. v. 181, p. 226-233, issn: 0300-9084, 2020.

Data de processamento: 16/11/2024 16:24:44

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